ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49203

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
OP1 A 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O4' A 0, 0.000, 0.492, 0.983, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.492 std_dev=0.492
O2' B 0, 0.000, 0.532, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.532 std_dev=0.532
C2' A 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C2' B 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
C4' A 0, 0.000, 0.619, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.619 std_dev=0.619
P A 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
O2' A 0, 0.000, 0.803, 1.606, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.803 std_dev=0.803
C3' A 0, 0.000, 0.847, 1.694, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.847 std_dev=0.847
OP2 A 0, 0.000, 0.991, 1.981, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.991 std_dev=0.991
C3' B 0, 0.000, 1.036, 2.073, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.036 std_dev=1.036
O5' A 0, 0.000, 1.094, 2.189, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.094 std_dev=1.094
C5' A 0, 0.000, 1.178, 2.357, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.178 std_dev=1.178
O3' A 0, 0.000, 1.284, 2.567, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.284 std_dev=1.284
O3' B 0, 0.000, 1.696, 3.393, 3.393 max_d=3.393 avg_d=1.696 std_dev=1.696
C1' B 0, 0.000, 1.859, 3.719, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.859 std_dev=1.859
C4' B 0, 0.000, 1.871, 3.742, 3.742 max_d=3.742 avg_d=1.871 std_dev=1.871
O4' B 0, 0.000, 2.222, 4.445, 4.445 max_d=4.445 avg_d=2.222 std_dev=2.222
C5' B 0, 0.000, 2.264, 4.528, 4.528 max_d=4.528 avg_d=2.264 std_dev=2.264
C6 B 0, 0.000, 2.445, 4.890, 4.890 max_d=4.890 avg_d=2.445 std_dev=2.445
N1 B 0, 0.000, 2.708, 5.415, 5.415 max_d=5.415 avg_d=2.708 std_dev=2.708
O5' B 0, 0.000, 2.948, 5.896, 5.896 max_d=5.896 avg_d=2.948 std_dev=2.948
C5 B 0, 0.000, 3.358, 6.716, 6.716 max_d=6.716 avg_d=3.358 std_dev=3.358
OP2 B 0, 0.000, 3.370, 6.739, 6.739 max_d=6.739 avg_d=3.370 std_dev=3.370
P B 0, 0.000, 3.817, 7.634, 7.634 max_d=7.634 avg_d=3.817 std_dev=3.817
C2 B 0, 0.000, 3.949, 7.897, 7.897 max_d=7.897 avg_d=3.949 std_dev=3.949
O2 B 0, 0.000, 4.233, 8.465, 8.465 max_d=8.465 avg_d=4.233 std_dev=4.233
C4 B 0, 0.000, 4.649, 9.298, 9.298 max_d=9.298 avg_d=4.649 std_dev=4.649
N3 B 0, 0.000, 4.906, 9.812, 9.812 max_d=9.812 avg_d=4.906 std_dev=4.906
OP1 B 0, 0.000, 4.981, 9.961, 9.961 max_d=9.961 avg_d=4.981 std_dev=4.981
N4 B 0, 0.000, 5.690, 11.380, 11.380 max_d=11.380 avg_d=5.690 std_dev=5.690

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.04 0.68 0.27
C2 0.02 0.00 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.05 0.02 0.02 0.40 0.03 0.52 0.09
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.13 0.02 0.04 0.21 0.00 0.00 0.04 0.01 0.30 0.28 0.29 0.03
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.01 0.29 0.02 0.30 0.11 0.04 0.18 0.00 0.01 0.18 0.01 0.37 0.51 0.01 0.25
C4 0.00 0.01 0.04 0.17 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.21 0.00 0.02 0.60 0.05 0.33 0.07
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.15 0.05 0.02 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.20 0.45 0.13
C5 0.00 0.02 0.12 0.29 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.35 0.00 0.03 0.65 0.04 0.35 0.09
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.15 0.01 0.24 0.00 0.24 0.10 0.07 0.05 0.07 0.04 0.16 0.00 0.01 0.29 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.30 0.01 0.15 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.33 0.01 0.03 0.59 0.03 0.51 0.02
N1 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.00 0.41 0.03 0.58 0.12
N3 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.05 0.01 0.00 0.50 0.05 0.43 0.01
O2 0.02 0.00 0.21 0.18 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.24 0.24 0.03 0.03 0.30 0.03 0.55 0.14
O2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.10 0.24 0.00 0.04 0.03 0.07 0.19 0.32 0.32 0.02
O3' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.21 0.01 0.35 0.04 0.33 0.10 0.05 0.24 0.04 0.00 0.23 0.00 0.33 0.77 0.27 0.42
O4 0.01 0.02 0.04 0.18 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.23 0.00 0.02 0.63 0.06 0.24 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.17 0.89 0.45
O5' 0.17 0.40 0.30 0.37 0.60 0.02 0.65 0.01 0.59 0.41 0.50 0.30 0.19 0.33 0.63 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.03 0.28 0.51 0.05 0.20 0.04 0.29 0.03 0.03 0.05 0.03 0.32 0.77 0.06 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.68 0.52 0.29 0.01 0.33 0.45 0.35 0.30 0.51 0.58 0.43 0.55 0.32 0.27 0.24 0.89 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.27 0.09 0.03 0.25 0.07 0.13 0.09 0.02 0.02 0.12 0.01 0.14 0.02 0.42 0.12 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 1.12 0.27 0.11 1.43 0.76 1.10 0.89 0.77 0.74 1.44 1.67 1.08 0.33 0.11 0.45 0.94 1.76 0.77 1.22
C2 0.07 1.16 0.25 0.32 1.61 1.06 1.22 1.21 0.78 0.72 1.58 1.91 1.07 0.36 0.41 0.72 1.36 2.31 1.16 1.68
C2' 0.08 0.83 0.08 0.25 1.22 0.93 0.90 1.03 0.54 0.47 1.19 1.50 0.75 0.14 0.20 0.71 1.13 1.92 0.94 1.41
C3' 0.46 0.25 0.26 0.44 0.62 1.11 0.41 1.15 0.12 0.00 0.55 0.86 0.13 0.20 0.33 0.99 1.21 1.87 0.98 1.44
C4 0.16 0.74 0.21 0.38 1.21 1.18 0.96 1.26 0.57 0.43 1.10 1.43 0.58 0.37 0.45 0.97 1.44 2.23 1.13 1.68
C4' 0.20 0.43 0.11 0.25 0.73 0.85 0.54 0.90 0.30 0.21 0.68 0.92 0.34 0.08 0.15 0.68 0.88 1.51 0.66 1.09
C5 0.16 0.56 0.20 0.23 0.93 1.00 0.77 0.99 0.48 0.35 0.83 1.08 0.40 0.36 0.24 0.86 1.10 1.72 0.77 1.27
C5' 0.54 0.13 0.42 0.42 0.17 0.98 0.09 0.97 0.09 0.22 0.07 0.31 0.28 0.40 0.27 0.91 0.90 1.40 0.63 1.05
C6 0.01 0.74 0.22 0.15 1.06 0.86 0.86 0.88 0.58 0.49 1.01 1.23 0.62 0.34 0.14 0.66 0.95 1.62 0.68 1.15
N1 0.08 1.02 0.24 0.21 1.38 0.91 1.07 1.02 0.71 0.66 1.36 1.61 0.94 0.34 0.24 0.62 1.10 1.92 0.88 1.37
N3 0.03 1.04 0.24 0.39 1.54 1.16 1.18 1.31 0.72 0.62 1.47 1.84 0.91 0.37 0.49 0.86 1.50 2.46 1.28 1.82
O2 0.12 1.31 0.26 0.35 1.80 1.06 1.34 1.27 0.85 0.80 1.79 2.16 1.25 0.36 0.45 0.68 1.43 2.48 1.29 1.80
O2' 0.17 1.18 0.23 0.12 1.57 0.76 1.19 0.89 0.80 0.75 1.57 1.89 1.14 0.26 0.09 0.46 0.99 1.84 0.86 1.30
O3' 0.56 0.11 0.36 0.49 0.49 1.15 0.29 1.18 0.00 0.12 0.41 0.73 0.01 0.30 0.34 1.06 1.27 1.91 1.05 1.51
O4 0.27 0.58 0.18 0.45 1.10 1.26 0.89 1.37 0.47 0.30 0.95 1.32 0.40 0.35 0.54 1.11 1.64 2.43 1.29 1.89
O4' 0.14 0.87 0.18 0.08 1.13 0.68 0.89 0.78 0.63 0.59 1.12 1.31 0.81 0.23 0.05 0.41 0.75 1.46 0.55 0.98
O5' 0.79 0.48 0.63 0.53 0.28 1.11 0.33 1.10 0.46 0.55 0.34 0.17 0.59 0.60 0.25 1.12 1.05 1.46 0.83 1.20
OP1 0.24 0.42 0.01 0.36 0.22 0.12 0.05 0.04 0.03 0.21 0.40 0.22 0.67 0.02 0.72 0.33 0.07 0.16 0.32 0.02
OP2 0.39 0.39 0.01 0.20 0.13 0.40 0.03 0.31 0.07 0.26 0.31 0.09 0.63 0.15 0.54 0.62 0.39 0.68 0.15 0.50
P 0.48 0.44 0.25 0.01 0.24 0.53 0.16 0.47 0.20 0.35 0.37 0.19 0.64 0.22 0.33 0.66 0.44 0.73 0.22 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.11 0.02 0.21 0.01 0.35 0.36 0.25 0.29
C2 0.06 0.00 0.21 0.27 0.02 0.07 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.56 0.45 0.57 0.47
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.15 0.15 0.03 0.17 0.05 0.38 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.17 0.03
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.30 0.01 0.25 0.01 0.20 0.20 0.31 0.33 0.29 0.03 0.01 0.02 0.03 0.17 0.12 0.02
C4 0.03 0.02 0.04 0.30 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.22 0.17 0.00 0.71 0.57 0.79 0.60
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.07 0.07 0.09 0.09 0.27 0.00 0.01 0.02 0.21 0.05 0.03
C5 0.01 0.03 0.10 0.25 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.32 0.17 0.06 0.76 0.65 0.82 0.65
C5' 0.05 0.03 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.09 0.20 0.01 0.01 0.35 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.20 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.30 0.10 0.10 0.73 0.63 0.69 0.61
N1 0.01 0.02 0.03 0.20 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.13 0.00 0.01 0.58 0.50 0.53 0.48
N3 0.05 0.01 0.17 0.31 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.63 0.49 0.68 0.52
N4 0.03 0.01 0.05 0.33 0.00 0.09 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.21 0.00 0.74 0.59 0.88 0.63
O2 0.11 0.01 0.38 0.29 0.02 0.09 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.22 0.01 0.05 0.49 0.39 0.51 0.41
O2' 0.02 0.00 0.00 0.03 0.22 0.27 0.32 0.09 0.30 0.13 0.08 0.23 0.22 0.00 0.02 0.18 0.15 0.38 0.11 0.13
O3' 0.21 0.03 0.00 0.01 0.17 0.00 0.17 0.20 0.10 0.00 0.11 0.21 0.01 0.02 0.00 0.16 0.04 0.24 0.04 0.04
O4' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.04 0.00 0.05 0.18 0.16 0.00 0.40 0.40 0.32 0.35
O5' 0.35 0.56 0.03 0.03 0.71 0.02 0.76 0.01 0.73 0.58 0.63 0.74 0.49 0.15 0.04 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.36 0.45 0.16 0.17 0.57 0.21 0.65 0.35 0.63 0.50 0.49 0.59 0.39 0.38 0.24 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.57 0.17 0.12 0.79 0.05 0.82 0.11 0.69 0.53 0.68 0.88 0.51 0.11 0.04 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.29 0.47 0.03 0.02 0.60 0.03 0.65 0.02 0.61 0.48 0.52 0.63 0.41 0.13 0.04 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00