ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49237

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 3, 4, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.015
O3' A 0, 0.095, 0.155, 0.214, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.155 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.094, 0.184, 0.273, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.184 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.053, 0.159, 0.265, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.159 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.049, 0.164, 0.280, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.164 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.090, 0.218, 0.347, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.218 std_dev=0.128
O4' B 0, 0.165, 0.301, 0.437, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.301 std_dev=0.136
C4' B 0, 0.177, 0.322, 0.466, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.322 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.170, 0.330, 0.490, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.330 std_dev=0.160
C5' B 0, 0.170, 0.337, 0.505, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.337 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.096, 0.266, 0.436, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.266 std_dev=0.170
C3' B 0, 0.178, 0.361, 0.545, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.361 std_dev=0.183
P B 0, 0.217, 0.407, 0.597, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.407 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.129, 0.326, 0.522, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.326 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.214, 0.413, 0.612, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.413 std_dev=0.199
O3' B 0, 0.195, 0.402, 0.608, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.402 std_dev=0.206
OP1 B 0, 0.261, 0.478, 0.695, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.478 std_dev=0.217
N1 B 0, 0.065, 0.291, 0.517, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.291 std_dev=0.226
C5' A 0, 0.165, 0.392, 0.619, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.392 std_dev=0.227
N4 B 0, 0.157, 0.393, 0.628, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.393 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.092, 0.328, 0.563, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.328 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.083, 0.321, 0.559, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.321 std_dev=0.238
C2' B 0, 0.123, 0.361, 0.600, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.361 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.111, 0.355, 0.600, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.355 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.088, 0.335, 0.581, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.335 std_dev=0.246
O2 B 0, 0.152, 0.398, 0.644, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.398 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.079, 0.333, 0.587, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.333 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.161, 0.415, 0.670, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.415 std_dev=0.254
O5' A 0, 0.167, 0.427, 0.686, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.427 std_dev=0.260
OP1 A 0, 0.223, 0.498, 0.774, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.498 std_dev=0.276
P A 0, 0.183, 0.488, 0.792, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.488 std_dev=0.304
OP2 A 0, 0.177, 0.514, 0.850, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.514 std_dev=0.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.09 0.08 0.09 0.09
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.11 0.04 0.03 0.06 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.10 0.07 0.08 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.04 0.06 0.08 0.05
N4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.11 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.12 0.08
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.10 0.07 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.03 0.09 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.12 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.08 0.05 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.13 0.16 0.12 0.13 0.11 0.11 0.06 0.06 0.06
C2 0.09 0.08 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.15 0.12 0.08 0.11 0.15 0.12 0.09 0.13 0.11 0.13 0.10 0.09 0.10
C2' 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.16 0.12 0.14 0.12 0.11 0.08 0.07 0.07
C3' 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.15 0.16 0.13 0.14 0.12 0.11 0.08 0.07 0.08
C4 0.09 0.07 0.11 0.13 0.06 0.12 0.12 0.14 0.13 0.08 0.07 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09
C4' 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.17 0.14 0.14 0.13 0.11 0.07 0.06 0.07
C5 0.13 0.14 0.14 0.13 0.12 0.11 0.15 0.11 0.16 0.13 0.14 0.11 0.16 0.13 0.14 0.11 0.10 0.06 0.05 0.06
C5' 0.15 0.16 0.16 0.16 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.14 0.13 0.10 0.08 0.09
C6 0.13 0.15 0.14 0.13 0.14 0.11 0.15 0.11 0.15 0.14 0.16 0.14 0.17 0.13 0.13 0.11 0.10 0.06 0.05 0.06
N1 0.11 0.11 0.11 0.12 0.09 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.11 0.12 0.15 0.11 0.13 0.11 0.11 0.07 0.06 0.06
N3 0.08 0.08 0.09 0.12 0.11 0.13 0.12 0.16 0.12 0.07 0.12 0.15 0.13 0.09 0.13 0.10 0.14 0.12 0.11 0.11
N4 0.09 0.07 0.11 0.13 0.06 0.12 0.11 0.15 0.14 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.14 0.10 0.14 0.13 0.12 0.11
O2 0.09 0.09 0.09 0.12 0.13 0.13 0.13 0.17 0.12 0.08 0.13 0.18 0.13 0.09 0.13 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11
O2' 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.14 0.15 0.11 0.13 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09
O3' 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.12 0.13 0.15 0.11 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.06
O4' 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.16 0.13 0.13 0.12 0.10 0.06 0.05 0.06
O5' 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07
OP1 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05
OP2 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06
P 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.11 0.10 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.13 0.08 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.11 0.11 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.09 0.08 0.07
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.07 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.08 0.11 0.12 0.10
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.09 0.12 0.13 0.11
O2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.06 0.08 0.11 0.11 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.04 0.03 0.02 0.14 0.07 0.07
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.00 0.02 0.04 0.20 0.12 0.12
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.04
O5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.08 0.09 0.08 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.11 0.13 0.14 0.11 0.09 0.09 0.03 0.08 0.09 0.11 0.12 0.11 0.14 0.20 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.08 0.08 0.11 0.03 0.08 0.01 0.07 0.07 0.12 0.13 0.11 0.07 0.12 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.07 0.08 0.09 0.03 0.07 0.01 0.05 0.05 0.10 0.11 0.09 0.07 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00