ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49218

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 2, 1, 2, 5, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.023, 0.057, 0.090, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.057 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.019, 0.061, 0.102, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.061 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.050, 0.113, 0.176, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.113 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.041, 0.116, 0.190, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.116 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.049, 0.141, 0.233, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.141 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.074, 0.191, 0.308, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.191 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.056, 0.174, 0.292, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.174 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.112, 0.286, 0.461, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.286 std_dev=0.174
C5' A 0, 0.113, 0.305, 0.497, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.305 std_dev=0.192
P B 0, 0.211, 0.446, 0.682, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.446 std_dev=0.235
OP2 B 0, 0.190, 0.431, 0.672, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.431 std_dev=0.241
O5' B 0, 0.224, 0.470, 0.717, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.470 std_dev=0.247
OP1 B 0, 0.254, 0.522, 0.790, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.522 std_dev=0.268
C5' B 0, 0.252, 0.610, 0.967, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.610 std_dev=0.357
O4' B 0, 0.239, 0.694, 1.148, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.694 std_dev=0.454
C4' B 0, 0.157, 0.900, 1.642, 2.750 max_d=2.750 avg_d=0.900 std_dev=0.743
O5' A 0, 0.009, 0.775, 1.542, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.775 std_dev=0.767
P A 0, -0.001, 0.876, 1.753, 3.247 max_d=3.247 avg_d=0.876 std_dev=0.877
C1' B 0, 0.083, 1.045, 2.007, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.045 std_dev=0.962
OP2 A 0, 0.014, 1.033, 2.053, 3.845 max_d=3.845 avg_d=1.033 std_dev=1.019
N9 B 0, 0.159, 1.198, 2.238, 3.527 max_d=3.527 avg_d=1.198 std_dev=1.040
OP1 A 0, 0.043, 1.269, 2.495, 4.417 max_d=4.417 avg_d=1.269 std_dev=1.226
C8 B 0, 1.160, 2.389, 3.618, 4.661 max_d=4.661 avg_d=2.389 std_dev=1.229
C4 B 0, 0.692, 2.163, 3.634, 4.922 max_d=4.922 avg_d=2.163 std_dev=1.471
N7 B 0, 0.893, 2.494, 4.095, 6.094 max_d=6.094 avg_d=2.494 std_dev=1.601
C3' B 0, -0.356, 1.279, 2.913, 4.938 max_d=4.938 avg_d=1.279 std_dev=1.634
C2' B 0, -0.318, 1.467, 3.251, 5.379 max_d=5.379 avg_d=1.467 std_dev=1.785
C5 B 0, 0.032, 1.923, 3.815, 6.148 max_d=6.148 avg_d=1.923 std_dev=1.891
N3 B 0, 1.767, 3.817, 5.866, 6.013 max_d=6.013 avg_d=3.817 std_dev=2.050
O3' B 0, -0.457, 1.868, 4.194, 7.035 max_d=7.035 avg_d=1.868 std_dev=2.326
C6 B 0, 0.633, 3.052, 5.470, 8.038 max_d=8.038 avg_d=3.052 std_dev=2.419
O2' B 0, -0.299, 2.277, 4.852, 7.791 max_d=7.791 avg_d=2.277 std_dev=2.575
N1 B 0, 1.985, 4.644, 7.304, 8.645 max_d=8.645 avg_d=4.644 std_dev=2.660
C2 B 0, 2.360, 5.040, 7.721, 7.861 max_d=7.861 avg_d=5.040 std_dev=2.680
O6 B 0, 0.108, 3.074, 6.040, 9.544 max_d=9.544 avg_d=3.074 std_dev=2.966
N2 B 0, 3.291, 6.887, 10.483, 9.978 max_d=9.978 avg_d=6.887 std_dev=3.596

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.03 0.03 0.01 0.20 0.12 0.27 0.17
C2 0.04 0.00 0.06 0.08 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.05 0.39 0.22 0.44 0.29
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.11 0.01 0.03 0.02 0.24 0.26 0.39 0.25
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.07 0.04 0.08 0.09 0.11 0.03 0.01 0.02 0.36 0.45 0.40 0.34
C4 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05 0.51 0.34 0.53 0.37
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.19 0.23 0.09
C5 0.03 0.02 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.05 0.51 0.36 0.47 0.36
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.10 0.12 0.11 0.05 0.04 0.02 0.02 0.33 0.32 0.04
C6 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05 0.45 0.28 0.38 0.30
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.36 0.20 0.36 0.25
N3 0.04 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.10 0.04 0.46 0.29 0.52 0.34
N4 0.04 0.03 0.05 0.09 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.06 0.11 0.06 0.53 0.39 0.59 0.41
O2 0.08 0.01 0.11 0.11 0.03 0.09 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.12 0.13 0.08 0.33 0.20 0.44 0.27
O2' 0.03 0.07 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.07 0.05 0.07 0.18 0.32 0.15
O3' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.08 0.05 0.10 0.11 0.13 0.07 0.00 0.03 0.39 0.59 0.43 0.38
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.08 0.05 0.03 0.00 0.22 0.19 0.26 0.22
O5' 0.20 0.39 0.24 0.36 0.51 0.02 0.51 0.02 0.45 0.36 0.46 0.53 0.33 0.07 0.39 0.22 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.12 0.22 0.26 0.45 0.34 0.19 0.36 0.33 0.28 0.20 0.29 0.39 0.20 0.18 0.59 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.44 0.39 0.40 0.53 0.23 0.47 0.32 0.38 0.36 0.52 0.59 0.44 0.32 0.43 0.26 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.29 0.25 0.34 0.37 0.09 0.36 0.04 0.30 0.25 0.34 0.41 0.27 0.15 0.38 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.99 1.18 1.78 1.81 0.75 0.85 0.43 0.36 0.46 0.55 0.83 1.53 1.17 0.49 0.68 2.47 2.44 0.40 0.19 0.38 0.19 0.14 0.14
C2 0.93 1.59 1.69 1.63 0.94 0.70 0.74 0.37 0.82 0.93 1.26 2.09 1.43 0.85 0.82 2.22 2.04 0.37 0.22 0.69 0.19 0.16 0.16
C2' 0.94 1.12 1.66 1.77 0.65 0.89 0.32 0.39 0.37 0.51 0.75 1.51 1.11 0.52 0.57 2.33 2.48 0.41 0.19 0.40 0.21 0.13 0.14
C3' 0.87 0.93 1.52 1.71 0.50 0.91 0.28 0.38 0.34 0.49 0.56 1.30 0.97 0.64 0.44 2.18 2.52 0.42 0.19 0.57 0.21 0.15 0.14
C4 0.82 1.85 1.49 1.36 1.04 0.55 0.94 0.34 1.07 1.19 1.51 2.44 1.60 1.15 0.87 1.82 1.56 0.34 0.22 1.00 0.18 0.16 0.16
C4' 0.92 0.86 1.60 1.77 0.51 0.92 0.38 0.33 0.46 0.46 0.52 1.18 0.94 0.71 0.45 2.34 2.60 0.42 0.19 0.74 0.19 0.16 0.14
C5 0.84 1.59 1.55 1.49 0.92 0.63 0.75 0.34 0.83 1.03 1.25 2.07 1.45 0.92 0.79 1.88 1.72 0.35 0.19 0.72 0.17 0.14 0.13
C5' 0.86 0.72 1.45 1.68 0.42 0.92 0.54 0.32 0.61 0.63 0.46 1.02 0.82 0.95 0.36 2.16 2.58 0.43 0.23 0.96 0.23 0.23 0.21
C6 0.92 1.33 1.69 1.70 0.81 0.76 0.54 0.34 0.59 0.77 0.99 1.72 1.27 0.65 0.72 2.18 2.12 0.36 0.18 0.44 0.18 0.15 0.13
N1 0.95 1.36 1.73 1.72 0.83 0.77 0.56 0.36 0.60 0.75 1.03 1.78 1.29 0.64 0.74 2.31 2.22 0.37 0.19 0.44 0.18 0.14 0.14
N3 0.87 1.80 1.58 1.47 1.04 0.61 0.91 0.36 1.03 1.14 1.48 2.38 1.56 1.09 0.88 2.01 1.75 0.36 0.23 0.95 0.20 0.17 0.18
N4 0.73 2.08 1.31 1.11 1.14 0.42 1.13 0.33 1.30 1.37 1.76 2.78 1.74 1.39 0.91 1.55 1.18 0.33 0.24 1.29 0.20 0.20 0.19
O2 0.94 1.58 1.72 1.66 0.94 0.72 0.73 0.37 0.81 0.90 1.26 2.07 1.42 0.81 0.82 2.29 2.12 0.37 0.22 0.67 0.21 0.16 0.17
O2' 0.95 1.10 1.69 1.78 0.66 0.88 0.36 0.37 0.44 0.45 0.75 1.47 1.11 0.53 0.57 2.42 2.53 0.40 0.18 0.55 0.20 0.13 0.14
O3' 0.81 0.85 1.38 1.61 0.42 0.90 0.37 0.37 0.44 0.55 0.50 1.23 0.89 0.78 0.35 2.04 2.48 0.41 0.19 0.76 0.23 0.17 0.16
O4' 1.01 1.00 1.79 1.85 0.66 0.90 0.35 0.35 0.39 0.41 0.65 1.29 1.06 0.49 0.60 2.53 2.54 0.43 0.21 0.50 0.20 0.16 0.16
O5' 0.78 0.61 1.41 1.87 0.39 1.14 0.83 0.64 0.98 0.77 0.66 0.83 0.65 1.23 0.25 1.97 2.72 0.46 0.52 1.39 0.60 0.47 0.52
OP1 0.60 0.75 1.05 1.50 0.89 1.19 1.67 0.77 1.85 1.51 1.33 0.58 0.51 2.12 0.74 1.62 2.42 0.64 0.49 2.34 0.66 0.39 0.51
OP2 0.25 0.69 0.47 1.17 0.76 0.92 1.33 0.63 1.38 1.44 1.01 0.71 0.54 1.78 0.70 0.80 1.93 0.28 0.44 1.71 0.77 0.45 0.57
P 0.48 0.40 1.00 1.62 0.50 1.12 1.17 0.66 1.28 1.18 0.83 0.41 0.27 1.63 0.40 1.47 2.56 0.37 0.40 1.68 0.60 0.32 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.27 0.04 0.23 0.37 0.23
C2 0.06 0.00 0.32 0.43 0.03 0.47 0.02 0.91 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.30 0.39 0.36 1.32 0.03 1.59 2.02 1.68
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.14 0.02 0.06 0.13 0.12 0.20 0.24 0.39 0.31 0.14 0.04 0.02 0.06 0.04 0.50 0.09 0.43 0.72 0.47
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.21 0.01 0.26 0.04 0.26 0.48 0.33 0.57 0.41 0.43 0.21 0.03 0.02 0.03 0.36 0.29 0.25 0.39 0.19
C4 0.03 0.03 0.14 0.21 0.00 0.19 0.01 0.36 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.29 0.19 0.17 0.65 0.02 0.69 0.99 0.79
C4' 0.02 0.47 0.02 0.01 0.19 0.00 0.14 0.01 0.18 0.37 0.34 0.62 0.45 0.30 0.11 0.23 0.05 0.01 0.04 0.16 0.10 0.13 0.14
C5 0.03 0.02 0.06 0.26 0.01 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.12 0.08 0.63 0.02 0.69 1.08 0.84
C5' 0.03 0.91 0.13 0.04 0.36 0.01 0.27 0.00 0.37 0.63 0.67 1.22 0.83 0.53 0.19 0.11 0.14 0.03 0.01 0.33 0.14 0.04 0.05
C6 0.04 0.02 0.12 0.26 0.01 0.18 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.39 0.13 0.14 0.72 0.01 0.85 1.27 1.00
C8 0.02 0.02 0.20 0.48 0.02 0.37 0.01 0.63 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.32 0.27 0.22 1.02 0.03 1.06 1.43 1.20
N1 0.07 0.01 0.24 0.33 0.04 0.34 0.03 0.67 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.35 0.25 0.27 1.03 0.03 1.27 1.68 1.37
N2 0.08 0.01 0.39 0.57 0.03 0.62 0.02 1.22 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.30 0.51 0.44 1.72 0.04 2.20 2.73 2.26
N3 0.05 0.02 0.31 0.41 0.01 0.45 0.02 0.83 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.26 0.40 0.36 1.20 0.02 1.33 1.66 1.42
N7 0.02 0.02 0.14 0.43 0.02 0.30 0.01 0.53 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.38 0.26 0.14 0.94 0.03 1.03 1.48 1.20
N9 0.01 0.04 0.04 0.21 0.01 0.11 0.02 0.19 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.22 0.11 0.04 0.49 0.03 0.47 0.72 0.55
O2' 0.03 0.30 0.02 0.03 0.29 0.23 0.36 0.11 0.39 0.32 0.35 0.30 0.26 0.38 0.22 0.00 0.10 0.17 0.48 0.43 0.42 0.76 0.44
O3' 0.27 0.39 0.06 0.02 0.19 0.05 0.12 0.14 0.13 0.27 0.25 0.51 0.40 0.26 0.11 0.10 0.00 0.17 0.27 0.14 0.33 0.33 0.25
O4' 0.01 0.36 0.04 0.03 0.17 0.01 0.08 0.03 0.14 0.22 0.27 0.44 0.36 0.14 0.04 0.17 0.17 0.00 0.16 0.10 0.16 0.22 0.15
O5' 0.27 1.32 0.50 0.36 0.65 0.04 0.63 0.01 0.72 1.02 1.03 1.72 1.20 0.94 0.49 0.48 0.27 0.16 0.00 0.71 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.03 0.09 0.29 0.02 0.16 0.02 0.33 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.43 0.14 0.10 0.71 0.00 0.85 1.33 1.03
OP1 0.23 1.59 0.43 0.25 0.69 0.10 0.69 0.14 0.85 1.06 1.27 2.20 1.33 1.03 0.47 0.42 0.33 0.16 0.02 0.85 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 2.02 0.72 0.39 0.99 0.13 1.08 0.04 1.27 1.43 1.68 2.73 1.66 1.48 0.72 0.76 0.33 0.22 0.03 1.33 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.68 0.47 0.19 0.79 0.14 0.84 0.05 1.00 1.20 1.37 2.26 1.42 1.20 0.55 0.44 0.25 0.15 0.01 1.03 0.01 0.01 0.00