ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 7, 23, 29, 18, 16, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.016, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.007, 0.032, 0.058, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.032 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.023, 0.059, 0.096, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.059 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.006, 0.109, 0.212, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.109 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.023, 0.143, 0.264, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.143 std_dev=0.121
P B 0, 0.268, 0.404, 0.539, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.404 std_dev=0.136
C4' A 0, 0.007, 0.195, 0.383, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.195 std_dev=0.188
OP2 B 0, 0.216, 0.428, 0.641, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.428 std_dev=0.212
OP1 B 0, 0.323, 0.553, 0.783, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.553 std_dev=0.230
O2' A 0, -0.012, 0.259, 0.530, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.259 std_dev=0.271
C5' A 0, 0.020, 0.300, 0.580, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.300 std_dev=0.280
C3' A 0, -0.104, 0.250, 0.604, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.250 std_dev=0.354
O5' B 0, 0.278, 0.678, 1.077, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.678 std_dev=0.400
O3' B 0, 0.045, 0.588, 1.131, 4.316 max_d=4.316 avg_d=0.588 std_dev=0.543
C3' B 0, 0.165, 0.745, 1.325, 4.156 max_d=4.156 avg_d=0.745 std_dev=0.580
O5' A 0, -0.220, 0.416, 1.051, 3.911 max_d=3.911 avg_d=0.416 std_dev=0.636
O3' A 0, -0.278, 0.396, 1.069, 3.741 max_d=3.741 avg_d=0.396 std_dev=0.673
P A 0, -0.207, 0.590, 1.386, 5.156 max_d=5.156 avg_d=0.590 std_dev=0.796
O2' B 0, -0.022, 0.787, 1.597, 6.523 max_d=6.523 avg_d=0.787 std_dev=0.810
C4' B 0, 0.294, 1.113, 1.932, 3.299 max_d=3.299 avg_d=1.113 std_dev=0.819
C5' B 0, 0.124, 0.984, 1.845, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.984 std_dev=0.860
OP1 A 0, -0.197, 0.715, 1.627, 5.579 max_d=5.579 avg_d=0.715 std_dev=0.912
C2' B 0, 0.139, 1.079, 2.020, 6.384 max_d=6.384 avg_d=1.079 std_dev=0.940
OP2 A 0, -0.240, 0.744, 1.728, 6.161 max_d=6.161 avg_d=0.744 std_dev=0.984
O4' B 0, 0.162, 1.705, 3.247, 5.321 max_d=5.321 avg_d=1.705 std_dev=1.542
C1' B 0, 0.192, 1.781, 3.369, 6.765 max_d=6.765 avg_d=1.781 std_dev=1.589
C8 B 0, 2.051, 3.646, 5.241, 10.543 max_d=10.543 avg_d=3.646 std_dev=1.595
N9 B 0, 0.349, 2.450, 4.550, 8.840 max_d=8.840 avg_d=2.450 std_dev=2.101
N7 B 0, 1.873, 4.250, 6.626, 12.706 max_d=12.706 avg_d=4.250 std_dev=2.377
N3 B 0, 1.652, 4.528, 7.404, 12.110 max_d=12.110 avg_d=4.528 std_dev=2.876
C4 B 0, -0.072, 3.025, 6.121, 11.051 max_d=11.051 avg_d=3.025 std_dev=3.097
C5 B 0, -0.242, 3.375, 6.992, 12.574 max_d=12.574 avg_d=3.375 std_dev=3.617
C2 B 0, 2.051, 5.692, 9.333, 14.590 max_d=14.590 avg_d=5.692 std_dev=3.641
N2 B 0, 3.461, 7.379, 11.297, 16.113 max_d=16.113 avg_d=7.379 std_dev=3.918
N1 B 0, 0.915, 5.367, 9.820, 15.835 max_d=15.835 avg_d=5.367 std_dev=4.453
C6 B 0, -0.855, 3.933, 8.722, 14.750 max_d=14.750 avg_d=3.933 std_dev=4.789
O6 B 0, -0.892, 4.468, 9.828, 16.707 max_d=16.707 avg_d=4.468 std_dev=5.360

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.17 0.00 0.19 0.16 0.14 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.10 0.02 0.37 0.34 0.38 0.35
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.06 0.02 0.04 0.04 0.11 0.00 0.02 0.01 0.07 0.19 0.26 0.12
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.19 0.00 0.21 0.02 0.19 0.11 0.15 0.20 0.11 0.02 0.01 0.01 0.07 0.21 0.18 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.08 0.03 0.55 0.58 0.70 0.60
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.09 0.05 0.14 0.02 0.00 0.01 0.12 0.15 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.59 0.63 0.74 0.65
C5' 0.06 0.07 0.12 0.02 0.14 0.00 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.16 0.07 0.05 0.11 0.01 0.01 0.18 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.19 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.52 0.51 0.53 0.52
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.37 0.34 0.34 0.34
N3 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.07 0.03 0.46 0.46 0.54 0.48
N4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.10 0.04 0.58 0.66 0.81 0.67
O2 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.19 0.04 0.28 0.24 0.26 0.25
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.16 0.14 0.12 0.05 0.09 0.09 0.18 0.17 0.20 0.00 0.04 0.11 0.08 0.20 0.30 0.12
O3' 0.17 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.12 0.11 0.10 0.06 0.07 0.10 0.19 0.04 0.00 0.13 0.11 0.33 0.24 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.11 0.13 0.00 0.17 0.18 0.09 0.15
O5' 0.19 0.37 0.07 0.07 0.55 0.01 0.59 0.01 0.52 0.37 0.46 0.58 0.28 0.08 0.11 0.17 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.16 0.34 0.19 0.21 0.58 0.12 0.63 0.18 0.51 0.34 0.46 0.66 0.24 0.20 0.33 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.38 0.26 0.18 0.70 0.15 0.74 0.19 0.53 0.34 0.54 0.81 0.26 0.30 0.24 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.35 0.12 0.10 0.60 0.03 0.65 0.01 0.52 0.34 0.48 0.67 0.25 0.12 0.17 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.18 2.91 0.83 0.42 2.47 0.42 2.87 0.27 3.26 2.13 3.26 2.84 2.46 2.64 1.92 0.32 0.34 0.95 0.20 3.43 0.25 0.14 0.16
C2 1.32 2.85 0.75 0.41 2.68 0.41 3.42 0.27 3.82 2.81 3.47 2.69 2.39 3.47 2.24 0.26 0.29 1.08 0.21 4.22 0.21 0.13 0.12
C2' 1.03 2.89 0.73 0.29 2.33 0.36 2.77 0.34 3.25 1.96 3.29 2.91 2.37 2.52 1.76 0.26 0.24 0.84 0.22 3.51 0.25 0.16 0.15
C3' 0.70 2.34 0.57 0.30 1.84 0.32 2.19 0.40 2.61 1.45 2.66 2.38 1.89 1.94 1.32 0.26 0.46 0.57 0.31 2.83 0.34 0.33 0.28
C4 1.12 2.00 0.54 0.34 2.11 0.33 2.88 0.25 2.98 2.83 2.48 2.00 1.71 3.34 1.99 0.20 0.27 0.97 0.19 3.38 0.19 0.13 0.10
C4' 0.66 2.14 0.64 0.32 1.66 0.26 1.85 0.26 2.18 1.18 2.31 2.22 1.79 1.57 1.17 0.33 0.42 0.53 0.18 2.28 0.27 0.21 0.16
C5 0.96 1.64 0.50 0.33 1.79 0.30 2.38 0.25 2.39 2.45 1.99 1.65 1.43 2.77 1.74 0.20 0.29 0.85 0.19 2.66 0.22 0.14 0.14
C5' 0.35 1.35 0.46 0.34 1.01 0.30 1.15 0.32 1.39 0.67 1.47 1.40 1.10 0.96 0.67 0.40 0.51 0.38 0.24 1.47 0.32 0.27 0.21
C6 1.02 1.93 0.63 0.39 1.99 0.34 2.46 0.26 2.55 2.24 2.28 1.81 1.70 2.60 1.78 0.23 0.32 0.86 0.20 2.74 0.24 0.14 0.16
N1 1.20 2.61 0.76 0.41 2.45 0.40 3.00 0.27 3.28 2.45 3.06 2.45 2.23 2.97 2.04 0.27 0.32 0.98 0.20 3.51 0.23 0.14 0.14
N3 1.28 2.53 0.65 0.38 2.51 0.39 3.34 0.26 3.64 2.97 3.14 2.41 2.13 3.62 2.21 0.23 0.27 1.07 0.20 4.12 0.19 0.12 0.10
N4 1.03 1.78 0.44 0.29 1.87 0.29 2.67 0.23 2.73 2.84 2.18 1.97 1.49 3.31 1.86 0.20 0.26 0.91 0.18 3.19 0.16 0.12 0.09
O2 1.39 3.25 0.80 0.42 2.87 0.44 3.63 0.28 4.21 2.83 3.95 3.12 2.66 3.56 2.32 0.29 0.29 1.13 0.21 4.70 0.21 0.13 0.12
O2' 1.09 3.20 0.78 0.32 2.45 0.39 2.85 0.32 3.43 1.93 3.57 3.36 2.59 2.52 1.80 0.34 0.28 0.89 0.22 3.70 0.27 0.17 0.17
O3' 0.65 2.43 0.56 0.27 1.81 0.28 2.16 0.38 2.66 1.36 2.76 2.54 1.91 1.87 1.25 0.31 0.50 0.52 0.26 2.90 0.33 0.30 0.22
O4' 1.00 2.46 0.83 0.45 2.06 0.40 2.26 0.24 2.54 1.63 2.61 2.44 2.15 2.00 1.58 0.41 0.42 0.80 0.18 2.60 0.26 0.14 0.17
O5' 0.42 1.02 0.46 0.65 0.85 0.64 1.07 0.70 1.25 0.75 1.22 0.99 0.80 1.00 0.62 0.42 0.77 0.54 0.69 1.38 0.67 0.70 0.66
OP1 0.82 0.37 0.61 0.88 0.32 0.99 0.33 1.00 0.39 0.55 0.42 0.49 0.34 0.43 0.53 0.62 1.08 0.97 0.91 0.49 1.01 0.87 0.89
OP2 0.73 0.48 0.57 0.82 0.56 1.05 0.77 1.10 0.82 0.81 0.64 0.48 0.49 0.93 0.61 0.62 0.85 0.92 1.04 0.99 1.15 1.06 1.05
P 0.71 0.39 0.59 0.87 0.45 0.97 0.57 0.97 0.64 0.57 0.55 0.31 0.36 0.63 0.52 0.57 1.01 0.88 0.91 0.76 0.93 0.86 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.34 0.01 0.33 0.02 0.58 0.54 0.47
C2 0.04 0.00 0.37 0.43 0.01 0.70 0.01 1.55 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.50 1.10 0.01 1.39 1.10 1.23
C2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.18 0.02 0.07 0.24 0.13 0.22 0.27 0.46 0.38 0.15 0.04 0.00 0.04 0.03 0.27 0.09 0.52 0.28 0.46
C3' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.26 0.01 0.34 0.02 0.34 0.49 0.35 0.56 0.41 0.48 0.24 0.02 0.01 0.02 0.11 0.38 0.19 0.11 0.14
C4 0.02 0.01 0.18 0.26 0.00 0.31 0.00 0.73 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.09 0.27 0.37 0.01 0.51 0.74 0.22
C4' 0.01 0.70 0.02 0.01 0.31 0.00 0.16 0.01 0.28 0.43 0.52 0.90 0.67 0.31 0.10 0.30 0.03 0.00 0.01 0.22 0.20 0.03 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.34 0.00 0.16 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.14 0.13 0.67 0.01 0.67 1.38 0.72
C5' 0.11 1.55 0.24 0.02 0.73 0.01 0.44 0.00 0.72 0.58 1.21 1.95 1.42 0.40 0.17 0.13 0.21 0.02 0.01 0.59 0.09 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.28 0.01 0.72 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.16 0.23 0.54 0.01 0.51 1.20 0.43
C8 0.02 0.01 0.22 0.49 0.01 0.43 0.01 0.58 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.37 0.17 0.27 1.48 0.02 1.58 2.17 1.77
N1 0.03 0.00 0.27 0.35 0.01 0.52 0.01 1.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.13 0.39 0.72 0.01 0.93 0.88 0.69
N2 0.05 0.01 0.46 0.56 0.01 0.90 0.01 1.95 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.60 1.66 0.01 2.10 1.82 2.01
N3 0.04 0.01 0.38 0.41 0.01 0.67 0.01 1.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.16 0.50 0.95 0.01 1.16 0.87 1.00
N7 0.02 0.01 0.15 0.48 0.01 0.31 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.21 0.13 1.34 0.02 1.44 2.26 1.65
N9 0.00 0.02 0.04 0.24 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.13 0.01 0.66 0.01 0.76 1.10 0.77
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.18 0.30 0.30 0.13 0.29 0.37 0.20 0.24 0.15 0.39 0.21 0.00 0.05 0.20 0.22 0.35 0.43 0.27 0.40
O3' 0.34 0.13 0.04 0.01 0.09 0.03 0.14 0.21 0.16 0.17 0.13 0.18 0.16 0.21 0.13 0.05 0.00 0.25 0.12 0.22 0.39 0.21 0.19
O4' 0.01 0.50 0.03 0.02 0.27 0.00 0.13 0.02 0.23 0.27 0.39 0.60 0.50 0.13 0.01 0.20 0.25 0.00 0.37 0.17 0.56 0.51 0.45
O5' 0.33 1.10 0.27 0.11 0.37 0.01 0.67 0.01 0.54 1.48 0.72 1.66 0.95 1.34 0.66 0.22 0.12 0.37 0.00 0.68 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.38 0.01 0.22 0.01 0.59 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.35 0.22 0.17 0.68 0.00 0.61 1.55 0.70
OP1 0.58 1.39 0.52 0.19 0.51 0.20 0.67 0.09 0.51 1.58 0.93 2.10 1.16 1.44 0.76 0.43 0.39 0.56 0.02 0.61 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 1.10 0.28 0.11 0.74 0.03 1.38 0.10 1.20 2.17 0.88 1.82 0.87 2.26 1.10 0.27 0.21 0.51 0.01 1.55 0.01 0.00 0.01
P 0.47 1.23 0.46 0.14 0.22 0.08 0.72 0.02 0.43 1.77 0.69 2.01 1.00 1.65 0.77 0.40 0.19 0.45 0.00 0.70 0.01 0.01 0.00