ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49238

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 6, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.019, 0.054, 0.089, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.054 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.014, 0.049, 0.085, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.049 std_dev=0.035
P B 0, 0.334, 0.526, 0.719, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.526 std_dev=0.193
C2' A 0, 0.039, 0.312, 0.585, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.312 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.372, 0.654, 0.936, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.654 std_dev=0.282
O4' A 0, 0.028, 0.323, 0.617, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.323 std_dev=0.294
OP2 B 0, 0.366, 0.660, 0.955, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.660 std_dev=0.295
OP1 B 0, 0.452, 0.765, 1.079, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.765 std_dev=0.313
O2' A 0, -0.026, 0.393, 0.813, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.393 std_dev=0.419
O3' B 0, 0.545, 0.976, 1.407, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.976 std_dev=0.431
C4' A 0, 0.083, 0.521, 0.958, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.521 std_dev=0.437
C3' B 0, 0.435, 0.928, 1.421, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.928 std_dev=0.493
C5' B 0, 0.337, 0.830, 1.323, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.830 std_dev=0.493
C3' A 0, 0.037, 0.567, 1.097, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.567 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.266, 0.968, 1.670, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.968 std_dev=0.702
C5' A 0, 0.107, 0.817, 1.526, 2.829 max_d=2.829 avg_d=0.817 std_dev=0.709
O5' A 0, 0.078, 0.817, 1.557, 3.045 max_d=3.045 avg_d=0.817 std_dev=0.739
O2' B 0, 0.383, 1.209, 2.035, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.209 std_dev=0.826
O3' A 0, -0.008, 0.877, 1.762, 3.073 max_d=3.073 avg_d=0.877 std_dev=0.885
C2' B 0, 0.288, 1.183, 2.077, 3.281 max_d=3.281 avg_d=1.183 std_dev=0.894
P A 0, 0.194, 1.113, 2.032, 3.964 max_d=3.964 avg_d=1.113 std_dev=0.919
O4' B 0, -0.022, 1.165, 2.351, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.165 std_dev=1.187
C1' B 0, 0.027, 1.373, 2.720, 4.222 max_d=4.222 avg_d=1.373 std_dev=1.347
OP1 A 0, 0.196, 1.575, 2.953, 5.878 max_d=5.878 avg_d=1.575 std_dev=1.378
OP2 A 0, -0.023, 1.418, 2.859, 5.983 max_d=5.983 avg_d=1.418 std_dev=1.441
C6 B 0, -0.171, 1.574, 3.318, 5.568 max_d=5.568 avg_d=1.574 std_dev=1.744
N1 B 0, -0.210, 1.644, 3.498, 5.709 max_d=5.709 avg_d=1.644 std_dev=1.854
C5 B 0, -0.299, 1.986, 4.271, 7.095 max_d=7.095 avg_d=1.986 std_dev=2.285
C2 B 0, -0.199, 2.242, 4.683, 7.741 max_d=7.741 avg_d=2.242 std_dev=2.441
O2 B 0, 0.087, 2.591, 5.095, 8.338 max_d=8.338 avg_d=2.591 std_dev=2.504
C4 B 0, -0.555, 2.399, 5.353, 9.231 max_d=9.231 avg_d=2.399 std_dev=2.954
N3 B 0, -0.402, 2.579, 5.560, 9.489 max_d=9.489 avg_d=2.579 std_dev=2.981
N4 B 0, -0.660, 2.856, 6.373, 11.244 max_d=11.244 avg_d=2.856 std_dev=3.516

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.20 0.00 0.12 0.31 0.21 0.11
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.21 0.08 0.14 0.54 0.40 0.13
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.14 0.09 0.02 0.12 0.05 0.22 0.00 0.02 0.01 0.27 0.32 0.40 0.31
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.27 0.01 0.28 0.02 0.25 0.15 0.24 0.29 0.18 0.02 0.01 0.02 0.07 0.11 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.27 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.15 0.04 0.24 0.50 0.71 0.23
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.08 0.13 0.09 0.19 0.03 0.00 0.01 0.08 0.12 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.15 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.18 0.09 0.28 0.36 0.76 0.27
C5' 0.05 0.08 0.14 0.02 0.17 0.01 0.22 0.00 0.20 0.09 0.11 0.19 0.11 0.08 0.15 0.01 0.01 0.12 0.23 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.11 0.22 0.29 0.56 0.19
N1 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.08 0.02 0.14 0.40 0.37 0.10
N3 0.02 0.00 0.12 0.24 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.18 0.06 0.19 0.57 0.55 0.17
N4 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.19 0.05 0.27 0.52 0.83 0.29
O2 0.05 0.00 0.22 0.18 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.36 0.14 0.14 0.60 0.30 0.16
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.21 0.19 0.21 0.08 0.17 0.13 0.21 0.23 0.21 0.00 0.04 0.14 0.21 0.28 0.45 0.29
O3' 0.20 0.21 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.15 0.14 0.08 0.18 0.19 0.36 0.04 0.00 0.15 0.20 0.37 0.25 0.24
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.06 0.05 0.14 0.14 0.15 0.00 0.07 0.33 0.09 0.11
O5' 0.12 0.14 0.27 0.07 0.24 0.01 0.28 0.01 0.22 0.14 0.19 0.27 0.14 0.21 0.20 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.54 0.32 0.11 0.50 0.08 0.36 0.12 0.29 0.40 0.57 0.52 0.60 0.28 0.37 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.40 0.40 0.10 0.71 0.12 0.76 0.23 0.56 0.37 0.55 0.83 0.30 0.45 0.25 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.31 0.07 0.23 0.03 0.27 0.03 0.19 0.10 0.17 0.29 0.16 0.29 0.24 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.99 1.85 0.80 0.41 2.24 0.31 1.99 0.11 1.62 1.52 2.19 2.45 1.77 0.63 0.15 0.71 0.21 0.48 0.16 0.15
C2 1.00 1.90 0.65 0.34 2.50 0.31 2.27 0.10 1.78 1.59 2.32 2.79 1.74 0.50 0.11 0.77 0.21 0.49 0.14 0.14
C2' 0.69 1.53 0.61 0.28 2.00 0.18 1.77 0.26 1.38 1.22 1.90 2.26 1.45 0.53 0.22 0.40 0.14 0.60 0.19 0.23
C3' 0.54 1.25 0.52 0.22 1.63 0.13 1.50 0.22 1.20 1.01 1.53 1.82 1.18 0.35 0.09 0.35 0.26 0.70 0.34 0.37
C4 0.78 1.46 0.43 0.26 2.00 0.25 1.96 0.09 1.55 1.28 1.78 2.20 1.28 0.35 0.15 0.65 0.20 0.48 0.13 0.13
C4' 0.72 1.30 0.70 0.38 1.53 0.27 1.40 0.14 1.20 1.09 1.50 1.65 1.29 0.53 0.15 0.52 0.24 0.44 0.19 0.19
C5 0.70 1.26 0.45 0.30 1.68 0.24 1.68 0.12 1.40 1.14 1.51 1.80 1.11 0.37 0.18 0.57 0.20 0.49 0.15 0.13
C5' 0.55 0.91 0.58 0.40 1.08 0.31 1.06 0.24 0.95 0.81 1.03 1.14 0.90 0.39 0.22 0.45 0.29 0.36 0.19 0.22
C6 0.81 1.46 0.61 0.37 1.83 0.26 1.77 0.11 1.48 1.28 1.70 1.95 1.32 0.47 0.17 0.61 0.20 0.49 0.16 0.14
N1 0.95 1.77 0.70 0.37 2.23 0.29 2.06 0.10 1.67 1.50 2.10 2.43 1.63 0.53 0.13 0.71 0.20 0.49 0.15 0.14
N3 0.93 1.76 0.54 0.29 2.40 0.29 2.24 0.10 1.73 1.49 2.16 2.69 1.58 0.42 0.13 0.75 0.21 0.48 0.13 0.13
N4 0.67 1.27 0.32 0.20 1.80 0.22 1.77 0.10 1.37 1.11 1.57 2.01 1.10 0.28 0.17 0.59 0.19 0.44 0.12 0.12
O2 1.07 2.07 0.70 0.34 2.71 0.33 2.36 0.11 1.83 1.68 2.55 3.08 1.93 0.55 0.11 0.82 0.21 0.49 0.14 0.14
O2' 0.82 1.76 0.72 0.32 2.22 0.21 1.91 0.31 1.49 1.37 2.16 2.53 1.71 0.59 0.16 0.49 0.21 0.58 0.29 0.27
O3' 0.44 1.13 0.46 0.23 1.48 0.24 1.34 0.33 1.05 0.88 1.41 1.69 1.10 0.28 0.23 0.30 0.25 0.76 0.30 0.37
O4' 1.01 1.70 0.88 0.51 1.89 0.44 1.70 0.23 1.47 1.42 1.91 2.00 1.68 0.69 0.25 0.77 0.29 0.38 0.19 0.17
O5' 0.27 0.65 0.29 0.19 0.90 0.11 0.93 0.13 0.80 0.57 0.79 0.98 0.61 0.16 0.02 0.22 0.25 0.44 0.23 0.26
OP1 0.43 0.62 0.46 0.27 0.61 0.14 0.55 0.18 0.46 0.46 0.66 0.68 0.75 0.50 0.02 0.29 0.33 0.55 0.53 0.42
OP2 0.14 0.32 0.20 0.16 0.49 0.32 0.67 0.67 0.57 0.20 0.37 0.58 0.56 0.61 0.01 0.19 0.79 1.13 0.86 0.94
P 0.14 0.30 0.16 0.02 0.40 0.10 0.49 0.25 0.40 0.17 0.34 0.46 0.46 0.35 0.01 0.07 0.29 0.55 0.26 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.08 0.23 0.17 0.10
C2 0.01 0.00 0.17 0.18 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.19 0.10 0.13 0.34 0.40 0.15
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.03 0.13 0.10 0.16 0.05 0.15 0.11 0.29 0.00 0.02 0.01 0.26 0.27 0.31 0.30
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.26 0.01 0.30 0.02 0.29 0.16 0.22 0.28 0.21 0.02 0.01 0.03 0.08 0.12 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.10 0.26 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.17 0.04 0.25 0.28 0.66 0.23
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.19 0.07 0.05 0.13 0.10 0.24 0.02 0.01 0.02 0.12 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.13 0.30 0.00 0.19 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.25 0.11 0.31 0.22 0.69 0.26
C5' 0.04 0.08 0.10 0.02 0.15 0.01 0.22 0.00 0.20 0.07 0.09 0.17 0.13 0.15 0.14 0.02 0.01 0.12 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.19 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.14 0.25 0.18 0.53 0.18
N1 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.09 0.02 0.12 0.25 0.36 0.11
N3 0.01 0.00 0.15 0.22 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.17 0.08 0.18 0.34 0.54 0.18
N4 0.02 0.01 0.11 0.28 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.20 0.04 0.29 0.30 0.76 0.28
O2 0.01 0.01 0.29 0.21 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.33 0.33 0.18 0.11 0.39 0.31 0.16
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.30 0.24 0.34 0.15 0.31 0.16 0.27 0.34 0.33 0.00 0.04 0.15 0.16 0.14 0.27 0.20
O3' 0.17 0.19 0.02 0.01 0.17 0.02 0.25 0.14 0.23 0.09 0.17 0.20 0.33 0.04 0.00 0.10 0.14 0.28 0.13 0.16
O4' 0.01 0.10 0.01 0.03 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.08 0.04 0.18 0.15 0.10 0.00 0.06 0.24 0.17 0.08
O5' 0.08 0.13 0.26 0.08 0.25 0.02 0.31 0.01 0.25 0.12 0.18 0.29 0.11 0.16 0.14 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.34 0.27 0.12 0.28 0.12 0.22 0.12 0.18 0.25 0.34 0.30 0.39 0.14 0.28 0.24 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.17 0.40 0.31 0.14 0.66 0.06 0.69 0.10 0.53 0.36 0.54 0.76 0.31 0.27 0.13 0.17 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.10 0.15 0.30 0.10 0.23 0.03 0.26 0.02 0.18 0.11 0.18 0.28 0.16 0.20 0.16 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00