ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.033, 0.053, 0.074, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.053 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.044 std_dev=0.025
O5' B 0, 0.230, 0.395, 0.560, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.395 std_dev=0.165
O4' A 0, 0.141, 0.417, 0.693, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.417 std_dev=0.276
P B 0, 0.294, 0.580, 0.866, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.580 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.330, 0.621, 0.913, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.621 std_dev=0.292
C2' A 0, 0.129, 0.427, 0.725, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.427 std_dev=0.298
OP2 B 0, 0.536, 0.874, 1.211, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.874 std_dev=0.337
C5' B 0, 0.174, 0.552, 0.929, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.552 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.437, 0.823, 1.209, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.823 std_dev=0.386
C3' B 0, 0.403, 0.809, 1.214, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.809 std_dev=0.406
OP2 A 0, 0.662, 1.104, 1.546, 1.580 max_d=1.580 avg_d=1.104 std_dev=0.442
O5' A 0, 0.449, 0.904, 1.358, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.904 std_dev=0.454
O3' B 0, 0.533, 1.001, 1.469, 1.601 max_d=1.601 avg_d=1.001 std_dev=0.468
P A 0, 0.578, 1.053, 1.529, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.053 std_dev=0.476
C4' A 0, 0.197, 0.679, 1.160, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.679 std_dev=0.481
O2' A 0, 0.033, 0.565, 1.097, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.565 std_dev=0.532
C5' A 0, 0.394, 0.951, 1.507, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.951 std_dev=0.557
C3' A 0, 0.194, 0.759, 1.324, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.759 std_dev=0.565
C2' B 0, 0.728, 1.323, 1.918, 1.814 max_d=1.814 avg_d=1.323 std_dev=0.595
OP1 A 0, 0.733, 1.342, 1.951, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.342 std_dev=0.609
O4' B 0, 0.561, 1.220, 1.878, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.220 std_dev=0.659
O2' B 0, 0.907, 1.568, 2.230, 2.147 max_d=2.147 avg_d=1.568 std_dev=0.662
C1' B 0, 0.686, 1.449, 2.212, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.449 std_dev=0.763
O3' A 0, 0.204, 1.138, 2.072, 3.022 max_d=3.022 avg_d=1.138 std_dev=0.934
C6 B 0, 0.116, 1.151, 2.185, 4.077 max_d=4.077 avg_d=1.151 std_dev=1.034
N1 B 0, 0.438, 1.606, 2.774, 4.508 max_d=4.508 avg_d=1.606 std_dev=1.168
C5 B 0, -0.182, 1.396, 2.973, 5.977 max_d=5.977 avg_d=1.396 std_dev=1.578
C2 B 0, 0.716, 2.500, 4.284, 6.881 max_d=6.881 avg_d=2.500 std_dev=1.784
O2 B 0, 1.163, 3.108, 5.054, 7.431 max_d=7.431 avg_d=3.108 std_dev=1.946
C4 B 0, 0.002, 2.158, 4.314, 8.263 max_d=8.263 avg_d=2.158 std_dev=2.156
N3 B 0, 0.493, 2.738, 4.982, 8.669 max_d=8.669 avg_d=2.738 std_dev=2.245
N4 B 0, -0.209, 2.477, 5.164, 10.222 max_d=10.222 avg_d=2.477 std_dev=2.686

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.27 0.01 0.15 0.16 0.23 0.16
C2 0.02 0.00 0.12 0.22 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.14 0.04 0.13 0.18 0.25 0.18
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.19 0.09 0.02 0.10 0.04 0.21 0.00 0.02 0.01 0.39 0.42 0.52 0.43
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.34 0.00 0.36 0.02 0.31 0.21 0.28 0.36 0.17 0.02 0.01 0.02 0.05 0.16 0.18 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.34 0.00 0.11 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.15 0.02 0.15 0.20 0.25 0.20
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.09 0.12 0.07 0.27 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03
C5 0.01 0.02 0.07 0.36 0.01 0.14 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.27 0.24 0.04 0.16 0.18 0.21 0.18
C5' 0.07 0.07 0.19 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.07 0.08 0.10 0.08 0.19 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01
C6 0.01 0.02 0.09 0.31 0.00 0.13 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.18 0.06 0.11 0.12 0.13 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.16 0.05 0.01 0.11 0.14 0.20 0.14
N3 0.02 0.00 0.10 0.28 0.01 0.09 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.08 0.03 0.14 0.19 0.26 0.19
N4 0.01 0.01 0.04 0.36 0.01 0.12 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.32 0.20 0.02 0.17 0.23 0.29 0.23
O2 0.05 0.01 0.21 0.17 0.02 0.07 0.03 0.10 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.15 0.32 0.07 0.16 0.21 0.30 0.20
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.29 0.27 0.27 0.08 0.21 0.16 0.25 0.32 0.15 0.00 0.04 0.20 0.29 0.32 0.60 0.38
O3' 0.27 0.14 0.02 0.01 0.15 0.02 0.24 0.19 0.18 0.05 0.08 0.20 0.32 0.04 0.00 0.21 0.22 0.39 0.39 0.32
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.07 0.20 0.21 0.00 0.05 0.07 0.08 0.06
O5' 0.15 0.13 0.39 0.05 0.15 0.01 0.16 0.01 0.11 0.11 0.14 0.17 0.16 0.29 0.22 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.18 0.42 0.16 0.20 0.09 0.18 0.07 0.12 0.14 0.19 0.23 0.21 0.32 0.39 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.25 0.52 0.18 0.25 0.08 0.21 0.04 0.13 0.20 0.26 0.29 0.30 0.60 0.39 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.18 0.43 0.11 0.20 0.03 0.18 0.01 0.12 0.14 0.19 0.23 0.20 0.38 0.32 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 1.37 0.34 0.19 1.65 0.22 1.34 0.19 1.00 0.98 1.67 1.85 1.35 0.34 0.14 0.43 0.17 0.22 0.15 0.13
C2 0.53 1.39 0.22 0.17 1.90 0.21 1.62 0.21 1.16 1.04 1.79 2.20 1.28 0.29 0.15 0.44 0.19 0.17 0.16 0.15
C2' 0.49 1.14 0.40 0.36 1.44 0.39 1.19 0.38 0.86 0.80 1.44 1.67 1.15 0.51 0.35 0.40 0.27 0.26 0.21 0.20
C3' 0.43 1.08 0.38 0.10 1.28 0.05 1.06 0.18 0.79 0.76 1.31 1.46 1.12 0.42 0.06 0.26 0.28 0.68 0.42 0.42
C4 0.43 1.14 0.14 0.16 1.67 0.20 1.54 0.23 1.12 0.91 1.48 1.91 0.99 0.28 0.19 0.40 0.20 0.17 0.17 0.17
C4' 0.53 1.10 0.43 0.15 1.15 0.16 0.90 0.08 0.70 0.78 1.25 1.25 1.19 0.46 0.09 0.37 0.13 0.41 0.20 0.18
C5 0.39 0.99 0.19 0.19 1.40 0.22 1.33 0.23 1.02 0.81 1.25 1.55 0.84 0.31 0.19 0.36 0.20 0.17 0.15 0.15
C5' 0.48 0.83 0.46 0.17 0.80 0.15 0.63 0.07 0.51 0.60 0.90 0.86 0.93 0.50 0.08 0.32 0.10 0.37 0.16 0.15
C6 0.47 1.11 0.27 0.21 1.43 0.23 1.30 0.22 1.01 0.88 1.36 1.57 1.00 0.34 0.16 0.39 0.18 0.19 0.15 0.13
N1 0.52 1.31 0.27 0.19 1.70 0.22 1.46 0.21 1.08 0.99 1.64 1.90 1.22 0.32 0.15 0.42 0.18 0.19 0.15 0.14
N3 0.49 1.32 0.16 0.16 1.89 0.20 1.66 0.22 1.18 1.01 1.72 2.20 1.18 0.28 0.17 0.43 0.19 0.17 0.17 0.17
N4 0.41 1.07 0.13 0.14 1.62 0.18 1.51 0.22 1.08 0.86 1.41 1.88 0.91 0.27 0.21 0.38 0.19 0.18 0.19 0.19
O2 0.56 1.49 0.24 0.17 2.02 0.21 1.66 0.21 1.17 1.08 1.93 2.38 1.41 0.29 0.15 0.46 0.18 0.18 0.16 0.16
O2' 0.48 1.27 0.33 0.28 1.60 0.36 1.30 0.45 0.93 0.87 1.61 1.88 1.30 0.35 0.25 0.38 0.36 0.29 0.41 0.35
O3' 0.50 1.19 0.42 0.14 1.36 0.12 1.07 0.29 0.79 0.82 1.43 1.56 1.27 0.44 0.22 0.30 0.33 0.83 0.42 0.48
O4' 0.59 1.31 0.39 0.18 1.40 0.22 1.11 0.13 0.88 0.94 1.50 1.51 1.36 0.33 0.15 0.46 0.15 0.26 0.15 0.13
O5' 0.35 0.71 0.38 0.14 0.82 0.07 0.74 0.14 0.59 0.54 0.81 0.90 0.72 0.36 0.02 0.20 0.21 0.52 0.26 0.30
OP1 0.28 0.43 0.27 0.06 0.37 0.11 0.32 0.30 0.24 0.25 0.44 0.42 0.58 0.30 0.02 0.16 0.30 0.65 0.32 0.42
OP2 0.16 0.21 0.06 0.13 0.50 0.37 0.59 0.54 0.49 0.22 0.35 0.60 0.25 0.07 0.02 0.30 0.52 0.81 0.44 0.61
P 0.15 0.31 0.18 0.02 0.43 0.13 0.45 0.28 0.35 0.20 0.38 0.50 0.38 0.18 0.01 0.09 0.29 0.58 0.29 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.20 0.01 0.06 0.23 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.10 0.14 0.30 0.47 0.13
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.10 0.12 0.02 0.12 0.05 0.25 0.00 0.01 0.02 0.24 0.27 0.19 0.27
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.26 0.01 0.28 0.01 0.25 0.16 0.21 0.28 0.11 0.03 0.01 0.02 0.04 0.11 0.08 0.06
C4 0.03 0.01 0.04 0.26 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.13 0.04 0.33 0.18 0.83 0.31
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.21 0.01 0.22 0.08 0.04 0.14 0.12 0.21 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.28 0.00 0.21 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.17 0.13 0.41 0.16 0.87 0.38
C5' 0.03 0.05 0.10 0.01 0.19 0.01 0.29 0.00 0.28 0.09 0.09 0.22 0.13 0.10 0.13 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.22 0.01 0.28 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.13 0.16 0.34 0.11 0.66 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.07 0.01 0.16 0.20 0.43 0.12
N3 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.07 0.22 0.27 0.65 0.20
N4 0.03 0.01 0.05 0.28 0.01 0.14 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.16 0.04 0.37 0.20 0.94 0.37
O2 0.04 0.01 0.25 0.11 0.01 0.12 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.26 0.20 0.09 0.39 0.34 0.12
O2' 0.02 0.06 0.00 0.03 0.25 0.21 0.35 0.10 0.33 0.14 0.11 0.26 0.21 0.00 0.02 0.15 0.17 0.16 0.21 0.22
O3' 0.20 0.15 0.01 0.01 0.13 0.01 0.17 0.13 0.13 0.07 0.13 0.16 0.26 0.02 0.00 0.12 0.14 0.34 0.19 0.21
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.16 0.01 0.07 0.04 0.20 0.15 0.12 0.00 0.08 0.23 0.15 0.07
O5' 0.06 0.14 0.24 0.04 0.33 0.02 0.41 0.01 0.34 0.16 0.22 0.37 0.09 0.17 0.14 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.30 0.27 0.11 0.18 0.08 0.16 0.06 0.11 0.20 0.27 0.20 0.39 0.16 0.34 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.47 0.19 0.08 0.83 0.02 0.87 0.10 0.66 0.43 0.65 0.94 0.34 0.21 0.19 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.27 0.06 0.31 0.02 0.38 0.02 0.29 0.12 0.20 0.37 0.12 0.22 0.21 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00