ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49200

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.017, 0.059, 0.101, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.059 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.017, 0.061, 0.105, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.061 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.026, 0.093, 0.160, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.093 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.017, 0.088, 0.160, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.071
C2' A 0, -0.017, 0.064, 0.144, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.064 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.012, 0.114, 0.216, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.114 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.018, 0.127, 0.235, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.127 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.040, 0.165, 0.289, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.165 std_dev=0.124
O3' B 0, 0.041, 0.188, 0.334, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.188 std_dev=0.147
P A 0, 0.056, 0.205, 0.353, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.205 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.058, 0.218, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.218 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.039, 0.219, 0.398, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.219 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.034, 0.216, 0.397, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.216 std_dev=0.181
O2' B 0, 0.057, 0.240, 0.424, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.240 std_dev=0.184
C4' B 0, 0.044, 0.237, 0.431, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.194
OP1 B 0, 0.037, 0.239, 0.440, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.239 std_dev=0.201
P B 0, 0.041, 0.249, 0.456, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.249 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.030, 0.249, 0.468, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.249 std_dev=0.219
C5' B 0, 0.037, 0.261, 0.485, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.261 std_dev=0.224
O4' B 0, 0.036, 0.267, 0.499, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.267 std_dev=0.231
O5' B 0, 0.034, 0.269, 0.503, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.269 std_dev=0.235
OP1 A 0, 0.030, 0.272, 0.515, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.272 std_dev=0.242
N1 B 0, -0.001, 0.250, 0.501, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.250 std_dev=0.251
C6 B 0, -0.029, 0.270, 0.570, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.270 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.109, 0.413, 0.718, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.413 std_dev=0.304
C5 B 0, -0.057, 0.263, 0.583, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.263 std_dev=0.320
C2 B 0, -0.021, 0.312, 0.645, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.312 std_dev=0.333
OP2 B 0, 0.031, 0.371, 0.712, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.371 std_dev=0.341
C4 B 0, -0.065, 0.282, 0.629, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.282 std_dev=0.347
N3 B 0, -0.057, 0.339, 0.734, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.339 std_dev=0.395
O2 B 0, -0.019, 0.383, 0.785, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.383 std_dev=0.402
N4 B 0, -0.092, 0.312, 0.715, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.312 std_dev=0.404

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.05 0.06
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.16 0.10 0.12
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.01 0.11
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.19 0.05 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.18 0.15
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.23 0.16 0.14
C5' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.09 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.22 0.10 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.18 0.06 0.10
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.17 0.14 0.14
O2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.11 0.13 0.08 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.27 0.01 0.13
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.12 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.21 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01
O5' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.09 0.11 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.15 0.16 0.24 0.19 0.20 0.05 0.23 0.01 0.22 0.18 0.17 0.13 0.27 0.17 0.20 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.10 0.01 0.05 0.18 0.12 0.16 0.04 0.10 0.06 0.14 0.08 0.01 0.12 0.21 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.11 0.08 0.15 0.00 0.14 0.00 0.12 0.10 0.14 0.11 0.13 0.05 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.06 0.07 0.04 0.03 0.04 0.15 0.08 0.17 0.07 0.07 0.01 0.14 0.09 0.05 0.07 0.08 0.07 0.25 0.09
C2 0.10 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.16 0.03 0.19 0.09 0.04 0.05 0.11 0.11 0.04 0.09 0.04 0.04 0.29 0.12
C2' 0.07 0.09 0.05 0.04 0.01 0.06 0.14 0.11 0.16 0.05 0.09 0.01 0.17 0.08 0.06 0.05 0.10 0.15 0.24 0.10
C3' 0.03 0.12 0.03 0.04 0.02 0.06 0.12 0.12 0.14 0.02 0.13 0.04 0.21 0.05 0.07 0.03 0.11 0.15 0.24 0.10
C4 0.11 0.04 0.09 0.06 0.07 0.08 0.14 0.04 0.16 0.10 0.04 0.06 0.07 0.12 0.04 0.11 0.05 0.05 0.18 0.09
C4' 0.05 0.09 0.04 0.02 0.02 0.03 0.14 0.09 0.16 0.04 0.10 0.04 0.18 0.07 0.04 0.01 0.09 0.12 0.24 0.09
C5 0.11 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.13 0.04 0.16 0.09 0.03 0.05 0.07 0.11 0.04 0.10 0.03 0.10 0.15 0.08
C5' 0.06 0.09 0.04 0.03 0.06 0.05 0.15 0.11 0.17 0.06 0.10 0.06 0.18 0.06 0.05 0.02 0.09 0.15 0.20 0.09
C6 0.10 0.04 0.07 0.03 0.05 0.04 0.14 0.07 0.17 0.08 0.04 0.03 0.10 0.10 0.04 0.08 0.06 0.11 0.19 0.08
N1 0.10 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.15 0.05 0.18 0.08 0.05 0.03 0.12 0.10 0.05 0.08 0.05 0.08 0.25 0.10
N3 0.11 0.04 0.09 0.06 0.07 0.07 0.16 0.05 0.18 0.10 0.03 0.06 0.08 0.11 0.05 0.10 0.06 0.03 0.25 0.12
O2 0.10 0.05 0.09 0.06 0.06 0.07 0.17 0.04 0.19 0.09 0.04 0.05 0.12 0.10 0.05 0.09 0.05 0.04 0.32 0.14
O2' 0.11 0.08 0.08 0.04 0.06 0.05 0.18 0.07 0.20 0.10 0.08 0.04 0.14 0.11 0.04 0.09 0.07 0.18 0.29 0.14
O3' 0.05 0.15 0.05 0.06 0.05 0.07 0.10 0.12 0.12 0.03 0.16 0.07 0.24 0.07 0.08 0.05 0.12 0.12 0.26 0.09
O4 0.12 0.06 0.10 0.08 0.08 0.09 0.14 0.08 0.15 0.10 0.05 0.08 0.06 0.12 0.05 0.11 0.08 0.05 0.14 0.09
O4' 0.10 0.05 0.08 0.03 0.03 0.03 0.16 0.06 0.18 0.08 0.06 0.01 0.13 0.11 0.03 0.07 0.06 0.08 0.25 0.09
O5' 0.06 0.10 0.05 0.03 0.08 0.05 0.17 0.11 0.18 0.07 0.11 0.08 0.20 0.05 0.04 0.04 0.09 0.19 0.21 0.11
OP1 0.30 0.45 0.28 0.31 0.37 0.32 0.26 0.36 0.24 0.33 0.46 0.38 0.54 0.24 0.30 0.33 0.37 0.09 0.11 0.20
OP2 0.23 0.35 0.24 0.25 0.20 0.26 0.07 0.27 0.08 0.21 0.34 0.20 0.49 0.26 0.27 0.24 0.24 0.09 0.08 0.04
P 0.16 0.30 0.16 0.19 0.19 0.21 0.08 0.25 0.07 0.17 0.31 0.20 0.41 0.16 0.20 0.20 0.24 0.06 0.04 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.07
C2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.06 0.03 0.27 0.02 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.16 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.31 0.06 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.36 0.07 0.13
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.03 0.36 0.05 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.02 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.05 0.03 0.28 0.04 0.10
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.30 0.08 0.12
O2 0.01 0.00 0.13 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.09 0.03 0.24 0.00 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.16 0.11 0.01
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.14 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.27 0.11
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 0.24 0.06 0.10
O5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.25 0.27 0.17 0.09 0.31 0.10 0.36 0.02 0.36 0.30 0.28 0.30 0.24 0.16 0.05 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.12 0.16 0.06 0.05 0.07 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.00 0.11 0.27 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.01 0.04 0.11 0.01 0.13 0.00 0.12 0.09 0.10 0.12 0.07 0.01 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00