ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49227

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, -0.001, 0.008, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.008, 0.035, 0.061, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.008, 0.039, 0.071, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.003, 0.099, 0.201, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.099 std_dev=0.102
OP2 B 0, 0.025, 0.132, 0.239, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.132 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.014, 0.131, 0.248, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.131 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.031, 0.188, 0.345, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.188 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.014, 0.179, 0.343, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.179 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.014, 0.194, 0.373, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.194 std_dev=0.179
P B 0, -0.014, 0.176, 0.366, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.176 std_dev=0.190
C8 B 0, 0.062, 0.284, 0.507, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.284 std_dev=0.222
C5' A 0, 0.010, 0.277, 0.544, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.277 std_dev=0.267
N9 B 0, 0.063, 0.334, 0.604, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.334 std_dev=0.270
C5' B 0, -0.009, 0.264, 0.537, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.264 std_dev=0.273
O3' A 0, 0.013, 0.288, 0.562, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.288 std_dev=0.275
OP2 A 0, 0.021, 0.300, 0.579, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.300 std_dev=0.279
C3' B 0, 0.014, 0.327, 0.640, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.327 std_dev=0.313
O5' B 0, -0.006, 0.315, 0.636, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.315 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.010, 0.352, 0.694, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.352 std_dev=0.342
P A 0, -0.035, 0.322, 0.678, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.322 std_dev=0.357
N7 B 0, 0.050, 0.408, 0.765, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.408 std_dev=0.357
C1' B 0, 0.009, 0.373, 0.737, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.373 std_dev=0.364
O5' A 0, -0.044, 0.337, 0.717, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.337 std_dev=0.380
C4 B 0, 0.067, 0.471, 0.875, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.471 std_dev=0.404
C2' B 0, 0.034, 0.446, 0.858, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.446 std_dev=0.412
O4' B 0, 0.010, 0.435, 0.861, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.435 std_dev=0.425
C5 B 0, 0.060, 0.501, 0.941, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.501 std_dev=0.441
OP1 B 0, -0.092, 0.355, 0.801, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.355 std_dev=0.446
O3' B 0, -0.087, 0.420, 0.927, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.420 std_dev=0.507
N3 B 0, 0.057, 0.593, 1.129, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.593 std_dev=0.536
C6 B 0, 0.041, 0.647, 1.253, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.647 std_dev=0.606
C2 B 0, 0.050, 0.716, 1.381, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.716 std_dev=0.665
N1 B 0, 0.043, 0.733, 1.423, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.733 std_dev=0.690
O6 B 0, 0.011, 0.719, 1.428, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.719 std_dev=0.709
OP1 A 0, -0.138, 0.611, 1.359, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.611 std_dev=0.748
N2 B 0, 0.045, 0.855, 1.665, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.855 std_dev=0.810
O2' B 0, -0.106, 0.912, 1.930, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.912 std_dev=1.018

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.17 0.00
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.03 0.16 0.03
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.14 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.08 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.00 0.02 0.13 0.02
N4 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.02 0.04 0.21 0.02
O2 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.10 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.15 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.10 0.04 0.00 0.01 0.08 0.16 0.22 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04
O5' 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.03 0.06 0.10 0.03 0.02 0.07 0.02 0.08 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.16 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.12 0.17 0.16 0.13 0.14 0.13 0.05 0.02 0.13 0.21 0.05 0.15 0.22 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.09 0.37 0.09 0.08 0.08 0.12 0.10 0.11 0.14 0.09 0.10 0.09 0.18 0.07 0.92 0.04 0.10 0.08 0.12 0.10 0.07 0.02
C2 0.13 0.11 0.39 0.05 0.12 0.05 0.21 0.03 0.21 0.19 0.16 0.09 0.08 0.27 0.08 0.79 0.15 0.07 0.19 0.25 0.02 0.05 0.08
C2' 0.18 0.08 0.31 0.09 0.07 0.07 0.12 0.08 0.11 0.14 0.08 0.10 0.09 0.18 0.06 0.81 0.03 0.10 0.11 0.12 0.13 0.05 0.01
C3' 0.15 0.06 0.21 0.09 0.05 0.08 0.11 0.08 0.09 0.15 0.06 0.09 0.07 0.18 0.04 0.65 0.06 0.10 0.11 0.09 0.19 0.07 0.01
C4 0.07 0.12 0.34 0.07 0.13 0.08 0.22 0.05 0.23 0.20 0.18 0.10 0.08 0.27 0.09 0.54 0.31 0.11 0.28 0.27 0.02 0.04 0.09
C4' 0.18 0.07 0.20 0.11 0.05 0.11 0.09 0.12 0.07 0.14 0.05 0.10 0.08 0.17 0.03 0.74 0.19 0.14 0.03 0.07 0.20 0.11 0.02
C5 0.10 0.05 0.34 0.05 0.07 0.05 0.14 0.03 0.14 0.15 0.09 0.04 0.03 0.20 0.05 0.51 0.29 0.06 0.22 0.16 0.14 0.03 0.03
C5' 0.14 0.05 0.07 0.13 0.03 0.13 0.09 0.12 0.05 0.16 0.02 0.09 0.06 0.16 0.04 0.48 0.26 0.15 0.03 0.05 0.25 0.13 0.03
C6 0.17 0.05 0.38 0.06 0.05 0.05 0.10 0.07 0.09 0.13 0.05 0.06 0.06 0.17 0.04 0.69 0.16 0.06 0.13 0.11 0.15 0.04 0.02
N1 0.17 0.07 0.39 0.06 0.08 0.06 0.14 0.06 0.14 0.15 0.09 0.07 0.07 0.21 0.06 0.82 0.10 0.06 0.13 0.16 0.07 0.05 0.03
N3 0.09 0.14 0.37 0.06 0.15 0.07 0.24 0.04 0.26 0.22 0.21 0.12 0.10 0.30 0.10 0.67 0.24 0.11 0.25 0.30 0.07 0.04 0.10
N4 0.02 0.16 0.30 0.09 0.15 0.13 0.24 0.10 0.26 0.21 0.22 0.14 0.11 0.29 0.12 0.42 0.38 0.17 0.33 0.31 0.11 0.05 0.12
O2 0.14 0.11 0.40 0.06 0.12 0.05 0.21 0.03 0.22 0.19 0.17 0.10 0.08 0.27 0.08 0.86 0.11 0.06 0.18 0.26 0.06 0.06 0.09
O2' 0.20 0.10 0.30 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.10 0.17 0.07 0.87 0.09 0.12 0.07 0.11 0.12 0.05 0.02
O3' 0.15 0.06 0.15 0.10 0.05 0.09 0.11 0.09 0.08 0.16 0.05 0.09 0.06 0.18 0.04 0.57 0.11 0.12 0.11 0.09 0.20 0.07 0.01
O4' 0.20 0.08 0.32 0.10 0.07 0.10 0.11 0.12 0.09 0.14 0.07 0.10 0.09 0.17 0.06 0.92 0.14 0.13 0.03 0.09 0.15 0.10 0.01
O5' 0.03 0.12 0.08 0.01 0.19 0.01 0.25 0.02 0.22 0.32 0.17 0.08 0.11 0.33 0.20 0.20 0.04 0.01 0.17 0.23 0.20 0.23 0.08
OP1 0.33 0.31 0.57 0.15 0.38 0.14 0.41 0.12 0.37 0.47 0.33 0.26 0.32 0.46 0.41 0.73 0.04 0.18 0.25 0.37 0.18 0.36 0.18
OP2 0.20 0.17 0.07 0.26 0.13 0.31 0.09 0.33 0.11 0.05 0.14 0.19 0.18 0.04 0.11 0.13 0.07 0.29 0.10 0.10 0.60 0.16 0.29
P 0.04 0.03 0.20 0.03 0.11 0.04 0.16 0.03 0.13 0.24 0.07 0.02 0.03 0.24 0.15 0.24 0.01 0.04 0.15 0.13 0.26 0.19 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.26 0.02 0.19 0.17 0.03
C2 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.29 0.08 0.28 0.02 0.03 0.33 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.18 0.06 0.13 0.02 0.12 0.09 0.12 0.04 0.00 0.02 0.01 0.36 0.11 0.47 0.15 0.28
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.02 0.11 0.22 0.06 0.02 0.00 0.21 0.12 0.02 0.01 0.01 0.07 0.12 0.17 0.26 0.09
C4 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.15 0.03 0.27 0.02 0.03 0.30 0.06
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.13 0.01 0.08 0.07 0.13 0.05 0.27 0.07 0.01 0.02 0.06 0.15 0.26 0.09
C5 0.00 0.00 0.06 0.14 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.05 0.04 0.22 0.02 0.13 0.36 0.13
C5' 0.09 0.10 0.18 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.11 0.12 0.03 0.07 0.09 0.23 0.01 0.01 0.03 0.20 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.12 0.02 0.22 0.01 0.18 0.38 0.15
C8 0.00 0.00 0.13 0.22 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.12 0.11 0.20 0.03 0.06 0.28 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.22 0.03 0.25 0.01 0.11 0.37 0.12
N2 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.36 0.10 0.28 0.01 0.03 0.33 0.07
N3 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.28 0.10 0.30 0.02 0.07 0.29 0.04
N7 0.00 0.00 0.12 0.21 0.00 0.13 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.36 0.09 0.10 0.17 0.03 0.19 0.36 0.15
N9 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 0.02 0.27 0.03 0.07 0.25 0.03
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.15 0.27 0.28 0.09 0.30 0.30 0.19 0.07 0.03 0.36 0.17 0.00 0.02 0.18 0.23 0.38 0.39 0.21 0.20
O3' 0.16 0.29 0.02 0.01 0.15 0.07 0.05 0.23 0.12 0.12 0.22 0.36 0.28 0.09 0.05 0.02 0.00 0.09 0.33 0.09 0.08 0.38 0.29
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.11 0.03 0.10 0.10 0.10 0.02 0.18 0.09 0.00 0.11 0.04 0.04 0.34 0.15
O5' 0.26 0.28 0.36 0.07 0.27 0.02 0.22 0.01 0.22 0.20 0.25 0.28 0.30 0.17 0.27 0.23 0.33 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.12 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.38 0.09 0.04 0.19 0.00 0.26 0.39 0.19
OP1 0.19 0.03 0.47 0.17 0.03 0.15 0.13 0.20 0.18 0.06 0.11 0.03 0.07 0.19 0.07 0.39 0.08 0.04 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.33 0.15 0.26 0.30 0.26 0.36 0.10 0.38 0.28 0.37 0.33 0.29 0.36 0.25 0.21 0.38 0.34 0.01 0.39 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.28 0.09 0.06 0.09 0.13 0.01 0.15 0.07 0.12 0.07 0.04 0.15 0.03 0.20 0.29 0.15 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00