ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49216

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 18, 13, 5, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.017, 0.026, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.016, 0.026, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.041, 0.065, 0.089, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.065 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.053, 0.087, 0.120, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.087 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.031, 0.092, 0.153, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.092 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.063, 0.137, 0.211, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.137 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.077, 0.169, 0.262, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.169 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.051, 0.143, 0.236, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.143 std_dev=0.092
O3' A 0, 0.069, 0.185, 0.301, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.185 std_dev=0.116
OP2 B 0, 0.147, 0.267, 0.388, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.267 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.128, 0.254, 0.379, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.254 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.160, 0.307, 0.455, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.307 std_dev=0.148
P B 0, 0.163, 0.316, 0.470, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.316 std_dev=0.154
O5' B 0, 0.161, 0.317, 0.474, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.317 std_dev=0.157
C5' B 0, 0.208, 0.390, 0.572, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.390 std_dev=0.182
OP1 B 0, 0.174, 0.372, 0.570, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.372 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.225, 0.430, 0.636, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.430 std_dev=0.206
O4' B 0, 0.166, 0.375, 0.584, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.375 std_dev=0.209
C4' B 0, 0.183, 0.394, 0.605, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.394 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.144, 0.360, 0.577, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.360 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.160, 0.381, 0.602, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.381 std_dev=0.221
O5' A 0, 0.113, 0.334, 0.555, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.334 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.125, 0.355, 0.586, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.355 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.144, 0.380, 0.615, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.380 std_dev=0.235
N9 B 0, 0.133, 0.368, 0.604, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.368 std_dev=0.236
P A 0, 0.120, 0.366, 0.612, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.366 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.186, 0.458, 0.729, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.458 std_dev=0.272
OP2 A 0, 0.249, 0.530, 0.810, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.530 std_dev=0.281
O3' B 0, 0.151, 0.438, 0.726, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.438 std_dev=0.287
C4 B 0, 0.068, 0.384, 0.700, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.384 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.083, 0.415, 0.747, 2.348 max_d=2.348 avg_d=0.415 std_dev=0.332
N3 B 0, 0.048, 0.430, 0.812, 2.673 max_d=2.673 avg_d=0.430 std_dev=0.382
OP1 A 0, 0.176, 0.583, 0.990, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.583 std_dev=0.407
C6 B 0, 0.032, 0.455, 0.878, 3.057 max_d=3.057 avg_d=0.455 std_dev=0.423
C2 B 0, 0.039, 0.492, 0.946, 3.254 max_d=3.254 avg_d=0.492 std_dev=0.454
N1 B 0, 0.024, 0.495, 0.966, 3.408 max_d=3.408 avg_d=0.495 std_dev=0.471
O6 B 0, 0.024, 0.495, 0.965, 3.484 max_d=3.484 avg_d=0.495 std_dev=0.471
N2 B 0, 0.057, 0.587, 1.117, 3.866 max_d=3.866 avg_d=0.587 std_dev=0.530

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.13 0.24 0.11
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.07 0.16 0.25 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.16 0.26 0.13
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.22 0.11
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.10 0.19 0.23 0.16
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.17 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.10 0.20 0.22 0.17
C5' 0.05 0.09 0.05 0.01 0.13 0.00 0.14 0.00 0.12 0.09 0.11 0.14 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.09 0.17 0.23 0.15
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.15 0.25 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.08 0.18 0.25 0.15
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.10 0.20 0.22 0.17
O2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.04 0.06 0.14 0.26 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.19 0.27 0.15
O3' 0.06 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.00 0.07 0.06 0.16 0.22 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.05 0.12 0.18 0.09
O5' 0.06 0.07 0.08 0.06 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.10 0.06 0.09 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.16 0.16 0.14 0.19 0.05 0.20 0.10 0.17 0.15 0.18 0.20 0.14 0.19 0.16 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.25 0.26 0.22 0.23 0.17 0.22 0.12 0.23 0.25 0.25 0.22 0.26 0.27 0.22 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.13 0.11 0.16 0.04 0.17 0.01 0.15 0.13 0.15 0.17 0.12 0.15 0.12 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.13 0.09 0.12 0.09 0.16 0.11 0.13 0.07 0.18 0.20 0.07 0.13 0.11 0.20 0.11 0.15
C2 0.07 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.13 0.11 0.14 0.16 0.10 0.09 0.06 0.19 0.09 0.21 0.23 0.08 0.12 0.17 0.19 0.10 0.13
C2' 0.07 0.12 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.14 0.08 0.12 0.09 0.17 0.11 0.13 0.06 0.15 0.17 0.07 0.14 0.10 0.19 0.11 0.15
C3' 0.09 0.18 0.09 0.06 0.10 0.06 0.07 0.10 0.09 0.08 0.14 0.24 0.17 0.08 0.06 0.14 0.11 0.04 0.10 0.09 0.16 0.09 0.11
C4 0.08 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.17 0.11 0.18 0.19 0.14 0.10 0.09 0.22 0.12 0.22 0.24 0.10 0.11 0.21 0.17 0.10 0.12
C4' 0.12 0.22 0.10 0.09 0.13 0.07 0.10 0.10 0.13 0.06 0.18 0.27 0.20 0.06 0.09 0.17 0.08 0.07 0.12 0.12 0.18 0.12 0.14
C5 0.08 0.08 0.12 0.11 0.09 0.11 0.13 0.12 0.13 0.16 0.10 0.09 0.07 0.17 0.10 0.22 0.25 0.09 0.11 0.15 0.16 0.11 0.12
C5' 0.15 0.24 0.13 0.14 0.17 0.10 0.15 0.13 0.17 0.09 0.21 0.27 0.22 0.10 0.13 0.17 0.05 0.11 0.17 0.17 0.23 0.19 0.20
C6 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.08 0.14 0.07 0.22 0.24 0.07 0.12 0.12 0.18 0.11 0.14
N1 0.07 0.08 0.10 0.07 0.06 0.09 0.10 0.12 0.10 0.14 0.08 0.11 0.07 0.15 0.07 0.21 0.22 0.07 0.12 0.13 0.19 0.11 0.14
N3 0.08 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.17 0.11 0.18 0.19 0.14 0.09 0.08 0.22 0.12 0.22 0.24 0.09 0.11 0.22 0.19 0.10 0.12
N4 0.10 0.16 0.13 0.13 0.17 0.12 0.22 0.12 0.24 0.22 0.20 0.14 0.13 0.26 0.15 0.22 0.24 0.12 0.12 0.27 0.18 0.11 0.12
O2 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.14 0.11 0.14 0.16 0.10 0.10 0.06 0.19 0.09 0.21 0.22 0.07 0.12 0.18 0.20 0.10 0.13
O2' 0.07 0.10 0.10 0.07 0.06 0.11 0.10 0.16 0.09 0.15 0.08 0.15 0.10 0.16 0.07 0.14 0.18 0.09 0.17 0.12 0.23 0.14 0.18
O3' 0.10 0.22 0.10 0.06 0.12 0.05 0.08 0.10 0.12 0.07 0.18 0.29 0.20 0.07 0.07 0.15 0.10 0.05 0.11 0.11 0.18 0.10 0.13
O4' 0.09 0.15 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10 0.11 0.12 0.20 0.14 0.11 0.08 0.17 0.19 0.08 0.13 0.11 0.19 0.11 0.14
O5' 0.10 0.23 0.07 0.07 0.14 0.05 0.10 0.10 0.14 0.06 0.19 0.29 0.21 0.07 0.09 0.11 0.01 0.04 0.07 0.12 0.13 0.07 0.08
OP1 0.13 0.16 0.20 0.07 0.13 0.12 0.15 0.12 0.14 0.18 0.15 0.19 0.15 0.17 0.14 0.34 0.01 0.12 0.11 0.15 0.12 0.11 0.10
OP2 0.05 0.08 0.05 0.06 0.04 0.13 0.05 0.14 0.04 0.11 0.04 0.12 0.07 0.10 0.05 0.12 0.01 0.11 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07
P 0.04 0.12 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05 0.10 0.05 0.11 0.08 0.17 0.11 0.10 0.05 0.13 0.00 0.06 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.17 0.03 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.04 0.16 0.18 0.15
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.13 0.05 0.07 0.04 0.12 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 0.02 0.09 0.01 0.10 0.10 0.11
C5' 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.06 0.02 0.10 0.00 0.11 0.12 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.03 0.10 0.01 0.10 0.08 0.10
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.02 0.08 0.01 0.09 0.10 0.10
N2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.17 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06
N7 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.03 0.12 0.01 0.13 0.12 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.11 0.08 0.14 0.03 0.16 0.10 0.16 0.15 0.12 0.13 0.08 0.00 0.03 0.06 0.11 0.18 0.14 0.22 0.15
O3' 0.11 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.04 0.06 0.06 0.08 0.11 0.22 0.17 0.08 0.05 0.03 0.00 0.07 0.07 0.05 0.11 0.11 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.06 0.13 0.03 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.05 0.05 0.12 0.05 0.11 0.07 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.05 0.03 0.11 0.00 0.13 0.15 0.15
OP1 0.05 0.06 0.16 0.07 0.07 0.04 0.10 0.05 0.11 0.10 0.09 0.06 0.06 0.13 0.06 0.14 0.11 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.18 0.06 0.06 0.03 0.10 0.01 0.12 0.08 0.10 0.07 0.06 0.12 0.05 0.22 0.11 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.15 0.04 0.07 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.07 0.06 0.13 0.05 0.15 0.08 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00