ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49251

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 7, 11, 17, 14, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.016, 0.026, 0.037, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.030 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.049, 0.080, 0.110, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.080 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.047 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.074, 0.210, 0.346, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.210 std_dev=0.136
O4' A 0, 0.048, 0.206, 0.365, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.206 std_dev=0.159
P B 0, 0.222, 0.381, 0.540, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.381 std_dev=0.159
OP2 B 0, 0.368, 0.595, 0.822, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.595 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.331, 0.612, 0.892, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.612 std_dev=0.280
O5' B 0, 0.233, 0.540, 0.846, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.540 std_dev=0.306
C4' A 0, 0.055, 0.374, 0.694, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.374 std_dev=0.320
O2' A 0, -0.003, 0.330, 0.663, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.330 std_dev=0.333
C3' A 0, 0.021, 0.431, 0.841, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.431 std_dev=0.410
C5' A 0, 0.116, 0.547, 0.978, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.547 std_dev=0.431
O5' A 0, 0.147, 0.618, 1.090, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.618 std_dev=0.471
C3' B 0, 0.207, 0.728, 1.249, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.728 std_dev=0.521
P A 0, 0.151, 0.763, 1.375, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.763 std_dev=0.612
C5' B 0, 0.151, 0.802, 1.453, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.802 std_dev=0.651
O3' B 0, 0.212, 0.871, 1.530, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.871 std_dev=0.659
OP2 A 0, 0.127, 0.831, 1.534, 3.713 max_d=3.713 avg_d=0.831 std_dev=0.703
C2' B 0, 0.205, 0.933, 1.661, 2.688 max_d=2.688 avg_d=0.933 std_dev=0.728
O3' A 0, -0.072, 0.684, 1.440, 3.296 max_d=3.296 avg_d=0.684 std_dev=0.756
C4' B 0, 0.114, 0.908, 1.703, 3.255 max_d=3.255 avg_d=0.908 std_dev=0.794
OP1 A 0, 0.092, 0.920, 1.748, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.920 std_dev=0.828
O2' B 0, 0.276, 1.140, 2.004, 3.402 max_d=3.402 avg_d=1.140 std_dev=0.864
O4' B 0, -0.016, 1.052, 2.120, 4.329 max_d=4.329 avg_d=1.052 std_dev=1.068
C1' B 0, -0.059, 1.087, 2.233, 4.645 max_d=4.645 avg_d=1.087 std_dev=1.146
N9 B 0, -0.281, 1.130, 2.542, 5.846 max_d=5.846 avg_d=1.130 std_dev=1.412
C8 B 0, -0.344, 1.082, 2.507, 7.489 max_d=7.489 avg_d=1.082 std_dev=1.426
N7 B 0, -0.616, 1.276, 3.167, 9.137 max_d=9.137 avg_d=1.276 std_dev=1.892
C4 B 0, -0.485, 1.480, 3.444, 7.860 max_d=7.860 avg_d=1.480 std_dev=1.964
C5 B 0, -0.702, 1.531, 3.764, 8.865 max_d=8.865 avg_d=1.531 std_dev=2.233
N3 B 0, -0.504, 1.829, 4.162, 9.076 max_d=9.076 avg_d=1.829 std_dev=2.333
C6 B 0, -0.925, 1.966, 4.857, 11.400 max_d=11.400 avg_d=1.966 std_dev=2.891
C2 B 0, -0.767, 2.203, 5.173, 11.474 max_d=11.474 avg_d=2.203 std_dev=2.970
N6 B 0, -1.078, 2.157, 5.391, 12.818 max_d=12.818 avg_d=2.157 std_dev=3.234
N1 B 0, -0.959, 2.290, 5.539, 12.606 max_d=12.606 avg_d=2.290 std_dev=3.249

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.18 0.01 0.09 0.12 0.23 0.16
C2 0.02 0.00 0.10 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.16 0.03 0.19 0.19 0.23 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.08 0.02 0.09 0.06 0.17 0.00 0.03 0.01 0.19 0.20 0.41 0.29
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.26 0.01 0.28 0.02 0.25 0.15 0.22 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.09 0.15 0.18 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.26 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.15 0.04 0.32 0.25 0.35 0.23
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.10 0.15 0.07 0.17 0.03 0.00 0.02 0.08 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.28 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.05 0.33 0.22 0.33 0.22
C5' 0.03 0.10 0.09 0.02 0.20 0.01 0.22 0.00 0.18 0.09 0.15 0.23 0.08 0.08 0.12 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.06 0.26 0.14 0.20 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.06 0.02 0.16 0.13 0.18 0.12
N3 0.02 0.00 0.09 0.22 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.15 0.03 0.26 0.24 0.30 0.20
N4 0.02 0.02 0.06 0.28 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.18 0.04 0.35 0.31 0.44 0.29
O2 0.04 0.01 0.17 0.17 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.22 0.30 0.06 0.15 0.20 0.25 0.17
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.22 0.17 0.17 0.08 0.13 0.13 0.23 0.24 0.22 0.00 0.05 0.13 0.13 0.13 0.45 0.24
O3' 0.18 0.16 0.03 0.01 0.15 0.03 0.20 0.12 0.17 0.06 0.15 0.18 0.30 0.05 0.00 0.12 0.20 0.37 0.24 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.13 0.12 0.00 0.10 0.11 0.16 0.12
O5' 0.09 0.19 0.19 0.09 0.32 0.02 0.33 0.01 0.26 0.16 0.26 0.35 0.15 0.13 0.20 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.19 0.20 0.15 0.25 0.08 0.22 0.08 0.14 0.13 0.24 0.31 0.20 0.13 0.37 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.23 0.41 0.18 0.35 0.12 0.33 0.07 0.20 0.18 0.30 0.44 0.25 0.45 0.24 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.16 0.29 0.07 0.23 0.04 0.22 0.01 0.14 0.12 0.20 0.29 0.17 0.24 0.21 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 2.50 0.49 0.18 1.62 0.20 1.72 0.31 2.20 0.95 2.58 2.03 2.21 1.29 1.01 0.41 0.36 0.35 0.15 0.25 0.21 0.14
C2 0.69 2.33 0.51 0.20 1.67 0.21 1.93 0.34 2.42 1.22 2.59 1.87 2.55 1.61 1.14 0.43 0.35 0.43 0.17 0.23 0.20 0.14
C2' 0.43 2.36 0.37 0.20 1.44 0.32 1.56 0.43 2.09 0.80 2.47 1.85 2.16 1.15 0.82 0.36 0.43 0.23 0.16 0.34 0.20 0.14
C3' 0.45 2.14 0.42 0.21 1.35 0.13 1.43 0.15 1.86 0.78 2.19 1.72 1.90 1.07 0.81 0.33 0.20 0.25 0.29 0.51 0.35 0.29
C4 0.59 1.68 0.41 0.19 1.34 0.19 1.62 0.32 1.90 1.13 1.90 1.39 2.04 1.48 0.98 0.33 0.31 0.39 0.18 0.22 0.20 0.14
C4' 0.46 2.04 0.43 0.20 1.27 0.14 1.27 0.14 1.65 0.66 2.00 1.69 1.63 0.90 0.75 0.36 0.21 0.28 0.21 0.35 0.26 0.18
C5 0.50 1.55 0.36 0.17 1.24 0.18 1.41 0.33 1.63 0.93 1.68 1.32 1.67 1.21 0.87 0.28 0.31 0.31 0.17 0.23 0.21 0.14
C5' 0.33 1.57 0.35 0.21 0.98 0.14 0.95 0.13 1.24 0.48 1.52 1.33 1.21 0.65 0.55 0.30 0.16 0.22 0.27 0.40 0.31 0.25
C6 0.54 1.88 0.41 0.17 1.41 0.20 1.51 0.33 1.80 0.88 1.96 1.60 1.79 1.18 0.92 0.32 0.35 0.31 0.16 0.24 0.21 0.14
N1 0.62 2.28 0.48 0.18 1.60 0.20 1.75 0.33 2.18 1.04 2.42 1.87 2.21 1.38 1.04 0.39 0.36 0.37 0.16 0.24 0.21 0.14
N3 0.68 2.04 0.48 0.20 1.55 0.21 1.87 0.33 2.28 1.26 2.33 1.65 2.48 1.65 1.11 0.40 0.33 0.45 0.18 0.22 0.19 0.14
N4 0.55 1.40 0.38 0.20 1.16 0.20 1.46 0.30 1.68 1.11 1.62 1.16 1.87 1.44 0.90 0.31 0.29 0.40 0.20 0.21 0.19 0.15
O2 0.74 2.55 0.55 0.21 1.75 0.22 2.03 0.34 2.60 1.27 2.86 2.00 2.80 1.69 1.19 0.47 0.35 0.46 0.17 0.23 0.20 0.14
O2' 0.51 2.60 0.44 0.18 1.55 0.31 1.67 0.49 2.24 0.85 2.70 2.02 2.32 1.22 0.90 0.39 0.36 0.25 0.21 0.35 0.30 0.24
O3' 0.44 2.13 0.43 0.24 1.29 0.15 1.36 0.16 1.80 0.72 2.17 1.70 1.85 0.99 0.76 0.35 0.18 0.26 0.31 0.59 0.33 0.29
O4' 0.60 2.26 0.51 0.21 1.47 0.18 1.46 0.22 1.84 0.80 2.21 1.91 1.79 1.06 0.91 0.43 0.30 0.37 0.17 0.24 0.22 0.15
O5' 0.28 1.38 0.31 0.23 0.91 0.07 0.94 0.12 1.18 0.52 1.38 1.17 1.18 0.70 0.54 0.26 0.02 0.16 0.35 0.50 0.40 0.35
OP1 0.49 0.84 0.37 0.15 0.51 0.29 0.45 0.21 0.61 0.33 0.79 0.73 0.59 0.30 0.37 0.61 0.04 0.42 0.25 0.52 0.36 0.28
OP2 0.19 0.76 0.12 0.09 0.48 0.27 0.57 0.31 0.73 0.36 0.81 0.61 0.78 0.49 0.25 0.30 0.02 0.26 0.48 0.78 0.58 0.55
P 0.16 0.83 0.11 0.03 0.48 0.17 0.48 0.17 0.67 0.20 0.82 0.68 0.67 0.31 0.18 0.31 0.01 0.17 0.29 0.51 0.37 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.37 0.29 0.18
C2 0.04 0.00 0.38 0.47 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.56 0.23 0.44 0.91 0.70 0.61
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.05 0.19 0.15 0.30 0.38 0.14 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.10 0.25 0.18 0.15
C3' 0.02 0.47 0.01 0.00 0.30 0.01 0.27 0.02 0.35 0.17 0.43 0.42 0.33 0.18 0.14 0.02 0.01 0.01 0.13 0.15 0.14 0.11
C4 0.02 0.01 0.21 0.30 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.32 0.12 0.26 0.62 0.55 0.37
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.13 0.17 0.15 0.17 0.15 0.17 0.08 0.13 0.03 0.01 0.02 0.15 0.07 0.07
C5 0.01 0.01 0.11 0.27 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.29 0.05 0.32 0.63 0.71 0.42
C5' 0.03 0.33 0.05 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.22 0.29 0.27 0.31 0.25 0.29 0.12 0.09 0.07 0.02 0.01 0.14 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.35 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.40 0.09 0.35 0.71 0.75 0.46
C8 0.02 0.01 0.15 0.17 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.14 0.16 0.40 0.57 0.71 0.50
N1 0.04 0.01 0.30 0.43 0.01 0.15 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.52 0.17 0.39 0.84 0.73 0.53
N3 0.04 0.01 0.38 0.42 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.49 0.23 0.40 0.80 0.60 0.54
N6 0.02 0.02 0.14 0.33 0.02 0.15 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.38 0.06 0.39 0.71 0.85 0.50
N7 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.17 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.16 0.09 0.42 0.62 0.83 0.54
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.20 0.48 0.48 0.29
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.09 0.13 0.11 0.09 0.11 0.21 0.15 0.22 0.13 0.19 0.08 0.00 0.05 0.11 0.09 0.21 0.14 0.13
O3' 0.09 0.56 0.03 0.01 0.32 0.03 0.29 0.07 0.40 0.14 0.52 0.49 0.38 0.16 0.12 0.05 0.00 0.06 0.15 0.25 0.21 0.13
O4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.12 0.01 0.05 0.02 0.09 0.16 0.17 0.23 0.06 0.09 0.01 0.11 0.06 0.00 0.08 0.36 0.23 0.17
O5' 0.07 0.44 0.10 0.13 0.26 0.02 0.32 0.01 0.35 0.40 0.39 0.40 0.39 0.42 0.20 0.09 0.15 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.91 0.25 0.15 0.62 0.15 0.63 0.14 0.71 0.57 0.84 0.80 0.71 0.62 0.48 0.21 0.25 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.70 0.18 0.14 0.55 0.07 0.71 0.15 0.75 0.71 0.73 0.60 0.85 0.83 0.48 0.14 0.21 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.61 0.15 0.11 0.37 0.07 0.42 0.02 0.46 0.50 0.53 0.54 0.50 0.54 0.29 0.13 0.13 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00