ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49248

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 16, 32, 25, 11, 3, 3, 7, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.032, 0.045, 0.059, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.045 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.055, 0.071, 0.087, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.071 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.051, 0.067, 0.083, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.067 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.055, 0.072, 0.088, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.072 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.054, 0.071, 0.088, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.071 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.129, 0.168, 0.207, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.168 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.180, 0.235, 0.291, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.235 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.211, 0.313, 0.415, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.313 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.183, 0.308, 0.432, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.308 std_dev=0.125
P B 0, 0.197, 0.371, 0.545, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.371 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.254, 0.451, 0.649, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.451 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.301, 0.514, 0.726, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.514 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.248, 0.474, 0.700, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.474 std_dev=0.226
O2' A 0, 0.149, 0.407, 0.666, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.407 std_dev=0.259
OP1 B 0, 0.242, 0.543, 0.844, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.543 std_dev=0.301
C5' A 0, 0.296, 0.613, 0.929, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.613 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.048, 0.388, 0.728, 2.989 max_d=2.989 avg_d=0.388 std_dev=0.340
O3' A 0, 0.547, 0.918, 1.290, 2.844 max_d=2.844 avg_d=0.918 std_dev=0.372
O5' A 0, 0.226, 0.609, 0.991, 2.960 max_d=2.960 avg_d=0.609 std_dev=0.383
P A 0, 0.383, 0.918, 1.453, 4.092 max_d=4.092 avg_d=0.918 std_dev=0.535
OP2 A 0, 0.492, 1.073, 1.654, 4.667 max_d=4.667 avg_d=1.073 std_dev=0.581
OP1 A 0, 0.551, 1.145, 1.740, 4.382 max_d=4.382 avg_d=1.145 std_dev=0.595
C5' B 0, -0.044, 0.573, 1.189, 4.402 max_d=4.402 avg_d=0.573 std_dev=0.616
C4' B 0, -0.062, 0.867, 1.796, 7.142 max_d=7.142 avg_d=0.867 std_dev=0.929
C3' B 0, -0.059, 0.937, 1.933, 8.011 max_d=8.011 avg_d=0.937 std_dev=0.996
O3' B 0, 0.051, 1.053, 2.054, 7.974 max_d=7.974 avg_d=1.053 std_dev=1.002
O4' B 0, -0.015, 1.058, 2.132, 8.200 max_d=8.200 avg_d=1.058 std_dev=1.074
C8 B 0, -0.200, 1.142, 2.484, 9.347 max_d=9.347 avg_d=1.142 std_dev=1.342
C1' B 0, -0.125, 1.225, 2.575, 10.438 max_d=10.438 avg_d=1.225 std_dev=1.350
C2' B 0, -0.148, 1.214, 2.576, 10.798 max_d=10.798 avg_d=1.214 std_dev=1.362
N9 B 0, -0.102, 1.341, 2.784, 10.611 max_d=10.611 avg_d=1.341 std_dev=1.443
O2' B 0, -0.247, 1.346, 2.940, 12.491 max_d=12.491 avg_d=1.346 std_dev=1.594
N7 B 0, -0.283, 1.356, 2.995, 11.076 max_d=11.076 avg_d=1.356 std_dev=1.639
C4 B 0, 0.566, 2.387, 4.208, 12.810 max_d=12.810 avg_d=2.387 std_dev=1.821
C5 B 0, 0.222, 2.103, 3.983, 12.909 max_d=12.909 avg_d=2.103 std_dev=1.880
N3 B 0, 1.362, 3.601, 5.840, 14.860 max_d=14.860 avg_d=3.601 std_dev=2.239
C6 B 0, 0.748, 3.039, 5.329, 15.275 max_d=15.275 avg_d=3.039 std_dev=2.291
N6 B 0, 0.495, 2.947, 5.400, 16.409 max_d=16.409 avg_d=2.947 std_dev=2.453
C2 B 0, 1.774, 4.429, 7.084, 16.665 max_d=16.665 avg_d=4.429 std_dev=2.655
N1 B 0, 1.529, 4.201, 6.874, 16.928 max_d=16.928 avg_d=4.201 std_dev=2.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.01 0.13 0.12 0.14 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.22 0.21 0.29 0.24
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.09 0.03 0.07 0.07 0.14 0.00 0.03 0.01 0.18 0.19 0.23 0.19
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.17 0.00 0.18 0.02 0.17 0.10 0.14 0.18 0.12 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.17 0.04 0.31 0.34 0.44 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.11 0.04 0.00 0.02 0.09 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.20 0.05 0.33 0.35 0.43 0.39
C5' 0.03 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.08 0.04 0.07 0.11 0.05 0.05 0.08 0.02 0.01 0.11 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.16 0.06 0.29 0.28 0.31 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.09 0.02 0.21 0.20 0.24 0.23
N3 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.14 0.04 0.27 0.28 0.37 0.31
N4 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.20 0.04 0.33 0.39 0.50 0.42
O2 0.03 0.01 0.14 0.12 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.20 0.07 0.18 0.17 0.25 0.20
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.13 0.11 0.14 0.05 0.12 0.07 0.11 0.14 0.12 0.00 0.05 0.08 0.13 0.16 0.26 0.17
O3' 0.12 0.13 0.03 0.01 0.17 0.04 0.20 0.08 0.16 0.09 0.14 0.20 0.20 0.05 0.00 0.09 0.13 0.17 0.20 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.09 0.00 0.10 0.13 0.10 0.10
O5' 0.13 0.22 0.18 0.11 0.31 0.02 0.33 0.01 0.29 0.21 0.27 0.33 0.18 0.13 0.13 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.21 0.19 0.11 0.34 0.09 0.35 0.11 0.28 0.20 0.28 0.39 0.17 0.16 0.17 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.29 0.23 0.14 0.44 0.07 0.43 0.10 0.31 0.24 0.37 0.50 0.25 0.26 0.20 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.24 0.19 0.10 0.37 0.02 0.39 0.02 0.31 0.23 0.31 0.42 0.20 0.17 0.14 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 2.40 0.89 0.62 1.63 0.34 1.62 0.18 2.00 1.01 2.36 2.05 1.94 1.25 1.10 0.80 0.52 0.51 0.20 0.24 0.18 0.13
C2 0.66 2.13 0.66 0.47 1.50 0.19 1.65 0.17 2.06 1.03 2.27 1.75 2.11 1.34 1.00 0.52 0.35 0.36 0.17 0.21 0.17 0.12
C2' 0.68 2.32 0.74 0.51 1.47 0.28 1.48 0.26 1.91 0.87 2.31 1.92 1.90 1.12 0.93 0.67 0.43 0.36 0.21 0.29 0.18 0.15
C3' 0.64 2.05 0.72 0.49 1.31 0.22 1.30 0.14 1.65 0.80 2.00 1.72 1.63 0.99 0.85 0.67 0.43 0.35 0.20 0.37 0.22 0.17
C4 0.43 1.44 0.44 0.33 1.10 0.14 1.28 0.21 1.53 0.81 1.59 1.20 1.61 1.09 0.75 0.31 0.24 0.23 0.16 0.21 0.18 0.14
C4' 0.82 2.03 0.93 0.66 1.37 0.39 1.29 0.16 1.57 0.83 1.92 1.79 1.50 0.97 0.96 0.92 0.62 0.52 0.20 0.28 0.19 0.12
C5 0.46 1.38 0.50 0.39 1.08 0.16 1.16 0.20 1.35 0.74 1.45 1.20 1.36 0.96 0.74 0.37 0.30 0.24 0.17 0.24 0.20 0.14
C5' 0.76 1.61 0.90 0.68 1.11 0.43 1.01 0.19 1.21 0.69 1.49 1.46 1.13 0.76 0.81 0.93 0.69 0.51 0.23 0.30 0.19 0.14
C6 0.64 1.72 0.68 0.52 1.30 0.25 1.32 0.19 1.55 0.85 1.73 1.52 1.51 1.05 0.90 0.56 0.42 0.36 0.19 0.25 0.20 0.14
N1 0.72 2.12 0.75 0.54 1.52 0.26 1.57 0.18 1.90 0.99 2.15 1.81 1.87 1.24 1.02 0.62 0.43 0.41 0.18 0.23 0.18 0.13
N3 0.53 1.79 0.52 0.38 1.30 0.15 1.51 0.19 1.87 0.95 1.97 1.46 1.98 1.27 0.88 0.38 0.27 0.29 0.16 0.21 0.17 0.13
N4 0.32 1.14 0.32 0.24 0.88 0.20 1.08 0.25 1.30 0.68 1.30 0.92 1.43 0.96 0.59 0.26 0.18 0.25 0.19 0.22 0.19 0.17
O2 0.71 2.36 0.70 0.48 1.59 0.21 1.75 0.16 2.25 1.10 2.55 1.89 2.35 1.43 1.07 0.56 0.36 0.40 0.17 0.21 0.17 0.12
O2' 0.79 2.58 0.84 0.56 1.61 0.34 1.61 0.30 2.08 0.94 2.55 2.11 2.08 1.20 1.04 0.79 0.48 0.45 0.25 0.30 0.23 0.20
O3' 0.61 2.08 0.69 0.46 1.28 0.21 1.26 0.17 1.63 0.75 2.02 1.73 1.62 0.93 0.81 0.67 0.41 0.33 0.22 0.44 0.22 0.20
O4' 0.94 2.21 1.02 0.72 1.56 0.45 1.47 0.20 1.74 0.96 2.08 1.98 1.64 1.12 1.11 0.97 0.65 0.61 0.23 0.25 0.20 0.15
O5' 0.86 1.48 1.00 0.86 1.11 0.63 1.03 0.40 1.18 0.80 1.39 1.36 1.12 0.83 0.89 1.00 0.88 0.66 0.43 0.47 0.28 0.27
OP1 0.86 1.10 0.96 0.87 0.87 0.75 0.76 0.57 0.84 0.66 1.01 1.05 0.77 0.63 0.77 1.05 0.99 0.74 0.54 0.67 0.40 0.43
OP2 0.69 0.94 0.76 0.75 0.75 0.66 0.70 0.56 0.78 0.59 0.90 0.88 0.75 0.60 0.65 0.78 0.80 0.63 0.58 0.70 0.49 0.49
P 0.89 1.15 1.01 0.95 0.93 0.79 0.84 0.59 0.92 0.73 1.07 1.10 0.85 0.71 0.83 1.05 1.04 0.77 0.57 0.63 0.41 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.34 0.18 0.18
C2 0.04 0.00 0.36 0.38 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.45 0.21 0.29 0.49 0.54 0.35
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.07 0.18 0.17 0.29 0.37 0.13 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.29 0.20 0.21
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.25 0.00 0.22 0.02 0.28 0.15 0.35 0.35 0.26 0.16 0.11 0.02 0.01 0.01 0.10 0.20 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.20 0.25 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.25 0.11 0.28 0.47 0.46 0.32
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.07 0.07 0.10 0.13 0.06 0.11 0.02 0.01 0.01 0.14 0.10 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.22 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.22 0.05 0.33 0.53 0.57 0.39
C5' 0.05 0.14 0.07 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.20 0.25 0.17 0.13 0.23 0.26 0.14 0.07 0.07 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.28 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.30 0.10 0.35 0.55 0.64 0.42
C8 0.02 0.01 0.17 0.15 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.15 0.13 0.31 0.50 0.41 0.36
N1 0.03 0.00 0.29 0.35 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.40 0.16 0.33 0.53 0.62 0.39
N3 0.04 0.01 0.37 0.35 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.40 0.20 0.26 0.45 0.45 0.31
N6 0.02 0.01 0.13 0.26 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.28 0.07 0.38 0.59 0.71 0.46
N7 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.15 0.07 0.35 0.56 0.57 0.43
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.23 0.43 0.33 0.26
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.18 0.17 0.23 0.10 0.15 0.07 0.00 0.05 0.09 0.12 0.26 0.17 0.18
O3' 0.10 0.45 0.02 0.01 0.25 0.02 0.22 0.07 0.30 0.15 0.40 0.40 0.28 0.15 0.09 0.05 0.00 0.07 0.11 0.29 0.17 0.13
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.13 0.16 0.20 0.07 0.07 0.01 0.09 0.07 0.00 0.07 0.32 0.19 0.18
O5' 0.12 0.29 0.17 0.10 0.28 0.01 0.33 0.01 0.35 0.31 0.33 0.26 0.38 0.35 0.23 0.12 0.11 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.34 0.49 0.29 0.20 0.47 0.14 0.53 0.09 0.55 0.50 0.53 0.45 0.59 0.56 0.43 0.26 0.29 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.54 0.20 0.15 0.46 0.10 0.57 0.11 0.64 0.41 0.62 0.45 0.71 0.57 0.33 0.17 0.17 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.35 0.21 0.10 0.32 0.06 0.39 0.01 0.42 0.36 0.39 0.31 0.46 0.43 0.26 0.18 0.13 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00