ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 13, 2, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.016, 0.020, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.020 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.016, 0.022, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.021, 0.029, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.029 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.027, 0.041, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.041 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.024, 0.043, 0.061, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.019
O3' A 0, 0.088, 0.134, 0.180, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.134 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.043, 0.123, 0.203, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.123 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.081, 0.161, 0.241, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.161 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.084, 0.167, 0.250, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.167 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.071, 0.160, 0.249, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.160 std_dev=0.089
C5' B 0, 0.144, 0.238, 0.331, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.238 std_dev=0.094
O5' B 0, 0.129, 0.226, 0.323, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.226 std_dev=0.097
N4 B 0, 0.090, 0.188, 0.286, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.188 std_dev=0.098
C4 B 0, 0.094, 0.194, 0.294, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.194 std_dev=0.100
O4' B 0, 0.128, 0.231, 0.333, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.231 std_dev=0.102
N3 B 0, 0.139, 0.243, 0.347, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.243 std_dev=0.104
C4' B 0, 0.134, 0.238, 0.342, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.238 std_dev=0.104
N1 B 0, 0.127, 0.236, 0.346, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.236 std_dev=0.110
C2 B 0, 0.156, 0.267, 0.377, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.267 std_dev=0.110
C1' B 0, 0.156, 0.275, 0.393, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.275 std_dev=0.118
C6 B 0, 0.130, 0.254, 0.378, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.254 std_dev=0.124
C5 B 0, 0.113, 0.239, 0.364, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.239 std_dev=0.125
C3' B 0, 0.152, 0.286, 0.420, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.286 std_dev=0.134
O2 B 0, 0.215, 0.349, 0.483, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.349 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.174, 0.313, 0.452, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.313 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.108, 0.247, 0.386, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.247 std_dev=0.139
O5' A 0, 0.094, 0.237, 0.380, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.237 std_dev=0.143
P B 0, 0.104, 0.247, 0.390, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.247 std_dev=0.143
C2' B 0, 0.189, 0.336, 0.482, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.336 std_dev=0.147
O3' B 0, 0.159, 0.312, 0.464, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.312 std_dev=0.152
OP2 B 0, 0.080, 0.237, 0.394, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.237 std_dev=0.157
O2' B 0, 0.235, 0.403, 0.572, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.403 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.136, 0.315, 0.495, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.315 std_dev=0.180
P A 0, 0.161, 0.383, 0.605, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.383 std_dev=0.222
OP1 A 0, 0.235, 0.464, 0.694, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.464 std_dev=0.229
OP2 A 0, 0.171, 0.419, 0.666, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.419 std_dev=0.247

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.08 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.08 0.10 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.09 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.07 0.09 0.06
N4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.08 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.08 0.06
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.04 0.09 0.02 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.08 0.07 0.05 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.08 0.09 0.11 0.07 0.08 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.02 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05
C2 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07 0.12 0.10 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05
C2' 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06
C3' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06
C4 0.08 0.09 0.08 0.07 0.05 0.07 0.12 0.06 0.13 0.08 0.08 0.05 0.12 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05
C4' 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05
C5 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.06 0.15 0.07 0.14 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05
C5' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06
C6 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.14 0.07 0.13 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06
N1 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.12 0.06 0.12 0.09 0.08 0.07 0.11 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05
N3 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.12 0.08 0.08 0.06 0.13 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05
N4 0.08 0.10 0.08 0.08 0.05 0.07 0.10 0.07 0.12 0.07 0.09 0.05 0.14 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07
O2 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.11 0.09 0.09 0.09 0.12 0.11 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.05
O2' 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07
O3' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.11 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06
O4' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.06 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05
O5' 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07
OP1 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11
OP2 0.12 0.14 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.15 0.15 0.14 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12
P 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.09 0.11 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.08 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.08 0.10 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.07 0.10 0.12 0.10
O2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.04 0.09 0.03 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.06 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.06 0.05 0.11 0.03 0.11 0.01 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.06 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.04 0.04 0.08 0.02 0.09 0.00 0.08 0.05 0.08 0.10 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00