ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49252

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 6, 6, 4, 2, 5, 5, 9, 12, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.004, 0.009, 0.022, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.009 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.011, 0.033, 0.056, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.010, 0.042, 0.074, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.042 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.063, 0.139, 0.215, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.139 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.082, 0.167, 0.251, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.167 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.096, 0.201, 0.307, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.201 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.135, 0.258, 0.381, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.258 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.133, 0.264, 0.395, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.264 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.210, 0.407, 0.604, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.407 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.186, 0.387, 0.587, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.387 std_dev=0.201
O5' B 0, 0.312, 0.541, 0.770, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.541 std_dev=0.229
O5' A 0, 0.216, 0.471, 0.726, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.471 std_dev=0.255
P B 0, 0.334, 0.609, 0.884, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.609 std_dev=0.275
P A 0, 0.220, 0.514, 0.807, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.514 std_dev=0.293
OP2 B 0, 0.422, 0.746, 1.071, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.746 std_dev=0.324
OP1 B 0, 0.294, 0.666, 1.039, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.666 std_dev=0.372
C3' B 0, 0.548, 1.333, 2.117, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.333 std_dev=0.784
O3' B 0, 0.521, 1.363, 2.205, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.363 std_dev=0.842
OP1 A 0, 0.531, 1.432, 2.333, 3.592 max_d=3.592 avg_d=1.432 std_dev=0.901
C4' B 0, 0.550, 1.529, 2.508, 3.764 max_d=3.764 avg_d=1.529 std_dev=0.979
OP2 A 0, 0.625, 1.639, 2.654, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.639 std_dev=1.014
C8 B 0, 0.536, 1.642, 2.747, 5.245 max_d=5.245 avg_d=1.642 std_dev=1.105
C5' B 0, 0.498, 1.616, 2.734, 2.960 max_d=2.960 avg_d=1.616 std_dev=1.118
O4' B 0, 0.701, 2.006, 3.310, 4.892 max_d=4.892 avg_d=2.006 std_dev=1.304
N9 B 0, 0.647, 2.044, 3.441, 6.222 max_d=6.222 avg_d=2.044 std_dev=1.397
N7 B 0, 0.403, 1.811, 3.218, 7.018 max_d=7.018 avg_d=1.811 std_dev=1.407
C2' B 0, 0.801, 2.244, 3.687, 5.057 max_d=5.057 avg_d=2.244 std_dev=1.443
C1' B 0, 0.763, 2.251, 3.740, 5.927 max_d=5.927 avg_d=2.251 std_dev=1.489
C5 B 0, 0.390, 2.197, 4.004, 8.841 max_d=8.841 avg_d=2.197 std_dev=1.807
C4 B 0, 0.713, 2.628, 4.543, 8.494 max_d=8.494 avg_d=2.628 std_dev=1.915
C6 B 0, 0.322, 2.633, 4.943, 11.351 max_d=11.351 avg_d=2.633 std_dev=2.310
O2' B 0, 1.108, 3.446, 5.784, 6.533 max_d=6.533 avg_d=3.446 std_dev=2.338
N6 B 0, -0.054, 2.409, 4.871, 12.360 max_d=12.360 avg_d=2.409 std_dev=2.462
N3 B 0, 1.001, 3.610, 6.219, 10.314 max_d=10.314 avg_d=3.610 std_dev=2.609
N1 B 0, 0.699, 3.537, 6.374, 13.021 max_d=13.021 avg_d=3.537 std_dev=2.837
C2 B 0, 1.003, 3.995, 6.987, 12.361 max_d=12.361 avg_d=3.995 std_dev=2.992

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.17 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.11 0.14 0.50 0.15
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.05 0.22 0.20 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.29 0.36 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.10 0.18 0.84 0.18
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.30 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.09 0.21 0.86 0.18
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.10 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03 0.09 0.16 0.63 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.11 0.43 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.11 0.15 0.68 0.17
N4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.11 0.21 0.95 0.19
O2 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.03 0.12 0.17 0.39 0.14
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.03 0.04 0.04 0.21 0.33 0.06
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.09 0.04 0.06 0.11 0.08 0.03 0.00 0.02 0.06 0.43 0.69 0.15
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.08 0.11 0.11 0.08
O5' 0.08 0.11 0.05 0.04 0.10 0.02 0.09 0.01 0.09 0.09 0.11 0.11 0.12 0.04 0.06 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.14 0.22 0.29 0.18 0.13 0.21 0.09 0.16 0.11 0.15 0.21 0.17 0.21 0.43 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.50 0.20 0.36 0.84 0.30 0.86 0.34 0.63 0.43 0.68 0.95 0.39 0.33 0.69 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.15 0.06 0.08 0.18 0.03 0.18 0.01 0.15 0.13 0.17 0.19 0.14 0.06 0.15 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.71 1.80 0.77 0.41 1.26 0.18 1.36 0.31 1.61 1.01 1.78 1.58 1.70 1.30 0.87 1.10 0.07 0.40 0.09 0.17 0.26 0.09
C2 0.64 1.79 0.61 0.24 1.41 0.20 1.70 0.60 1.98 1.30 1.99 1.50 2.18 1.65 1.05 0.73 0.27 0.46 0.15 0.11 0.23 0.11
C2' 0.53 1.64 0.52 0.23 1.12 0.09 1.28 0.49 1.53 1.00 1.67 1.40 1.67 1.28 0.77 0.73 0.16 0.26 0.13 0.18 0.25 0.10
C3' 0.39 1.31 0.35 0.16 0.88 0.09 1.04 0.48 1.22 0.90 1.31 1.13 1.36 1.12 0.61 0.49 0.19 0.20 0.16 0.24 0.25 0.14
C4 0.60 1.41 0.42 0.18 1.28 0.35 1.61 0.73 1.76 1.36 1.64 1.19 1.95 1.68 1.06 0.40 0.43 0.62 0.21 0.10 0.18 0.12
C4' 0.65 1.40 0.63 0.41 0.89 0.28 0.88 0.17 1.05 0.72 1.24 1.31 1.12 0.94 0.58 1.01 0.19 0.44 0.12 0.25 0.24 0.12
C5 0.53 1.21 0.44 0.19 1.12 0.21 1.38 0.57 1.47 1.24 1.37 1.06 1.61 1.48 0.95 0.47 0.33 0.49 0.15 0.17 0.20 0.10
C5' 0.61 1.03 0.51 0.43 0.61 0.40 0.58 0.10 0.68 0.58 0.81 1.02 0.80 0.76 0.37 0.89 0.36 0.54 0.17 0.32 0.20 0.16
C6 0.56 1.34 0.59 0.29 1.12 0.12 1.31 0.40 1.43 1.12 1.41 1.20 1.54 1.36 0.87 0.75 0.18 0.36 0.11 0.19 0.24 0.10
N1 0.63 1.67 0.66 0.31 1.29 0.12 1.49 0.44 1.71 1.16 1.76 1.45 1.83 1.46 0.95 0.86 0.16 0.39 0.11 0.15 0.24 0.09
N3 0.63 1.65 0.50 0.19 1.39 0.32 1.74 0.72 1.99 1.38 1.91 1.38 2.23 1.75 1.09 0.52 0.39 0.58 0.19 0.10 0.20 0.13
N4 0.66 1.33 0.33 0.24 1.26 0.49 1.60 0.84 1.73 1.39 1.58 1.13 1.94 1.69 1.09 0.25 0.52 0.79 0.27 0.13 0.13 0.16
O2 0.67 1.96 0.65 0.26 1.46 0.19 1.75 0.60 2.11 1.30 2.18 1.62 2.34 1.67 1.07 0.81 0.25 0.46 0.14 0.11 0.24 0.11
O2' 0.65 1.84 0.65 0.32 1.19 0.11 1.27 0.41 1.57 0.94 1.80 1.58 1.69 1.23 0.79 0.96 0.07 0.34 0.12 0.17 0.25 0.10
O3' 0.31 1.21 0.27 0.14 0.77 0.15 0.94 0.53 1.11 0.84 1.20 1.03 1.27 1.04 0.53 0.30 0.24 0.17 0.20 0.26 0.26 0.18
O4' 0.81 1.68 0.90 0.55 1.14 0.36 1.10 0.12 1.29 0.83 1.51 1.56 1.33 1.07 0.78 1.33 0.26 0.52 0.12 0.21 0.26 0.11
O5' 0.27 0.68 0.21 0.17 0.49 0.19 0.69 0.16 0.74 0.76 0.67 0.63 0.91 0.91 0.37 0.34 0.01 0.27 0.16 0.36 0.21 0.19
OP1 0.45 0.67 0.92 0.46 0.89 0.12 1.24 0.24 1.24 1.29 0.98 0.55 1.45 1.46 0.90 0.69 0.04 0.27 0.28 0.16 0.59 0.26
OP2 0.37 0.31 0.18 0.38 0.25 0.85 0.31 0.85 0.39 0.19 0.37 0.27 0.46 0.29 0.20 0.61 0.02 0.83 1.27 1.58 1.15 1.40
P 0.14 0.27 0.32 0.02 0.27 0.31 0.52 0.15 0.54 0.58 0.39 0.21 0.69 0.70 0.26 0.33 0.01 0.39 0.31 0.53 0.19 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.00 0.33 0.49 0.35 0.46
C2 0.02 0.00 0.21 0.20 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.53 0.50 0.10 0.56 0.90 0.71 0.81
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.30 0.08 0.13 0.15 0.22 0.06 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.16 0.29 0.13
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.19 0.00 0.30 0.02 0.28 0.44 0.21 0.19 0.34 0.43 0.22 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.10 0.19 0.00 0.05 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.26 0.05 0.60 0.88 0.71 0.80
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.04 0.32 0.03 0.01 0.02 0.19 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.30 0.00 0.05 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.08 0.02 0.74 1.08 0.90 0.95
C5' 0.17 0.22 0.30 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.26 0.29 0.23 0.20 0.27 0.29 0.23 0.05 0.26 0.02 0.01 0.39 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.28 0.01 0.05 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.15 0.04 0.75 1.14 0.95 0.98
C8 0.01 0.01 0.13 0.44 0.01 0.09 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.24 0.10 0.79 0.99 0.84 0.88
N1 0.02 0.00 0.15 0.21 0.01 0.06 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.49 0.33 0.07 0.66 1.05 0.85 0.92
N3 0.02 0.01 0.22 0.19 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.53 0.10 0.49 0.78 0.61 0.73
N6 0.02 0.01 0.06 0.34 0.01 0.06 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.39 0.12 0.04 0.81 1.25 1.05 1.05
N7 0.01 0.02 0.09 0.43 0.01 0.08 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.23 0.07 0.84 1.15 1.01 1.00
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.04 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.59 0.79 0.62 0.73
O2' 0.02 0.53 0.01 0.02 0.36 0.32 0.33 0.05 0.41 0.17 0.49 0.50 0.39 0.23 0.17 0.00 0.06 0.22 0.09 0.11 0.30 0.11
O3' 0.37 0.50 0.04 0.01 0.26 0.03 0.08 0.26 0.15 0.24 0.33 0.53 0.12 0.23 0.12 0.06 0.00 0.33 0.16 0.16 0.16 0.16
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.07 0.10 0.04 0.07 0.02 0.22 0.33 0.00 0.42 0.64 0.48 0.57
O5' 0.33 0.56 0.13 0.07 0.60 0.02 0.74 0.01 0.75 0.79 0.66 0.49 0.81 0.84 0.59 0.09 0.16 0.42 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.90 0.16 0.09 0.88 0.19 1.08 0.39 1.14 0.99 1.05 0.78 1.25 1.15 0.79 0.11 0.16 0.64 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.71 0.29 0.10 0.71 0.19 0.90 0.37 0.95 0.84 0.85 0.61 1.05 1.01 0.62 0.30 0.16 0.48 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.81 0.13 0.07 0.80 0.07 0.95 0.01 0.98 0.88 0.92 0.73 1.05 1.00 0.73 0.11 0.16 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00