ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49202

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C5' A 0, 0.000, 0.321, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C2' A 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C4' A 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
O5' A 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C2' B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C3' A 0, 0.000, 0.533, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.533 std_dev=0.533
O2' B 0, 0.000, 0.609, 1.219, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.609 std_dev=0.609
P A 0, 0.000, 0.803, 1.607, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.803 std_dev=0.803
C1' B 0, 0.000, 0.807, 1.615, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.807 std_dev=0.807
O2' A 0, 0.000, 0.924, 1.847, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.924 std_dev=0.924
O3' A 0, 0.000, 1.122, 2.244, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.122 std_dev=1.122
C3' B 0, 0.000, 1.139, 2.278, 2.278 max_d=2.278 avg_d=1.139 std_dev=1.139
OP1 A 0, 0.000, 1.344, 2.688, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.344 std_dev=1.344
O4' B 0, 0.000, 1.442, 2.884, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.442 std_dev=1.442
O3' B 0, 0.000, 1.469, 2.938, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.469 std_dev=1.469
C4' B 0, 0.000, 2.003, 4.005, 4.005 max_d=4.005 avg_d=2.003 std_dev=2.003
OP2 A 0, 0.000, 2.037, 4.074, 4.074 max_d=4.074 avg_d=2.037 std_dev=2.037
N1 B 0, 0.000, 2.167, 4.333, 4.333 max_d=4.333 avg_d=2.167 std_dev=2.167
O2 B 0, 0.000, 2.771, 5.541, 5.541 max_d=5.541 avg_d=2.771 std_dev=2.771
C2 B 0, 0.000, 2.862, 5.724, 5.724 max_d=5.724 avg_d=2.862 std_dev=2.862
C6 B 0, 0.000, 3.206, 6.412, 6.412 max_d=6.412 avg_d=3.206 std_dev=3.206
C5' B 0, 0.000, 3.321, 6.642, 6.642 max_d=6.642 avg_d=3.321 std_dev=3.321
O5' B 0, 0.000, 3.538, 7.076, 7.076 max_d=7.076 avg_d=3.538 std_dev=3.538
N3 B 0, 0.000, 4.108, 8.215, 8.215 max_d=8.215 avg_d=4.108 std_dev=4.108
C5 B 0, 0.000, 4.386, 8.773, 8.773 max_d=8.773 avg_d=4.386 std_dev=4.386
C4 B 0, 0.000, 4.717, 9.435, 9.435 max_d=9.435 avg_d=4.717 std_dev=4.717
P B 0, 0.000, 5.011, 10.023, 10.023 max_d=10.023 avg_d=5.011 std_dev=5.011
OP2 B 0, 0.000, 5.418, 10.835, 10.835 max_d=10.835 avg_d=5.418 std_dev=5.418
OP1 B 0, 0.000, 5.524, 11.048, 11.048 max_d=11.048 avg_d=5.524 std_dev=5.524
N4 B 0, 0.000, 5.975, 11.950, 11.950 max_d=11.950 avg_d=5.975 std_dev=5.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.14
C2 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.21 0.00 0.03 0.05 0.30 0.09 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.15 0.11 0.02 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.23 0.39 0.83 0.53
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.16 0.00 0.17 0.01 0.16 0.11 0.14 0.07 0.01 0.00 0.16 0.01 0.12 0.16 0.47 0.17
C4 0.02 0.00 0.06 0.16 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.31 0.07 0.00 0.03 0.04 0.57 0.14 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.23 0.00 0.03 0.00 0.00 0.17 0.04 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.17 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.04 0.59 0.25 0.10
C5' 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.00 0.01 0.01 0.27 0.06 0.00
C6 0.01 0.01 0.11 0.16 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.02 0.01 0.00 0.05 0.42 0.17 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.14 0.01 0.01 0.06 0.25 0.04 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.15 0.00 0.03 0.04 0.45 0.00 0.00
O2 0.01 0.00 0.15 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.29 0.00 0.03 0.04 0.21 0.19 0.10
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.31 0.23 0.29 0.06 0.23 0.17 0.26 0.08 0.00 0.02 0.34 0.16 0.14 0.43 0.89 0.52
O3' 0.26 0.21 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.16 0.02 0.14 0.15 0.29 0.02 0.00 0.07 0.17 0.25 0.03 0.38 0.01
O4 0.01 0.00 0.07 0.16 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.07 0.00 0.02 0.04 0.64 0.19 0.08
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.16 0.17 0.02 0.00 0.06 0.05 0.21 0.06
O5' 0.10 0.05 0.23 0.12 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04 0.14 0.25 0.04 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.00 0.30 0.39 0.16 0.57 0.17 0.59 0.27 0.42 0.25 0.45 0.21 0.43 0.03 0.64 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.09 0.83 0.47 0.14 0.04 0.25 0.06 0.17 0.04 0.00 0.19 0.89 0.38 0.19 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.06 0.53 0.17 0.06 0.04 0.10 0.00 0.05 0.05 0.00 0.10 0.52 0.01 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 1.87 0.14 0.43 2.48 0.90 1.83 1.11 1.22 1.17 2.53 2.98 1.79 0.13 0.58 0.31 0.56 1.25 0.03 0.61
C2 0.46 1.85 0.21 0.31 2.85 0.64 2.36 0.61 1.66 1.36 2.62 3.42 1.49 0.04 0.64 0.07 0.00 0.52 0.77 0.10
C2' 0.46 1.89 0.25 0.35 2.44 0.86 1.82 1.13 1.23 1.21 2.50 2.93 1.85 0.32 0.52 0.26 0.57 1.37 0.05 0.70
C3' 0.16 1.64 0.08 0.74 2.06 1.24 1.34 1.64 0.78 0.87 2.22 2.54 1.73 0.04 0.86 0.59 1.15 2.07 0.73 1.36
C4 0.45 1.54 0.23 0.23 2.47 0.47 2.25 0.32 1.69 1.28 2.14 2.79 1.06 0.01 0.63 0.03 0.28 0.13 1.02 0.42
C4' 0.27 1.75 0.04 0.57 2.02 1.11 1.28 1.55 0.76 0.94 2.28 2.44 1.92 0.16 0.59 0.50 1.10 1.97 0.72 1.31
C5 0.38 1.54 0.17 0.37 2.10 0.72 1.77 0.71 1.31 1.13 2.01 2.35 1.27 0.11 0.65 0.18 0.15 0.66 0.44 0.11
C5' 0.18 1.54 0.00 0.63 1.57 1.22 0.85 1.79 0.43 0.72 1.93 1.90 1.84 0.22 0.54 0.63 1.39 2.34 1.16 1.71
C6 0.36 1.70 0.14 0.44 2.18 0.87 1.68 0.99 1.18 1.11 2.22 2.50 1.56 0.14 0.63 0.29 0.44 1.04 0.12 0.46
N1 0.40 1.84 0.17 0.39 2.55 0.80 1.99 0.90 1.38 1.24 2.51 3.01 1.64 0.11 0.62 0.22 0.33 0.94 0.31 0.32
N3 0.47 1.71 0.23 0.23 2.82 0.49 2.49 0.36 1.80 1.37 2.45 3.33 1.23 0.01 0.63 0.04 0.27 0.16 1.10 0.44
O2 0.47 1.90 0.22 0.29 3.01 0.61 2.50 0.58 1.74 1.40 2.73 3.69 1.52 0.02 0.64 0.03 0.05 0.47 0.88 0.17
O2' 0.51 1.94 0.38 0.23 2.62 0.77 2.01 1.02 1.38 1.29 2.60 3.17 1.82 0.43 0.41 0.21 0.41 1.16 0.22 0.49
O3' 0.31 1.88 0.04 0.67 2.37 1.14 1.60 1.57 0.98 1.07 2.52 2.92 1.94 0.14 0.82 0.44 1.08 2.08 0.66 1.32
O4 0.43 1.26 0.25 0.12 2.28 0.27 2.30 0.00 1.78 1.21 1.80 2.56 0.68 0.07 0.58 0.14 0.62 0.32 1.42 0.83
O4' 0.33 1.85 0.11 0.47 2.22 0.97 1.52 1.29 0.97 1.07 2.42 2.64 1.93 0.15 0.51 0.39 0.81 1.53 0.33 0.92
O5' 0.21 1.48 0.03 0.63 1.47 1.21 0.81 1.78 0.43 0.71 1.80 1.74 1.76 0.30 0.58 0.60 1.36 2.32 1.14 1.68
OP1 0.84 0.19 0.99 1.67 0.04 2.25 0.58 2.94 0.88 0.52 0.41 0.26 0.57 0.54 1.52 1.64 2.59 3.60 2.51 2.98
OP2 1.00 0.15 0.90 1.51 0.24 2.32 0.35 2.82 0.75 0.54 0.48 0.53 0.37 0.46 1.29 1.90 2.28 2.89 1.87 2.45
P 0.42 0.68 0.46 1.12 0.60 1.83 0.02 2.47 0.35 0.03 0.94 0.84 1.00 0.03 0.95 1.29 2.03 2.91 1.82 2.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.00 0.00 0.08 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.16 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.08 0.20 0.23 0.10 0.11
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.00 0.15 0.14 0.19 0.00 0.11 0.02 0.30 0.00 0.01 0.02 0.29 0.11 0.38 0.30
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.25 0.01 0.22 0.01 0.18 0.16 0.24 0.26 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.19 0.06 0.05
C4 0.00 0.01 0.02 0.25 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.06 0.02 0.34 0.30 0.21 0.24
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.15 0.07 0.06 0.12 0.04 0.21 0.00 0.01 0.00 0.17 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.15 0.22 0.00 0.16 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.42 0.09 0.10 0.36 0.28 0.15 0.23
C5' 0.03 0.02 0.14 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.16 0.05 0.07 0.14 0.04 0.05 0.16 0.01 0.00 0.14 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.19 0.18 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.05 0.13 0.29 0.22 0.03 0.14
N1 0.00 0.00 0.00 0.16 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.06 0.00 0.17 0.18 0.01 0.07
N3 0.01 0.00 0.11 0.24 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.01 0.05 0.28 0.28 0.19 0.19
N4 0.00 0.00 0.02 0.26 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.08 0.02 0.37 0.33 0.27 0.28
O2 0.01 0.00 0.30 0.16 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.17 0.15 0.13 0.19 0.08 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.32 0.21 0.42 0.05 0.38 0.17 0.17 0.36 0.17 0.00 0.01 0.14 0.25 0.05 0.47 0.28
O3' 0.22 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.16 0.05 0.06 0.01 0.08 0.17 0.01 0.00 0.14 0.13 0.55 0.32 0.31
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.05 0.02 0.15 0.14 0.14 0.00 0.09 0.14 0.04 0.01
O5' 0.00 0.20 0.29 0.03 0.34 0.00 0.36 0.00 0.29 0.17 0.28 0.37 0.13 0.25 0.13 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.23 0.11 0.19 0.30 0.17 0.28 0.14 0.22 0.18 0.28 0.33 0.19 0.05 0.55 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.10 0.38 0.06 0.21 0.01 0.15 0.02 0.03 0.01 0.19 0.27 0.08 0.47 0.32 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.30 0.05 0.24 0.01 0.23 0.00 0.14 0.07 0.19 0.28 0.06 0.28 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00