ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49197

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.054 std_dev=0.038
O4 A 0, -0.011, 0.059, 0.129, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.059 std_dev=0.070
OP2 A 0, 0.124, 0.478, 0.831, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.478 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.152, 0.522, 0.892, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.522 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.104, 0.476, 0.848, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.476 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.128, 0.512, 0.896, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.512 std_dev=0.384
C2 B 0, 0.067, 0.462, 0.857, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.462 std_dev=0.395
O2 B 0, 0.100, 0.497, 0.893, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.497 std_dev=0.397
C6 B 0, 0.070, 0.483, 0.897, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.483 std_dev=0.414
O5' B 0, 0.168, 0.589, 1.009, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.589 std_dev=0.421
O4' A 0, 0.167, 0.628, 1.090, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.628 std_dev=0.462
N3 B 0, -0.028, 0.442, 0.913, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.442 std_dev=0.470
C5 B 0, -0.025, 0.451, 0.927, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.451 std_dev=0.476
C2' A 0, 0.194, 0.683, 1.173, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.683 std_dev=0.489
O4' B 0, 0.201, 0.696, 1.192, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.696 std_dev=0.495
C4 B 0, -0.056, 0.440, 0.936, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.440 std_dev=0.496
C2' B 0, 0.172, 0.682, 1.192, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.682 std_dev=0.510
N4 B 0, -0.012, 0.534, 1.080, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.534 std_dev=0.546
C5' B 0, 0.220, 0.824, 1.429, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.824 std_dev=0.604
C4' B 0, 0.203, 0.849, 1.495, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.849 std_dev=0.646
P B 0, 0.113, 0.810, 1.507, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.810 std_dev=0.697
C3' B 0, 0.254, 1.003, 1.751, 1.798 max_d=1.798 avg_d=1.003 std_dev=0.749
C4' A 0, 0.284, 1.038, 1.792, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.038 std_dev=0.754
O5' A 0, 0.308, 1.067, 1.826, 1.701 max_d=1.701 avg_d=1.067 std_dev=0.759
C3' A 0, 0.295, 1.084, 1.873, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.084 std_dev=0.789
OP1 B 0, 0.261, 1.056, 1.851, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.056 std_dev=0.795
P A 0, 0.343, 1.180, 2.016, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.180 std_dev=0.836
O2' A 0, 0.348, 1.192, 2.036, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.192 std_dev=0.844
OP2 B 0, 0.248, 1.168, 2.087, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.168 std_dev=0.919
C5' A 0, 0.363, 1.292, 2.220, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.292 std_dev=0.928
O3' B 0, 0.427, 1.612, 2.798, 2.816 max_d=2.816 avg_d=1.612 std_dev=1.185
O3' A 0, 0.453, 1.662, 2.871, 2.839 max_d=2.839 avg_d=1.662 std_dev=1.209
OP1 A 0, 0.707, 2.435, 4.162, 3.830 max_d=3.830 avg_d=2.435 std_dev=1.728

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.01 0.00 0.12 0.23 0.21 0.11
C2 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.17 0.00 0.07 0.14 0.49 0.25 0.19
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.13 0.10 0.02 0.09 0.18 0.00 0.03 0.06 0.01 0.27 0.28 0.47 0.32
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.18 0.01 0.17 0.00 0.14 0.11 0.17 0.10 0.02 0.01 0.19 0.02 0.03 0.20 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.11 0.01 0.04 0.19 0.76 0.25 0.30
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.05 0.03 0.18 0.05 0.07 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01
C5 0.00 0.01 0.08 0.17 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.01 0.03 0.19 0.78 0.25 0.30
C5' 0.05 0.07 0.13 0.00 0.09 0.00 0.08 0.00 0.06 0.05 0.09 0.06 0.09 0.11 0.10 0.00 0.01 0.14 0.24 0.02
C6 0.00 0.01 0.10 0.14 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.20 0.08 0.01 0.06 0.16 0.62 0.25 0.23
N1 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.01 0.14 0.45 0.24 0.17
N3 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.01 0.07 0.18 0.64 0.26 0.26
O2 0.00 0.00 0.18 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.23 0.01 0.09 0.12 0.39 0.24 0.15
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.20 0.18 0.22 0.09 0.20 0.12 0.15 0.05 0.00 0.01 0.22 0.13 0.20 0.27 0.45 0.29
O3' 0.22 0.17 0.03 0.01 0.11 0.05 0.10 0.11 0.08 0.13 0.14 0.23 0.01 0.00 0.12 0.19 0.11 0.15 0.15 0.07
O4 0.01 0.00 0.06 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.00 0.05 0.20 0.83 0.24 0.33
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.13 0.19 0.05 0.00 0.04 0.26 0.09 0.09
O5' 0.12 0.14 0.27 0.03 0.19 0.00 0.19 0.01 0.16 0.14 0.18 0.12 0.20 0.11 0.20 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.23 0.49 0.28 0.20 0.76 0.07 0.78 0.14 0.62 0.45 0.64 0.39 0.27 0.15 0.83 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.25 0.47 0.09 0.25 0.11 0.25 0.24 0.25 0.24 0.26 0.24 0.45 0.15 0.24 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.19 0.32 0.07 0.30 0.01 0.30 0.02 0.23 0.17 0.26 0.15 0.29 0.07 0.33 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.09 0.25 0.32 0.17 0.20 0.18 0.19 0.13 0.10 0.09 0.23 0.16 0.03 0.27 0.13 0.33 0.47 0.84 0.61
C2 0.15 0.17 0.22 0.37 0.03 0.24 0.10 0.26 0.11 0.13 0.13 0.05 0.24 0.07 0.36 0.16 0.38 0.56 0.89 0.67
C2' 0.23 0.15 0.35 0.42 0.18 0.30 0.19 0.24 0.14 0.15 0.11 0.27 0.23 0.15 0.40 0.21 0.35 0.45 0.86 0.62
C3' 0.12 0.12 0.22 0.26 0.16 0.16 0.17 0.15 0.11 0.09 0.12 0.20 0.19 0.08 0.25 0.11 0.33 0.46 0.85 0.60
C4 0.19 0.21 0.21 0.40 0.12 0.28 0.08 0.27 0.13 0.19 0.18 0.13 0.23 0.10 0.41 0.21 0.37 0.46 0.76 0.58
C4' 0.21 0.22 0.26 0.26 0.23 0.23 0.21 0.14 0.17 0.19 0.23 0.26 0.28 0.05 0.16 0.21 0.18 0.31 0.71 0.48
C5 0.18 0.11 0.28 0.39 0.06 0.29 0.09 0.26 0.11 0.13 0.04 0.09 0.14 0.05 0.37 0.21 0.35 0.38 0.71 0.54
C5' 0.27 0.27 0.29 0.24 0.26 0.29 0.22 0.20 0.20 0.23 0.28 0.28 0.32 0.13 0.08 0.27 0.10 0.17 0.59 0.38
C6 0.17 0.12 0.29 0.36 0.15 0.26 0.16 0.24 0.14 0.14 0.12 0.18 0.13 0.06 0.31 0.19 0.34 0.40 0.76 0.57
N1 0.15 0.11 0.26 0.35 0.13 0.24 0.16 0.24 0.13 0.12 0.07 0.17 0.17 0.04 0.32 0.16 0.36 0.48 0.84 0.63
N3 0.18 0.24 0.18 0.38 0.15 0.24 0.08 0.26 0.12 0.18 0.24 0.16 0.28 0.11 0.39 0.18 0.38 0.54 0.85 0.65
O2 0.14 0.17 0.20 0.37 0.05 0.23 0.11 0.27 0.11 0.12 0.15 0.03 0.24 0.08 0.36 0.14 0.40 0.63 0.94 0.72
O2' 0.23 0.09 0.41 0.51 0.15 0.34 0.17 0.31 0.16 0.15 0.06 0.25 0.15 0.20 0.50 0.21 0.39 0.49 0.87 0.65
O3' 0.27 0.33 0.24 0.26 0.26 0.26 0.22 0.13 0.22 0.27 0.31 0.24 0.40 0.05 0.18 0.28 0.13 0.30 0.67 0.43
O4 0.22 0.26 0.15 0.41 0.26 0.28 0.21 0.28 0.22 0.25 0.27 0.26 0.23 0.16 0.47 0.22 0.36 0.44 0.70 0.54
O4' 0.19 0.19 0.26 0.28 0.23 0.22 0.22 0.15 0.18 0.18 0.21 0.25 0.23 0.04 0.19 0.18 0.22 0.36 0.73 0.52
O5' 0.17 0.15 0.19 0.14 0.11 0.20 0.07 0.09 0.06 0.12 0.13 0.14 0.22 0.07 0.04 0.17 0.14 0.21 0.57 0.34
OP1 0.75 0.68 0.71 0.81 0.68 0.72 0.73 0.79 0.76 0.74 0.65 0.64 0.63 0.81 0.97 0.74 0.97 1.02 1.18 1.00
OP2 0.18 0.10 0.31 0.22 0.07 0.27 0.09 0.20 0.13 0.14 0.09 0.07 0.10 0.21 0.10 0.19 0.05 0.09 0.36 0.19
P 0.08 0.08 0.02 0.11 0.18 0.09 0.17 0.12 0.14 0.10 0.16 0.23 0.02 0.15 0.25 0.08 0.31 0.39 0.63 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.13 0.14 0.30 0.25
C2 0.04 0.00 0.12 0.11 0.00 0.04 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.17 0.02 0.16 0.29 0.51 0.39
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.12 0.06 0.04 0.10 0.07 0.20 0.01 0.01 0.01 0.27 0.33 0.39 0.31
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.11 0.08 0.11 0.12 0.15 0.00 0.01 0.02 0.06 0.22 0.10 0.07
C4 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.00 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.09 0.01 0.19 0.43 0.61 0.48
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.03 0.05 0.07 0.13 0.00 0.00 0.02 0.08 0.12 0.10
C5 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.08 0.02 0.21 0.47 0.62 0.51
C5' 0.06 0.10 0.12 0.01 0.15 0.01 0.19 0.00 0.18 0.12 0.12 0.17 0.08 0.02 0.12 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.06 0.03 0.21 0.40 0.56 0.48
N1 0.01 0.02 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.10 0.01 0.16 0.28 0.47 0.39
N3 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.14 0.02 0.18 0.35 0.56 0.43
N4 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.20 0.10 0.01 0.20 0.49 0.65 0.50
O2 0.10 0.01 0.20 0.15 0.01 0.07 0.03 0.08 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.15 0.25 0.05 0.14 0.25 0.48 0.37
O2' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.18 0.13 0.18 0.02 0.15 0.10 0.14 0.20 0.15 0.00 0.01 0.07 0.21 0.31 0.43 0.28
O3' 0.16 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.12 0.06 0.10 0.14 0.10 0.25 0.01 0.00 0.11 0.13 0.30 0.09 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.11 0.00 0.05 0.11 0.23 0.23
O5' 0.13 0.16 0.27 0.06 0.19 0.02 0.21 0.02 0.21 0.16 0.18 0.20 0.14 0.21 0.13 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.29 0.33 0.22 0.43 0.08 0.47 0.10 0.40 0.28 0.35 0.49 0.25 0.31 0.30 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.51 0.39 0.10 0.61 0.12 0.62 0.03 0.56 0.47 0.56 0.65 0.48 0.43 0.09 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.39 0.31 0.07 0.48 0.10 0.51 0.02 0.48 0.39 0.43 0.50 0.37 0.28 0.09 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00