ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49226

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.009, 0.041, 0.073, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.041 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.013, 0.048, 0.084, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.048 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.015, 0.058, 0.101, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.058 std_dev=0.043
O2' A 0, 0.024, 0.280, 0.536, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.280 std_dev=0.256
C2' A 0, -0.025, 0.307, 0.639, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.307 std_dev=0.332
O4' A 0, -0.063, 0.333, 0.729, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.333 std_dev=0.396
P B 0, 0.172, 0.670, 1.168, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.670 std_dev=0.498
OP2 B 0, 0.186, 0.727, 1.267, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.727 std_dev=0.540
OP1 B 0, 0.140, 0.734, 1.329, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.734 std_dev=0.595
C4' A 0, -0.104, 0.522, 1.149, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.522 std_dev=0.627
C3' A 0, -0.113, 0.514, 1.140, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.514 std_dev=0.627
O5' A 0, 0.057, 0.805, 1.554, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.805 std_dev=0.748
P A 0, 0.069, 0.823, 1.577, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.823 std_dev=0.754
OP2 A 0, 0.332, 1.158, 1.985, 1.875 max_d=1.875 avg_d=1.158 std_dev=0.827
O5' B 0, 0.065, 0.907, 1.750, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.907 std_dev=0.843
OP1 A 0, 0.356, 1.222, 2.089, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.222 std_dev=0.866
O3' A 0, -0.185, 0.750, 1.686, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.750 std_dev=0.935
C5' A 0, -0.127, 0.854, 1.835, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.854 std_dev=0.981
O3' B 0, -0.081, 0.940, 1.961, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.940 std_dev=1.021
C5' B 0, -0.157, 1.311, 2.780, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.311 std_dev=1.469
C3' B 0, -0.172, 1.512, 3.196, 3.862 max_d=3.862 avg_d=1.512 std_dev=1.684
C4' B 0, -0.353, 1.801, 3.954, 4.828 max_d=4.828 avg_d=1.801 std_dev=2.153
C2' B 0, 0.064, 2.684, 5.304, 6.238 max_d=6.238 avg_d=2.684 std_dev=2.620
O2' B 0, 0.482, 3.368, 6.254, 7.049 max_d=7.049 avg_d=3.368 std_dev=2.886
O4' B 0, -0.641, 2.535, 5.711, 7.014 max_d=7.014 avg_d=2.535 std_dev=3.176
C8 B 0, -0.393, 3.001, 6.396, 7.746 max_d=7.746 avg_d=3.001 std_dev=3.394
C1' B 0, -0.569, 2.843, 6.254, 7.639 max_d=7.639 avg_d=2.843 std_dev=3.411
N9 B 0, -0.649, 3.029, 6.707, 8.205 max_d=8.205 avg_d=3.029 std_dev=3.678
N7 B 0, -0.341, 3.493, 7.327, 8.831 max_d=8.831 avg_d=3.493 std_dev=3.834
C4 B 0, -0.811, 3.486, 7.783, 9.540 max_d=9.540 avg_d=3.486 std_dev=4.297
C5 B 0, -0.642, 3.754, 8.150, 9.923 max_d=9.923 avg_d=3.754 std_dev=4.396
N3 B 0, -0.968, 3.742, 8.453, 10.386 max_d=10.386 avg_d=3.742 std_dev=4.710
C6 B 0, -0.758, 4.289, 9.336, 11.374 max_d=11.374 avg_d=4.289 std_dev=5.047
O6 B 0, -0.580, 4.697, 9.974, 12.068 max_d=12.068 avg_d=4.697 std_dev=5.277
C2 B 0, -1.184, 4.114, 9.412, 11.594 max_d=11.594 avg_d=4.114 std_dev=5.298
N1 B 0, -1.100, 4.374, 9.848, 12.092 max_d=12.092 avg_d=4.374 std_dev=5.474
N2 B 0, -1.290, 4.443, 10.177, 12.539 max_d=12.539 avg_d=4.443 std_dev=5.733

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.24 0.72 0.20
C2 0.03 0.00 0.17 0.21 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.28 0.08 0.09 0.44 0.74 0.12
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.15 0.09 0.27 0.00 0.08 0.02 0.08 0.29 0.95 0.36
C3' 0.03 0.21 0.01 0.00 0.16 0.00 0.06 0.01 0.04 0.10 0.21 0.18 0.26 0.03 0.02 0.02 0.09 0.43 0.84 0.37
C4 0.03 0.01 0.08 0.16 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.20 0.03 0.09 0.63 0.66 0.08
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.09 0.03 0.01 0.03 0.21 0.36 0.16
C5 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.08 0.63 0.67 0.10
C5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.16 0.11 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.09 0.07 0.49 0.74 0.14
N1 0.02 0.01 0.04 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.08 0.39 0.75 0.15
N3 0.03 0.00 0.15 0.21 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.28 0.06 0.09 0.55 0.71 0.08
N4 0.04 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.22 0.04 0.10 0.72 0.58 0.10
O2 0.04 0.00 0.27 0.26 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.36 0.11 0.10 0.39 0.73 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05 0.08 0.06 0.02 0.07 0.05 0.16 0.00 0.11 0.08 0.04 0.26 0.81 0.29
O3' 0.07 0.28 0.08 0.02 0.20 0.03 0.07 0.03 0.04 0.13 0.28 0.22 0.36 0.11 0.00 0.05 0.09 0.74 0.85 0.46
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.06 0.04 0.11 0.08 0.05 0.00 0.06 0.26 0.39 0.08
O5' 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.03 0.08 0.01 0.07 0.08 0.09 0.10 0.10 0.04 0.09 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.24 0.44 0.29 0.43 0.63 0.21 0.63 0.16 0.49 0.39 0.55 0.72 0.39 0.26 0.74 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.72 0.74 0.95 0.84 0.66 0.36 0.67 0.11 0.74 0.75 0.71 0.58 0.73 0.81 0.85 0.39 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.20 0.12 0.36 0.37 0.08 0.16 0.10 0.01 0.14 0.15 0.08 0.10 0.13 0.29 0.46 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.48 0.77 0.56 0.23 0.89 0.15 1.19 0.16 1.25 1.16 1.03 0.60 0.66 1.35 0.86 0.32 0.11 0.14 0.10 1.43 0.61 0.14 0.10
C2 0.26 0.60 0.32 0.09 0.70 0.38 1.01 0.38 1.08 0.98 0.86 0.45 0.48 1.19 0.65 0.18 0.14 0.06 0.05 1.28 0.66 0.11 0.12
C2' 0.29 0.56 0.49 0.19 0.68 0.24 0.95 0.18 1.01 0.92 0.81 0.40 0.46 1.09 0.64 0.37 0.09 0.08 0.11 1.18 0.68 0.14 0.13
C3' 0.24 0.45 0.48 0.16 0.57 0.23 0.81 0.16 0.85 0.80 0.67 0.30 0.37 0.94 0.55 0.39 0.09 0.12 0.10 0.99 0.56 0.16 0.11
C4 0.03 0.15 0.07 0.13 0.26 0.49 0.49 0.48 0.51 0.54 0.33 0.06 0.09 0.66 0.26 0.16 0.15 0.19 0.06 0.65 0.67 0.17 0.10
C4' 0.57 0.81 0.69 0.29 0.94 0.04 1.20 0.08 1.24 1.18 1.04 0.63 0.72 1.33 0.92 0.44 0.09 0.23 0.13 1.39 0.50 0.10 0.11
C5 0.07 0.06 0.11 0.10 0.21 0.34 0.41 0.30 0.40 0.53 0.22 0.09 0.04 0.59 0.26 0.09 0.10 0.09 0.07 0.52 0.63 0.22 0.09
C5' 0.69 0.78 0.78 0.36 0.96 0.18 1.16 0.16 1.16 1.18 0.98 0.60 0.74 1.29 0.97 0.52 0.05 0.39 0.15 1.27 0.42 0.08 0.11
C6 0.25 0.29 0.29 0.13 0.46 0.21 0.68 0.18 0.67 0.78 0.47 0.15 0.25 0.86 0.50 0.10 0.10 0.04 0.09 0.80 0.61 0.20 0.10
N1 0.34 0.56 0.40 0.15 0.70 0.25 0.97 0.24 1.01 0.99 0.80 0.40 0.47 1.15 0.68 0.20 0.12 0.04 0.08 1.18 0.63 0.15 0.10
N3 0.11 0.40 0.16 0.08 0.50 0.48 0.78 0.48 0.84 0.77 0.64 0.27 0.30 0.96 0.46 0.16 0.16 0.16 0.03 1.02 0.67 0.13 0.12
N4 0.19 0.07 0.20 0.24 0.05 0.60 0.23 0.62 0.25 0.26 0.11 0.16 0.12 0.37 0.05 0.28 0.17 0.33 0.14 0.38 0.66 0.21 0.10
O2 0.32 0.78 0.38 0.11 0.85 0.38 1.21 0.39 1.32 1.12 1.08 0.61 0.62 1.38 0.76 0.23 0.15 0.06 0.06 1.55 0.67 0.09 0.13
O2' 0.32 0.66 0.51 0.17 0.76 0.24 1.07 0.18 1.15 1.01 0.94 0.49 0.54 1.21 0.70 0.36 0.10 0.07 0.11 1.35 0.68 0.14 0.12
O3' 0.17 0.39 0.49 0.16 0.50 0.24 0.72 0.14 0.76 0.69 0.60 0.24 0.31 0.83 0.47 0.48 0.06 0.21 0.12 0.90 0.57 0.16 0.12
O4' 0.70 0.97 0.72 0.32 1.12 0.04 1.41 0.08 1.46 1.39 1.24 0.78 0.88 1.57 1.08 0.42 0.11 0.36 0.14 1.63 0.52 0.10 0.11
O5' 0.52 0.44 0.64 0.34 0.66 0.15 0.84 0.18 0.81 0.95 0.62 0.26 0.43 1.00 0.73 0.39 0.05 0.30 0.19 0.91 0.47 0.14 0.19
OP1 0.04 0.44 0.03 0.22 0.36 0.08 0.46 0.21 0.54 0.28 0.52 0.42 0.33 0.41 0.22 0.34 0.01 0.04 0.63 0.60 0.46 0.82 0.76
OP2 0.49 1.16 0.39 0.08 0.73 0.10 0.57 0.35 0.73 0.20 0.99 1.40 1.07 0.28 0.45 0.75 0.01 0.31 0.24 0.65 0.70 0.27 0.31
P 0.04 0.42 0.06 0.01 0.23 0.04 0.25 0.15 0.31 0.26 0.37 0.55 0.37 0.28 0.13 0.12 0.00 0.05 0.06 0.34 0.26 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.04 0.14 0.00 0.01 0.01 0.51 0.31 0.04
C2 0.04 0.00 0.24 0.23 0.01 0.03 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.53 0.39 0.10 0.30 0.02 1.07 0.25 0.44
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.17 0.03 0.15 0.13 0.18 0.02 0.23 0.27 0.23 0.07 0.07 0.00 0.03 0.03 0.25 0.17 0.49 0.13 0.30
C3' 0.03 0.23 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.24 0.24 0.23 0.26 0.20 0.25 0.16 0.02 0.00 0.03 0.06 0.28 0.07 0.02 0.07
C4 0.02 0.01 0.17 0.18 0.00 0.08 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.24 0.08 0.25 0.01 1.04 0.33 0.38
C4' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.16 0.08 0.03 0.02 0.17 0.09 0.27 0.05 0.01 0.04 0.17 0.10 0.03 0.07
C5 0.01 0.01 0.15 0.23 0.01 0.13 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.25 0.08 0.34 0.01 1.27 0.43 0.52
C5' 0.09 0.23 0.13 0.02 0.28 0.01 0.38 0.00 0.38 0.41 0.31 0.19 0.20 0.44 0.27 0.14 0.25 0.02 0.01 0.44 0.05 0.14 0.05
C6 0.02 0.01 0.18 0.24 0.01 0.13 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.41 0.30 0.09 0.39 0.01 1.36 0.42 0.60
C8 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.16 0.01 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.22 0.03 0.26 0.04 1.12 0.51 0.38
N1 0.03 0.01 0.23 0.23 0.01 0.08 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.50 0.34 0.10 0.36 0.02 1.25 0.33 0.54
N2 0.06 0.00 0.27 0.26 0.01 0.03 0.02 0.19 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.59 0.48 0.11 0.30 0.03 1.01 0.19 0.42
N3 0.05 0.00 0.23 0.20 0.00 0.02 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.47 0.36 0.10 0.24 0.01 0.94 0.24 0.35
N7 0.02 0.02 0.07 0.25 0.01 0.17 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.26 0.05 0.35 0.04 1.35 0.54 0.54
N9 0.00 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.13 0.04 0.17 0.02 0.89 0.38 0.26
O2' 0.04 0.53 0.00 0.02 0.33 0.27 0.32 0.14 0.41 0.08 0.50 0.59 0.47 0.19 0.13 0.00 0.07 0.21 0.15 0.39 0.33 0.06 0.22
O3' 0.14 0.39 0.03 0.00 0.24 0.05 0.25 0.25 0.30 0.22 0.34 0.48 0.36 0.26 0.13 0.07 0.00 0.12 0.19 0.33 0.37 0.18 0.22
O4' 0.00 0.10 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.10 0.11 0.10 0.05 0.04 0.21 0.12 0.00 0.23 0.09 0.23 0.45 0.26
O5' 0.01 0.30 0.25 0.06 0.25 0.04 0.34 0.01 0.39 0.26 0.36 0.30 0.24 0.35 0.17 0.15 0.19 0.23 0.00 0.44 0.01 0.03 0.01
O6 0.01 0.02 0.17 0.28 0.01 0.17 0.01 0.44 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.39 0.33 0.09 0.44 0.00 1.49 0.50 0.69
OP1 0.51 1.07 0.49 0.07 1.04 0.10 1.27 0.05 1.36 1.12 1.25 1.01 0.94 1.35 0.89 0.33 0.37 0.23 0.01 1.49 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.25 0.13 0.02 0.33 0.03 0.43 0.14 0.42 0.51 0.33 0.19 0.24 0.54 0.38 0.06 0.18 0.45 0.03 0.50 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.44 0.30 0.07 0.38 0.07 0.52 0.05 0.60 0.38 0.54 0.42 0.35 0.54 0.26 0.22 0.22 0.26 0.01 0.69 0.00 0.00 0.00