ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 1, 6, 18, 6, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.010, 0.014, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.012, 0.016, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.029, 0.038, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.038 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.015
OP2 B 0, 0.205, 0.344, 0.484, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.344 std_dev=0.140
O4' A 0, 0.239, 0.402, 0.566, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.402 std_dev=0.163
C2' A 0, 0.251, 0.419, 0.588, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.419 std_dev=0.169
P B 0, 0.227, 0.396, 0.564, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.396 std_dev=0.169
O2' A 0, 0.309, 0.515, 0.720, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.515 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.351, 0.576, 0.801, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.576 std_dev=0.225
C3' A 0, 0.413, 0.669, 0.926, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.669 std_dev=0.257
OP1 B 0, 0.483, 0.750, 1.016, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.750 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.364, 0.636, 0.908, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.636 std_dev=0.272
C5' A 0, 0.600, 0.991, 1.382, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.991 std_dev=0.391
O3' A 0, 0.634, 1.027, 1.421, 2.096 max_d=2.096 avg_d=1.027 std_dev=0.393
O5' A 0, 0.618, 1.038, 1.459, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.038 std_dev=0.421
C5' B 0, 0.690, 1.121, 1.553, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.121 std_dev=0.431
C5 B 0, 0.776, 1.219, 1.663, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.219 std_dev=0.444
C6 B 0, 0.775, 1.229, 1.683, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.229 std_dev=0.454
OP1 A 0, 0.970, 1.528, 2.086, 2.791 max_d=2.791 avg_d=1.528 std_dev=0.558
O4' B 0, 0.940, 1.520, 2.101, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.520 std_dev=0.580
C4 B 0, 0.934, 1.519, 2.103, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.519 std_dev=0.585
C4' B 0, 0.897, 1.497, 2.097, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.497 std_dev=0.600
N1 B 0, 0.977, 1.586, 2.195, 2.909 max_d=2.909 avg_d=1.586 std_dev=0.609
P A 0, 0.657, 1.267, 1.878, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.267 std_dev=0.610
N4 B 0, 0.995, 1.614, 2.232, 3.166 max_d=3.166 avg_d=1.614 std_dev=0.618
C3' B 0, 0.911, 1.594, 2.277, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.594 std_dev=0.683
C1' B 0, 1.094, 1.782, 2.470, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.782 std_dev=0.688
N3 B 0, 1.092, 1.803, 2.513, 3.494 max_d=3.494 avg_d=1.803 std_dev=0.710
C2 B 0, 1.136, 1.866, 2.595, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.866 std_dev=0.730
OP2 A 0, 1.200, 1.961, 2.721, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.961 std_dev=0.761
C2' B 0, 1.213, 2.013, 2.814, 3.338 max_d=3.338 avg_d=2.013 std_dev=0.801
O2 B 0, 1.352, 2.220, 3.088, 4.143 max_d=4.143 avg_d=2.220 std_dev=0.868
O3' B 0, 0.910, 1.799, 2.688, 3.310 max_d=3.310 avg_d=1.799 std_dev=0.889
O2' B 0, 1.501, 2.463, 3.426, 3.959 max_d=3.959 avg_d=2.463 std_dev=0.963

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.40 0.21 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.11 0.61 0.49 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.13 0.00 0.02 0.00 0.05 0.17 0.31 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.07 0.05 0.12 0.01 0.00 0.01 0.05 0.24 0.26 0.11
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.14 0.75 0.69 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.15 0.74 0.66 0.10
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.18 0.32 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.13 0.64 0.50 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.56 0.41 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.13 0.70 0.62 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.15 0.79 0.77 0.11
O2 0.01 0.01 0.13 0.12 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.17 0.05 0.10 0.55 0.43 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.03 0.12 0.00 0.04 0.03 0.04 0.18 0.19 0.06
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.01 0.10 0.03 0.11 0.03 0.09 0.06 0.17 0.04 0.00 0.01 0.09 0.54 0.27 0.20
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.06 0.43 0.09 0.15
O5' 0.05 0.11 0.05 0.05 0.14 0.01 0.15 0.01 0.13 0.10 0.13 0.15 0.10 0.04 0.09 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.40 0.61 0.17 0.24 0.75 0.13 0.74 0.18 0.64 0.56 0.70 0.79 0.55 0.18 0.54 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.49 0.31 0.26 0.69 0.13 0.66 0.32 0.50 0.41 0.62 0.77 0.43 0.19 0.27 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.07 0.11 0.10 0.03 0.10 0.01 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.06 0.20 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.17 0.10 0.09 0.23 0.19 0.22 0.22 0.17 0.14 0.21 0.27 0.17 0.11 0.09 0.15 0.09 0.17 0.11 0.09
C2 0.12 0.15 0.12 0.12 0.18 0.19 0.19 0.24 0.17 0.14 0.17 0.20 0.15 0.12 0.14 0.17 0.11 0.14 0.15 0.09
C2' 0.05 0.13 0.10 0.08 0.17 0.14 0.15 0.18 0.11 0.09 0.16 0.20 0.15 0.08 0.12 0.11 0.11 0.24 0.15 0.15
C3' 0.06 0.12 0.10 0.08 0.13 0.17 0.11 0.21 0.08 0.06 0.14 0.16 0.15 0.10 0.14 0.14 0.14 0.28 0.18 0.19
C4 0.15 0.16 0.14 0.14 0.18 0.20 0.18 0.24 0.17 0.15 0.17 0.19 0.16 0.13 0.17 0.19 0.13 0.13 0.17 0.10
C4' 0.08 0.13 0.06 0.07 0.18 0.24 0.16 0.27 0.12 0.09 0.17 0.22 0.14 0.15 0.10 0.18 0.11 0.23 0.13 0.14
C5 0.12 0.16 0.12 0.11 0.20 0.17 0.20 0.22 0.18 0.15 0.19 0.22 0.16 0.10 0.14 0.15 0.10 0.16 0.13 0.09
C5' 0.13 0.12 0.09 0.15 0.16 0.33 0.15 0.35 0.13 0.10 0.16 0.19 0.13 0.20 0.22 0.26 0.18 0.27 0.17 0.20
C6 0.09 0.17 0.10 0.09 0.22 0.18 0.22 0.23 0.18 0.14 0.21 0.25 0.16 0.09 0.11 0.14 0.08 0.18 0.11 0.09
N1 0.10 0.16 0.11 0.10 0.21 0.18 0.20 0.23 0.17 0.14 0.19 0.24 0.16 0.10 0.11 0.15 0.09 0.16 0.12 0.09
N3 0.15 0.15 0.14 0.14 0.17 0.21 0.18 0.25 0.17 0.15 0.16 0.18 0.15 0.14 0.17 0.19 0.13 0.13 0.17 0.10
N4 0.17 0.16 0.15 0.15 0.17 0.22 0.18 0.26 0.18 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.19 0.21 0.15 0.14 0.20 0.12
O2 0.12 0.15 0.12 0.12 0.18 0.20 0.18 0.24 0.16 0.14 0.16 0.20 0.15 0.12 0.14 0.17 0.11 0.14 0.15 0.09
O2' 0.04 0.13 0.08 0.06 0.19 0.15 0.17 0.19 0.12 0.08 0.17 0.23 0.14 0.10 0.08 0.12 0.10 0.23 0.13 0.13
O3' 0.13 0.12 0.14 0.14 0.10 0.21 0.09 0.25 0.09 0.09 0.12 0.12 0.16 0.16 0.20 0.20 0.20 0.34 0.23 0.24
O4' 0.12 0.20 0.12 0.13 0.25 0.24 0.24 0.26 0.20 0.17 0.24 0.29 0.19 0.15 0.17 0.18 0.11 0.16 0.10 0.09
O5' 0.05 0.14 0.07 0.04 0.16 0.28 0.13 0.34 0.10 0.08 0.17 0.18 0.17 0.09 0.02 0.20 0.18 0.29 0.19 0.21
OP1 0.24 0.59 0.26 0.31 0.86 0.11 0.86 0.11 0.71 0.55 0.74 0.94 0.44 0.53 0.02 0.11 0.60 0.57 0.94 0.67
OP2 0.21 0.28 0.21 0.19 0.21 0.90 0.17 1.12 0.23 0.12 0.32 0.24 0.43 0.21 0.05 0.69 0.75 1.08 0.63 0.86
P 0.05 0.23 0.13 0.03 0.26 0.38 0.20 0.38 0.13 0.13 0.28 0.29 0.24 0.16 0.01 0.25 0.11 0.27 0.15 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.13 0.07
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.14 0.02 0.10 0.09 0.17 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.12 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.13 0.01 0.12 0.03 0.10 0.07 0.12 0.15 0.09 0.02 0.01 0.00 0.08 0.10 0.10 0.08
C4 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.20 0.03 0.16 0.16 0.22 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.08 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.17 0.03 0.18 0.17 0.21 0.17
C5' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.09 0.03 0.04 0.11 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.03 0.15 0.12 0.17 0.13
N1 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.18 0.02 0.13 0.13 0.20 0.14
N4 0.01 0.01 0.08 0.15 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.23 0.03 0.18 0.19 0.24 0.19
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.03 0.07 0.07 0.16 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.10 0.05
O3' 0.01 0.14 0.03 0.01 0.20 0.08 0.17 0.11 0.12 0.09 0.18 0.23 0.14 0.03 0.00 0.05 0.14 0.20 0.13 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.06 0.09 0.12 0.08
O5' 0.04 0.10 0.05 0.08 0.16 0.01 0.18 0.01 0.15 0.09 0.13 0.18 0.07 0.04 0.14 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.09 0.06 0.10 0.16 0.05 0.17 0.07 0.12 0.08 0.13 0.19 0.07 0.05 0.20 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.17 0.12 0.10 0.22 0.06 0.21 0.02 0.17 0.15 0.20 0.24 0.16 0.10 0.13 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.06 0.08 0.16 0.03 0.17 0.01 0.13 0.10 0.14 0.19 0.09 0.05 0.14 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00