ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49239

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 4, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.013, 0.039, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.053, 0.111, 0.169, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.111 std_dev=0.058
O2 A 0, -0.022, 0.076, 0.173, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.076 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.076, 0.199, 0.322, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.199 std_dev=0.123
C2' A 0, 0.083, 0.229, 0.374, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.229 std_dev=0.146
P B 0, 0.166, 0.338, 0.509, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.338 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.166, 0.341, 0.515, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.341 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.140, 0.326, 0.512, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.326 std_dev=0.186
OP1 B 0, 0.205, 0.405, 0.604, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.405 std_dev=0.200
C3' A 0, 0.173, 0.389, 0.605, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.389 std_dev=0.216
C5' B 0, 0.272, 0.503, 0.733, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.503 std_dev=0.231
OP2 B 0, 0.357, 0.602, 0.848, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.602 std_dev=0.246
O3' B 0, 0.372, 0.645, 0.918, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.645 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.198, 0.473, 0.749, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.473 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.264, 0.570, 0.875, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.570 std_dev=0.305
O3' A 0, 0.214, 0.558, 0.902, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.558 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.309, 0.708, 1.108, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.708 std_dev=0.400
O5' A 0, 0.393, 0.816, 1.238, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.816 std_dev=0.423
C3' B 0, 0.344, 0.880, 1.416, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.880 std_dev=0.536
O4' B 0, 0.402, 1.130, 1.858, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.130 std_dev=0.728
P A 0, 0.364, 1.113, 1.862, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.113 std_dev=0.749
C5 B 0, 0.410, 1.429, 2.448, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.429 std_dev=1.019
C6 B 0, 0.321, 1.341, 2.361, 2.771 max_d=2.771 avg_d=1.341 std_dev=1.020
N1 B 0, 0.403, 1.440, 2.478, 2.846 max_d=2.846 avg_d=1.440 std_dev=1.037
C4 B 0, 0.585, 1.638, 2.690, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.638 std_dev=1.052
C2 B 0, 0.570, 1.636, 2.702, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.636 std_dev=1.066
C1' B 0, 0.332, 1.408, 2.483, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.408 std_dev=1.075
N3 B 0, 0.635, 1.723, 2.811, 3.098 max_d=3.098 avg_d=1.723 std_dev=1.088
N4 B 0, 0.676, 1.788, 2.900, 3.317 max_d=3.317 avg_d=1.788 std_dev=1.112
O2 B 0, 0.618, 1.744, 2.871, 3.246 max_d=3.246 avg_d=1.744 std_dev=1.126
C2' B 0, 0.312, 1.511, 2.710, 3.134 max_d=3.134 avg_d=1.511 std_dev=1.199
OP2 A 0, 0.396, 1.783, 3.170, 3.709 max_d=3.709 avg_d=1.783 std_dev=1.387
OP1 A 0, 0.243, 1.897, 3.550, 4.189 max_d=4.189 avg_d=1.897 std_dev=1.654
O2' B 0, 0.256, 2.255, 4.254, 4.789 max_d=4.789 avg_d=2.255 std_dev=1.999

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.41 0.38 0.15
C2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.08 0.03 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.12 0.04 0.09 0.60 0.64 0.13
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.09 0.05 0.13 0.01 0.02 0.01 0.04 0.20 0.44 0.16
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.09 0.04 0.10 0.06 0.13 0.03 0.01 0.01 0.09 0.23 0.38 0.17
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.08 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.13 0.81 0.77 0.15
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.05 0.09 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.12 0.26 0.07
C5 0.02 0.03 0.06 0.08 0.02 0.07 0.00 0.11 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.10 0.04 0.16 0.86 0.66 0.19
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.12 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.12 0.13 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.21 0.34 0.04
C6 0.03 0.04 0.07 0.09 0.01 0.09 0.02 0.10 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.11 0.06 0.17 0.74 0.52 0.19
N1 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.10 0.59 0.52 0.15
N3 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01 0.09 0.04 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.12 0.04 0.12 0.71 0.76 0.14
N4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.15 0.86 0.84 0.15
O2 0.02 0.00 0.13 0.13 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.16 0.03 0.07 0.52 0.61 0.13
O2' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04 0.09 0.00 0.07 0.04 0.04 0.15 0.36 0.12
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.05 0.11 0.05 0.12 0.07 0.16 0.07 0.00 0.02 0.16 0.46 0.37 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.13 0.39 0.27 0.13
O5' 0.09 0.09 0.04 0.09 0.13 0.04 0.16 0.01 0.17 0.10 0.12 0.15 0.07 0.04 0.16 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.60 0.20 0.23 0.81 0.12 0.86 0.21 0.74 0.59 0.71 0.86 0.52 0.15 0.46 0.39 0.02 0.00 0.04 0.02
OP2 0.38 0.64 0.44 0.38 0.77 0.26 0.66 0.34 0.52 0.52 0.76 0.84 0.61 0.36 0.37 0.27 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.15 0.13 0.16 0.17 0.15 0.07 0.19 0.04 0.19 0.15 0.14 0.15 0.13 0.12 0.20 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.96 1.02 1.10 0.66 0.82 0.41 0.67 0.28 0.71 0.88 0.98 0.82 1.17 1.51 0.15 0.64 0.17 0.31 0.37 0.18
C2 0.95 0.98 1.22 0.68 0.81 0.43 0.70 0.31 0.75 0.88 0.95 0.81 1.09 1.54 0.13 0.64 0.19 0.24 0.38 0.16
C2' 0.67 0.76 0.79 0.48 0.59 0.20 0.45 0.26 0.46 0.61 0.74 0.61 0.90 1.08 0.09 0.38 0.14 0.33 0.33 0.18
C3' 0.47 0.52 0.51 0.35 0.36 0.10 0.24 0.26 0.25 0.39 0.49 0.37 0.66 0.73 0.14 0.24 0.20 0.35 0.31 0.21
C4 0.86 0.82 1.19 0.61 0.65 0.44 0.58 0.33 0.67 0.78 0.77 0.63 0.89 1.38 0.13 0.62 0.21 0.21 0.38 0.16
C4' 0.77 0.75 0.74 0.55 0.51 0.36 0.39 0.22 0.45 0.63 0.68 0.50 0.91 1.08 0.21 0.53 0.19 0.31 0.29 0.17
C5 0.87 0.80 1.18 0.62 0.60 0.45 0.52 0.34 0.62 0.76 0.73 0.57 0.88 1.35 0.12 0.64 0.19 0.29 0.37 0.18
C5' 0.68 0.55 0.54 0.51 0.31 0.42 0.23 0.25 0.32 0.49 0.46 0.28 0.72 0.81 0.31 0.55 0.22 0.30 0.27 0.17
C6 0.92 0.89 1.17 0.66 0.68 0.44 0.57 0.31 0.64 0.81 0.82 0.65 1.00 1.45 0.11 0.64 0.18 0.33 0.38 0.20
N1 0.95 0.97 1.17 0.67 0.77 0.43 0.64 0.30 0.70 0.86 0.92 0.76 1.09 1.51 0.11 0.64 0.17 0.30 0.38 0.18
N3 0.91 0.91 1.23 0.65 0.76 0.43 0.67 0.32 0.73 0.84 0.88 0.74 1.00 1.48 0.13 0.62 0.21 0.20 0.39 0.16
N4 0.79 0.73 1.15 0.54 0.58 0.42 0.54 0.33 0.64 0.71 0.68 0.55 0.78 1.27 0.16 0.59 0.26 0.13 0.38 0.16
O2 0.97 1.04 1.23 0.68 0.89 0.42 0.77 0.30 0.80 0.93 1.03 0.91 1.15 1.57 0.12 0.63 0.18 0.23 0.38 0.16
O2' 0.75 0.88 0.83 0.51 0.71 0.22 0.55 0.25 0.55 0.71 0.87 0.74 1.03 1.17 0.10 0.43 0.14 0.33 0.34 0.18
O3' 0.27 0.37 0.28 0.19 0.27 0.12 0.18 0.34 0.15 0.24 0.37 0.29 0.50 0.45 0.27 0.10 0.30 0.39 0.34 0.28
O4' 1.04 1.04 1.10 0.72 0.78 0.52 0.64 0.31 0.71 0.92 0.97 0.76 1.22 1.58 0.30 0.74 0.22 0.30 0.34 0.18
O5' 0.37 0.25 0.26 0.32 0.21 0.29 0.20 0.24 0.13 0.19 0.23 0.24 0.37 0.33 0.03 0.33 0.24 0.25 0.35 0.16
OP1 0.36 0.76 0.65 0.42 1.24 0.12 1.30 0.34 1.09 0.79 1.00 1.34 0.46 0.28 0.05 0.24 0.92 0.85 1.23 0.95
OP2 0.20 0.54 0.53 0.19 0.55 0.65 0.39 0.88 0.26 0.34 0.62 0.60 0.61 0.92 0.02 0.45 0.50 0.88 0.59 0.66
P 0.16 0.31 0.31 0.03 0.54 0.26 0.55 0.23 0.43 0.29 0.44 0.60 0.18 0.29 0.02 0.24 0.27 0.24 0.44 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.32 0.01 0.23 0.18 0.47 0.18
C2 0.02 0.00 0.15 0.19 0.02 0.04 0.03 0.10 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.22 0.21 0.11 0.29 0.11 0.28 0.07
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.22 0.20 0.27 0.05 0.09 0.12 0.34 0.01 0.04 0.03 0.51 0.54 0.56 0.45
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.30 0.01 0.34 0.02 0.29 0.20 0.24 0.31 0.15 0.02 0.01 0.02 0.26 0.25 0.23 0.11
C4 0.02 0.02 0.08 0.30 0.00 0.14 0.02 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.42 0.15 0.07 0.38 0.11 0.14 0.14
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.14 0.00 0.22 0.02 0.20 0.09 0.07 0.15 0.07 0.30 0.02 0.01 0.03 0.08 0.40 0.10
C5 0.03 0.03 0.22 0.34 0.02 0.22 0.00 0.26 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.50 0.23 0.16 0.40 0.15 0.19 0.19
C5' 0.07 0.10 0.20 0.02 0.19 0.02 0.26 0.00 0.22 0.10 0.13 0.22 0.10 0.12 0.26 0.02 0.01 0.09 0.27 0.03
C6 0.03 0.04 0.27 0.29 0.01 0.20 0.02 0.22 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.46 0.20 0.17 0.35 0.07 0.28 0.08
N1 0.02 0.03 0.05 0.20 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.25 0.16 0.05 0.28 0.09 0.34 0.06
N3 0.02 0.01 0.09 0.24 0.02 0.07 0.03 0.13 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.31 0.14 0.08 0.33 0.08 0.18 0.06
N4 0.03 0.03 0.12 0.31 0.01 0.15 0.02 0.22 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.50 0.17 0.07 0.41 0.17 0.17 0.20
O2 0.02 0.01 0.34 0.15 0.04 0.07 0.04 0.10 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.30 0.34 0.17 0.25 0.17 0.33 0.11
O2' 0.03 0.22 0.01 0.02 0.42 0.30 0.50 0.12 0.46 0.25 0.31 0.50 0.30 0.00 0.10 0.20 0.34 0.44 0.61 0.35
O3' 0.32 0.21 0.04 0.01 0.15 0.02 0.23 0.26 0.20 0.16 0.14 0.17 0.34 0.10 0.00 0.21 0.39 0.44 0.37 0.35
O4' 0.01 0.11 0.03 0.02 0.07 0.01 0.16 0.02 0.17 0.05 0.08 0.07 0.17 0.20 0.21 0.00 0.12 0.15 0.59 0.27
O5' 0.23 0.29 0.51 0.26 0.38 0.03 0.40 0.01 0.35 0.28 0.33 0.41 0.25 0.34 0.39 0.12 0.00 0.03 0.06 0.02
OP1 0.18 0.11 0.54 0.25 0.11 0.08 0.15 0.09 0.07 0.09 0.08 0.17 0.17 0.44 0.44 0.15 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.47 0.28 0.56 0.23 0.14 0.40 0.19 0.27 0.28 0.34 0.18 0.17 0.33 0.61 0.37 0.59 0.06 0.04 0.00 0.02
P 0.18 0.07 0.45 0.11 0.14 0.10 0.19 0.03 0.08 0.06 0.06 0.20 0.11 0.35 0.35 0.27 0.02 0.01 0.02 0.00