ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49247

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C3' A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4' A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O3' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C3' B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C6 B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2' B 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C5' B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C5' A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C5 B 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C4' B 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N1 B 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
OP2 B 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O3' B 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C4 B 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2' B 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O5' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C1' B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O4' B 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N3 B 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2 B 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
P B 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O5' B 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
N4 B 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O2 B 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
P A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
OP1 B 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
OP1 A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
OP2 A 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
N3 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
N4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N3 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
N4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
O2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
O2' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
OP2 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00