ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49243

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.015, 0.049, 0.083, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.049 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.024, 0.059, 0.094, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.059 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.026, 0.088, 0.149, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.088 std_dev=0.061
OP2 B 0, 0.031, 0.263, 0.496, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.263 std_dev=0.233
C2' A 0, 0.022, 0.276, 0.530, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.276 std_dev=0.254
P B 0, 0.176, 0.468, 0.759, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.468 std_dev=0.291
O4' A 0, -0.093, 0.227, 0.546, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.227 std_dev=0.320
OP1 B 0, 0.344, 0.816, 1.288, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.816 std_dev=0.472
O2' A 0, -0.011, 0.500, 1.011, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.500 std_dev=0.511
OP1 A 0, 0.560, 1.132, 1.704, 1.518 max_d=1.518 avg_d=1.132 std_dev=0.572
C4' A 0, -0.137, 0.457, 1.051, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.457 std_dev=0.594
C3' A 0, -0.149, 0.520, 1.189, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.520 std_dev=0.669
C5' A 0, -0.028, 0.674, 1.375, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.674 std_dev=0.702
O2' B 0, 0.719, 1.448, 2.177, 1.911 max_d=1.911 avg_d=1.448 std_dev=0.729
C2' B 0, 0.418, 1.150, 1.883, 2.309 max_d=2.309 avg_d=1.150 std_dev=0.733
O5' B 0, 0.248, 0.994, 1.739, 2.209 max_d=2.209 avg_d=0.994 std_dev=0.745
P A 0, 0.225, 0.980, 1.736, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.980 std_dev=0.756
O5' A 0, 0.035, 0.912, 1.789, 2.526 max_d=2.526 avg_d=0.912 std_dev=0.877
OP2 A 0, 0.510, 1.424, 2.337, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.424 std_dev=0.914
C3' B 0, 0.261, 1.314, 2.366, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.314 std_dev=1.052
O3' A 0, -0.346, 0.800, 1.947, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.800 std_dev=1.147
O3' B 0, 0.271, 1.587, 2.903, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.587 std_dev=1.316
C5' B 0, 0.125, 1.603, 3.081, 4.347 max_d=4.347 avg_d=1.603 std_dev=1.478
C1' B 0, -0.050, 1.596, 3.242, 4.765 max_d=4.765 avg_d=1.596 std_dev=1.646
C4' B 0, 0.045, 1.692, 3.338, 4.800 max_d=4.800 avg_d=1.692 std_dev=1.646
O4' B 0, -0.086, 1.840, 3.766, 5.538 max_d=5.538 avg_d=1.840 std_dev=1.926
N1 B 0, -0.238, 1.799, 3.835, 5.786 max_d=5.786 avg_d=1.799 std_dev=2.037
C6 B 0, -0.133, 2.032, 4.198, 6.244 max_d=6.244 avg_d=2.032 std_dev=2.166
O2 B 0, -0.320, 2.006, 4.332, 6.572 max_d=6.572 avg_d=2.006 std_dev=2.326
C2 B 0, -0.443, 2.026, 4.495, 6.892 max_d=6.892 avg_d=2.026 std_dev=2.469
C5 B 0, -0.281, 2.548, 5.378, 8.075 max_d=8.075 avg_d=2.548 std_dev=2.830
N3 B 0, -0.655, 2.463, 5.581, 8.620 max_d=8.620 avg_d=2.463 std_dev=3.118
C4 B 0, -0.564, 2.771, 6.105, 9.331 max_d=9.331 avg_d=2.771 std_dev=3.335
N4 B 0, -0.669, 3.395, 7.460, 11.387 max_d=11.387 avg_d=3.395 std_dev=4.065

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.05 0.05 0.10 0.02 0.31 0.01 0.28 0.24 0.44 0.12
C2 0.06 0.00 0.07 0.17 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.30 0.20 0.07 0.53 0.09 0.31 0.21
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.21 0.13 0.03 0.05 0.07 0.13 0.00 0.04 0.03 0.31 0.60 0.65 0.49
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.28 0.00 0.29 0.01 0.23 0.17 0.24 0.31 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.29 0.27 0.14
C4 0.05 0.02 0.07 0.28 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.41 0.04 0.02 0.81 0.34 0.46 0.53
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.13 0.07 0.07 0.13 0.09 0.22 0.02 0.01 0.00 0.25 0.39 0.06
C5 0.03 0.02 0.12 0.29 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.37 0.09 0.07 0.86 0.40 0.41 0.55
C5' 0.09 0.05 0.21 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.10 0.05 0.08 0.16 0.11 0.04 0.18 0.02 0.01 0.35 0.44 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.23 0.01 0.13 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.04 0.09 0.74 0.25 0.31 0.35
N1 0.02 0.01 0.03 0.17 0.03 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.23 0.13 0.02 0.53 0.12 0.33 0.17
N3 0.05 0.01 0.05 0.24 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.38 0.11 0.03 0.68 0.19 0.39 0.39
N4 0.05 0.03 0.07 0.31 0.01 0.13 0.01 0.16 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.45 0.07 0.02 0.88 0.44 0.56 0.64
O2 0.10 0.00 0.13 0.07 0.02 0.09 0.03 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.38 0.15 0.37 0.18 0.29 0.06
O2' 0.02 0.30 0.00 0.01 0.41 0.22 0.37 0.04 0.28 0.23 0.38 0.45 0.24 0.00 0.03 0.13 0.25 0.64 0.72 0.50
O3' 0.31 0.20 0.04 0.01 0.04 0.02 0.09 0.18 0.04 0.13 0.11 0.07 0.38 0.03 0.00 0.23 0.13 0.28 0.27 0.14
O4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02 0.15 0.13 0.23 0.00 0.32 0.24 0.40 0.10
O5' 0.28 0.53 0.31 0.07 0.81 0.00 0.86 0.01 0.74 0.53 0.68 0.88 0.37 0.25 0.13 0.32 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.24 0.09 0.60 0.29 0.34 0.25 0.40 0.35 0.25 0.12 0.19 0.44 0.18 0.64 0.28 0.24 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.31 0.65 0.27 0.46 0.39 0.41 0.44 0.31 0.33 0.39 0.56 0.29 0.72 0.27 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.21 0.49 0.14 0.53 0.06 0.55 0.02 0.35 0.17 0.39 0.64 0.06 0.50 0.14 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 1.69 0.17 0.50 2.27 0.28 1.84 0.39 1.35 1.24 2.20 2.60 1.50 0.28 0.69 0.34 0.20 0.11 0.03 0.08
C2 0.76 1.86 0.28 0.41 2.64 0.21 2.25 0.35 1.65 1.45 2.43 3.05 1.61 0.33 0.55 0.52 0.15 0.04 0.04 0.09
C2' 0.57 1.62 0.28 0.44 2.19 0.31 1.80 0.41 1.32 1.20 2.11 2.55 1.45 0.46 0.69 0.27 0.13 0.29 0.16 0.08
C3' 0.15 1.30 0.13 0.91 1.82 0.82 1.37 0.93 0.88 0.79 1.81 2.20 1.19 0.23 1.18 0.23 0.61 0.22 0.30 0.41
C4 0.64 1.45 0.27 0.36 2.08 0.21 1.92 0.36 1.45 1.21 1.85 2.32 1.22 0.30 0.45 0.43 0.16 0.07 0.09 0.12
C4' 0.27 1.32 0.10 0.75 1.72 0.59 1.31 0.67 0.91 0.85 1.75 2.00 1.24 0.22 1.00 0.10 0.45 0.11 0.17 0.28
C5 0.50 1.23 0.22 0.39 1.66 0.26 1.53 0.40 1.20 1.02 1.52 1.81 1.03 0.31 0.48 0.27 0.21 0.05 0.03 0.10
C5' 0.12 0.87 0.20 0.83 1.17 0.75 0.87 0.77 0.56 0.50 1.19 1.38 0.83 0.26 1.12 0.32 0.53 0.17 0.19 0.32
C6 0.52 1.37 0.20 0.45 1.81 0.28 1.57 0.41 1.21 1.08 1.71 1.97 1.18 0.34 0.56 0.27 0.22 0.10 0.04 0.09
N1 0.66 1.70 0.23 0.45 2.30 0.24 1.94 0.37 1.45 1.31 2.18 2.59 1.48 0.33 0.60 0.40 0.17 0.09 0.02 0.07
N3 0.74 1.73 0.28 0.38 2.52 0.21 2.24 0.35 1.64 1.40 2.26 2.91 1.47 0.31 0.50 0.52 0.16 0.07 0.09 0.12
N4 0.60 1.28 0.27 0.29 1.85 0.19 1.77 0.30 1.34 1.10 1.63 2.08 1.08 0.29 0.38 0.44 0.15 0.13 0.15 0.14
O2 0.82 2.01 0.30 0.41 2.86 0.20 2.38 0.34 1.73 1.54 2.65 3.39 1.76 0.35 0.57 0.57 0.15 0.04 0.06 0.10
O2' 0.55 1.57 0.25 0.43 2.31 0.25 1.96 0.26 1.43 1.20 2.12 2.74 1.32 0.35 0.75 0.32 0.07 0.54 0.49 0.33
O3' 0.22 1.50 0.11 0.95 2.18 0.84 1.67 0.91 1.10 0.96 2.12 2.66 1.34 0.21 1.31 0.19 0.52 0.20 0.19 0.32
O4' 0.48 1.55 0.07 0.60 1.95 0.36 1.54 0.46 1.13 1.08 1.98 2.20 1.43 0.19 0.77 0.23 0.31 0.04 0.09 0.19
O5' 0.70 0.37 0.76 1.46 0.58 1.46 0.33 1.50 0.33 0.35 0.63 0.80 0.40 0.45 1.65 1.05 1.22 0.76 0.87 0.98
OP1 1.18 0.40 0.89 1.61 0.13 1.88 0.29 1.72 0.58 0.70 0.10 0.34 0.52 0.45 2.10 1.59 1.20 0.61 0.56 0.80
OP2 0.69 0.47 0.46 1.17 0.67 1.57 0.54 1.59 0.50 0.44 0.66 0.83 0.40 0.45 1.37 1.18 1.06 0.49 0.57 0.70
P 1.00 0.19 0.79 1.57 0.19 1.78 0.27 1.70 0.52 0.55 0.15 0.38 0.20 0.26 1.93 1.43 1.25 0.66 0.70 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.13 0.01 0.07 0.22 0.18 0.11
C2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.09 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.13 0.05 0.13 0.38 0.41 0.17
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.15 0.15 0.19 0.13
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.35 0.12 0.13
C4 0.04 0.03 0.04 0.06 0.00 0.07 0.02 0.13 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.11 0.07 0.06 0.17 0.61 0.53 0.23
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.08 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.03
C5 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.00 0.12 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.12 0.03 0.06 0.16 0.68 0.49 0.25
C5' 0.03 0.09 0.08 0.01 0.13 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.11 0.14 0.07 0.02 0.09 0.02 0.00 0.05 0.22 0.02
C6 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.10 0.03 0.05 0.14 0.58 0.38 0.22
N1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.08 0.09 0.03 0.11 0.40 0.33 0.17
N3 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.11 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.09 0.11 0.06 0.16 0.49 0.50 0.20
N4 0.06 0.05 0.06 0.07 0.02 0.08 0.03 0.14 0.04 0.04 0.04 0.00 0.06 0.12 0.06 0.07 0.19 0.66 0.59 0.25
O2 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.04 0.19 0.05 0.12 0.28 0.37 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.11 0.06 0.12 0.02 0.10 0.08 0.09 0.12 0.04 0.00 0.10 0.03 0.15 0.21 0.22 0.13
O3' 0.13 0.13 0.04 0.01 0.07 0.01 0.03 0.09 0.03 0.09 0.11 0.06 0.19 0.10 0.00 0.08 0.12 0.48 0.26 0.25
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.08 0.00 0.02 0.35 0.04 0.11
O5' 0.07 0.13 0.15 0.03 0.17 0.00 0.16 0.00 0.14 0.11 0.16 0.19 0.12 0.15 0.12 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.22 0.38 0.15 0.35 0.61 0.05 0.68 0.05 0.58 0.40 0.49 0.66 0.28 0.21 0.48 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.41 0.19 0.12 0.53 0.09 0.49 0.22 0.38 0.33 0.50 0.59 0.37 0.22 0.26 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.13 0.13 0.23 0.03 0.25 0.02 0.22 0.17 0.20 0.25 0.15 0.13 0.25 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00