ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49199

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.004, 0.028, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.054 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.009, 0.048, 0.086, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.048 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.020, 0.070, 0.119, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.070 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.021, 0.072, 0.123, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.072 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.037, 0.133, 0.230, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.133 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.059, 0.211, 0.364, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.211 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.071, 0.243, 0.416, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.243 std_dev=0.172
C4' A 0, 0.089, 0.304, 0.519, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.304 std_dev=0.215
O3' A 0, 0.119, 0.409, 0.700, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.409 std_dev=0.290
C5' A 0, 0.127, 0.434, 0.742, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.434 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.221, 0.768, 1.316, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.768 std_dev=0.548
O2' B 0, 0.230, 0.786, 1.342, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.786 std_dev=0.556
C3' B 0, 0.301, 1.029, 1.756, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.029 std_dev=0.728
O5' A 0, 0.324, 1.113, 1.901, 1.726 max_d=1.726 avg_d=1.113 std_dev=0.788
P A 0, 0.515, 1.759, 3.003, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.759 std_dev=1.244
O5' B 0, 0.623, 2.129, 3.634, 3.196 max_d=3.196 avg_d=2.129 std_dev=1.505
OP1 B 0, 0.636, 2.171, 3.706, 3.258 max_d=3.258 avg_d=2.171 std_dev=1.535
C1' B 0, 0.647, 2.210, 3.773, 3.355 max_d=3.355 avg_d=2.210 std_dev=1.563
C4' B 0, 0.662, 2.262, 3.861, 3.442 max_d=3.442 avg_d=2.262 std_dev=1.600
OP1 A 0, 0.693, 2.367, 4.040, 3.572 max_d=3.572 avg_d=2.367 std_dev=1.674
O3' B 0, 0.762, 2.604, 4.445, 3.927 max_d=3.927 avg_d=2.604 std_dev=1.841
O4' B 0, 0.780, 2.664, 4.548, 4.049 max_d=4.049 avg_d=2.664 std_dev=1.884
P B 0, 0.789, 2.693, 4.597, 4.049 max_d=4.049 avg_d=2.693 std_dev=1.904
OP2 B 0, 0.862, 2.945, 5.027, 4.420 max_d=4.420 avg_d=2.945 std_dev=2.082
OP2 A 0, 0.885, 3.021, 5.156, 4.532 max_d=4.532 avg_d=3.021 std_dev=2.136
C5' B 0, 0.916, 3.130, 5.343, 4.745 max_d=4.745 avg_d=3.130 std_dev=2.213
N1 B 0, 0.981, 3.351, 5.721, 5.065 max_d=5.065 avg_d=3.351 std_dev=2.370
C6 B 0, 1.241, 4.237, 7.234, 6.393 max_d=6.393 avg_d=4.237 std_dev=2.996
C2 B 0, 1.265, 4.320, 7.375, 6.510 max_d=6.510 avg_d=4.320 std_dev=3.055
O2 B 0, 1.310, 4.473, 7.637, 6.711 max_d=6.711 avg_d=4.473 std_dev=3.163
C5 B 0, 1.603, 5.474, 9.345, 8.231 max_d=8.231 avg_d=5.474 std_dev=3.871
N3 B 0, 1.636, 5.586, 9.537, 8.417 max_d=8.417 avg_d=5.586 std_dev=3.950
C4 B 0, 1.763, 6.020, 10.277, 9.073 max_d=9.073 avg_d=6.020 std_dev=4.257
N4 B 0, 2.158, 7.367, 12.576, 11.080 max_d=11.080 avg_d=7.367 std_dev=5.209

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.13 0.57 0.39 0.33
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.26 0.76 0.73 0.51
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.17 0.45 0.23 0.26
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.00 0.05 0.04 0.08 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.22 0.37 0.09 0.21
C4 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.10 0.00 0.08 0.32 0.87 1.00 0.63
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.29 0.07 0.07
C5 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.08 0.02 0.08 0.33 0.89 1.04 0.66
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.06 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02 0.12 0.00 0.01 0.22 0.24 0.01
C6 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.30 0.85 0.88 0.61
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.25 0.75 0.69 0.50
N3 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.01 0.05 0.29 0.82 0.87 0.57
O2 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.23 0.69 0.62 0.45
O2' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.26 0.02 0.08
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.06 0.04 0.09 0.05 0.05 0.00 0.12 0.01 0.15 0.18 0.19 0.05
O4 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.09 0.02 0.12 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.00 0.08 0.33 0.89 1.06 0.65
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.04 0.53 0.25 0.24
O5' 0.13 0.26 0.17 0.22 0.32 0.01 0.33 0.01 0.30 0.25 0.29 0.23 0.02 0.15 0.33 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.57 0.76 0.45 0.37 0.87 0.29 0.89 0.22 0.85 0.75 0.82 0.69 0.26 0.18 0.89 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.73 0.23 0.09 1.00 0.07 1.04 0.24 0.88 0.69 0.87 0.62 0.02 0.19 1.06 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.51 0.26 0.21 0.63 0.07 0.66 0.01 0.61 0.50 0.57 0.45 0.08 0.05 0.65 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.70 0.25 0.19 0.44 0.11 0.10 0.15 0.25 0.14 0.80 0.57 1.10 0.16 0.27 0.22 0.06 0.09 0.04 0.09
C2 0.02 0.94 0.27 0.11 0.87 0.32 0.35 0.41 0.09 0.35 1.16 1.07 1.24 0.09 0.12 0.33 0.18 0.19 0.15 0.23
C2' 0.14 0.56 0.23 0.22 0.29 0.14 0.26 0.18 0.40 0.04 0.65 0.42 0.96 0.17 0.38 0.33 0.10 0.09 0.05 0.13
C3' 0.28 0.26 0.17 0.23 0.14 0.11 0.61 0.12 0.69 0.25 0.29 0.10 0.68 0.16 0.50 0.40 0.11 0.07 0.04 0.12
C4 0.06 0.92 0.22 0.02 0.99 0.49 0.54 0.58 0.24 0.38 1.18 1.18 1.09 0.12 0.03 0.47 0.29 0.24 0.27 0.33
C4' 0.21 0.27 0.16 0.23 0.17 0.04 0.64 0.04 0.69 0.23 0.26 0.13 0.72 0.18 0.47 0.26 0.05 0.08 0.10 0.06
C5 0.08 0.74 0.23 0.11 0.66 0.32 0.26 0.36 0.04 0.24 0.88 0.79 0.98 0.07 0.15 0.39 0.17 0.12 0.13 0.19
C5' 0.29 0.02 0.10 0.26 0.48 0.10 0.92 0.14 0.92 0.42 0.08 0.48 0.46 0.19 0.57 0.25 0.04 0.10 0.15 0.05
C6 0.04 0.69 0.26 0.18 0.50 0.16 0.07 0.20 0.13 0.17 0.78 0.61 1.02 0.11 0.26 0.27 0.07 0.06 0.02 0.09
N1 0.02 0.80 0.27 0.17 0.62 0.19 0.13 0.25 0.09 0.23 0.93 0.76 1.15 0.13 0.22 0.27 0.10 0.11 0.05 0.13
N3 0.02 0.99 0.24 0.04 1.03 0.45 0.52 0.56 0.22 0.40 1.26 1.25 1.20 0.08 0.04 0.43 0.28 0.27 0.26 0.33
O2 0.04 0.99 0.28 0.12 0.94 0.31 0.38 0.42 0.11 0.38 1.23 1.16 1.30 0.11 0.12 0.32 0.19 0.21 0.16 0.24
O2' 0.09 0.62 0.23 0.21 0.33 0.11 0.24 0.15 0.38 0.06 0.72 0.47 1.05 0.16 0.34 0.27 0.08 0.09 0.04 0.11
O3' 0.37 0.11 0.12 0.21 0.33 0.13 0.82 0.14 0.87 0.39 0.11 0.27 0.55 0.14 0.53 0.47 0.15 0.07 0.06 0.16
O4 0.08 0.96 0.17 0.06 1.19 0.64 0.77 0.76 0.42 0.45 1.31 1.42 0.98 0.19 0.12 0.57 0.40 0.34 0.40 0.45
O4' 0.09 0.51 0.21 0.21 0.19 0.06 0.33 0.05 0.43 0.06 0.54 0.26 0.94 0.19 0.33 0.17 0.06 0.09 0.11 0.07
O5' 0.07 0.34 0.39 0.60 0.11 0.47 0.52 0.53 0.52 0.06 0.27 0.11 0.76 0.46 0.89 0.15 0.42 0.49 0.52 0.44
OP1 0.83 0.91 1.00 1.16 0.33 1.24 0.07 1.28 0.08 0.58 0.74 0.26 1.36 1.20 1.34 0.98 1.09 1.09 1.12 1.10
OP2 0.83 0.85 1.25 1.52 0.26 1.39 0.11 1.45 0.05 0.57 0.67 0.18 1.25 1.36 1.88 0.98 1.28 1.40 1.29 1.28
P 0.47 0.55 0.77 1.01 0.04 0.98 0.36 1.04 0.27 0.23 0.39 0.08 0.97 0.93 1.32 0.62 0.85 0.92 0.92 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.12 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.07 0.21 0.02 0.28 0.04 0.47 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.16 0.23 0.56 0.34 0.99 0.66
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.07 0.06 0.10 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.12 0.07
C3' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.04 0.00 0.21 0.01 0.26 0.02 0.15 0.03 0.44 0.02 0.01 0.01 0.11 0.09 0.06 0.09
C4 0.03 0.02 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.10 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.02 0.09 0.31 0.65 0.16
C4' 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.00 0.20 0.00 0.28 0.00 0.23 0.04 0.54 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.14 0.01
C5 0.01 0.04 0.04 0.21 0.01 0.20 0.00 0.27 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.22 0.16 0.40 0.88 0.04 0.42
C5' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.10 0.00 0.27 0.00 0.37 0.04 0.44 0.14 0.88 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.27 0.02
C6 0.01 0.02 0.03 0.26 0.03 0.28 0.01 0.37 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.24 0.23 0.52 0.88 0.20 0.53
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.23 0.29 0.03
N3 0.02 0.00 0.07 0.15 0.01 0.23 0.03 0.44 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.15 0.12 0.18 0.52 0.25 1.12 0.67
N4 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.14 0.05 0.04 0.02 0.00 0.05 0.08 0.05 0.02 0.13 0.29 0.79 0.24
O2 0.03 0.01 0.10 0.44 0.04 0.54 0.05 0.88 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.28 0.36 0.42 1.08 0.93 1.47 1.21
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.03 0.08 0.02 0.15 0.08 0.28 0.00 0.04 0.04 0.05 0.10 0.03 0.05
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.06 0.02 0.22 0.02 0.24 0.03 0.12 0.05 0.36 0.04 0.00 0.02 0.13 0.23 0.04 0.12
O4' 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.01 0.23 0.00 0.18 0.02 0.42 0.04 0.02 0.00 0.11 0.12 0.08 0.09
O5' 0.03 0.56 0.07 0.11 0.09 0.01 0.40 0.00 0.52 0.02 0.52 0.13 1.08 0.05 0.13 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.12 0.34 0.01 0.09 0.31 0.11 0.88 0.19 0.88 0.23 0.25 0.29 0.93 0.10 0.23 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.99 0.12 0.06 0.65 0.14 0.04 0.27 0.20 0.29 1.12 0.79 1.47 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.66 0.07 0.09 0.16 0.01 0.42 0.02 0.53 0.03 0.67 0.24 1.21 0.05 0.12 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00