ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49249

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 7, 3, 6, 24, 27, 18, 10, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.020, 0.045, 0.070, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.045 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.035, 0.061, 0.088, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.061 std_dev=0.026
P B 0, 0.354, 0.499, 0.645, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.499 std_dev=0.145
OP2 B 0, 0.259, 0.410, 0.561, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.410 std_dev=0.151
C2' A 0, -0.015, 0.186, 0.386, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.186 std_dev=0.200
O4' A 0, -0.037, 0.164, 0.366, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.164 std_dev=0.202
O5' B 0, 0.228, 0.442, 0.655, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.442 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.100, 0.385, 0.670, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.385 std_dev=0.285
O2' A 0, -0.029, 0.264, 0.557, 2.671 max_d=2.671 avg_d=0.264 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.138, 0.441, 0.744, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.441 std_dev=0.303
C3' A 0, -0.008, 0.306, 0.620, 2.791 max_d=2.791 avg_d=0.306 std_dev=0.314
C4' A 0, -0.075, 0.241, 0.558, 2.914 max_d=2.914 avg_d=0.241 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.080, 0.426, 0.772, 2.886 max_d=2.886 avg_d=0.426 std_dev=0.346
OP1 B 0, 0.716, 1.093, 1.469, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.093 std_dev=0.377
O3' A 0, 0.116, 0.513, 0.911, 3.068 max_d=3.068 avg_d=0.513 std_dev=0.398
O5' A 0, -0.005, 0.420, 0.845, 3.935 max_d=3.935 avg_d=0.420 std_dev=0.425
O4' B 0, 0.048, 0.504, 0.961, 3.519 max_d=3.519 avg_d=0.504 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.069, 0.526, 0.983, 3.800 max_d=3.800 avg_d=0.526 std_dev=0.457
O3' B 0, 0.025, 0.488, 0.952, 4.577 max_d=4.577 avg_d=0.488 std_dev=0.463
C5' A 0, -0.040, 0.425, 0.890, 4.379 max_d=4.379 avg_d=0.425 std_dev=0.465
OP2 A 0, 0.064, 0.567, 1.069, 4.778 max_d=4.778 avg_d=0.567 std_dev=0.503
P A 0, 0.007, 0.521, 1.035, 5.031 max_d=5.031 avg_d=0.521 std_dev=0.514
C1' B 0, 0.021, 0.570, 1.119, 3.780 max_d=3.780 avg_d=0.570 std_dev=0.549
O2' B 0, 0.061, 0.653, 1.245, 5.318 max_d=5.318 avg_d=0.653 std_dev=0.592
N9 B 0, -0.061, 0.659, 1.380, 4.944 max_d=4.944 avg_d=0.659 std_dev=0.721
OP1 A 0, 0.010, 0.740, 1.469, 7.139 max_d=7.139 avg_d=0.740 std_dev=0.729
C8 B 0, -0.088, 0.664, 1.416, 4.410 max_d=4.410 avg_d=0.664 std_dev=0.752
N7 B 0, -0.159, 0.844, 1.846, 6.309 max_d=6.309 avg_d=0.844 std_dev=1.002
C4 B 0, -0.083, 0.923, 1.929, 7.265 max_d=7.265 avg_d=0.923 std_dev=1.006
C5 B 0, -0.135, 1.008, 2.151, 8.125 max_d=8.125 avg_d=1.008 std_dev=1.143
N3 B 0, -0.037, 1.153, 2.343, 8.578 max_d=8.578 avg_d=1.153 std_dev=1.190
C6 B 0, -0.136, 1.318, 2.771, 10.641 max_d=10.641 avg_d=1.318 std_dev=1.454
C2 B 0, -0.049, 1.439, 2.928, 10.844 max_d=10.844 avg_d=1.439 std_dev=1.489
N1 B 0, -0.093, 1.524, 3.140, 11.953 max_d=11.953 avg_d=1.524 std_dev=1.616
N6 B 0, -0.170, 1.465, 3.099, 11.852 max_d=11.852 avg_d=1.465 std_dev=1.635

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.00 0.07 0.07 0.13 0.11
C2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.06 0.13 0.14 0.22 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.05 0.14 0.00 0.02 0.01 0.12 0.13 0.19 0.15
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.00 0.14 0.02 0.12 0.08 0.12 0.15 0.11 0.02 0.01 0.01 0.04 0.12 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.09 0.02 0.19 0.21 0.30 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.07 0.07 0.11 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.10 0.05 0.20 0.21 0.30 0.21
C5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.12 0.07 0.10 0.13 0.10 0.06 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.07 0.17 0.16 0.21 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.12 0.12 0.18 0.14
N3 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.05 0.16 0.18 0.27 0.19
N4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.03 0.20 0.24 0.34 0.23
O2 0.03 0.01 0.14 0.11 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.11 0.12 0.14 0.20 0.16
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.10 0.11 0.12 0.06 0.12 0.06 0.10 0.11 0.14 0.00 0.05 0.08 0.09 0.08 0.20 0.12
O3' 0.09 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.08 0.04 0.09 0.11 0.15 0.05 0.00 0.06 0.10 0.22 0.15 0.12
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.11 0.08 0.06 0.00 0.06 0.07 0.11 0.10
O5' 0.07 0.13 0.12 0.04 0.19 0.02 0.20 0.01 0.17 0.12 0.16 0.20 0.12 0.09 0.10 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.14 0.13 0.12 0.21 0.06 0.21 0.05 0.16 0.12 0.18 0.24 0.14 0.08 0.22 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.22 0.19 0.08 0.30 0.04 0.30 0.02 0.21 0.18 0.27 0.34 0.20 0.20 0.15 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.16 0.15 0.05 0.21 0.03 0.21 0.01 0.17 0.14 0.19 0.23 0.16 0.12 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 1.03 0.25 0.14 0.73 0.13 0.93 0.15 1.08 0.74 1.07 0.86 1.21 0.96 0.54 0.36 0.23 0.22 0.16 0.40 0.17 0.15
C2 0.32 1.20 0.35 0.19 0.69 0.15 0.83 0.16 0.99 0.68 1.10 1.01 1.15 0.92 0.46 0.52 0.26 0.23 0.15 0.36 0.18 0.16
C2' 0.24 1.00 0.20 0.13 0.66 0.16 0.86 0.21 1.03 0.69 1.05 0.81 1.19 0.90 0.46 0.32 0.23 0.18 0.20 0.42 0.17 0.17
C3' 0.25 0.88 0.21 0.10 0.62 0.09 0.79 0.13 0.92 0.67 0.93 0.72 1.04 0.84 0.47 0.22 0.11 0.18 0.23 0.43 0.18 0.16
C4 0.34 1.23 0.41 0.23 0.72 0.17 0.64 0.18 0.84 0.48 1.12 1.06 0.79 0.63 0.40 0.51 0.23 0.21 0.16 0.32 0.18 0.17
C4' 0.29 0.83 0.24 0.11 0.64 0.10 0.80 0.12 0.91 0.68 0.90 0.69 1.01 0.83 0.51 0.22 0.14 0.20 0.19 0.44 0.17 0.17
C5 0.27 0.98 0.35 0.21 0.60 0.15 0.54 0.17 0.66 0.51 0.85 0.89 0.64 0.61 0.35 0.42 0.22 0.17 0.17 0.36 0.16 0.16
C5' 0.27 0.63 0.26 0.13 0.52 0.09 0.65 0.10 0.72 0.59 0.69 0.54 0.80 0.69 0.44 0.20 0.08 0.18 0.18 0.49 0.21 0.22
C6 0.25 0.88 0.29 0.18 0.57 0.14 0.64 0.17 0.70 0.63 0.78 0.81 0.77 0.76 0.40 0.38 0.23 0.19 0.17 0.39 0.16 0.15
N1 0.28 1.03 0.30 0.16 0.66 0.13 0.82 0.16 0.93 0.71 0.96 0.90 1.05 0.91 0.47 0.43 0.24 0.21 0.16 0.39 0.17 0.15
N3 0.35 1.31 0.41 0.22 0.72 0.17 0.72 0.17 0.91 0.58 1.19 1.09 0.98 0.79 0.43 0.55 0.25 0.23 0.15 0.33 0.19 0.17
N4 0.39 1.29 0.45 0.25 0.82 0.20 0.74 0.19 1.00 0.36 1.26 1.10 0.91 0.49 0.46 0.52 0.23 0.23 0.18 0.26 0.19 0.18
O2 0.33 1.22 0.34 0.19 0.73 0.16 0.91 0.16 1.13 0.71 1.19 1.00 1.36 0.98 0.50 0.52 0.27 0.25 0.14 0.37 0.18 0.16
O2' 0.29 1.12 0.24 0.13 0.75 0.15 0.96 0.23 1.18 0.72 1.22 0.89 1.36 0.96 0.53 0.32 0.22 0.19 0.21 0.47 0.25 0.25
O3' 0.26 0.88 0.22 0.12 0.60 0.10 0.77 0.16 0.91 0.65 0.94 0.71 1.04 0.81 0.46 0.21 0.09 0.18 0.25 0.42 0.17 0.15
O4' 0.32 0.90 0.25 0.15 0.71 0.15 0.88 0.16 0.98 0.73 0.95 0.77 1.06 0.89 0.56 0.29 0.22 0.24 0.19 0.41 0.17 0.17
O5' 0.22 0.54 0.20 0.13 0.43 0.07 0.56 0.11 0.60 0.56 0.58 0.46 0.68 0.64 0.38 0.16 0.01 0.15 0.22 0.51 0.25 0.24
OP1 0.21 0.33 0.18 0.07 0.22 0.18 0.27 0.16 0.32 0.26 0.33 0.29 0.37 0.30 0.18 0.27 0.02 0.21 0.14 0.57 0.29 0.31
OP2 0.11 0.47 0.07 0.09 0.29 0.19 0.33 0.22 0.40 0.30 0.45 0.41 0.44 0.36 0.18 0.12 0.02 0.15 0.23 0.59 0.36 0.36
P 0.07 0.35 0.07 0.01 0.20 0.11 0.28 0.12 0.32 0.29 0.34 0.30 0.38 0.34 0.14 0.13 0.01 0.08 0.15 0.54 0.27 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.26 0.18 0.15
C2 0.03 0.00 0.17 0.24 0.01 0.13 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.26 0.07 0.54 0.70 0.84 0.67
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.08 0.05 0.10 0.12 0.13 0.18 0.10 0.11 0.04 0.00 0.02 0.01 0.14 0.34 0.25 0.19
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.14 0.00 0.13 0.02 0.16 0.18 0.20 0.23 0.16 0.17 0.08 0.01 0.01 0.02 0.06 0.35 0.16 0.15
C4 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.14 0.04 0.43 0.53 0.59 0.51
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.11 0.08 0.13 0.12 0.12 0.09 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.18 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.00 0.10 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.03 0.43 0.56 0.61 0.55
C5' 0.07 0.32 0.05 0.02 0.26 0.00 0.29 0.00 0.32 0.19 0.34 0.28 0.33 0.25 0.19 0.06 0.06 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.11 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.18 0.04 0.49 0.66 0.77 0.66
C8 0.01 0.01 0.12 0.18 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.05 0.25 0.34 0.28 0.29
N1 0.02 0.00 0.13 0.20 0.01 0.13 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.22 0.06 0.54 0.72 0.87 0.71
N3 0.03 0.00 0.18 0.23 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.25 0.07 0.48 0.61 0.71 0.58
N6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.12 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.03 0.47 0.67 0.76 0.67
N7 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.04 0.33 0.45 0.42 0.43
N9 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.29 0.37 0.32 0.32
O2' 0.02 0.21 0.00 0.01 0.13 0.09 0.12 0.06 0.16 0.07 0.19 0.19 0.15 0.09 0.05 0.00 0.05 0.09 0.09 0.34 0.24 0.16
O3' 0.06 0.26 0.02 0.01 0.14 0.02 0.14 0.06 0.18 0.17 0.22 0.25 0.20 0.18 0.07 0.05 0.00 0.06 0.10 0.46 0.19 0.21
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.09 0.06 0.00 0.05 0.17 0.10 0.08
O5' 0.15 0.54 0.14 0.06 0.43 0.01 0.43 0.01 0.49 0.25 0.54 0.48 0.47 0.33 0.29 0.09 0.10 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.26 0.70 0.34 0.35 0.53 0.18 0.56 0.08 0.66 0.34 0.72 0.61 0.67 0.45 0.37 0.34 0.46 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.84 0.25 0.16 0.59 0.06 0.61 0.05 0.77 0.28 0.87 0.71 0.76 0.42 0.32 0.24 0.19 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.67 0.19 0.15 0.51 0.04 0.55 0.01 0.66 0.29 0.71 0.58 0.67 0.43 0.32 0.16 0.21 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00