ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49215

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 15, 6, 11, 20, 8, 0, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.021, 0.036, 0.051, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.025, 0.044, 0.064, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.044 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.051, 0.126, 0.201, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.126 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.137, 0.219, 0.302, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.219 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.084, 0.261, 0.438, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.261 std_dev=0.177
OP2 B 0, 0.256, 0.434, 0.612, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.434 std_dev=0.178
P B 0, 0.232, 0.456, 0.680, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.456 std_dev=0.224
OP1 B 0, 0.251, 0.523, 0.795, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.523 std_dev=0.272
C5' A 0, 0.162, 0.437, 0.712, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.437 std_dev=0.275
O2' A 0, 0.065, 0.376, 0.688, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.376 std_dev=0.312
C3' A 0, 0.003, 0.450, 0.896, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.450 std_dev=0.446
O3' B 0, 0.411, 1.056, 1.701, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.056 std_dev=0.645
O5' B 0, 0.252, 0.968, 1.684, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.968 std_dev=0.716
O2' B 0, 0.398, 1.127, 1.856, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.127 std_dev=0.729
O5' A 0, -0.066, 0.698, 1.461, 3.410 max_d=3.410 avg_d=0.698 std_dev=0.764
C3' B 0, 0.311, 1.164, 2.018, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.164 std_dev=0.853
O3' A 0, -0.096, 0.794, 1.683, 3.746 max_d=3.746 avg_d=0.794 std_dev=0.890
P A 0, 0.131, 1.189, 2.246, 4.669 max_d=4.669 avg_d=1.189 std_dev=1.057
OP1 A 0, 0.183, 1.350, 2.516, 5.219 max_d=5.219 avg_d=1.350 std_dev=1.167
C2' B 0, 0.273, 1.460, 2.648, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.460 std_dev=1.188
OP2 A 0, 0.193, 1.480, 2.766, 5.375 max_d=5.375 avg_d=1.480 std_dev=1.287
C5' B 0, 0.275, 1.658, 3.041, 3.439 max_d=3.439 avg_d=1.658 std_dev=1.383
C4' B 0, 0.246, 1.809, 3.372, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.809 std_dev=1.563
O4' B 0, 0.169, 2.279, 4.388, 5.104 max_d=5.104 avg_d=2.279 std_dev=2.110
C1' B 0, 0.113, 2.300, 4.488, 5.132 max_d=5.132 avg_d=2.300 std_dev=2.188
C8 B 0, 0.092, 2.786, 5.480, 6.090 max_d=6.090 avg_d=2.786 std_dev=2.694
N9 B 0, -0.002, 2.820, 5.642, 6.298 max_d=6.298 avg_d=2.820 std_dev=2.822
N7 B 0, 0.063, 3.724, 7.385, 8.154 max_d=8.154 avg_d=3.724 std_dev=3.661
C4 B 0, -0.024, 3.803, 7.629, 8.433 max_d=8.433 avg_d=3.803 std_dev=3.827
N3 B 0, 0.104, 4.311, 8.518, 9.396 max_d=9.396 avg_d=4.311 std_dev=4.207
C5 B 0, -0.039, 4.313, 8.664, 9.555 max_d=9.555 avg_d=4.313 std_dev=4.351
C2 B 0, 0.126, 5.290, 10.455, 11.508 max_d=11.508 avg_d=5.290 std_dev=5.165
C6 B 0, -0.019, 5.434, 10.887, 11.963 max_d=11.963 avg_d=5.434 std_dev=5.453
N2 B 0, 0.244, 5.905, 11.565, 12.745 max_d=12.745 avg_d=5.905 std_dev=5.660
N1 B 0, 0.053, 5.825, 11.596, 12.713 max_d=12.713 avg_d=5.825 std_dev=5.771
O6 B 0, 0.001, 6.120, 12.239, 13.441 max_d=13.441 avg_d=6.120 std_dev=6.119

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.00 0.24 0.23 0.11 0.20
C2 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.15 0.02 0.47 0.46 0.43 0.47
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.15 0.04 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.24 0.07
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.23 0.00 0.26 0.01 0.24 0.14 0.17 0.25 0.08 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.15 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.07 0.02 0.69 0.76 0.83 0.77
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.06 0.09 0.03 0.18 0.02 0.00 0.01 0.15 0.16 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.26 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.03 0.74 0.82 0.89 0.82
C5' 0.07 0.07 0.15 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.16 0.07 0.05 0.15 0.01 0.01 0.24 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.24 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.65 0.67 0.63 0.67
N1 0.00 0.01 0.01 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.01 0.48 0.46 0.39 0.46
N3 0.01 0.00 0.04 0.17 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.08 0.02 0.59 0.60 0.64 0.62
N4 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.09 0.03 0.73 0.85 0.96 0.85
O2 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.27 0.02 0.35 0.31 0.28 0.33
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.22 0.18 0.15 0.05 0.10 0.13 0.25 0.23 0.27 0.00 0.04 0.14 0.12 0.15 0.27 0.06
O3' 0.23 0.15 0.02 0.01 0.07 0.02 0.13 0.15 0.10 0.09 0.08 0.09 0.27 0.04 0.00 0.17 0.14 0.34 0.24 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.17 0.00 0.20 0.25 0.08 0.19
O5' 0.24 0.47 0.08 0.11 0.69 0.01 0.74 0.01 0.65 0.48 0.59 0.73 0.35 0.12 0.14 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.23 0.46 0.09 0.17 0.76 0.15 0.82 0.24 0.67 0.46 0.60 0.85 0.31 0.15 0.34 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.43 0.24 0.15 0.83 0.16 0.89 0.26 0.63 0.39 0.64 0.96 0.28 0.27 0.24 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.47 0.07 0.09 0.77 0.01 0.82 0.01 0.67 0.46 0.62 0.85 0.33 0.06 0.21 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.27 3.68 0.86 0.40 2.88 0.36 3.17 0.14 3.72 1.99 3.94 3.76 3.11 2.62 2.06 0.35 0.31 0.89 0.15 3.81 0.21 0.13 0.19
C2 1.35 3.82 0.72 0.38 3.15 0.34 3.73 0.10 4.38 2.41 4.35 3.79 3.18 3.27 2.30 0.24 0.28 0.98 0.10 4.68 0.19 0.12 0.15
C2' 1.07 3.54 0.79 0.32 2.68 0.21 3.05 0.25 3.68 1.88 3.89 3.70 2.90 2.55 1.88 0.35 0.33 0.68 0.23 3.89 0.26 0.14 0.20
C3' 0.75 2.83 0.68 0.43 2.14 0.38 2.46 0.54 2.98 1.49 3.13 2.95 2.30 2.07 1.47 0.36 0.59 0.42 0.49 3.18 0.53 0.39 0.45
C4 1.01 2.78 0.38 0.29 2.45 0.23 3.00 0.16 3.38 2.14 3.22 2.70 2.35 2.87 1.87 0.11 0.29 0.76 0.13 3.66 0.18 0.13 0.15
C4' 0.83 2.59 0.79 0.39 1.98 0.33 2.15 0.32 2.54 1.34 2.73 2.71 2.20 1.78 1.40 0.41 0.46 0.55 0.29 2.62 0.37 0.22 0.28
C5 0.81 2.27 0.30 0.25 2.05 0.17 2.44 0.19 2.69 1.78 2.59 2.19 1.95 2.31 1.58 0.14 0.28 0.59 0.19 2.84 0.20 0.15 0.20
C5' 0.52 1.59 0.66 0.49 1.25 0.48 1.40 0.48 1.64 0.89 1.72 1.63 1.34 1.19 0.89 0.48 0.64 0.43 0.39 1.72 0.49 0.28 0.35
C6 0.95 2.59 0.51 0.31 2.27 0.23 2.59 0.18 2.87 1.79 2.86 2.53 2.25 2.31 1.72 0.15 0.29 0.67 0.20 2.97 0.21 0.15 0.21
N1 1.23 3.42 0.72 0.37 2.85 0.32 3.25 0.13 3.73 2.12 3.78 3.39 2.92 2.80 2.09 0.24 0.29 0.87 0.14 3.87 0.20 0.13 0.18
N3 1.25 3.47 0.57 0.35 2.95 0.31 3.59 0.12 4.17 2.42 4.02 3.41 2.90 3.30 2.19 0.16 0.28 0.93 0.10 4.54 0.18 0.13 0.13
N4 0.87 2.46 0.25 0.26 2.17 0.22 2.72 0.20 3.09 1.98 2.90 2.38 2.05 2.68 1.66 0.14 0.30 0.68 0.15 3.42 0.18 0.15 0.15
O2 1.47 4.31 0.82 0.40 3.39 0.39 4.00 0.09 4.87 2.52 4.93 4.36 3.52 3.44 2.44 0.31 0.28 1.07 0.09 5.27 0.18 0.12 0.14
O2' 1.19 3.86 0.89 0.38 2.81 0.30 3.16 0.17 3.88 1.94 4.18 4.15 3.13 2.63 1.96 0.50 0.40 0.80 0.14 4.11 0.22 0.15 0.14
O3' 0.69 2.85 0.65 0.30 2.12 0.24 2.49 0.45 3.07 1.52 3.21 2.99 2.26 2.12 1.44 0.32 0.57 0.32 0.37 3.32 0.48 0.25 0.31
O4' 1.15 3.08 0.89 0.41 2.44 0.41 2.54 0.19 2.92 1.62 3.16 3.17 2.71 2.07 1.77 0.39 0.33 0.83 0.16 2.92 0.21 0.14 0.20
O5' 0.63 1.29 0.66 0.91 1.07 0.95 1.27 1.06 1.47 0.91 1.48 1.28 1.06 1.15 0.83 0.53 1.01 0.76 1.02 1.58 1.03 0.92 0.99
OP1 1.05 0.26 0.89 1.24 0.55 1.42 0.51 1.47 0.42 0.77 0.27 0.23 0.49 0.67 0.77 0.85 1.46 1.26 1.32 0.51 1.50 1.18 1.32
OP2 0.98 0.56 0.80 1.18 0.74 1.49 0.94 1.60 0.99 1.01 0.80 0.41 0.55 1.09 0.84 0.68 1.19 1.27 1.44 1.15 1.63 1.32 1.46
P 0.97 0.48 0.85 1.22 0.66 1.37 0.76 1.43 0.77 0.87 0.65 0.36 0.51 0.87 0.79 0.76 1.36 1.19 1.30 0.87 1.38 1.15 1.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.30 0.01 0.10 0.02 0.70 0.22 0.27
C2 0.02 0.00 0.39 0.37 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.15 0.46 0.01 0.71 0.92 0.27
C2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.20 0.02 0.08 0.14 0.15 0.19 0.29 0.48 0.39 0.11 0.01 0.00 0.02 0.04 0.36 0.10 0.70 0.30 0.62
C3' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.35 0.01 0.43 0.01 0.46 0.33 0.43 0.34 0.31 0.42 0.27 0.02 0.01 0.02 0.09 0.48 0.12 0.08 0.15
C4 0.01 0.00 0.20 0.35 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.09 0.08 0.48 0.01 0.71 0.85 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.16 0.24 0.09 0.06 0.04 0.25 0.12 0.33 0.02 0.00 0.01 0.20 0.28 0.03 0.10
C5 0.01 0.01 0.08 0.43 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.40 0.17 0.03 0.65 0.01 0.68 1.14 0.37
C5' 0.03 0.12 0.14 0.01 0.18 0.00 0.30 0.00 0.30 0.35 0.21 0.09 0.09 0.39 0.18 0.17 0.19 0.01 0.01 0.36 0.09 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.46 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.19 0.05 0.69 0.01 0.67 1.27 0.41
C8 0.01 0.01 0.19 0.33 0.00 0.24 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.46 0.17 0.11 0.63 0.02 0.68 0.91 0.30
N1 0.02 0.00 0.29 0.43 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.14 0.11 0.59 0.01 0.69 1.14 0.35
N2 0.03 0.01 0.48 0.34 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.19 0.40 0.02 0.71 0.86 0.25
N3 0.03 0.00 0.39 0.31 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.15 0.37 0.01 0.71 0.75 0.22
N7 0.01 0.01 0.11 0.42 0.01 0.25 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.51 0.24 0.07 0.74 0.02 0.66 1.22 0.42
N9 0.00 0.01 0.01 0.27 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.07 0.01 0.41 0.01 0.71 0.65 0.21
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.22 0.33 0.40 0.17 0.39 0.46 0.23 0.17 0.10 0.51 0.27 0.00 0.05 0.22 0.24 0.47 0.47 0.32 0.51
O3' 0.30 0.15 0.02 0.01 0.09 0.02 0.17 0.19 0.19 0.17 0.14 0.22 0.18 0.24 0.07 0.05 0.00 0.16 0.12 0.24 0.38 0.26 0.18
O4' 0.01 0.15 0.04 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.11 0.11 0.19 0.15 0.07 0.01 0.22 0.16 0.00 0.14 0.04 0.68 0.18 0.18
O5' 0.10 0.46 0.36 0.09 0.48 0.01 0.65 0.01 0.69 0.63 0.59 0.40 0.37 0.74 0.41 0.24 0.12 0.14 0.00 0.77 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.48 0.01 0.20 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.47 0.24 0.04 0.77 0.00 0.66 1.44 0.50
OP1 0.70 0.71 0.70 0.12 0.71 0.28 0.68 0.09 0.67 0.68 0.69 0.71 0.71 0.66 0.71 0.47 0.38 0.68 0.01 0.66 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.92 0.30 0.08 0.85 0.03 1.14 0.12 1.27 0.91 1.14 0.86 0.75 1.22 0.65 0.32 0.26 0.18 0.02 1.44 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.27 0.62 0.15 0.25 0.10 0.37 0.01 0.41 0.30 0.35 0.25 0.22 0.42 0.21 0.51 0.18 0.18 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00