ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49223

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.012, 0.033, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.028, 0.075, 0.121, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.075 std_dev=0.046
N4 A 0, 0.037, 0.092, 0.148, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.092 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.073, 0.213, 0.353, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.213 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.094, 0.321, 0.548, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.321 std_dev=0.227
P B 0, 0.202, 0.448, 0.693, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.448 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.156, 0.402, 0.648, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.402 std_dev=0.246
OP2 B 0, 0.288, 0.628, 0.967, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.628 std_dev=0.340
C3' A 0, 0.298, 0.656, 1.015, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.656 std_dev=0.359
C5' A 0, 0.280, 0.660, 1.041, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.660 std_dev=0.380
OP1 B 0, 0.266, 0.652, 1.037, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.652 std_dev=0.386
O2' A 0, 0.170, 0.573, 0.976, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.573 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.306, 0.745, 1.185, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.745 std_dev=0.440
O5' A 0, 0.339, 0.864, 1.389, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.864 std_dev=0.525
O3' A 0, 0.480, 1.075, 1.670, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.075 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.184, 0.940, 1.697, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.940 std_dev=0.756
OP1 A 0, 0.292, 1.201, 2.110, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.201 std_dev=0.909
P A 0, 0.293, 1.213, 2.132, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.213 std_dev=0.919
C3' B 0, 0.144, 1.198, 2.253, 2.996 max_d=2.996 avg_d=1.198 std_dev=1.054
C4' B 0, 0.170, 1.245, 2.320, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.245 std_dev=1.075
O4' B 0, 0.401, 1.505, 2.609, 3.329 max_d=3.329 avg_d=1.505 std_dev=1.104
C8 B 0, 0.659, 1.779, 2.899, 3.329 max_d=3.329 avg_d=1.779 std_dev=1.120
N9 B 0, 0.602, 1.890, 3.177, 3.855 max_d=3.855 avg_d=1.890 std_dev=1.288
C2' B 0, 0.265, 1.569, 2.873, 3.715 max_d=3.715 avg_d=1.569 std_dev=1.304
C1' B 0, 0.328, 1.643, 2.959, 3.808 max_d=3.808 avg_d=1.643 std_dev=1.316
OP2 A 0, 0.601, 1.944, 3.288, 3.673 max_d=3.673 avg_d=1.944 std_dev=1.343
N7 B 0, 0.854, 2.200, 3.547, 3.851 max_d=3.851 avg_d=2.200 std_dev=1.346
O3' B 0, 0.459, 1.868, 3.277, 3.935 max_d=3.935 avg_d=1.868 std_dev=1.409
C4 B 0, 0.809, 2.382, 3.954, 4.653 max_d=4.653 avg_d=2.382 std_dev=1.573
C5 B 0, 0.943, 2.551, 4.158, 4.636 max_d=4.636 avg_d=2.551 std_dev=1.608
O2' B 0, 0.658, 2.274, 3.890, 4.772 max_d=4.772 avg_d=2.274 std_dev=1.616
N3 B 0, 0.871, 2.695, 4.518, 5.398 max_d=5.398 avg_d=2.695 std_dev=1.824
C6 B 0, 1.149, 3.087, 5.024, 5.472 max_d=5.472 avg_d=3.087 std_dev=1.937
C2 B 0, 1.088, 3.165, 5.241, 6.079 max_d=6.079 avg_d=3.165 std_dev=2.076
O6 B 0, 1.277, 3.376, 5.475, 5.758 max_d=5.758 avg_d=3.376 std_dev=2.099
N1 B 0, 1.211, 3.345, 5.478, 6.116 max_d=6.116 avg_d=3.345 std_dev=2.133
N2 B 0, 1.195, 3.548, 5.901, 6.894 max_d=6.894 avg_d=3.548 std_dev=2.353

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.14 0.66 0.31
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.02 0.04 0.03 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.14 0.02 0.08 0.20 0.50 0.31
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.12 0.04 0.08 0.08 0.19 0.01 0.04 0.02 0.10 0.14 0.83 0.37
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.16 0.01 0.20 0.02 0.20 0.09 0.13 0.17 0.17 0.03 0.01 0.03 0.14 0.08 0.77 0.29
C4 0.02 0.02 0.07 0.16 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.21 0.05 0.13 0.25 0.40 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.12 0.03 0.01 0.01 0.09 0.54 0.15
C5 0.02 0.03 0.11 0.20 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.27 0.07 0.14 0.28 0.48 0.26
C5' 0.04 0.10 0.02 0.02 0.15 0.01 0.15 0.00 0.13 0.09 0.12 0.17 0.08 0.11 0.06 0.02 0.01 0.14 0.28 0.02
C6 0.02 0.02 0.12 0.20 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.24 0.08 0.13 0.25 0.50 0.31
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.11 0.02 0.09 0.20 0.54 0.32
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.16 0.03 0.11 0.23 0.41 0.29
N4 0.03 0.02 0.08 0.17 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.24 0.05 0.15 0.26 0.40 0.21
O2 0.02 0.02 0.19 0.17 0.03 0.06 0.04 0.08 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.21 0.22 0.04 0.07 0.18 0.57 0.32
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.06 0.12 0.07 0.11 0.07 0.03 0.10 0.06 0.21 0.00 0.07 0.08 0.07 0.08 0.81 0.27
O3' 0.03 0.14 0.04 0.01 0.21 0.03 0.27 0.06 0.24 0.11 0.16 0.24 0.22 0.07 0.00 0.02 0.22 0.16 0.77 0.25
O4' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.05 0.04 0.08 0.02 0.00 0.15 0.11 0.54 0.24
O5' 0.07 0.08 0.10 0.14 0.13 0.01 0.14 0.01 0.13 0.09 0.11 0.15 0.07 0.07 0.22 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.20 0.14 0.08 0.25 0.09 0.28 0.14 0.25 0.20 0.23 0.26 0.18 0.08 0.16 0.11 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.66 0.50 0.83 0.77 0.40 0.54 0.48 0.28 0.50 0.54 0.41 0.40 0.57 0.81 0.77 0.54 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.31 0.37 0.29 0.25 0.15 0.26 0.02 0.31 0.32 0.29 0.21 0.32 0.27 0.25 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.66 0.31 0.23 0.64 0.16 0.83 0.12 0.92 0.70 0.83 0.60 0.54 0.87 0.54 0.50 0.41 0.22 0.19 1.04 0.26 0.17 0.07
C2 0.29 0.69 0.24 0.31 0.67 0.25 0.88 0.19 0.97 0.75 0.87 0.63 0.57 0.94 0.57 0.45 0.61 0.31 0.26 1.11 0.13 0.31 0.11
C2' 0.35 0.64 0.40 0.28 0.63 0.18 0.80 0.12 0.88 0.69 0.79 0.59 0.55 0.84 0.55 0.50 0.50 0.22 0.20 0.99 0.36 0.21 0.16
C3' 0.33 0.65 0.43 0.19 0.62 0.06 0.76 0.22 0.84 0.63 0.78 0.62 0.56 0.77 0.53 0.51 0.34 0.13 0.22 0.93 0.58 0.25 0.32
C4 0.33 0.58 0.31 0.40 0.60 0.33 0.77 0.28 0.83 0.72 0.73 0.53 0.50 0.85 0.55 0.48 0.69 0.37 0.33 0.93 0.11 0.34 0.16
C4' 0.35 0.71 0.36 0.14 0.67 0.13 0.84 0.21 0.94 0.69 0.86 0.66 0.59 0.85 0.57 0.46 0.14 0.15 0.19 1.04 0.46 0.19 0.22
C5 0.39 0.56 0.43 0.44 0.59 0.33 0.71 0.20 0.74 0.69 0.66 0.51 0.50 0.77 0.55 0.57 0.68 0.36 0.27 0.81 0.26 0.17 0.07
C5' 0.44 0.78 0.44 0.21 0.75 0.22 0.89 0.29 0.97 0.74 0.91 0.73 0.68 0.88 0.64 0.45 0.26 0.25 0.27 1.05 0.52 0.29 0.31
C6 0.38 0.60 0.43 0.38 0.62 0.25 0.76 0.13 0.80 0.70 0.72 0.55 0.53 0.81 0.57 0.58 0.59 0.30 0.21 0.88 0.30 0.14 0.08
N1 0.31 0.64 0.31 0.31 0.64 0.22 0.82 0.14 0.89 0.72 0.80 0.58 0.54 0.87 0.55 0.49 0.55 0.27 0.22 1.01 0.22 0.21 0.07
N3 0.31 0.68 0.24 0.35 0.67 0.30 0.88 0.26 0.96 0.77 0.85 0.62 0.57 0.95 0.58 0.44 0.67 0.36 0.31 1.10 0.12 0.38 0.17
N4 0.33 0.56 0.29 0.40 0.58 0.37 0.74 0.35 0.79 0.70 0.69 0.50 0.48 0.83 0.53 0.45 0.70 0.40 0.39 0.90 0.22 0.45 0.25
O2 0.26 0.76 0.20 0.28 0.71 0.23 0.94 0.19 1.06 0.77 0.96 0.70 0.61 0.99 0.58 0.42 0.57 0.29 0.24 1.23 0.13 0.33 0.11
O2' 0.28 0.59 0.32 0.21 0.58 0.14 0.76 0.13 0.85 0.65 0.76 0.52 0.48 0.81 0.49 0.47 0.37 0.17 0.20 0.99 0.30 0.20 0.12
O3' 0.35 0.70 0.46 0.18 0.63 0.10 0.75 0.31 0.84 0.61 0.80 0.69 0.60 0.75 0.53 0.56 0.28 0.13 0.28 0.93 0.72 0.32 0.43
O4' 0.27 0.68 0.27 0.16 0.65 0.14 0.84 0.18 0.94 0.69 0.85 0.62 0.55 0.87 0.53 0.51 0.21 0.15 0.18 1.07 0.33 0.17 0.14
O5' 0.38 0.69 0.51 0.11 0.69 0.10 0.82 0.24 0.87 0.72 0.80 0.63 0.61 0.83 0.62 0.47 0.04 0.16 0.23 0.93 0.47 0.23 0.25
OP1 0.56 0.83 0.78 0.24 0.75 0.13 0.77 0.25 0.82 0.65 0.84 0.85 0.78 0.72 0.66 1.06 0.04 0.32 0.13 0.83 0.51 0.14 0.22
OP2 0.42 0.34 0.10 0.40 0.25 0.78 0.18 0.98 0.15 0.27 0.23 0.43 0.36 0.22 0.28 0.29 0.05 0.71 0.80 0.12 1.09 0.76 0.93
P 0.20 0.34 0.37 0.02 0.31 0.22 0.36 0.34 0.38 0.33 0.37 0.36 0.32 0.38 0.27 0.52 0.01 0.17 0.19 0.42 0.50 0.15 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.28 0.01 0.09 0.02 0.10 0.22 0.11
C2 0.03 0.00 0.25 0.06 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.39 0.21 0.13 0.02 0.12 0.21 0.12
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.11 0.02 0.02 0.18 0.06 0.20 0.17 0.32 0.25 0.14 0.03 0.01 0.04 0.04 0.36 0.03 0.40 0.56 0.44
C3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.02 0.14 0.22 0.09 0.08 0.05 0.22 0.12 0.01 0.01 0.02 0.12 0.17 0.16 0.21 0.14
C4 0.01 0.01 0.11 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.11 0.12 0.01 0.07 0.21 0.09
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.13 0.09 0.18 0.13 0.10 0.04 0.23 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.12 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.18 0.04 0.17 0.00 0.09 0.24 0.12
C5' 0.06 0.19 0.18 0.02 0.11 0.01 0.09 0.00 0.10 0.12 0.15 0.24 0.18 0.11 0.06 0.12 0.19 0.01 0.01 0.10 0.11 0.06 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.21 0.08 0.17 0.00 0.10 0.26 0.13
C8 0.01 0.02 0.20 0.22 0.01 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.45 0.16 0.13 0.21 0.01 0.12 0.22 0.13
N1 0.02 0.01 0.17 0.09 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.30 0.16 0.14 0.01 0.08 0.23 0.11
N2 0.04 0.01 0.32 0.08 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.45 0.47 0.25 0.14 0.02 0.16 0.21 0.15
N3 0.03 0.00 0.25 0.05 0.01 0.13 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.39 0.21 0.13 0.02 0.13 0.21 0.12
N7 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.44 0.16 0.07 0.23 0.01 0.16 0.27 0.17
N9 0.00 0.02 0.03 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.18 0.01 0.11 0.01 0.05 0.20 0.07
O2' 0.02 0.31 0.01 0.01 0.16 0.23 0.27 0.12 0.24 0.45 0.21 0.45 0.32 0.44 0.19 0.00 0.10 0.14 0.31 0.30 0.35 0.65 0.41
O3' 0.28 0.39 0.04 0.01 0.25 0.02 0.18 0.19 0.21 0.16 0.30 0.47 0.39 0.16 0.18 0.10 0.00 0.16 0.23 0.18 0.29 0.28 0.22
O4' 0.01 0.21 0.04 0.02 0.11 0.00 0.04 0.01 0.08 0.13 0.16 0.25 0.21 0.07 0.01 0.14 0.16 0.00 0.12 0.06 0.08 0.18 0.10
O5' 0.09 0.13 0.36 0.12 0.12 0.01 0.17 0.01 0.17 0.21 0.14 0.14 0.13 0.23 0.11 0.31 0.23 0.12 0.00 0.20 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.17 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.18 0.06 0.20 0.00 0.14 0.29 0.16
OP1 0.10 0.12 0.40 0.16 0.07 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.16 0.13 0.16 0.05 0.35 0.29 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.21 0.56 0.21 0.21 0.12 0.24 0.06 0.26 0.22 0.23 0.21 0.21 0.27 0.20 0.65 0.28 0.18 0.03 0.29 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.12 0.44 0.14 0.09 0.04 0.12 0.03 0.13 0.13 0.11 0.15 0.12 0.17 0.07 0.41 0.22 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00