ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49250

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 6, 11, 20, 20, 26, 11, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.015, 0.022, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.031, 0.043, 0.055, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.026, 0.039, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.035 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.064, 0.097, 0.129, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.097 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.057, 0.096, 0.135, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.096 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.255, 0.391, 0.526, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.391 std_dev=0.136
P B 0, 0.333, 0.476, 0.620, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.476 std_dev=0.144
O2' A 0, 0.137, 0.309, 0.482, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.309 std_dev=0.173
O4' A 0, 0.277, 0.459, 0.641, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.459 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.502, 0.746, 0.989, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.746 std_dev=0.244
C4' A 0, 0.486, 0.738, 0.990, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.738 std_dev=0.252
OP2 B 0, 0.323, 0.624, 0.924, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.624 std_dev=0.300
O5' A 0, 0.450, 0.762, 1.075, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.762 std_dev=0.313
OP1 B 0, 0.735, 1.107, 1.480, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.107 std_dev=0.373
O3' A 0, 0.745, 1.120, 1.494, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.120 std_dev=0.374
C5' A 0, 0.635, 1.042, 1.448, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.042 std_dev=0.407
O5' B 0, 0.533, 0.981, 1.428, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.981 std_dev=0.447
P A 0, 0.662, 1.131, 1.600, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.131 std_dev=0.469
OP2 A 0, 0.634, 1.130, 1.627, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.130 std_dev=0.497
C3' B 0, 0.751, 1.248, 1.745, 2.437 max_d=2.437 avg_d=1.248 std_dev=0.497
C2' B 0, 0.840, 1.395, 1.949, 3.792 max_d=3.792 avg_d=1.395 std_dev=0.554
O3' B 0, 0.763, 1.321, 1.880, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.321 std_dev=0.559
OP1 A 0, 0.857, 1.416, 1.975, 2.721 max_d=2.721 avg_d=1.416 std_dev=0.559
C5' B 0, 0.849, 1.497, 2.146, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.497 std_dev=0.648
O2' B 0, 1.010, 1.662, 2.314, 4.292 max_d=4.292 avg_d=1.662 std_dev=0.652
C4' B 0, 0.914, 1.615, 2.315, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.615 std_dev=0.700
O4' B 0, 0.959, 1.791, 2.622, 5.471 max_d=5.471 avg_d=1.791 std_dev=0.831
C1' B 0, 0.872, 1.703, 2.535, 5.772 max_d=5.772 avg_d=1.703 std_dev=0.832
C8 B 0, 0.705, 1.656, 2.606, 6.075 max_d=6.075 avg_d=1.656 std_dev=0.951
N9 B 0, 0.689, 1.693, 2.696, 6.665 max_d=6.665 avg_d=1.693 std_dev=1.003
N7 B 0, 0.423, 1.750, 3.077, 7.784 max_d=7.784 avg_d=1.750 std_dev=1.327
C4 B 0, 0.448, 1.892, 3.337, 8.785 max_d=8.785 avg_d=1.892 std_dev=1.445
C5 B 0, 0.286, 1.910, 3.534, 9.528 max_d=9.528 avg_d=1.910 std_dev=1.624
N3 B 0, 0.353, 2.119, 3.886, 10.060 max_d=10.060 avg_d=2.119 std_dev=1.767
C6 B 0, 0.032, 2.173, 4.315, 11.919 max_d=11.919 avg_d=2.173 std_dev=2.141
C2 B 0, 0.104, 2.357, 4.610, 12.154 max_d=12.154 avg_d=2.357 std_dev=2.253
N6 B 0, -0.140, 2.268, 4.675, 13.083 max_d=13.083 avg_d=2.268 std_dev=2.407
N1 B 0, -0.049, 2.396, 4.841, 13.180 max_d=13.180 avg_d=2.396 std_dev=2.445

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.10 0.22 0.11
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.12 0.04 0.13 0.10 0.24 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.08 0.07 0.14 0.00 0.03 0.01 0.14 0.14 0.23 0.13
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.03 0.14 0.08 0.12 0.14 0.14 0.02 0.01 0.01 0.17 0.15 0.18 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.11 0.04 0.18 0.16 0.29 0.16
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.12 0.17 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.14 0.04 0.20 0.17 0.30 0.17
C5' 0.03 0.06 0.04 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.06 0.05 0.07 0.01 0.01 0.13 0.15 0.04
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.12 0.04 0.17 0.13 0.26 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.12 0.10 0.24 0.12
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.12 0.04 0.16 0.13 0.26 0.14
N4 0.02 0.02 0.07 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.12 0.13 0.04 0.20 0.19 0.30 0.18
O2 0.04 0.01 0.14 0.14 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.14 0.20 0.06 0.11 0.10 0.23 0.11
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.11 0.08 0.09 0.05 0.08 0.07 0.12 0.12 0.14 0.00 0.06 0.06 0.08 0.13 0.23 0.10
O3' 0.07 0.12 0.03 0.01 0.11 0.02 0.14 0.07 0.12 0.06 0.12 0.13 0.20 0.06 0.00 0.05 0.20 0.26 0.23 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.00 0.12 0.14 0.24 0.14
O5' 0.07 0.13 0.14 0.17 0.18 0.02 0.20 0.01 0.17 0.12 0.16 0.20 0.11 0.08 0.20 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.10 0.14 0.15 0.16 0.12 0.17 0.13 0.13 0.10 0.13 0.19 0.10 0.13 0.26 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.24 0.23 0.18 0.29 0.17 0.30 0.15 0.26 0.24 0.26 0.30 0.23 0.23 0.23 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.12 0.13 0.10 0.16 0.05 0.17 0.04 0.14 0.12 0.14 0.18 0.11 0.10 0.17 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 1.90 0.36 0.21 1.19 0.23 1.21 0.21 1.57 0.63 1.91 1.55 1.53 0.86 0.72 0.42 0.22 0.36 0.17 0.28 0.22 0.16
C2 0.48 1.81 0.32 0.19 1.26 0.20 1.44 0.18 1.83 0.82 2.00 1.45 1.92 1.15 0.81 0.37 0.20 0.37 0.14 0.25 0.21 0.15
C2' 0.40 1.87 0.32 0.18 1.13 0.20 1.17 0.22 1.57 0.60 1.91 1.49 1.58 0.84 0.65 0.39 0.23 0.29 0.18 0.33 0.22 0.16
C3' 0.33 1.63 0.31 0.18 0.97 0.16 1.00 0.18 1.33 0.55 1.63 1.31 1.34 0.73 0.56 0.36 0.18 0.23 0.21 0.40 0.24 0.20
C4 0.38 1.36 0.25 0.15 1.05 0.14 1.27 0.15 1.51 0.80 1.53 1.11 1.63 1.12 0.72 0.30 0.18 0.30 0.12 0.24 0.21 0.15
C4' 0.35 1.50 0.33 0.19 0.87 0.19 0.83 0.17 1.11 0.46 1.42 1.24 1.06 0.57 0.50 0.39 0.19 0.26 0.17 0.36 0.20 0.15
C5 0.33 1.24 0.23 0.14 0.96 0.12 1.09 0.16 1.29 0.67 1.34 1.04 1.33 0.92 0.63 0.29 0.17 0.25 0.13 0.25 0.22 0.15
C5' 0.27 1.15 0.29 0.20 0.65 0.19 0.60 0.19 0.82 0.37 1.07 0.97 0.78 0.42 0.36 0.34 0.20 0.22 0.17 0.41 0.19 0.16
C6 0.36 1.44 0.27 0.16 1.05 0.16 1.11 0.18 1.34 0.62 1.49 1.22 1.33 0.85 0.65 0.34 0.19 0.27 0.15 0.27 0.22 0.16
N1 0.44 1.74 0.31 0.18 1.19 0.19 1.28 0.19 1.62 0.71 1.83 1.43 1.61 0.97 0.74 0.37 0.20 0.33 0.15 0.27 0.22 0.15
N3 0.46 1.62 0.29 0.17 1.19 0.17 1.42 0.16 1.77 0.86 1.83 1.30 1.92 1.21 0.80 0.34 0.19 0.36 0.13 0.24 0.20 0.15
N4 0.37 1.19 0.24 0.16 0.96 0.13 1.20 0.14 1.41 0.81 1.38 0.97 1.58 1.12 0.69 0.28 0.17 0.31 0.12 0.24 0.19 0.15
O2 0.53 1.98 0.36 0.21 1.32 0.23 1.50 0.19 1.96 0.83 2.19 1.55 2.08 1.17 0.85 0.41 0.21 0.41 0.15 0.25 0.20 0.15
O2' 0.47 2.02 0.38 0.20 1.18 0.23 1.20 0.23 1.63 0.60 2.04 1.60 1.63 0.83 0.69 0.44 0.21 0.35 0.18 0.32 0.23 0.17
O3' 0.31 1.61 0.31 0.18 0.92 0.16 0.95 0.21 1.29 0.51 1.61 1.27 1.31 0.68 0.51 0.37 0.19 0.21 0.23 0.46 0.25 0.21
O4' 0.44 1.65 0.37 0.23 1.02 0.25 0.96 0.21 1.23 0.52 1.56 1.40 1.16 0.65 0.61 0.42 0.23 0.34 0.18 0.30 0.23 0.17
O5' 0.24 1.07 0.28 0.12 0.67 0.07 0.65 0.13 0.84 0.38 1.03 0.91 0.83 0.47 0.37 0.35 0.03 0.14 0.21 0.43 0.25 0.20
OP1 0.23 0.74 0.21 0.06 0.38 0.15 0.32 0.20 0.48 0.23 0.67 0.62 0.46 0.22 0.18 0.33 0.02 0.19 0.21 0.59 0.25 0.29
OP2 0.12 0.63 0.12 0.10 0.38 0.23 0.46 0.32 0.58 0.42 0.65 0.50 0.63 0.47 0.22 0.19 0.02 0.19 0.31 0.65 0.31 0.37
P 0.11 0.70 0.13 0.03 0.38 0.11 0.38 0.18 0.52 0.27 0.67 0.58 0.52 0.30 0.16 0.22 0.01 0.09 0.19 0.50 0.21 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.09 0.22 0.29 0.23
C2 0.03 0.00 0.36 0.40 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.47 0.20 0.29 0.42 0.57 0.40
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.05 0.17 0.17 0.28 0.36 0.13 0.10 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.16 0.27 0.17
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.25 0.01 0.23 0.02 0.29 0.20 0.36 0.36 0.28 0.19 0.12 0.02 0.01 0.02 0.07 0.18 0.19 0.08
C4 0.02 0.01 0.19 0.25 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.24 0.11 0.25 0.37 0.52 0.38
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.17 0.13 0.14 0.12 0.15 0.06 0.14 0.02 0.00 0.02 0.10 0.16 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.19 0.04 0.34 0.47 0.66 0.48
C5' 0.03 0.19 0.05 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.18 0.26 0.18 0.17 0.21 0.26 0.11 0.09 0.08 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.29 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.29 0.08 0.35 0.50 0.71 0.50
C8 0.02 0.01 0.17 0.20 0.01 0.17 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.17 0.13 0.36 0.46 0.56 0.47
N1 0.03 0.01 0.28 0.36 0.01 0.13 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.41 0.15 0.33 0.47 0.66 0.46
N3 0.03 0.01 0.36 0.36 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.41 0.20 0.24 0.37 0.49 0.36
N6 0.02 0.02 0.13 0.28 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.27 0.06 0.40 0.57 0.80 0.56
N7 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.15 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.14 0.08 0.40 0.53 0.70 0.54
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.22 0.33 0.44 0.34
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.09 0.14 0.12 0.09 0.11 0.27 0.17 0.26 0.13 0.24 0.10 0.00 0.11 0.11 0.09 0.13 0.26 0.15
O3' 0.13 0.47 0.07 0.01 0.24 0.02 0.19 0.08 0.29 0.17 0.41 0.41 0.27 0.14 0.08 0.11 0.00 0.08 0.14 0.34 0.19 0.16
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.11 0.00 0.04 0.02 0.08 0.13 0.15 0.20 0.06 0.08 0.01 0.11 0.08 0.00 0.10 0.27 0.27 0.24
O5' 0.09 0.29 0.13 0.07 0.25 0.02 0.34 0.01 0.35 0.36 0.33 0.24 0.40 0.40 0.22 0.09 0.14 0.10 0.00 0.02 0.12 0.01
OP1 0.22 0.42 0.16 0.18 0.37 0.10 0.47 0.09 0.50 0.46 0.47 0.37 0.57 0.53 0.33 0.13 0.34 0.27 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.29 0.57 0.27 0.19 0.52 0.16 0.66 0.13 0.71 0.56 0.66 0.49 0.80 0.70 0.44 0.26 0.19 0.27 0.12 0.03 0.00 0.01
P 0.23 0.40 0.17 0.08 0.38 0.08 0.48 0.02 0.50 0.47 0.46 0.36 0.56 0.54 0.34 0.15 0.16 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00