ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49219

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 4, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.005, 0.044, 0.084, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.044 std_dev=0.040
N4 A 0, -0.001, 0.053, 0.106, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.053 std_dev=0.054
OP2 B 0, 0.515, 0.819, 1.122, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.819 std_dev=0.304
P B 0, 0.475, 0.808, 1.140, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.808 std_dev=0.333
O4' A 0, 0.288, 0.728, 1.168, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.728 std_dev=0.440
C2' A 0, 0.233, 0.673, 1.113, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.673 std_dev=0.440
OP1 B 0, 0.505, 0.964, 1.422, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.964 std_dev=0.459
C3' A 0, 0.820, 1.347, 1.875, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.347 std_dev=0.527
C4' A 0, 0.536, 1.108, 1.680, 1.951 max_d=1.951 avg_d=1.108 std_dev=0.572
O2' A 0, 0.475, 1.075, 1.675, 3.072 max_d=3.072 avg_d=1.075 std_dev=0.600
O5' B 0, 0.839, 1.570, 2.301, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.570 std_dev=0.731
O3' A 0, 1.316, 2.111, 2.907, 3.401 max_d=3.401 avg_d=2.111 std_dev=0.796
C5' A 0, 0.455, 1.283, 2.111, 3.548 max_d=3.548 avg_d=1.283 std_dev=0.828
C5' B 0, 1.057, 2.153, 3.249, 3.937 max_d=3.937 avg_d=2.153 std_dev=1.096
O3' B 0, 1.579, 2.719, 3.859, 4.640 max_d=4.640 avg_d=2.719 std_dev=1.140
O5' A 0, 1.143, 2.369, 3.596, 5.761 max_d=5.761 avg_d=2.369 std_dev=1.226
C3' B 0, 1.397, 2.668, 3.939, 5.574 max_d=5.574 avg_d=2.668 std_dev=1.271
P A 0, 1.128, 2.603, 4.078, 7.176 max_d=7.176 avg_d=2.603 std_dev=1.475
C4' B 0, 1.472, 2.987, 4.501, 5.309 max_d=5.309 avg_d=2.987 std_dev=1.515
OP1 A 0, 1.447, 3.084, 4.722, 7.476 max_d=7.476 avg_d=3.084 std_dev=1.638
OP2 A 0, 1.021, 2.722, 4.423, 8.257 max_d=8.257 avg_d=2.722 std_dev=1.701
C2' B 0, 1.469, 3.426, 5.383, 8.365 max_d=8.365 avg_d=3.426 std_dev=1.957
O2' B 0, 1.659, 3.804, 5.948, 9.756 max_d=9.756 avg_d=3.804 std_dev=2.145
O4' B 0, 1.521, 3.824, 6.127, 7.574 max_d=7.574 avg_d=3.824 std_dev=2.303
C1' B 0, 1.543, 4.182, 6.821, 9.156 max_d=9.156 avg_d=4.182 std_dev=2.639
N9 B 0, 1.323, 4.560, 7.797, 10.366 max_d=10.366 avg_d=4.560 std_dev=3.237
C8 B 0, 0.874, 4.547, 8.220, 10.679 max_d=10.679 avg_d=4.547 std_dev=3.673
C4 B 0, 1.545, 5.320, 9.095, 11.697 max_d=11.697 avg_d=5.320 std_dev=3.775
N3 B 0, 1.978, 5.852, 9.726, 13.183 max_d=13.183 avg_d=5.852 std_dev=3.874
N7 B 0, 0.834, 5.229, 9.623, 11.812 max_d=11.812 avg_d=5.229 std_dev=4.395
C5 B 0, 1.215, 5.646, 10.076, 12.551 max_d=12.551 avg_d=5.646 std_dev=4.431
C2 B 0, 2.106, 6.659, 11.213, 15.059 max_d=15.059 avg_d=6.659 std_dev=4.553
N2 B 0, 2.563, 7.432, 12.302, 16.832 max_d=16.832 avg_d=7.432 std_dev=4.869
N1 B 0, 1.806, 6.932, 12.059, 15.485 max_d=15.485 avg_d=6.932 std_dev=5.127
C6 B 0, 1.334, 6.509, 11.684, 14.252 max_d=14.252 avg_d=6.509 std_dev=5.175
O6 B 0, 1.098, 7.022, 12.946, 15.230 max_d=15.230 avg_d=7.022 std_dev=5.924

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.27 0.49 0.53 0.23
C2 0.03 0.00 0.13 0.22 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.22 0.04 0.48 0.48 0.97 0.45
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.05 0.03 0.11 0.11 0.13 0.03 0.10 0.06 0.25 0.01 0.03 0.01 0.24 0.39 0.44 0.16
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.28 0.01 0.33 0.03 0.31 0.17 0.25 0.31 0.28 0.02 0.01 0.02 0.32 0.39 0.30 0.22
C4 0.03 0.01 0.05 0.28 0.00 0.13 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.29 0.07 0.76 0.75 1.45 0.82
C4' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.06 0.09 0.15 0.13 0.20 0.04 0.01 0.02 0.36 0.28 0.15
C5 0.03 0.01 0.11 0.33 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.31 0.09 0.86 0.84 1.49 0.91
C5' 0.07 0.12 0.11 0.03 0.27 0.01 0.34 0.00 0.31 0.14 0.18 0.30 0.16 0.14 0.10 0.01 0.01 0.23 0.35 0.02
C6 0.04 0.02 0.13 0.31 0.02 0.17 0.01 0.31 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.10 0.26 0.09 0.77 0.72 1.20 0.74
N1 0.01 0.02 0.03 0.17 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.12 0.02 0.53 0.52 0.91 0.47
N3 0.03 0.01 0.10 0.25 0.01 0.09 0.01 0.18 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.27 0.05 0.61 0.58 1.23 0.63
N4 0.03 0.02 0.06 0.31 0.01 0.15 0.02 0.30 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.19 0.33 0.08 0.81 0.84 1.60 0.92
O2 0.06 0.01 0.25 0.28 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.24 0.30 0.07 0.34 0.39 0.78 0.28
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.17 0.20 0.13 0.14 0.10 0.10 0.20 0.19 0.24 0.00 0.07 0.14 0.18 0.51 0.34 0.17
O3' 0.08 0.22 0.03 0.01 0.29 0.04 0.31 0.10 0.26 0.12 0.27 0.33 0.30 0.07 0.00 0.06 0.36 0.62 0.30 0.35
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.05 0.08 0.07 0.14 0.06 0.00 0.25 0.56 0.44 0.29
O5' 0.27 0.48 0.24 0.32 0.76 0.02 0.86 0.01 0.77 0.53 0.61 0.81 0.34 0.18 0.36 0.25 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.49 0.48 0.39 0.39 0.75 0.36 0.84 0.23 0.72 0.52 0.58 0.84 0.39 0.51 0.62 0.56 0.03 0.00 0.01 0.02
OP2 0.53 0.97 0.44 0.30 1.45 0.28 1.49 0.35 1.20 0.91 1.23 1.60 0.78 0.34 0.30 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.45 0.16 0.22 0.82 0.15 0.91 0.02 0.74 0.47 0.63 0.92 0.28 0.17 0.35 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.16 2.97 1.08 0.54 2.41 0.51 2.73 0.46 3.13 2.03 3.22 3.02 2.51 2.50 1.86 0.83 0.20 0.91 0.31 3.27 0.43 0.22 0.19
C2 1.27 2.95 0.99 0.53 2.61 0.51 3.24 0.47 3.69 2.58 3.50 2.83 2.44 3.20 2.13 0.73 0.22 1.01 0.30 4.03 0.38 0.20 0.19
C2' 1.00 2.81 0.78 0.29 2.17 0.67 2.54 0.61 3.01 1.82 3.11 2.96 2.29 2.31 1.62 0.54 0.23 1.00 0.31 3.23 0.53 0.24 0.24
C3' 0.81 2.25 0.60 0.40 1.67 0.80 1.95 0.75 2.35 1.34 2.47 2.41 1.81 1.74 1.21 0.51 0.53 0.99 0.49 2.54 0.65 0.40 0.44
C4 1.13 2.13 0.77 0.49 2.16 0.46 2.86 0.45 3.06 2.63 2.64 1.99 1.80 3.15 1.95 0.57 0.28 0.95 0.32 3.44 0.35 0.20 0.22
C4' 0.61 2.13 0.76 0.40 1.57 0.47 1.75 0.51 2.08 1.15 2.24 2.31 1.78 1.50 1.10 0.64 0.37 0.58 0.37 2.18 0.57 0.28 0.30
C5 0.99 1.79 0.73 0.48 1.88 0.43 2.42 0.44 2.49 2.32 2.16 1.69 1.56 2.67 1.73 0.55 0.29 0.84 0.30 2.73 0.37 0.20 0.18
C5' 0.55 1.47 0.72 0.63 1.06 0.66 1.15 0.72 1.40 0.74 1.53 1.62 1.23 0.97 0.73 0.77 0.71 0.60 0.58 1.47 0.76 0.43 0.51
C6 1.04 2.09 0.89 0.50 2.04 0.47 2.44 0.45 2.58 2.14 2.40 1.97 1.84 2.49 1.76 0.66 0.23 0.84 0.29 2.74 0.40 0.21 0.17
N1 1.17 2.72 1.00 0.52 2.41 0.50 2.86 0.46 3.19 2.29 3.09 2.62 2.31 2.78 1.95 0.74 0.21 0.93 0.29 3.39 0.40 0.21 0.17
N3 1.25 2.64 0.90 0.52 2.50 0.49 3.23 0.47 3.62 2.73 3.26 2.49 2.20 3.36 2.13 0.66 0.25 1.02 0.32 4.06 0.36 0.21 0.22
N4 1.07 1.88 0.66 0.46 1.97 0.43 2.72 0.44 2.88 2.64 2.38 1.84 1.58 3.16 1.85 0.50 0.31 0.93 0.35 3.34 0.32 0.24 0.27
O2 1.32 3.30 1.05 0.54 2.76 0.52 3.40 0.47 3.99 2.61 3.90 3.26 2.68 3.28 2.19 0.77 0.21 1.04 0.30 4.40 0.38 0.20 0.20
O2' 1.10 3.16 0.92 0.38 2.36 0.63 2.72 0.56 3.27 1.89 3.45 3.41 2.55 2.42 1.74 0.69 0.21 1.03 0.30 3.50 0.52 0.25 0.21
O3' 0.94 2.29 0.62 0.43 1.64 0.87 1.89 0.79 2.33 1.31 2.49 2.51 1.83 1.67 1.21 0.64 0.58 1.13 0.50 2.51 0.72 0.42 0.47
O4' 1.01 2.55 1.12 0.60 2.06 0.41 2.24 0.42 2.53 1.65 2.66 2.64 2.23 2.01 1.58 0.94 0.31 0.69 0.35 2.61 0.47 0.26 0.23
O5' 0.77 1.15 0.82 0.96 0.94 1.07 1.05 1.09 1.20 0.85 1.24 1.22 0.99 0.98 0.80 0.78 1.05 0.95 1.03 1.29 1.09 0.96 1.02
OP1 0.90 0.76 0.79 1.09 0.66 1.25 0.69 1.34 0.73 0.82 0.78 0.90 0.68 0.76 0.75 0.65 1.21 1.12 1.22 0.78 1.41 1.16 1.29
OP2 1.12 0.64 1.01 1.30 0.84 1.55 0.97 1.72 0.92 1.20 0.74 0.61 0.69 1.18 1.01 1.06 1.29 1.40 1.82 1.04 2.08 1.86 1.89
P 0.91 0.51 0.83 1.15 0.59 1.29 0.65 1.33 0.65 0.84 0.58 0.55 0.50 0.78 0.74 0.75 1.27 1.15 1.29 0.73 1.41 1.18 1.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.26 0.04 0.45 0.51 0.31
C2 0.04 0.00 0.39 0.43 0.01 0.67 0.02 1.37 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.34 0.52 1.04 0.02 1.61 1.11 1.23
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.19 0.03 0.09 0.20 0.16 0.21 0.29 0.48 0.38 0.13 0.04 0.01 0.06 0.02 0.24 0.13 0.42 0.34 0.32
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.23 0.01 0.29 0.02 0.29 0.47 0.33 0.57 0.41 0.45 0.22 0.03 0.01 0.02 0.27 0.33 0.36 0.32 0.25
C4 0.02 0.01 0.19 0.23 0.00 0.29 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.19 0.27 0.40 0.02 0.76 0.87 0.42
C4' 0.01 0.67 0.03 0.01 0.29 0.00 0.19 0.01 0.29 0.44 0.50 0.85 0.64 0.34 0.13 0.28 0.04 0.00 0.02 0.25 0.26 0.13 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.29 0.01 0.19 0.00 0.51 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.16 0.12 0.61 0.02 0.86 1.39 0.71
C5' 0.13 1.37 0.20 0.02 0.67 0.01 0.51 0.00 0.71 0.66 1.09 1.72 1.25 0.57 0.30 0.11 0.21 0.02 0.01 0.64 0.20 0.18 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.29 0.01 0.29 0.01 0.71 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.33 0.20 0.23 0.56 0.01 0.99 1.31 0.65
C8 0.02 0.02 0.21 0.47 0.01 0.44 0.02 0.66 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.37 0.18 0.29 1.22 0.05 1.25 1.89 1.41
N1 0.03 0.00 0.29 0.33 0.01 0.50 0.01 1.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.26 0.40 0.74 0.03 1.33 1.06 0.87
N2 0.05 0.01 0.48 0.57 0.02 0.85 0.02 1.72 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.44 0.44 0.61 1.50 0.04 2.21 1.61 1.86
N3 0.04 0.01 0.38 0.41 0.01 0.64 0.01 1.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.31 0.34 0.51 0.90 0.01 1.31 0.90 1.00
N7 0.02 0.02 0.13 0.45 0.01 0.34 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.20 0.15 1.13 0.05 1.25 2.03 1.37
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.13 0.02 0.30 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.54 0.04 0.65 1.03 0.61
O2' 0.02 0.34 0.01 0.03 0.23 0.28 0.32 0.11 0.33 0.37 0.32 0.44 0.31 0.40 0.21 0.00 0.12 0.21 0.22 0.37 0.37 0.31 0.28
O3' 0.32 0.34 0.06 0.01 0.19 0.04 0.16 0.21 0.20 0.18 0.26 0.44 0.34 0.20 0.12 0.12 0.00 0.22 0.37 0.23 0.62 0.35 0.39
O4' 0.01 0.52 0.02 0.02 0.27 0.00 0.12 0.02 0.23 0.29 0.40 0.61 0.51 0.15 0.02 0.21 0.22 0.00 0.34 0.17 0.48 0.45 0.36
O5' 0.26 1.04 0.24 0.27 0.40 0.02 0.61 0.01 0.56 1.22 0.74 1.50 0.90 1.13 0.54 0.22 0.37 0.34 0.00 0.68 0.03 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.13 0.33 0.02 0.25 0.02 0.64 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.37 0.23 0.17 0.68 0.00 1.06 1.60 0.82
OP1 0.45 1.61 0.42 0.36 0.76 0.26 0.86 0.20 0.99 1.25 1.33 2.21 1.31 1.25 0.65 0.37 0.62 0.48 0.03 1.06 0.00 0.04 0.03
OP2 0.51 1.11 0.34 0.32 0.87 0.13 1.39 0.18 1.31 1.89 1.06 1.61 0.90 2.03 1.03 0.31 0.35 0.45 0.01 1.60 0.04 0.00 0.01
P 0.31 1.23 0.32 0.25 0.42 0.06 0.71 0.02 0.65 1.41 0.87 1.86 1.00 1.37 0.61 0.28 0.39 0.36 0.01 0.82 0.03 0.01 0.00