ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49244

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.028, 0.067, 0.106, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.067 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.020, 0.059, 0.098, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.059 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.048, 0.115, 0.182, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.115 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.033, 0.114, 0.196, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.114 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.051, 0.134, 0.217, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.134 std_dev=0.083
O3' A 0, 0.070, 0.174, 0.277, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.174 std_dev=0.104
C5' A 0, 0.081, 0.235, 0.388, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.235 std_dev=0.154
C4' B 0, 0.123, 0.309, 0.494, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.309 std_dev=0.185
C5' B 0, 0.107, 0.294, 0.481, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.294 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.133, 0.329, 0.524, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.329 std_dev=0.195
O5' B 0, 0.145, 0.346, 0.547, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.346 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.105, 0.327, 0.548, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.327 std_dev=0.221
P B 0, 0.126, 0.362, 0.598, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.362 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.106, 0.348, 0.589, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.348 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.126, 0.369, 0.613, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.369 std_dev=0.244
O3' B 0, 0.073, 0.324, 0.576, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.324 std_dev=0.251
O2' B 0, 0.126, 0.382, 0.638, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.382 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.107, 0.363, 0.620, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.363 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.111, 0.392, 0.673, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.392 std_dev=0.281
OP2 B 0, 0.119, 0.400, 0.681, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.400 std_dev=0.281
OP1 B 0, 0.106, 0.392, 0.678, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.392 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.099, 0.388, 0.678, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.388 std_dev=0.290
C2 B 0, 0.126, 0.489, 0.851, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.489 std_dev=0.363
OP2 A 0, 0.096, 0.475, 0.854, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.475 std_dev=0.379
C4 B 0, 0.105, 0.484, 0.863, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.484 std_dev=0.379
O2 B 0, 0.147, 0.541, 0.934, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.541 std_dev=0.394
N3 B 0, 0.126, 0.535, 0.943, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.535 std_dev=0.409
P A 0, 0.117, 0.529, 0.941, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.529 std_dev=0.412
N4 B 0, 0.106, 0.541, 0.976, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.541 std_dev=0.435
OP1 A 0, 0.120, 0.687, 1.255, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.687 std_dev=0.567
O5' A 0, 0.097, 0.775, 1.452, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.775 std_dev=0.678

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.52 0.00 0.21
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.41 0.54 0.08 0.31
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.18 0.45 0.08 0.15
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.18 0.40 0.13 0.10
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.54 0.50 0.14 0.37
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.15 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.57 0.49 0.15 0.37
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.11 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.36 0.18 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.52 0.52 0.11 0.35
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.41 0.54 0.07 0.30
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.48 0.53 0.11 0.34
N4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.57 0.48 0.17 0.38
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.33 0.54 0.05 0.27
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.15 0.05
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.29 0.23 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.51 0.02 0.18
O5' 0.22 0.41 0.18 0.18 0.54 0.01 0.57 0.00 0.52 0.41 0.48 0.57 0.33 0.02 0.04 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.52 0.54 0.45 0.40 0.50 0.40 0.49 0.36 0.52 0.54 0.53 0.48 0.54 0.38 0.29 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.08 0.08 0.13 0.14 0.15 0.15 0.18 0.11 0.07 0.11 0.17 0.05 0.15 0.23 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.31 0.15 0.10 0.37 0.04 0.37 0.00 0.35 0.30 0.34 0.38 0.27 0.05 0.02 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.11 0.12 0.17 0.16 0.15 0.19 0.14 0.13 0.16 0.20 0.13 0.13 0.13 0.15 0.17 0.24 0.18 0.19
C2 0.13 0.10 0.11 0.12 0.11 0.16 0.11 0.18 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.14 0.13 0.15 0.15 0.21 0.15 0.16
C2' 0.14 0.15 0.12 0.14 0.18 0.17 0.16 0.20 0.14 0.14 0.17 0.22 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.24 0.17 0.18
C3' 0.19 0.22 0.17 0.18 0.24 0.21 0.22 0.24 0.19 0.19 0.24 0.28 0.21 0.18 0.18 0.20 0.20 0.29 0.21 0.22
C4 0.12 0.08 0.11 0.12 0.07 0.16 0.08 0.18 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.14 0.13 0.14 0.14 0.21 0.16 0.15
C4' 0.22 0.25 0.20 0.20 0.28 0.23 0.25 0.25 0.23 0.23 0.28 0.31 0.25 0.20 0.19 0.22 0.23 0.31 0.26 0.26
C5 0.11 0.08 0.10 0.11 0.10 0.15 0.09 0.18 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.13 0.13 0.15 0.25 0.16 0.16
C5' 0.30 0.33 0.27 0.27 0.35 0.30 0.32 0.32 0.30 0.31 0.35 0.37 0.34 0.28 0.26 0.30 0.31 0.39 0.34 0.34
C6 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.15 0.12 0.19 0.11 0.10 0.12 0.15 0.10 0.12 0.13 0.13 0.16 0.25 0.17 0.18
N1 0.12 0.11 0.10 0.12 0.13 0.16 0.12 0.18 0.11 0.11 0.12 0.15 0.10 0.13 0.13 0.14 0.16 0.24 0.16 0.17
N3 0.13 0.09 0.12 0.12 0.08 0.16 0.09 0.18 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.15 0.13 0.15 0.15 0.20 0.16 0.15
N4 0.13 0.08 0.12 0.13 0.05 0.17 0.06 0.18 0.08 0.09 0.06 0.05 0.09 0.16 0.14 0.15 0.14 0.19 0.18 0.14
O2 0.13 0.10 0.12 0.12 0.12 0.16 0.12 0.18 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.15 0.13 0.15 0.16 0.21 0.15 0.16
O2' 0.14 0.17 0.13 0.14 0.21 0.17 0.18 0.20 0.15 0.15 0.20 0.25 0.16 0.14 0.15 0.15 0.17 0.23 0.18 0.18
O3' 0.21 0.25 0.19 0.20 0.28 0.22 0.25 0.25 0.22 0.22 0.28 0.32 0.25 0.20 0.20 0.21 0.21 0.29 0.22 0.23
O4' 0.17 0.19 0.15 0.15 0.22 0.19 0.20 0.21 0.18 0.17 0.21 0.24 0.19 0.16 0.15 0.18 0.20 0.28 0.22 0.23
O5' 0.28 0.12 0.33 0.40 0.06 0.41 0.13 0.45 0.22 0.21 0.06 0.13 0.12 0.34 0.46 0.33 0.43 0.42 0.46 0.43
OP1 0.09 0.17 0.09 0.14 0.21 0.17 0.09 0.23 0.07 0.09 0.23 0.30 0.19 0.10 0.16 0.13 0.23 0.27 0.26 0.26
OP2 0.16 0.09 0.17 0.21 0.06 0.21 0.10 0.23 0.14 0.13 0.06 0.05 0.09 0.18 0.23 0.18 0.22 0.20 0.22 0.20
P 0.15 0.06 0.17 0.22 0.07 0.24 0.07 0.28 0.12 0.10 0.08 0.14 0.06 0.17 0.25 0.20 0.27 0.26 0.28 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.06 0.15 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.11 0.20 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.18 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.09 0.13 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.09 0.19 0.12
N4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.14 0.23 0.16
O2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.04 0.14 0.08
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03
O5' 0.05 0.10 0.03 0.04 0.12 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.11 0.13 0.08 0.03 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.09 0.06 0.09 0.14 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.15 0.06 0.03 0.20 0.01 0.18 0.03 0.13 0.12 0.19 0.23 0.14 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.04 0.04 0.14 0.01 0.13 0.00 0.10 0.08 0.12 0.16 0.08 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00