ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49231

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 11, 19, 6, 5, 3, 1, 1, 0, 2, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.015, 0.076, 0.136, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.076 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.017, 0.079, 0.141, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.079 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.028, 0.100, 0.172, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.100 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.032, 0.120, 0.208, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.120 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.027, 0.125, 0.223, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.125 std_dev=0.098
O3' A 0, 0.045, 0.187, 0.328, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.187 std_dev=0.142
C5' A 0, 0.050, 0.199, 0.349, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.199 std_dev=0.150
OP1 B 0, 0.068, 0.255, 0.442, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.255 std_dev=0.187
P B 0, 0.100, 0.324, 0.547, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.324 std_dev=0.223
OP2 B 0, 0.066, 0.535, 1.004, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.535 std_dev=0.469
OP2 A 0, -0.025, 0.749, 1.523, 2.830 max_d=2.830 avg_d=0.749 std_dev=0.774
O5' A 0, -0.333, 0.530, 1.394, 2.861 max_d=2.861 avg_d=0.530 std_dev=0.863
P A 0, -0.284, 0.701, 1.686, 3.354 max_d=3.354 avg_d=0.701 std_dev=0.985
O5' B 0, -0.294, 0.695, 1.684, 3.240 max_d=3.240 avg_d=0.695 std_dev=0.989
C5 B 0, -0.123, 0.916, 1.955, 4.193 max_d=4.193 avg_d=0.916 std_dev=1.039
OP1 A 0, -0.274, 0.843, 1.959, 3.800 max_d=3.800 avg_d=0.843 std_dev=1.116
N4 B 0, -0.106, 1.113, 2.333, 5.114 max_d=5.114 avg_d=1.113 std_dev=1.220
C6 B 0, -0.342, 1.027, 2.396, 5.015 max_d=5.015 avg_d=1.027 std_dev=1.369
C4 B 0, -0.280, 1.132, 2.544, 5.612 max_d=5.612 avg_d=1.132 std_dev=1.412
C5' B 0, -0.624, 0.950, 2.525, 5.027 max_d=5.027 avg_d=0.950 std_dev=1.574
N3 B 0, -0.638, 1.422, 3.483, 7.676 max_d=7.676 avg_d=1.422 std_dev=2.061
N1 B 0, -0.753, 1.352, 3.457, 7.256 max_d=7.256 avg_d=1.352 std_dev=2.105
O4' B 0, -0.860, 1.365, 3.589, 7.216 max_d=7.216 avg_d=1.365 std_dev=2.224
C4' B 0, -0.983, 1.310, 3.602, 7.187 max_d=7.187 avg_d=1.310 std_dev=2.293
C2 B 0, -0.893, 1.548, 3.988, 8.577 max_d=8.577 avg_d=1.548 std_dev=2.441
C1' B 0, -1.065, 1.544, 4.153, 8.521 max_d=8.521 avg_d=1.544 std_dev=2.609
C3' B 0, -1.210, 1.428, 4.066, 8.151 max_d=8.151 avg_d=1.428 std_dev=2.638
C2' B 0, -1.392, 1.709, 4.811, 9.769 max_d=9.769 avg_d=1.709 std_dev=3.102
O2 B 0, -1.250, 1.858, 4.966, 10.626 max_d=10.626 avg_d=1.858 std_dev=3.108
O3' B 0, -1.560, 1.571, 4.702, 9.566 max_d=9.566 avg_d=1.571 std_dev=3.131
O2' B 0, -1.758, 2.043, 5.844, 12.006 max_d=12.006 avg_d=2.043 std_dev=3.801

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.30 0.13 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.40 0.53 0.09 0.20
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.23 0.30 0.07 0.11
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.31 0.34 0.13 0.20
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.57 0.78 0.09 0.38
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.17 0.07 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.60 0.83 0.09 0.41
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.24 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.52 0.70 0.10 0.30
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.38 0.52 0.10 0.18
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.49 0.65 0.09 0.30
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.61 0.85 0.09 0.44
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.30 0.41 0.10 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.14 0.06 0.07
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.00 0.02 0.23 0.26 0.24 0.21
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.22 0.21 0.14
O5' 0.17 0.40 0.23 0.31 0.57 0.01 0.60 0.01 0.52 0.38 0.49 0.61 0.30 0.05 0.23 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.30 0.53 0.30 0.34 0.78 0.17 0.83 0.24 0.70 0.52 0.65 0.85 0.41 0.14 0.26 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.09 0.07 0.13 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.06 0.24 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.20 0.11 0.20 0.38 0.05 0.41 0.01 0.30 0.18 0.30 0.44 0.12 0.07 0.21 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.46 0.55 0.70 0.66 0.08 0.57 0.13 0.41 0.34 0.61 0.77 0.40 0.33 1.00 0.23 0.31 0.12 0.43 0.09
C2 0.15 0.20 0.14 0.25 0.46 0.25 0.43 0.24 0.26 0.13 0.35 0.58 0.12 0.15 0.37 0.33 0.20 0.11 0.41 0.10
C2' 0.38 0.65 0.87 0.98 0.73 0.33 0.62 0.21 0.52 0.53 0.74 0.80 0.65 0.75 1.35 0.08 0.42 0.13 0.37 0.11
C3' 0.70 0.92 1.30 1.38 0.86 0.66 0.72 0.41 0.67 0.77 0.95 0.89 0.99 1.27 1.86 0.32 0.54 0.15 0.33 0.12
C4 0.14 0.18 0.11 0.16 0.39 0.24 0.39 0.24 0.25 0.14 0.29 0.48 0.12 0.17 0.20 0.26 0.18 0.11 0.38 0.11
C4' 0.55 0.87 1.20 1.31 0.89 0.47 0.73 0.26 0.63 0.70 0.95 0.95 0.91 1.09 1.78 0.13 0.49 0.14 0.40 0.12
C5 0.15 0.38 0.40 0.53 0.54 0.12 0.50 0.13 0.39 0.32 0.49 0.61 0.33 0.26 0.68 0.14 0.32 0.12 0.39 0.10
C5' 0.81 1.09 1.56 1.63 1.00 0.71 0.81 0.40 0.75 0.90 1.13 1.02 1.19 1.51 2.17 0.32 0.58 0.16 0.38 0.14
C6 0.20 0.49 0.59 0.74 0.63 0.14 0.57 0.12 0.44 0.39 0.60 0.71 0.44 0.41 1.00 0.13 0.35 0.12 0.41 0.10
N1 0.07 0.37 0.41 0.55 0.58 0.10 0.52 0.15 0.37 0.28 0.52 0.69 0.30 0.21 0.78 0.24 0.28 0.12 0.42 0.10
N3 0.22 0.12 0.13 0.12 0.37 0.32 0.37 0.29 0.21 0.09 0.25 0.48 0.11 0.29 0.16 0.35 0.16 0.12 0.39 0.11
N4 0.22 0.12 0.23 0.21 0.28 0.32 0.30 0.29 0.19 0.12 0.18 0.37 0.15 0.34 0.26 0.28 0.14 0.12 0.33 0.13
O2 0.22 0.15 0.09 0.19 0.43 0.30 0.41 0.27 0.23 0.09 0.31 0.57 0.11 0.24 0.29 0.39 0.17 0.11 0.42 0.10
O2' 0.28 0.60 0.78 0.89 0.73 0.22 0.62 0.14 0.48 0.46 0.72 0.82 0.58 0.62 1.23 0.08 0.37 0.12 0.39 0.10
O3' 0.88 1.07 1.52 1.56 0.93 0.83 0.76 0.53 0.75 0.91 1.07 0.93 1.19 1.57 2.07 0.49 0.60 0.16 0.30 0.13
O4' 0.19 0.58 0.75 0.90 0.75 0.12 0.64 0.11 0.47 0.43 0.73 0.86 0.55 0.53 1.27 0.20 0.35 0.12 0.45 0.09
O5' 1.11 1.29 1.86 2.05 1.23 1.17 1.12 0.93 1.09 1.18 1.30 1.23 1.32 1.75 2.63 0.70 1.11 0.75 0.92 0.71
OP1 1.31 1.61 2.10 2.27 1.64 1.28 1.53 1.08 1.46 1.50 1.67 1.65 1.58 1.78 2.60 0.85 1.39 1.05 1.35 1.07
OP2 1.14 1.26 2.05 1.96 0.90 1.03 0.68 0.55 0.74 1.05 1.15 0.83 1.49 2.20 2.55 0.58 0.57 0.13 0.21 0.09
P 1.19 1.35 2.03 2.16 1.21 1.19 1.08 0.87 1.08 1.23 1.33 1.19 1.42 1.92 2.72 0.73 1.03 0.64 0.81 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.10 0.10
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.07 0.09 0.16 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.11 0.17 0.23 0.21
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.12 0.20 0.24 0.22
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.16 0.19 0.19
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.10 0.15 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.09 0.13 0.20 0.18
N4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.12 0.20 0.25 0.22
O2 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.09 0.03 0.05 0.06 0.14 0.12
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.09 0.08 0.11 0.00 0.06 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.09 0.06 0.00 0.02 0.04 0.17 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.10 0.10 0.12
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.01 0.11 0.07 0.09 0.12 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.09 0.07 0.11 0.17 0.04 0.20 0.05 0.16 0.10 0.13 0.20 0.06 0.08 0.17 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.16 0.06 0.07 0.23 0.03 0.24 0.01 0.19 0.15 0.20 0.25 0.14 0.05 0.10 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.15 0.03 0.04 0.21 0.04 0.22 0.01 0.19 0.15 0.18 0.22 0.12 0.04 0.07 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00