ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49246

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C5' A 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
OP1 B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C4 B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
N4 B 0, 0.000, 0.278, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.278 std_dev=0.278
P B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O5' B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O5' A 0, 0.000, 0.283, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
N1 B 0, 0.000, 0.300, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.300
OP2 B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O2 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C3' B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C5' B 0, 0.000, 0.367, 0.734, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.367
O3' B 0, 0.000, 0.376, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.376 std_dev=0.376
P A 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
O4' B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
OP2 A 0, 0.000, 0.392, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O2' B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
OP1 A 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.12 0.10
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.15 0.17 0.15
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.16 0.18 0.15
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.13 0.13 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.09 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.13 0.15 0.13
N4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.16 0.19 0.16
O2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03
O5' 0.04 0.09 0.01 0.01 0.13 0.00 0.14 0.00 0.13 0.09 0.11 0.13 0.07 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.02 0.00 0.15 0.02 0.16 0.02 0.13 0.09 0.13 0.16 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.12 0.02 0.00 0.17 0.00 0.18 0.00 0.13 0.10 0.15 0.19 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.01 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.12 0.09 0.13 0.16 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.07 0.03 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.02 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09
C2 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.03 0.07 0.03 0.04
C2' 0.10 0.09 0.09 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.06 0.09 0.10 0.00 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08
C3' 0.11 0.09 0.11 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.10 0.06 0.04 0.11 0.11 0.02 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07
C4 0.03 0.06 0.05 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.06 0.05 0.05 0.12 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02
C4' 0.13 0.11 0.12 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.07 0.13 0.12 0.02 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08
C5 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.04 0.10 0.07 0.07
C5' 0.11 0.09 0.12 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.03 0.12 0.12 0.02 0.09 0.05 0.04 0.05 0.05
C6 0.08 0.05 0.03 0.01 0.06 0.03 0.09 0.06 0.11 0.09 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.10
N1 0.06 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.09 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08
N3 0.04 0.07 0.05 0.08 0.07 0.06 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.08 0.07 0.04 0.11 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01
N4 0.06 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.11 0.08 0.07 0.13 0.07 0.06 0.01 0.03 0.03
O2 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05
O2' 0.08 0.09 0.07 0.03 0.08 0.04 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08
O3' 0.12 0.10 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.05 0.13 0.13 0.03 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06
O4' 0.12 0.10 0.09 0.05 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.12 0.08 0.07 0.10 0.09 0.01 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10
O5' 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
OP1 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.04 0.09 0.06 0.07 0.04 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.09 0.08 0.09
OP2 0.02 0.07 0.00 0.01 0.13 0.02 0.13 0.02 0.10 0.07 0.11 0.15 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.07 0.08
P 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.07 0.04 0.07 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02
N3 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
N4 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.05 0.04 0.05 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02
O5' 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00