ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49236

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 3, 0, 5, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.023, 0.046, 0.068, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.046 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.037, 0.060, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.060 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.135, 0.207, 0.279, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.207 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.148, 0.252, 0.356, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.252 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.316, 0.482, 0.649, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.482 std_dev=0.166
OP2 B 0, 0.355, 0.582, 0.810, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.582 std_dev=0.227
P B 0, 0.338, 0.582, 0.826, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.582 std_dev=0.244
C5' A 0, 0.420, 0.748, 1.075, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.748 std_dev=0.328
C3' A 0, 0.248, 0.586, 0.924, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.586 std_dev=0.338
O5' B 0, 0.301, 0.659, 1.016, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.659 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.487, 0.850, 1.213, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.850 std_dev=0.363
O2' A 0, -0.078, 0.288, 0.653, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.288 std_dev=0.366
C3' B 0, 0.395, 0.939, 1.484, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.939 std_dev=0.545
O5' A 0, 0.198, 0.755, 1.313, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.755 std_dev=0.558
O3' B 0, 0.567, 1.189, 1.810, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.189 std_dev=0.621
P A 0, 0.454, 1.086, 1.717, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.086 std_dev=0.631
OP1 A 0, 0.736, 1.404, 2.071, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.404 std_dev=0.667
O3' A 0, 0.341, 1.024, 1.706, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.024 std_dev=0.683
C2' B 0, 0.478, 1.227, 1.975, 3.114 max_d=3.114 avg_d=1.227 std_dev=0.749
OP2 A 0, 0.323, 1.083, 1.843, 2.998 max_d=2.998 avg_d=1.083 std_dev=0.760
O2' B 0, 0.862, 1.625, 2.387, 3.354 max_d=3.354 avg_d=1.625 std_dev=0.762
C5' B 0, 0.271, 1.062, 1.852, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.062 std_dev=0.791
C4' B 0, 0.230, 1.159, 2.087, 3.653 max_d=3.653 avg_d=1.159 std_dev=0.928
O4' B 0, -0.023, 1.188, 2.398, 4.531 max_d=4.531 avg_d=1.188 std_dev=1.210
C1' B 0, -0.011, 1.308, 2.627, 4.931 max_d=4.931 avg_d=1.308 std_dev=1.319
C6 B 0, -0.339, 1.088, 2.515, 5.084 max_d=5.084 avg_d=1.088 std_dev=1.427
N1 B 0, -0.301, 1.333, 2.967, 5.882 max_d=5.882 avg_d=1.333 std_dev=1.634
C5 B 0, -0.435, 1.474, 3.384, 6.818 max_d=6.818 avg_d=1.474 std_dev=1.910
C2 B 0, -0.420, 1.854, 4.128, 8.180 max_d=8.180 avg_d=1.854 std_dev=2.274
O2 B 0, -0.325, 2.171, 4.667, 9.093 max_d=9.093 avg_d=2.171 std_dev=2.496
C4 B 0, -0.526, 1.997, 4.519, 9.053 max_d=9.053 avg_d=1.997 std_dev=2.522
N3 B 0, -0.532, 2.141, 4.815, 9.602 max_d=9.602 avg_d=2.141 std_dev=2.673
N4 B 0, -0.546, 2.471, 5.487, 10.906 max_d=10.906 avg_d=2.471 std_dev=3.016

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.20 0.00 0.09 0.15 0.41 0.29
C2 0.02 0.00 0.05 0.17 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.08 0.02 0.07 0.22 0.48 0.31
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.13 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.29 0.23 0.50 0.38
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.31 0.00 0.34 0.02 0.30 0.19 0.24 0.33 0.09 0.02 0.01 0.01 0.08 0.29 0.13 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.31 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.18 0.01 0.21 0.21 0.34 0.22
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.13 0.08 0.10 0.14 0.05 0.21 0.02 0.00 0.01 0.14 0.10 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.23 0.02 0.30 0.17 0.24 0.16
C5' 0.04 0.06 0.13 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.16 0.07 0.09 0.16 0.05 0.08 0.15 0.01 0.01 0.11 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.30 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.02 0.25 0.14 0.27 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.04 0.01 0.08 0.17 0.41 0.27
N3 0.02 0.00 0.05 0.24 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.09 0.01 0.11 0.23 0.44 0.28
N4 0.02 0.01 0.05 0.33 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.22 0.01 0.24 0.23 0.30 0.20
O2 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.20 0.03 0.11 0.23 0.53 0.34
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.20 0.21 0.11 0.08 0.06 0.12 0.26 0.22 0.31 0.00 0.06 0.16 0.20 0.17 0.52 0.30
O3' 0.20 0.08 0.02 0.01 0.18 0.02 0.23 0.15 0.16 0.04 0.09 0.22 0.20 0.06 0.00 0.15 0.20 0.61 0.31 0.32
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.16 0.15 0.00 0.06 0.07 0.29 0.21
O5' 0.09 0.07 0.29 0.08 0.21 0.01 0.30 0.01 0.25 0.08 0.11 0.24 0.11 0.20 0.20 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.15 0.22 0.23 0.29 0.21 0.14 0.17 0.11 0.14 0.17 0.23 0.23 0.23 0.17 0.61 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.48 0.50 0.13 0.34 0.10 0.24 0.04 0.27 0.41 0.44 0.30 0.53 0.52 0.31 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.31 0.38 0.13 0.22 0.07 0.16 0.02 0.17 0.27 0.28 0.20 0.34 0.30 0.32 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.96 0.12 0.19 1.38 0.25 1.18 0.29 0.84 0.71 1.28 1.61 0.85 0.30 0.53 0.09 0.18 0.22 0.15 0.13
C2 0.36 1.22 0.15 0.20 1.80 0.25 1.57 0.35 1.11 0.93 1.62 2.11 1.05 0.23 0.51 0.16 0.19 0.17 0.13 0.11
C2' 0.11 0.76 0.11 0.22 1.24 0.35 1.10 0.35 0.75 0.55 1.08 1.49 0.62 0.39 0.55 0.14 0.18 0.31 0.18 0.13
C3' 0.23 0.71 0.24 0.15 1.12 0.10 1.07 0.14 0.80 0.59 0.96 1.30 0.57 0.31 0.22 0.16 0.29 0.72 0.51 0.45
C4 0.38 1.13 0.16 0.21 1.70 0.22 1.57 0.33 1.13 0.91 1.49 1.95 0.95 0.21 0.42 0.21 0.19 0.11 0.11 0.11
C4' 0.16 0.58 0.17 0.09 0.85 0.15 0.77 0.11 0.56 0.43 0.77 1.00 0.52 0.37 0.32 0.11 0.12 0.40 0.26 0.19
C5 0.32 0.95 0.16 0.21 1.38 0.21 1.31 0.28 0.98 0.78 1.22 1.54 0.79 0.24 0.40 0.18 0.18 0.15 0.14 0.11
C5' 0.23 0.45 0.27 0.15 0.64 0.15 0.61 0.09 0.47 0.36 0.57 0.74 0.44 0.35 0.18 0.17 0.18 0.43 0.30 0.25
C6 0.27 0.91 0.14 0.20 1.30 0.22 1.19 0.27 0.89 0.73 1.18 1.46 0.78 0.27 0.47 0.13 0.18 0.20 0.16 0.13
N1 0.30 1.06 0.13 0.19 1.53 0.24 1.35 0.31 0.97 0.81 1.39 1.76 0.91 0.26 0.51 0.13 0.19 0.20 0.15 0.12
N3 0.40 1.25 0.16 0.20 1.87 0.24 1.67 0.36 1.18 0.97 1.66 2.20 1.06 0.21 0.48 0.20 0.20 0.13 0.12 0.11
N4 0.41 1.12 0.17 0.21 1.70 0.21 1.60 0.33 1.14 0.91 1.48 1.98 0.95 0.20 0.37 0.25 0.20 0.08 0.11 0.13
O2 0.37 1.28 0.16 0.20 1.89 0.26 1.62 0.37 1.13 0.96 1.72 2.26 1.12 0.23 0.53 0.16 0.20 0.17 0.13 0.12
O2' 0.20 0.93 0.17 0.15 1.37 0.31 1.16 0.38 0.80 0.66 1.26 1.64 0.83 0.24 0.44 0.08 0.24 0.21 0.17 0.16
O3' 0.23 0.60 0.25 0.19 0.95 0.13 0.91 0.22 0.68 0.50 0.81 1.11 0.52 0.36 0.16 0.19 0.31 0.82 0.49 0.47
O4' 0.18 0.79 0.11 0.17 1.08 0.22 0.91 0.24 0.65 0.57 1.03 1.24 0.73 0.32 0.49 0.08 0.18 0.20 0.15 0.13
O5' 0.22 0.55 0.33 0.27 0.86 0.06 0.88 0.17 0.73 0.53 0.72 0.96 0.41 0.15 0.02 0.14 0.34 0.62 0.45 0.44
OP1 0.57 0.48 0.24 0.16 0.21 0.47 0.13 0.28 0.19 0.39 0.37 0.16 0.67 0.31 0.02 0.59 0.15 0.21 0.05 0.05
OP2 0.08 0.18 0.05 0.08 0.48 0.20 0.57 0.21 0.46 0.23 0.32 0.56 0.07 0.05 0.02 0.16 0.22 0.60 0.19 0.34
P 0.16 0.09 0.05 0.03 0.31 0.20 0.38 0.12 0.29 0.09 0.19 0.38 0.17 0.13 0.01 0.19 0.11 0.39 0.14 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.32 0.21 0.06
C2 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.05 0.25 0.34 0.56 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.03 0.10 0.03 0.08 0.05 0.17 0.00 0.02 0.01 0.12 0.27 0.08 0.20
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.20 0.01 0.19 0.01 0.17 0.14 0.19 0.22 0.14 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.09 0.11
C4 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.17 0.02 0.39 0.25 0.85 0.25
C4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.15 0.07 0.07 0.12 0.06 0.14 0.03 0.00 0.01 0.14 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.15 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.05 0.43 0.19 0.86 0.28
C5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.19 0.01 0.24 0.00 0.22 0.11 0.12 0.21 0.06 0.11 0.07 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.15 0.07 0.37 0.21 0.66 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.02 0.24 0.29 0.49 0.10
N3 0.03 0.00 0.08 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.04 0.32 0.32 0.72 0.18
N4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.19 0.02 0.42 0.23 0.95 0.30
O2 0.06 0.01 0.17 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.10 0.18 0.38 0.45 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.18 0.14 0.20 0.11 0.17 0.10 0.13 0.19 0.08 0.00 0.06 0.12 0.06 0.15 0.07 0.11
O3' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.17 0.03 0.19 0.07 0.15 0.07 0.13 0.19 0.08 0.06 0.00 0.03 0.08 0.19 0.09 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.10 0.12 0.03 0.00 0.07 0.34 0.16 0.07
O5' 0.07 0.25 0.12 0.10 0.39 0.01 0.43 0.01 0.37 0.24 0.32 0.42 0.18 0.06 0.08 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.32 0.34 0.27 0.11 0.25 0.14 0.19 0.07 0.21 0.29 0.32 0.23 0.38 0.15 0.19 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.56 0.08 0.09 0.85 0.04 0.86 0.09 0.66 0.49 0.72 0.95 0.45 0.07 0.09 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.20 0.11 0.25 0.03 0.28 0.01 0.20 0.10 0.18 0.30 0.07 0.11 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00