ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49245

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O4' A 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O2' A 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C3' A 0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483
O4' B 0, 0.000, 0.524, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.524 std_dev=0.524
C4' A 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536
C1' B 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C6 B 0, 0.000, 0.559, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.559 std_dev=0.559
C4' B 0, 0.000, 0.603, 1.205, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.603 std_dev=0.603
N1 B 0, 0.000, 0.607, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C2' B 0, 0.000, 0.609, 1.218, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C5 B 0, 0.000, 0.620, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.620 std_dev=0.620
C3' B 0, 0.000, 0.621, 1.243, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.621 std_dev=0.621
O2' B 0, 0.000, 0.624, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.624 std_dev=0.624
OP2 B 0, 0.000, 0.626, 1.252, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O3' A 0, 0.000, 0.632, 1.265, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.632 std_dev=0.632
O5' B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
P B 0, 0.000, 0.637, 1.274, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.637 std_dev=0.637
OP1 B 0, 0.000, 0.655, 1.311, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.655 std_dev=0.655
C5' B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.000, 0.726, 1.452, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.726 std_dev=0.726
C2 B 0, 0.000, 0.762, 1.523, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.762 std_dev=0.762
C4 B 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790
O2 B 0, 0.000, 0.829, 1.658, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.829 std_dev=0.829
N3 B 0, 0.000, 0.863, 1.726, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.863 std_dev=0.863
N4 B 0, 0.000, 0.915, 1.830, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.915 std_dev=0.915
C5' A 0, 0.000, 0.929, 1.859, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.929 std_dev=0.929
OP1 A 0, 0.000, 0.952, 1.904, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.952 std_dev=0.952
P A 0, 0.000, 0.963, 1.925, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.963 std_dev=0.963
OP2 A 0, 0.000, 1.051, 2.101, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.051 std_dev=1.051
O5' A 0, 0.000, 1.232, 2.465, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.232 std_dev=1.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.52 0.20
C2 0.01 0.00 0.07 0.17 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.01 0.23 0.04 0.30 0.01
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.12 0.00 0.02 0.00 0.07 0.29 0.57 0.25
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.18 0.00 0.13 0.01 0.08 0.11 0.20 0.20 0.17 0.02 0.01 0.00 0.13 0.26 0.43 0.19
C4 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.20 0.02 0.33 0.07 0.13 0.11
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.14 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.12 0.36 0.13
C5 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.15 0.03 0.29 0.04 0.20 0.07
C5' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.26 0.00 0.26 0.00 0.21 0.14 0.21 0.28 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00
C6 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.09 0.04 0.21 0.06 0.39 0.04
N1 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.17 0.09 0.41 0.08
N3 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01 0.30 0.03 0.19 0.07
N4 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.22 0.02 0.36 0.13 0.01 0.17
O2 0.02 0.01 0.12 0.17 0.02 0.04 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.20 0.07 0.32 0.04
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.10 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.11 0.11 0.10 0.00 0.02 0.06 0.10 0.20 0.51 0.18
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.20 0.01 0.15 0.01 0.09 0.10 0.20 0.22 0.15 0.02 0.00 0.01 0.17 0.19 0.29 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.10 0.18 0.51 0.22
O5' 0.02 0.23 0.07 0.13 0.33 0.00 0.29 0.00 0.21 0.17 0.30 0.36 0.20 0.10 0.17 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.04 0.29 0.26 0.07 0.12 0.04 0.00 0.06 0.09 0.03 0.13 0.07 0.20 0.19 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 0.30 0.57 0.43 0.13 0.36 0.20 0.12 0.39 0.41 0.19 0.01 0.32 0.51 0.29 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.01 0.25 0.19 0.11 0.13 0.07 0.00 0.04 0.08 0.07 0.17 0.04 0.18 0.11 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.52 0.31 0.15 0.45 0.10 0.30 0.05 0.26 0.37 0.55 0.47 0.57 0.30 0.04 0.18 0.08 0.32 0.12 0.18
C2 0.38 0.53 0.36 0.26 0.52 0.23 0.40 0.12 0.37 0.44 0.57 0.53 0.56 0.35 0.16 0.28 0.10 0.19 0.03 0.02
C2' 0.20 0.43 0.21 0.05 0.40 0.03 0.24 0.18 0.18 0.28 0.49 0.45 0.49 0.19 0.05 0.05 0.19 0.43 0.15 0.27
C3' 0.18 0.36 0.18 0.08 0.34 0.01 0.23 0.11 0.18 0.24 0.40 0.37 0.39 0.15 0.03 0.07 0.10 0.23 0.00 0.12
C4 0.38 0.45 0.37 0.31 0.41 0.31 0.37 0.23 0.37 0.41 0.44 0.38 0.45 0.36 0.23 0.32 0.21 0.09 0.08 0.07
C4' 0.25 0.36 0.26 0.16 0.28 0.12 0.18 0.01 0.18 0.27 0.36 0.27 0.42 0.26 0.08 0.16 0.03 0.13 0.01 0.06
C5 0.38 0.45 0.38 0.30 0.37 0.28 0.31 0.17 0.34 0.41 0.43 0.31 0.46 0.36 0.22 0.30 0.12 0.18 0.10 0.06
C5' 0.22 0.25 0.23 0.21 0.19 0.18 0.16 0.13 0.17 0.22 0.23 0.18 0.28 0.21 0.16 0.19 0.10 0.10 0.12 0.10
C6 0.37 0.50 0.38 0.25 0.41 0.21 0.30 0.06 0.30 0.41 0.49 0.37 0.53 0.36 0.15 0.25 0.01 0.27 0.15 0.15
N1 0.36 0.53 0.35 0.22 0.47 0.18 0.34 0.05 0.32 0.41 0.55 0.47 0.56 0.34 0.12 0.24 0.00 0.27 0.08 0.12
N3 0.39 0.49 0.37 0.29 0.48 0.28 0.40 0.20 0.38 0.43 0.51 0.48 0.50 0.35 0.21 0.31 0.18 0.11 0.10 0.06
N4 0.37 0.38 0.35 0.32 0.33 0.34 0.34 0.31 0.36 0.38 0.35 0.28 0.38 0.35 0.26 0.34 0.30 0.03 0.20 0.18
O2 0.38 0.56 0.36 0.24 0.55 0.22 0.42 0.11 0.37 0.44 0.61 0.59 0.58 0.34 0.14 0.28 0.09 0.20 0.06 0.02
O2' 0.29 0.52 0.30 0.13 0.45 0.04 0.26 0.14 0.22 0.35 0.57 0.49 0.61 0.31 0.03 0.12 0.17 0.46 0.19 0.29
O3' 0.18 0.35 0.18 0.09 0.34 0.02 0.23 0.08 0.18 0.24 0.39 0.37 0.38 0.15 0.01 0.08 0.06 0.17 0.06 0.07
O4' 0.28 0.43 0.29 0.13 0.31 0.09 0.18 0.04 0.18 0.30 0.42 0.30 0.50 0.29 0.04 0.15 0.10 0.25 0.14 0.17
O5' 0.05 0.06 0.08 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.02 0.05 0.05 0.03 0.08 0.11 0.02 0.00 0.09 0.23 0.18 0.16
OP1 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.09 0.10 0.09 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.03 0.06 0.13 0.01 0.05 0.08
OP2 0.06 0.14 0.06 0.03 0.21 0.06 0.21 0.07 0.17 0.13 0.18 0.24 0.11 0.00 0.02 0.02 0.07 0.12 0.05 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.07 0.09 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.09 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.12 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.14 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.01 0.03
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.12 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.09 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.02
N4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.12 0.04
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02
O5' 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
OP1 0.06 0.03 0.07 0.07 0.03 0.10 0.04 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.10 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.09 0.05 0.03 0.12 0.02 0.14 0.01 0.12 0.09 0.11 0.12 0.08 0.04 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00