ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49217

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 8, 8, 4, 3, 3, 0, 4, 2, 2, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.008 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.008, 0.041, 0.075, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.041 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.002, 0.038, 0.073, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.038 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.011, 0.095, 0.180, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.095 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.022, 0.118, 0.215, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.118 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.032, 0.180, 0.328, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.180 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.041, 0.190, 0.339, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.190 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.038, 0.195, 0.351, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.195 std_dev=0.156
O3' A 0, 0.065, 0.309, 0.553, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.309 std_dev=0.244
C5' A 0, 0.049, 0.305, 0.560, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.305 std_dev=0.256
P B 0, 0.098, 0.401, 0.704, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.401 std_dev=0.303
OP2 B 0, 0.045, 0.373, 0.701, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.373 std_dev=0.328
O5' A 0, -0.108, 0.360, 0.828, 3.023 max_d=3.023 avg_d=0.360 std_dev=0.468
OP1 B 0, 0.126, 0.621, 1.116, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.621 std_dev=0.495
P A 0, -0.106, 0.558, 1.223, 3.823 max_d=3.823 avg_d=0.558 std_dev=0.665
O5' B 0, -0.029, 0.767, 1.564, 3.264 max_d=3.264 avg_d=0.767 std_dev=0.797
OP1 A 0, -0.162, 1.044, 2.249, 4.143 max_d=4.143 avg_d=1.044 std_dev=1.206
OP2 A 0, -0.162, 1.246, 2.655, 4.035 max_d=4.035 avg_d=1.246 std_dev=1.408
C5' B 0, -0.223, 1.354, 2.931, 3.989 max_d=3.989 avg_d=1.354 std_dev=1.577
O3' B 0, -0.748, 1.033, 2.813, 10.535 max_d=10.535 avg_d=1.033 std_dev=1.780
C3' B 0, -0.478, 1.449, 3.376, 8.572 max_d=8.572 avg_d=1.449 std_dev=1.927
C4' B 0, -0.389, 1.729, 3.847, 6.242 max_d=6.242 avg_d=1.729 std_dev=2.118
C2' B 0, -0.730, 2.343, 5.416, 10.041 max_d=10.041 avg_d=2.343 std_dev=3.073
O4' B 0, -0.641, 2.450, 5.541, 7.262 max_d=7.262 avg_d=2.450 std_dev=3.091
O2' B 0, -0.865, 2.662, 6.189, 12.336 max_d=12.336 avg_d=2.662 std_dev=3.527
C1' B 0, -0.837, 2.837, 6.510, 9.346 max_d=9.346 avg_d=2.837 std_dev=3.673
C8 B 0, -0.948, 2.973, 6.893, 10.267 max_d=10.267 avg_d=2.973 std_dev=3.920
N9 B 0, -0.984, 3.122, 7.229, 10.012 max_d=10.012 avg_d=3.122 std_dev=4.107
N7 B 0, -1.178, 3.501, 8.180, 11.798 max_d=11.798 avg_d=3.501 std_dev=4.679
C4 B 0, -1.261, 3.770, 8.801, 12.560 max_d=12.560 avg_d=3.770 std_dev=5.031
C5 B 0, -1.367, 3.984, 9.335, 12.892 max_d=12.892 avg_d=3.984 std_dev=5.351
N3 B 0, -1.428, 4.197, 9.823, 14.575 max_d=14.575 avg_d=4.197 std_dev=5.626
C6 B 0, -1.655, 4.706, 11.067, 15.567 max_d=15.567 avg_d=4.706 std_dev=6.361
C2 B 0, -1.699, 4.842, 11.383, 16.813 max_d=16.813 avg_d=4.842 std_dev=6.541
O6 B 0, -1.787, 5.073, 11.933, 16.662 max_d=16.662 avg_d=5.073 std_dev=6.860
N1 B 0, -1.799, 5.083, 11.964, 17.280 max_d=17.280 avg_d=5.083 std_dev=6.881
N2 B 0, -1.894, 5.385, 12.664, 19.027 max_d=19.027 avg_d=5.385 std_dev=7.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.12 0.23 0.27 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.03 0.25 0.35 0.72 0.26
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.13 0.01 0.02 0.01 0.12 0.17 0.21 0.13
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.07 0.07 0.13 0.01 0.01 0.01 0.14 0.29 0.16 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.35 0.52 1.06 0.39
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.16 0.20 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.37 0.56 1.02 0.40
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.14 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.20 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.03 0.32 0.47 0.75 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.23 0.35 0.59 0.22
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.08 0.03 0.30 0.43 0.93 0.33
N4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04 0.38 0.58 1.20 0.45
O2 0.05 0.01 0.13 0.13 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.15 0.15 0.04 0.20 0.27 0.61 0.21
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.09 0.07 0.15 0.00 0.05 0.04 0.06 0.17 0.13 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.09 0.04 0.08 0.08 0.15 0.05 0.00 0.02 0.10 0.52 0.27 0.15
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.08 0.28 0.13 0.06
O5' 0.12 0.25 0.12 0.14 0.35 0.02 0.37 0.01 0.32 0.23 0.30 0.38 0.20 0.06 0.10 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.23 0.35 0.17 0.29 0.52 0.16 0.56 0.20 0.47 0.35 0.43 0.58 0.27 0.17 0.52 0.28 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.72 0.21 0.16 1.06 0.20 1.02 0.37 0.75 0.59 0.93 1.20 0.61 0.13 0.27 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.26 0.13 0.15 0.39 0.02 0.40 0.02 0.31 0.22 0.33 0.45 0.21 0.07 0.15 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.14 2.29 1.27 1.01 1.94 0.94 2.19 0.68 2.49 1.60 2.52 2.31 1.98 1.99 1.54 1.15 1.13 1.02 0.42 2.64 0.31 0.10 0.12
C2 0.94 2.17 0.97 0.73 1.93 0.90 2.41 0.82 2.75 1.82 2.59 2.08 1.82 2.35 1.53 0.75 0.85 0.88 0.39 3.05 0.24 0.13 0.18
C2' 1.09 1.68 0.99 0.95 1.38 1.21 1.56 0.90 1.83 1.14 1.85 1.75 1.47 1.43 1.12 1.14 1.19 1.41 0.49 1.99 0.31 0.11 0.16
C3' 1.20 1.30 1.05 1.07 1.10 1.27 1.11 0.86 1.26 0.88 1.32 1.40 1.23 1.01 0.99 1.35 1.34 1.51 0.52 1.34 0.39 0.17 0.12
C4 0.81 1.72 0.79 0.56 1.72 0.72 2.25 0.78 2.43 1.93 2.13 1.57 1.47 2.42 1.47 0.51 0.62 0.58 0.36 2.73 0.22 0.14 0.21
C4' 1.12 1.71 1.29 1.18 1.41 1.01 1.45 0.62 1.64 1.08 1.75 1.81 1.55 1.26 1.18 1.38 1.41 1.11 0.49 1.68 0.42 0.17 0.11
C5 0.96 1.66 0.98 0.75 1.71 0.70 2.08 0.64 2.16 1.89 1.94 1.54 1.49 2.21 1.53 0.71 0.76 0.62 0.37 2.32 0.26 0.09 0.14
C5' 1.09 1.42 1.32 1.28 1.19 0.98 1.13 0.60 1.24 0.88 1.38 1.53 1.35 0.95 1.04 1.47 1.55 0.98 0.55 1.22 0.52 0.29 0.21
C6 1.08 1.89 1.18 0.93 1.82 0.81 2.10 0.62 2.23 1.76 2.12 1.80 1.70 2.06 1.57 0.95 0.97 0.79 0.40 2.34 0.29 0.10 0.12
N1 1.05 2.14 1.14 0.89 1.92 0.89 2.26 0.72 2.52 1.74 2.44 2.07 1.85 2.16 1.56 0.94 0.98 0.90 0.40 2.70 0.28 0.11 0.14
N3 0.82 1.97 0.82 0.58 1.84 0.83 2.40 0.85 2.71 1.89 2.44 1.84 1.64 2.46 1.48 0.55 0.68 0.73 0.37 3.07 0.22 0.16 0.21
N4 0.66 1.47 0.61 0.37 1.53 0.61 2.12 0.77 2.28 1.91 1.90 1.33 1.24 2.42 1.33 0.33 0.44 0.40 0.33 2.63 0.23 0.19 0.25
O2 0.94 2.31 0.97 0.74 1.97 0.95 2.46 0.86 2.89 1.78 2.76 2.27 1.90 2.34 1.51 0.78 0.89 0.97 0.40 3.23 0.23 0.14 0.19
O2' 1.13 1.95 1.08 0.98 1.54 1.15 1.73 0.85 2.06 1.22 2.13 2.06 1.67 1.55 1.22 1.19 1.22 1.37 0.47 2.23 0.31 0.11 0.15
O3' 1.43 1.27 1.16 1.13 1.08 1.35 0.93 0.90 1.00 0.85 1.13 1.43 1.30 0.82 1.07 1.60 1.41 1.72 0.53 1.02 0.45 0.21 0.14
O4' 1.31 2.38 1.53 1.18 2.02 0.87 2.13 0.52 2.37 1.59 2.49 2.44 2.14 1.87 1.64 1.42 1.27 0.95 0.43 2.42 0.36 0.11 0.07
O5' 1.25 1.31 1.43 1.48 1.19 1.23 1.10 0.86 1.14 0.99 1.24 1.38 1.29 0.98 1.13 1.62 1.75 1.19 0.83 1.09 0.56 0.54 0.48
OP1 1.25 1.47 1.47 1.62 1.25 1.31 1.10 1.11 1.16 0.95 1.34 1.61 1.44 0.91 1.15 1.63 1.93 1.13 1.05 1.07 0.54 0.66 0.71
OP2 0.99 0.90 1.26 1.30 0.78 1.03 0.67 1.21 0.67 0.72 0.78 1.03 0.92 0.66 0.80 1.69 1.55 0.84 1.35 0.63 1.79 1.59 1.45
P 1.19 1.16 1.43 1.55 1.03 1.22 0.87 0.99 0.87 0.84 1.02 1.27 1.18 0.74 1.02 1.64 1.87 1.06 0.95 0.76 0.80 0.70 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.03 0.16 0.01 0.30 0.03 0.33 0.41 0.24
C2 0.05 0.00 0.38 0.32 0.01 0.48 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.42 0.47 0.54 0.01 1.41 0.63 0.79
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.20 0.03 0.09 0.11 0.16 0.20 0.29 0.47 0.38 0.11 0.02 0.01 0.08 0.02 0.25 0.12 0.25 0.39 0.21
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.16 0.00 0.15 0.02 0.16 0.31 0.23 0.41 0.31 0.26 0.11 0.03 0.01 0.01 0.21 0.17 0.17 0.30 0.17
C4 0.02 0.01 0.20 0.16 0.00 0.28 0.01 0.64 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.25 0.17 0.02 0.84 0.52 0.18
C4' 0.01 0.48 0.03 0.00 0.28 0.00 0.26 0.01 0.33 0.29 0.41 0.57 0.45 0.27 0.15 0.18 0.03 0.01 0.02 0.33 0.12 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.26 0.00 0.65 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.09 0.12 0.31 0.02 0.91 0.84 0.26
C5' 0.14 0.99 0.11 0.02 0.64 0.01 0.65 0.00 0.77 0.53 0.91 1.15 0.89 0.60 0.40 0.09 0.12 0.02 0.02 0.77 0.10 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.16 0.01 0.33 0.01 0.77 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.15 0.21 0.21 0.01 1.11 0.75 0.26
C8 0.01 0.01 0.20 0.31 0.01 0.29 0.01 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.25 0.26 0.80 0.02 0.73 1.28 0.79
N1 0.05 0.01 0.29 0.23 0.02 0.41 0.01 0.91 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.30 0.37 0.31 0.01 1.30 0.57 0.53
N2 0.06 0.01 0.47 0.41 0.01 0.57 0.01 1.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.56 0.55 0.56 0.82 0.02 1.73 0.94 1.17
N3 0.05 0.01 0.38 0.31 0.01 0.45 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.42 0.40 0.47 0.48 0.02 1.21 0.52 0.67
N7 0.01 0.01 0.11 0.26 0.01 0.27 0.00 0.60 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.20 0.14 0.70 0.02 0.92 1.32 0.72
N9 0.00 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.07 0.03 0.37 0.02 0.51 0.69 0.28
O2' 0.03 0.45 0.01 0.03 0.24 0.18 0.19 0.09 0.25 0.22 0.37 0.56 0.42 0.19 0.10 0.00 0.14 0.12 0.21 0.23 0.18 0.29 0.20
O3' 0.16 0.42 0.08 0.01 0.19 0.03 0.09 0.12 0.15 0.25 0.30 0.55 0.40 0.20 0.07 0.14 0.00 0.10 0.29 0.12 0.35 0.26 0.30
O4' 0.01 0.47 0.02 0.01 0.25 0.01 0.12 0.02 0.21 0.26 0.37 0.56 0.47 0.14 0.03 0.12 0.10 0.00 0.34 0.16 0.39 0.25 0.35
O5' 0.30 0.54 0.25 0.21 0.17 0.02 0.31 0.02 0.21 0.80 0.31 0.82 0.48 0.70 0.37 0.21 0.29 0.34 0.00 0.31 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.12 0.17 0.02 0.33 0.02 0.77 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.23 0.12 0.16 0.31 0.00 1.18 0.92 0.35
OP1 0.33 1.41 0.25 0.17 0.84 0.12 0.91 0.10 1.11 0.73 1.30 1.73 1.21 0.92 0.51 0.18 0.35 0.39 0.02 1.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.63 0.39 0.30 0.52 0.13 0.84 0.27 0.75 1.28 0.57 0.94 0.52 1.32 0.69 0.29 0.26 0.25 0.02 0.92 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.79 0.21 0.17 0.18 0.04 0.26 0.02 0.26 0.79 0.53 1.17 0.67 0.72 0.28 0.20 0.30 0.35 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00