ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49242

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.015, 0.040, 0.066, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.045 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.098, 0.273, 0.448, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.273 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.014, 0.203, 0.393, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.203 std_dev=0.189
O4' A 0, -0.031, 0.181, 0.393, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.181 std_dev=0.212
C3' A 0, 0.028, 0.331, 0.635, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.331 std_dev=0.304
OP2 B 0, 0.181, 0.488, 0.795, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.488 std_dev=0.307
C4' A 0, -0.018, 0.290, 0.597, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.290 std_dev=0.308
P B 0, 0.098, 0.436, 0.775, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.436 std_dev=0.338
O3' A 0, 0.075, 0.417, 0.759, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.417 std_dev=0.342
OP1 B 0, 0.235, 0.638, 1.041, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.638 std_dev=0.403
C5' A 0, -0.019, 0.512, 1.043, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.512 std_dev=0.531
O5' B 0, 0.120, 0.723, 1.326, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.723 std_dev=0.603
O5' A 0, 0.176, 0.874, 1.573, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.874 std_dev=0.699
C3' B 0, 0.288, 1.020, 1.751, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.020 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.432, 1.270, 2.107, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.270 std_dev=0.837
C5' B 0, 0.124, 0.994, 1.865, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.994 std_dev=0.870
O3' B 0, 0.307, 1.248, 2.190, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.248 std_dev=0.942
OP2 A 0, 0.416, 1.373, 2.330, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.373 std_dev=0.957
P A 0, 0.232, 1.229, 2.226, 2.935 max_d=2.935 avg_d=1.229 std_dev=0.997
C4' B 0, 0.201, 1.209, 2.217, 2.916 max_d=2.916 avg_d=1.209 std_dev=1.008
C1' B 0, 0.372, 1.475, 2.579, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.475 std_dev=1.104
O2' B 0, 0.465, 1.590, 2.715, 3.564 max_d=3.564 avg_d=1.590 std_dev=1.125
O4' B 0, 0.242, 1.441, 2.640, 3.445 max_d=3.445 avg_d=1.441 std_dev=1.199
OP1 A 0, 0.390, 1.659, 2.928, 3.793 max_d=3.793 avg_d=1.659 std_dev=1.269
C6 B 0, 0.365, 1.644, 2.922, 3.715 max_d=3.715 avg_d=1.644 std_dev=1.278
N1 B 0, 0.376, 1.681, 2.986, 3.847 max_d=3.847 avg_d=1.681 std_dev=1.305
C5 B 0, 0.444, 2.014, 3.583, 4.576 max_d=4.576 avg_d=2.014 std_dev=1.570
C2 B 0, 0.452, 2.119, 3.787, 4.834 max_d=4.834 avg_d=2.119 std_dev=1.668
O2 B 0, 0.483, 2.331, 4.178, 5.239 max_d=5.239 avg_d=2.331 std_dev=1.847
C4 B 0, 0.510, 2.368, 4.226, 5.432 max_d=5.432 avg_d=2.368 std_dev=1.858
N3 B 0, 0.498, 2.418, 4.339, 5.528 max_d=5.528 avg_d=2.418 std_dev=1.920
N4 B 0, 0.638, 2.793, 4.949, 6.357 max_d=6.357 avg_d=2.793 std_dev=2.156

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.08 0.21 0.07
C2 0.02 0.00 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.04 0.13 0.18 0.37 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.14 0.01 0.05 0.02 0.07 0.25 0.28 0.15
C3' 0.03 0.14 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.03 0.06 0.08 0.14 0.14 0.18 0.02 0.02 0.03 0.10 0.34 0.25 0.20
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.03 0.13 0.16 0.36 0.14
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.06 0.10 0.05 0.01 0.02 0.09 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.12 0.03 0.12 0.11 0.26 0.10
C5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.12 0.09 0.23 0.09
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.11 0.12 0.28 0.11
N3 0.03 0.01 0.07 0.14 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.04 0.14 0.19 0.40 0.16
N4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.03 0.12 0.16 0.37 0.14
O2 0.04 0.00 0.14 0.18 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.16 0.05 0.13 0.21 0.40 0.16
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.10 0.05 0.10 0.04 0.03 0.07 0.06 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.25 0.23 0.14
O3' 0.04 0.14 0.05 0.02 0.15 0.05 0.12 0.11 0.09 0.08 0.16 0.18 0.16 0.09 0.00 0.05 0.22 0.53 0.29 0.33
O4' 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.00 0.08 0.09 0.11 0.08
O5' 0.08 0.13 0.07 0.10 0.13 0.02 0.12 0.02 0.12 0.11 0.14 0.12 0.13 0.08 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.18 0.25 0.34 0.16 0.09 0.11 0.04 0.09 0.12 0.19 0.16 0.21 0.25 0.53 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.37 0.28 0.25 0.36 0.10 0.26 0.06 0.23 0.28 0.40 0.37 0.40 0.23 0.29 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.15 0.15 0.20 0.14 0.05 0.10 0.02 0.09 0.11 0.16 0.14 0.16 0.14 0.33 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.21 0.51 0.23 0.39 0.14 0.62 0.12 0.59 0.34 0.19 0.42 0.35 1.00 0.19 0.20 0.13 0.16 0.20 0.13
C2 0.57 0.52 0.78 0.33 0.67 0.20 0.85 0.08 0.81 0.59 0.55 0.70 0.56 1.25 0.23 0.30 0.09 0.24 0.23 0.14
C2' 0.32 0.15 0.41 0.16 0.36 0.09 0.58 0.17 0.55 0.29 0.16 0.41 0.29 0.81 0.07 0.14 0.16 0.17 0.21 0.15
C3' 0.16 0.11 0.23 0.10 0.26 0.14 0.41 0.29 0.37 0.14 0.13 0.30 0.29 0.54 0.11 0.09 0.26 0.19 0.22 0.20
C4 0.57 0.60 0.85 0.38 0.68 0.25 0.79 0.10 0.76 0.60 0.63 0.71 0.62 1.20 0.26 0.29 0.11 0.25 0.23 0.15
C4' 0.20 0.19 0.23 0.11 0.36 0.12 0.48 0.25 0.43 0.21 0.25 0.41 0.32 0.55 0.10 0.10 0.26 0.17 0.23 0.20
C5 0.43 0.37 0.74 0.35 0.37 0.22 0.50 0.08 0.50 0.37 0.35 0.39 0.45 1.05 0.25 0.21 0.07 0.19 0.18 0.14
C5' 0.17 0.32 0.25 0.16 0.42 0.16 0.46 0.30 0.40 0.27 0.38 0.46 0.39 0.37 0.14 0.12 0.33 0.20 0.27 0.26
C6 0.38 0.22 0.62 0.30 0.27 0.18 0.46 0.09 0.46 0.27 0.17 0.29 0.37 1.02 0.24 0.18 0.11 0.16 0.19 0.13
N1 0.46 0.31 0.65 0.29 0.43 0.17 0.64 0.09 0.63 0.41 0.29 0.45 0.41 1.12 0.22 0.23 0.10 0.18 0.20 0.13
N3 0.62 0.65 0.86 0.37 0.79 0.24 0.94 0.08 0.87 0.67 0.70 0.83 0.66 1.28 0.25 0.33 0.10 0.27 0.25 0.15
N4 0.60 0.74 0.90 0.40 0.85 0.28 0.90 0.15 0.81 0.69 0.81 0.90 0.74 1.18 0.27 0.32 0.17 0.27 0.27 0.18
O2 0.60 0.57 0.77 0.31 0.75 0.19 0.94 0.08 0.88 0.64 0.61 0.80 0.60 1.27 0.22 0.31 0.09 0.26 0.23 0.14
O2' 0.30 0.17 0.38 0.16 0.39 0.12 0.62 0.19 0.57 0.28 0.18 0.45 0.34 0.77 0.14 0.14 0.16 0.17 0.21 0.14
O3' 0.11 0.20 0.14 0.17 0.25 0.27 0.37 0.42 0.31 0.11 0.20 0.30 0.37 0.36 0.27 0.18 0.34 0.25 0.25 0.26
O4' 0.33 0.15 0.39 0.18 0.36 0.14 0.55 0.15 0.52 0.27 0.18 0.41 0.30 0.87 0.21 0.18 0.17 0.15 0.21 0.16
O5' 0.15 0.15 0.18 0.06 0.28 0.09 0.37 0.27 0.34 0.18 0.19 0.31 0.23 0.40 0.02 0.05 0.30 0.21 0.26 0.26
OP1 0.22 0.24 0.10 0.02 0.14 0.08 0.14 0.27 0.15 0.17 0.22 0.15 0.36 0.19 0.04 0.17 0.26 0.31 0.24 0.28
OP2 0.15 0.13 0.08 0.09 0.23 0.23 0.31 0.39 0.28 0.16 0.15 0.25 0.15 0.09 0.03 0.23 0.42 0.39 0.37 0.40
P 0.14 0.10 0.06 0.01 0.09 0.11 0.18 0.29 0.16 0.07 0.07 0.11 0.21 0.15 0.01 0.11 0.29 0.26 0.24 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.17 0.01 0.15 0.17 0.20 0.15
C2 0.03 0.00 0.16 0.09 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.26 0.14 0.17 0.32 0.32 0.43 0.37
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.20 0.15 0.24 0.05 0.12 0.09 0.31 0.00 0.05 0.02 0.33 0.42 0.49 0.40
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.10 0.13 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.14 0.10
C4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.09 0.05 0.40 0.47 0.56 0.51
C4' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.03 0.09 0.10 0.18 0.18 0.03 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.20 0.14 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.12 0.15 0.36 0.44 0.50 0.46
C5' 0.07 0.23 0.15 0.01 0.28 0.01 0.27 0.00 0.22 0.16 0.27 0.31 0.26 0.08 0.13 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.24 0.13 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.13 0.20 0.29 0.33 0.38 0.34
N1 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.11 0.02 0.26 0.27 0.33 0.29
N3 0.02 0.00 0.12 0.10 0.01 0.09 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.22 0.11 0.13 0.38 0.42 0.53 0.47
N4 0.02 0.03 0.09 0.13 0.01 0.10 0.01 0.31 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.23 0.08 0.06 0.44 0.53 0.63 0.57
O2 0.06 0.01 0.31 0.12 0.02 0.18 0.02 0.26 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.50 0.21 0.31 0.28 0.28 0.39 0.32
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.21 0.18 0.36 0.08 0.39 0.13 0.22 0.23 0.50 0.00 0.09 0.10 0.28 0.40 0.60 0.39
O3' 0.17 0.14 0.05 0.01 0.09 0.03 0.12 0.13 0.13 0.11 0.11 0.08 0.21 0.09 0.00 0.13 0.10 0.11 0.12 0.08
O4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.05 0.00 0.15 0.02 0.20 0.02 0.13 0.06 0.31 0.10 0.13 0.00 0.06 0.06 0.11 0.10
O5' 0.15 0.32 0.33 0.03 0.40 0.02 0.36 0.01 0.29 0.26 0.38 0.44 0.28 0.28 0.10 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.32 0.42 0.18 0.47 0.08 0.44 0.04 0.33 0.27 0.42 0.53 0.28 0.40 0.11 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.43 0.49 0.14 0.56 0.05 0.50 0.02 0.38 0.33 0.53 0.63 0.39 0.60 0.12 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.37 0.40 0.10 0.51 0.02 0.46 0.02 0.34 0.29 0.47 0.57 0.32 0.39 0.08 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00