ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49198

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.034, 0.115, 0.196, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.115 std_dev=0.081
O4' A 0, -0.043, 0.200, 0.443, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.200 std_dev=0.243
C2' A 0, 0.027, 0.275, 0.523, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.275 std_dev=0.248
O2' A 0, 0.092, 0.358, 0.625, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.358 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.131, 0.468, 0.804, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.468 std_dev=0.336
C4' A 0, 0.052, 0.392, 0.733, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.392 std_dev=0.341
C3' A 0, 0.098, 0.476, 0.854, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.476 std_dev=0.378
C1' B 0, 0.039, 0.491, 0.942, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.491 std_dev=0.452
O3' A 0, 0.194, 0.746, 1.298, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.746 std_dev=0.552
C5' A 0, 0.077, 0.665, 1.253, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.665 std_dev=0.588
C2' B 0, -0.003, 0.641, 1.286, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.641 std_dev=0.644
O4' B 0, -0.008, 0.833, 1.675, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.833 std_dev=0.841
O5' A 0, 0.066, 0.941, 1.816, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.941 std_dev=0.875
N1 B 0, -0.236, 1.090, 2.416, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.090 std_dev=1.326
P A 0, -0.081, 1.328, 2.738, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.328 std_dev=1.409
C3' B 0, -0.215, 1.326, 2.868, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.326 std_dev=1.541
C6 B 0, -0.305, 1.315, 2.936, 3.599 max_d=3.599 avg_d=1.315 std_dev=1.621
C4' B 0, -0.200, 1.434, 3.069, 3.722 max_d=3.722 avg_d=1.434 std_dev=1.635
O3' B 0, -0.227, 1.663, 3.553, 4.307 max_d=4.307 avg_d=1.663 std_dev=1.890
OP2 A 0, -0.081, 1.882, 3.845, 4.591 max_d=4.591 avg_d=1.882 std_dev=1.963
C2 B 0, -0.212, 1.854, 3.920, 4.736 max_d=4.736 avg_d=1.854 std_dev=2.066
O2 B 0, -0.117, 2.085, 4.287, 5.131 max_d=5.131 avg_d=2.085 std_dev=2.202
C5 B 0, -0.397, 1.962, 4.321, 5.280 max_d=5.280 avg_d=1.962 std_dev=2.359
OP1 A 0, -0.107, 2.280, 4.668, 5.577 max_d=5.577 avg_d=2.280 std_dev=2.388
C5' B 0, -0.461, 2.121, 4.702, 5.755 max_d=5.755 avg_d=2.121 std_dev=2.581
N3 B 0, -0.299, 2.490, 5.279, 6.384 max_d=6.384 avg_d=2.490 std_dev=2.789
C4 B 0, -0.395, 2.484, 5.363, 6.520 max_d=6.520 avg_d=2.484 std_dev=2.879
O5' B 0, -0.485, 2.549, 5.582, 6.812 max_d=6.812 avg_d=2.549 std_dev=3.034
N4 B 0, -0.452, 3.182, 6.817, 8.270 max_d=8.270 avg_d=3.182 std_dev=3.635
P B 0, -0.429, 3.489, 7.407, 8.961 max_d=8.961 avg_d=3.489 std_dev=3.918
OP2 B 0, -0.411, 4.033, 8.476, 10.222 max_d=10.222 avg_d=4.033 std_dev=4.443
OP1 B 0, -0.563, 4.184, 8.932, 10.824 max_d=10.824 avg_d=4.184 std_dev=4.747

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.77 0.06 0.30
C2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.15 0.02 0.03 0.10 1.11 0.14 0.36
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.11 0.17 0.00 0.01 0.09 0.01 0.04 0.32 0.21 0.05
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.18 0.00 0.15 0.01 0.12 0.11 0.17 0.15 0.02 0.01 0.19 0.01 0.10 0.18 0.27 0.13
C4 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.11 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.20 0.00 0.02 0.16 1.19 0.36 0.31
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.13 0.07 0.07 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.20 0.17 0.07
C5 0.00 0.01 0.04 0.15 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.18 0.00 0.05 0.17 1.05 0.39 0.26
C5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.22 0.11 0.13 0.04 0.04 0.02 0.20 0.00 0.01 0.12 0.34 0.00
C6 0.00 0.01 0.04 0.12 0.00 0.13 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.14 0.00 0.07 0.14 0.94 0.26 0.25
N1 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.98 0.12 0.31
N3 0.02 0.00 0.11 0.17 0.00 0.07 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.02 0.02 0.13 1.22 0.24 0.36
O2 0.03 0.01 0.17 0.15 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.03 0.06 0.09 1.08 0.08 0.36
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.24 0.18 0.04
O3' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.20 0.00 0.18 0.02 0.14 0.10 0.18 0.15 0.03 0.00 0.23 0.01 0.22 0.63 0.46 0.40
O4 0.03 0.02 0.09 0.19 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.23 0.00 0.02 0.17 1.24 0.42 0.32
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.15 0.80 0.32 0.40
O5' 0.08 0.10 0.04 0.10 0.16 0.00 0.17 0.01 0.14 0.09 0.13 0.09 0.07 0.22 0.17 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.77 1.11 0.32 0.18 1.19 0.20 1.05 0.12 0.94 0.98 1.22 1.08 0.24 0.63 1.24 0.80 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.06 0.14 0.21 0.27 0.36 0.17 0.39 0.34 0.26 0.12 0.24 0.08 0.18 0.46 0.42 0.32 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.30 0.36 0.05 0.13 0.31 0.07 0.26 0.00 0.25 0.31 0.36 0.36 0.04 0.40 0.32 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 1.13 0.71 1.12 1.68 0.51 1.61 0.99 1.29 1.01 1.46 1.90 0.88 0.12 0.96 0.36 1.09 0.62 2.23 1.17
C2 0.47 1.46 0.64 0.76 2.05 0.06 1.82 0.26 1.36 1.15 1.88 2.35 1.25 0.10 0.47 0.14 0.38 0.57 1.18 0.23
C2' 0.54 1.12 0.80 1.36 1.55 0.86 1.46 1.52 1.19 0.99 1.39 1.73 0.92 0.02 1.29 0.56 1.66 1.42 3.03 1.90
C3' 0.43 0.79 0.76 1.46 1.18 1.01 1.20 1.73 1.01 0.78 0.99 1.31 0.57 0.07 1.55 0.54 1.81 1.88 3.20 2.15
C4 0.45 1.59 0.54 0.46 2.09 0.26 1.76 0.29 1.29 1.18 2.00 2.30 1.41 0.06 0.14 0.03 0.21 1.18 0.36 0.59
C4' 0.30 0.62 0.62 1.26 1.16 0.71 1.26 1.32 1.05 0.69 0.88 1.32 0.32 0.18 1.33 0.33 1.35 1.36 2.61 1.64
C5 0.47 1.33 0.61 0.73 1.70 0.06 1.52 0.25 1.22 1.10 1.61 1.82 1.14 0.08 0.42 0.14 0.32 0.37 0.81 0.16
C5' 0.13 0.29 0.50 1.20 0.81 0.65 1.00 1.23 0.85 0.45 0.49 0.92 0.24 0.27 1.43 0.20 1.19 1.41 2.33 1.50
C6 0.47 1.17 0.68 1.02 1.59 0.38 1.50 0.78 1.22 1.02 1.44 1.74 0.95 0.11 0.75 0.30 0.81 0.26 1.54 0.73
N1 0.48 1.26 0.68 0.97 1.79 0.31 1.66 0.68 1.30 1.07 1.61 2.00 1.03 0.11 0.72 0.27 0.77 0.14 1.67 0.71
N3 0.46 1.59 0.58 0.55 2.18 0.17 1.85 0.15 1.34 1.19 2.05 2.49 1.41 0.07 0.23 0.02 0.07 1.15 0.57 0.43
O2 0.46 1.48 0.63 0.75 2.13 0.06 1.87 0.25 1.37 1.15 1.94 2.48 1.26 0.11 0.46 0.14 0.38 0.63 1.26 0.24
O2' 0.53 1.15 0.77 1.31 1.64 0.82 1.54 1.46 1.23 1.01 1.46 1.87 0.94 0.04 1.22 0.55 1.67 1.45 3.16 1.96
O3' 0.39 0.65 0.73 1.49 1.01 1.11 1.06 1.89 0.89 0.67 0.83 1.13 0.46 0.15 1.66 0.57 2.03 2.36 3.60 2.52
O4 0.41 1.74 0.45 0.19 2.26 0.50 1.77 0.76 1.19 1.18 2.23 2.50 1.60 0.02 0.11 0.18 0.73 1.83 0.70 1.26
O4' 0.37 0.86 0.64 1.11 1.47 0.46 1.52 0.94 1.24 0.86 1.17 1.66 0.53 0.21 1.01 0.28 0.97 0.67 2.08 1.11
O5' 0.32 0.37 0.78 1.57 0.82 0.99 1.03 1.51 0.94 0.57 0.53 0.89 0.20 0.07 1.90 0.40 1.39 1.61 2.30 1.62
OP1 1.06 0.86 1.61 2.27 1.61 1.54 2.09 1.88 2.02 1.35 1.07 1.68 0.23 0.79 2.46 1.08 1.68 1.79 2.31 1.78
OP2 0.21 0.65 0.58 1.33 0.17 0.67 0.27 0.99 0.31 0.18 0.57 0.16 1.10 0.19 2.10 0.12 0.73 1.24 1.37 0.93
P 0.46 0.22 1.05 1.83 0.76 1.17 1.13 1.52 1.12 0.62 0.36 0.79 0.30 0.39 2.35 0.55 1.32 1.61 1.98 1.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.09 0.28 0.22
C2 0.01 0.00 0.27 0.14 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.19 0.31 0.13 0.18 0.41 0.17
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.21 0.04 0.23 0.06 0.45 0.00 0.01 0.01 0.24 0.10 0.18 0.19
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.15 0.00 0.12 0.01 0.09 0.09 0.17 0.17 0.14 0.01 0.01 0.00 0.28 0.11 0.04 0.18
C4 0.00 0.01 0.06 0.15 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.01 0.69 0.76 1.35 0.98
C4' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.29 0.00 0.33 0.06 0.11 0.11 0.38 0.04 0.00 0.00 0.00 0.13 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.14 0.12 0.00 0.29 0.00 0.52 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.09 0.27 1.22 1.32 1.88 1.56
C5' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.18 0.00 0.52 0.00 0.55 0.09 0.19 0.20 0.62 0.04 0.02 0.00 0.01 0.17 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.21 0.09 0.00 0.33 0.00 0.55 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.27 0.03 0.36 1.19 1.15 1.57 1.41
N1 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.45 0.33 0.73 0.56
N3 0.01 0.00 0.23 0.17 0.00 0.11 0.01 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.22 0.22 0.18 0.13 0.72 0.36
N4 0.00 0.01 0.06 0.17 0.00 0.11 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.01 0.74 0.90 1.54 1.10
O2 0.01 0.01 0.45 0.14 0.00 0.38 0.01 0.62 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.52 0.23 0.57 0.66 0.84 0.48 0.67
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.02 0.04 0.22 0.04 0.27 0.01 0.20 0.02 0.52 0.00 0.03 0.05 0.09 0.29 0.03 0.04
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.17 0.00 0.09 0.02 0.03 0.09 0.22 0.20 0.23 0.03 0.00 0.00 0.19 0.11 0.18 0.05
O4' 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.00 0.36 0.01 0.22 0.01 0.57 0.05 0.00 0.00 0.03 0.09 0.08 0.09
O5' 0.18 0.13 0.24 0.28 0.69 0.00 1.22 0.01 1.19 0.45 0.18 0.74 0.66 0.09 0.19 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.09 0.18 0.10 0.11 0.76 0.13 1.32 0.17 1.15 0.33 0.13 0.90 0.84 0.29 0.11 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.28 0.41 0.18 0.04 1.35 0.20 1.88 0.34 1.57 0.73 0.72 1.54 0.48 0.03 0.18 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.17 0.19 0.18 0.98 0.05 1.56 0.01 1.41 0.56 0.36 1.10 0.67 0.04 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00