ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49232

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 2, 5, 6, 6, 9, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.082, 0.190, 0.299, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.190 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.080, 0.196, 0.312, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.196 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.089, 0.213, 0.337, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.213 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.138, 0.298, 0.458, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.298 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.133, 0.317, 0.502, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.317 std_dev=0.184
OP2 B 0, 0.342, 0.581, 0.820, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.581 std_dev=0.239
P B 0, 0.376, 0.619, 0.863, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.619 std_dev=0.244
C5' A 0, 0.250, 0.505, 0.760, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.505 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.322, 0.579, 0.836, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.579 std_dev=0.257
O3' A 0, 0.180, 0.450, 0.720, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.450 std_dev=0.270
O5' B 0, 0.426, 0.703, 0.979, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.703 std_dev=0.276
O5' A 0, 0.188, 0.525, 0.861, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.525 std_dev=0.337
C5' B 0, 0.478, 0.815, 1.152, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.815 std_dev=0.337
O3' B 0, 0.371, 0.711, 1.052, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.711 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.452, 0.848, 1.244, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.848 std_dev=0.396
C4' B 0, 0.525, 0.927, 1.330, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.927 std_dev=0.402
O4' B 0, 0.649, 1.170, 1.691, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.170 std_dev=0.521
P A 0, 0.207, 0.753, 1.298, 2.872 max_d=2.872 avg_d=0.753 std_dev=0.545
C2' B 0, 0.537, 1.129, 1.721, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.129 std_dev=0.592
O2 B 0, 0.833, 1.427, 2.021, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.427 std_dev=0.594
C1' B 0, 0.673, 1.284, 1.895, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.284 std_dev=0.611
C2 B 0, 0.790, 1.410, 2.029, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.410 std_dev=0.619
N1 B 0, 0.707, 1.330, 1.954, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.330 std_dev=0.624
C6 B 0, 0.724, 1.351, 1.977, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.351 std_dev=0.627
N3 B 0, 0.843, 1.497, 2.150, 3.499 max_d=3.499 avg_d=1.497 std_dev=0.654
C5 B 0, 0.767, 1.432, 2.098, 3.668 max_d=3.668 avg_d=1.432 std_dev=0.665
C4 B 0, 0.824, 1.509, 2.194, 3.794 max_d=3.794 avg_d=1.509 std_dev=0.685
N4 B 0, 0.904, 1.638, 2.371, 4.237 max_d=4.237 avg_d=1.638 std_dev=0.734
O2' B 0, 0.464, 1.306, 2.147, 4.119 max_d=4.119 avg_d=1.306 std_dev=0.841
OP2 A 0, 0.123, 1.024, 1.926, 4.405 max_d=4.405 avg_d=1.024 std_dev=0.901
OP1 A 0, -0.115, 0.961, 2.038, 5.241 max_d=5.241 avg_d=0.961 std_dev=1.077

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.35 0.22 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.16 0.44 0.44 0.07
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01 0.05 0.20 0.31 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.08 0.04 0.16 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.28 0.13
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.20 0.57 0.45 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.23 0.62 0.34 0.16
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.01 0.08 0.00 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.16 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.22 0.57 0.26 0.15
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.17 0.46 0.32 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.18 0.50 0.49 0.08
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.21 0.59 0.48 0.13
O2 0.02 0.00 0.16 0.16 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.20 0.03 0.14 0.38 0.46 0.07
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.12 0.00 0.03 0.04 0.03 0.18 0.24 0.08
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.03 0.10 0.02 0.09 0.04 0.20 0.03 0.00 0.01 0.17 0.35 0.28 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.14 0.37 0.12 0.11
O5' 0.12 0.16 0.05 0.08 0.20 0.01 0.23 0.01 0.22 0.17 0.18 0.21 0.14 0.03 0.17 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.35 0.44 0.20 0.20 0.57 0.17 0.62 0.16 0.57 0.46 0.50 0.59 0.38 0.18 0.35 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.44 0.31 0.28 0.45 0.08 0.34 0.15 0.26 0.32 0.49 0.48 0.46 0.24 0.28 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.08 0.13 0.12 0.03 0.16 0.01 0.15 0.09 0.08 0.13 0.07 0.08 0.20 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.38 0.50 0.31 0.34 0.20 0.38 0.16 0.42 0.41 0.35 0.32 0.41 0.67 0.09 0.32 0.15 0.25 0.13 0.10
C2 0.42 0.33 0.52 0.28 0.29 0.20 0.35 0.17 0.39 0.37 0.30 0.26 0.36 0.66 0.12 0.29 0.14 0.25 0.11 0.11
C2' 0.34 0.30 0.38 0.26 0.25 0.15 0.28 0.14 0.30 0.30 0.27 0.23 0.34 0.49 0.12 0.22 0.15 0.29 0.11 0.14
C3' 0.28 0.25 0.29 0.24 0.18 0.13 0.19 0.14 0.22 0.22 0.22 0.16 0.31 0.34 0.13 0.19 0.14 0.26 0.12 0.14
C4 0.37 0.28 0.49 0.21 0.23 0.18 0.29 0.17 0.34 0.32 0.24 0.20 0.30 0.59 0.18 0.26 0.14 0.23 0.10 0.11
C4' 0.39 0.32 0.37 0.30 0.25 0.21 0.28 0.17 0.32 0.32 0.28 0.23 0.37 0.49 0.12 0.29 0.13 0.21 0.14 0.10
C5 0.40 0.30 0.51 0.22 0.25 0.19 0.31 0.17 0.37 0.34 0.26 0.22 0.32 0.61 0.19 0.29 0.15 0.25 0.12 0.10
C5' 0.38 0.29 0.32 0.31 0.20 0.26 0.23 0.22 0.29 0.30 0.25 0.18 0.35 0.40 0.19 0.32 0.14 0.16 0.18 0.11
C6 0.44 0.34 0.53 0.27 0.29 0.20 0.35 0.17 0.40 0.38 0.30 0.26 0.36 0.66 0.14 0.31 0.15 0.25 0.13 0.10
N1 0.44 0.35 0.52 0.29 0.31 0.20 0.36 0.17 0.40 0.39 0.32 0.28 0.38 0.67 0.11 0.31 0.14 0.25 0.12 0.10
N3 0.39 0.30 0.51 0.25 0.26 0.19 0.31 0.17 0.36 0.33 0.26 0.23 0.32 0.63 0.15 0.27 0.13 0.24 0.10 0.11
N4 0.32 0.24 0.45 0.17 0.19 0.16 0.25 0.16 0.29 0.27 0.21 0.18 0.26 0.53 0.20 0.23 0.14 0.20 0.11 0.12
O2 0.43 0.34 0.53 0.30 0.31 0.21 0.36 0.18 0.40 0.38 0.31 0.28 0.37 0.67 0.11 0.30 0.14 0.25 0.10 0.12
O2' 0.37 0.34 0.40 0.27 0.30 0.15 0.33 0.14 0.35 0.34 0.32 0.29 0.38 0.52 0.11 0.24 0.14 0.30 0.11 0.14
O3' 0.22 0.23 0.21 0.21 0.15 0.14 0.14 0.16 0.16 0.18 0.21 0.15 0.31 0.23 0.17 0.15 0.16 0.28 0.12 0.16
O4' 0.50 0.41 0.51 0.34 0.35 0.26 0.39 0.19 0.44 0.44 0.37 0.32 0.44 0.71 0.12 0.37 0.17 0.21 0.15 0.10
O5' 0.22 0.15 0.17 0.18 0.16 0.12 0.20 0.13 0.20 0.15 0.15 0.17 0.22 0.20 0.01 0.18 0.24 0.27 0.18 0.22
OP1 0.22 0.53 0.37 0.22 0.73 0.10 0.70 0.16 0.57 0.46 0.66 0.80 0.46 0.26 0.02 0.14 0.43 0.45 0.62 0.48
OP2 0.16 0.45 0.32 0.12 0.37 0.28 0.23 0.48 0.16 0.26 0.48 0.41 0.57 0.55 0.01 0.16 0.32 0.48 0.33 0.39
P 0.07 0.27 0.18 0.01 0.33 0.11 0.29 0.13 0.22 0.18 0.33 0.37 0.30 0.21 0.00 0.09 0.14 0.14 0.17 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.11 0.13 0.26 0.15
C2 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.10 0.06 0.10 0.13 0.21 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.11 0.13 0.03 0.08 0.05 0.20 0.00 0.03 0.01 0.16 0.22 0.36 0.23
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.18 0.02 0.16 0.11 0.17 0.19 0.15 0.02 0.01 0.01 0.13 0.11 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.10 0.03 0.11 0.12 0.18 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.04 0.07 0.05 0.15 0.02 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03
C5 0.02 0.01 0.10 0.18 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.14 0.05 0.12 0.14 0.20 0.14
C5' 0.04 0.06 0.11 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.07 0.05 0.11 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.16 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.12 0.06 0.11 0.14 0.24 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01 0.09 0.12 0.23 0.14
N3 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.05 0.11 0.13 0.19 0.14
N4 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.12 0.03 0.12 0.13 0.16 0.14
O2 0.02 0.00 0.20 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.18 0.10 0.12 0.14 0.23 0.15
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.18 0.15 0.22 0.05 0.20 0.10 0.12 0.20 0.13 0.00 0.06 0.10 0.11 0.16 0.39 0.18
O3' 0.14 0.10 0.03 0.01 0.10 0.02 0.14 0.11 0.12 0.06 0.09 0.12 0.18 0.06 0.00 0.10 0.23 0.30 0.20 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.10 0.10 0.10 0.00 0.11 0.10 0.21 0.14
O5' 0.11 0.10 0.16 0.13 0.11 0.01 0.12 0.01 0.11 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.23 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.13 0.22 0.11 0.12 0.05 0.14 0.04 0.14 0.12 0.13 0.13 0.14 0.16 0.30 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.21 0.36 0.11 0.18 0.11 0.20 0.09 0.24 0.23 0.19 0.16 0.23 0.39 0.20 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.14 0.23 0.07 0.13 0.03 0.14 0.02 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.18 0.22 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00