ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49256

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.016, 0.048, 0.081, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.048 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.016, 0.060, 0.104, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.060 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.055, 0.187, 0.319, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.187 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.106, 0.271, 0.436, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.271 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.096, 0.282, 0.468, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.282 std_dev=0.186
OP2 B 0, 0.207, 0.419, 0.630, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.419 std_dev=0.212
P B 0, 0.219, 0.439, 0.660, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.439 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.304, 0.559, 0.814, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.559 std_dev=0.255
C3' A 0, 0.172, 0.434, 0.695, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.434 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.141, 0.406, 0.670, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.406 std_dev=0.264
C5' A 0, 0.224, 0.555, 0.887, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.555 std_dev=0.331
O5' A 0, 0.512, 0.900, 1.288, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.900 std_dev=0.388
O3' A 0, 0.271, 0.675, 1.080, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.675 std_dev=0.405
O5' B 0, 0.122, 0.626, 1.129, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.626 std_dev=0.503
OP1 A 0, 0.917, 1.653, 2.389, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.653 std_dev=0.736
P A 0, 0.594, 1.349, 2.105, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.349 std_dev=0.755
C3' B 0, 0.450, 1.410, 2.369, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.410 std_dev=0.960
C5' B 0, 0.443, 1.430, 2.417, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.430 std_dev=0.987
OP2 A 0, 0.226, 1.338, 2.451, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.338 std_dev=1.112
O3' B 0, 0.497, 1.633, 2.770, 4.120 max_d=4.120 avg_d=1.633 std_dev=1.136
C4' B 0, 0.432, 1.660, 2.888, 4.396 max_d=4.396 avg_d=1.660 std_dev=1.228
C2' B 0, 0.460, 1.821, 3.182, 4.861 max_d=4.861 avg_d=1.821 std_dev=1.361
O4' B 0, 0.424, 1.812, 3.200, 4.938 max_d=4.938 avg_d=1.812 std_dev=1.388
C1' B 0, 0.435, 2.065, 3.694, 5.701 max_d=5.701 avg_d=2.065 std_dev=1.629
N9 B 0, 0.562, 2.269, 3.976, 5.938 max_d=5.938 avg_d=2.269 std_dev=1.707
O2' B 0, 0.521, 2.331, 4.141, 6.400 max_d=6.400 avg_d=2.331 std_dev=1.810
C8 B 0, 0.762, 2.708, 4.654, 5.144 max_d=5.144 avg_d=2.708 std_dev=1.946
C4 B 0, 0.624, 2.798, 4.973, 7.692 max_d=7.692 avg_d=2.798 std_dev=2.174
C5 B 0, 0.709, 2.948, 5.187, 7.943 max_d=7.943 avg_d=2.948 std_dev=2.239
N7 B 0, 0.718, 3.036, 5.354, 6.561 max_d=6.561 avg_d=3.036 std_dev=2.318
N3 B 0, 1.398, 3.916, 6.434, 9.190 max_d=9.190 avg_d=3.916 std_dev=2.518
C6 B 0, 0.706, 3.486, 6.265, 9.744 max_d=9.744 avg_d=3.486 std_dev=2.780
C2 B 0, 1.785, 4.701, 7.617, 10.616 max_d=10.616 avg_d=4.701 std_dev=2.916
N6 B 0, 0.858, 3.831, 6.803, 10.560 max_d=10.560 avg_d=3.831 std_dev=2.973
N1 B 0, 1.154, 4.309, 7.464, 10.940 max_d=10.940 avg_d=4.309 std_dev=3.155

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.26 0.09
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.18 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.42 0.13
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.07 0.06 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.10 0.13 0.49 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.05 0.10 0.12 0.27 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.05 0.35 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.06 0.11 0.13 0.35 0.14
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.13 0.09 0.09 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.22 0.03
C6 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.15 0.06 0.10 0.10 0.19 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.08 0.08 0.15 0.09
N3 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.09 0.11 0.17 0.11
N4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.06 0.10 0.13 0.35 0.12
O2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.05 0.08 0.09 0.26 0.13
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.09 0.00 0.06 0.03 0.06 0.14 0.45 0.13
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.03 0.17 0.02 0.15 0.07 0.08 0.13 0.06 0.06 0.00 0.02 0.14 0.23 0.61 0.21
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.10 0.06 0.23 0.08
O5' 0.04 0.08 0.04 0.10 0.10 0.02 0.11 0.01 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.06 0.14 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.09 0.09 0.13 0.12 0.05 0.13 0.03 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.14 0.23 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.18 0.42 0.49 0.27 0.35 0.35 0.22 0.19 0.15 0.17 0.35 0.26 0.45 0.61 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.13 0.16 0.12 0.07 0.14 0.03 0.11 0.09 0.11 0.12 0.13 0.13 0.21 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.69 2.47 0.53 0.24 1.59 0.24 1.58 0.35 2.01 0.90 2.43 2.06 1.93 1.15 0.99 0.46 0.07 0.41 0.14 0.23 0.15 0.08
C2 0.72 2.54 0.49 0.15 1.73 0.16 2.02 0.37 2.47 1.40 2.66 2.08 2.62 1.81 1.19 0.39 0.16 0.38 0.16 0.15 0.19 0.12
C2' 0.55 2.35 0.40 0.15 1.47 0.17 1.54 0.37 2.00 0.90 2.39 1.92 2.02 1.18 0.89 0.28 0.08 0.29 0.16 0.32 0.15 0.05
C3' 0.34 1.91 0.25 0.15 1.16 0.21 1.21 0.42 1.57 0.74 1.90 1.57 1.59 0.95 0.66 0.15 0.12 0.21 0.13 0.42 0.20 0.10
C4 0.54 2.02 0.33 0.11 1.32 0.11 1.74 0.37 1.91 1.65 1.96 1.65 2.14 2.01 1.06 0.24 0.26 0.22 0.21 0.12 0.20 0.15
C4' 0.40 1.82 0.35 0.26 1.07 0.28 0.96 0.41 1.28 0.48 1.69 1.55 1.18 0.62 0.57 0.31 0.19 0.30 0.11 0.38 0.16 0.08
C5 0.46 1.69 0.29 0.09 1.12 0.11 1.43 0.37 1.50 1.49 1.56 1.43 1.62 1.69 0.94 0.21 0.20 0.17 0.20 0.20 0.14 0.10
C5' 0.21 1.24 0.21 0.31 0.67 0.33 0.57 0.46 0.79 0.39 1.10 1.08 0.72 0.43 0.29 0.22 0.31 0.27 0.11 0.48 0.22 0.16
C6 0.54 1.82 0.38 0.13 1.29 0.17 1.45 0.37 1.61 1.24 1.76 1.58 1.62 1.43 0.95 0.27 0.10 0.27 0.17 0.24 0.13 0.08
N1 0.67 2.31 0.48 0.18 1.59 0.20 1.74 0.37 2.09 1.20 2.33 1.95 2.09 1.50 1.08 0.38 0.10 0.37 0.15 0.20 0.15 0.09
N3 0.66 2.37 0.42 0.11 1.60 0.12 2.01 0.37 2.36 1.60 2.44 1.91 2.63 2.04 1.18 0.32 0.24 0.31 0.18 0.11 0.21 0.16
N4 0.45 1.90 0.26 0.17 1.12 0.16 1.60 0.38 1.71 1.73 1.77 1.51 2.04 2.08 0.97 0.22 0.33 0.14 0.25 0.12 0.27 0.21
O2 0.79 2.81 0.55 0.17 1.87 0.18 2.12 0.36 2.72 1.33 3.01 2.26 2.90 1.77 1.24 0.45 0.15 0.44 0.15 0.14 0.19 0.13
O2' 0.59 2.53 0.44 0.21 1.52 0.21 1.52 0.37 2.05 0.76 2.55 2.04 2.03 1.04 0.88 0.37 0.08 0.34 0.16 0.29 0.15 0.06
O3' 0.25 1.83 0.17 0.16 1.06 0.23 1.13 0.45 1.51 0.67 1.85 1.47 1.56 0.88 0.57 0.14 0.18 0.18 0.12 0.50 0.24 0.16
O4' 0.62 2.14 0.54 0.29 1.34 0.30 1.17 0.35 1.51 0.57 1.96 1.87 1.33 0.72 0.78 0.51 0.17 0.40 0.14 0.24 0.14 0.08
O5' 0.17 0.93 0.21 0.04 0.55 0.15 0.66 0.36 0.76 0.78 0.87 0.79 0.81 0.80 0.43 0.25 0.04 0.06 0.13 0.46 0.17 0.11
OP1 0.51 0.33 0.58 0.17 0.43 0.10 0.59 0.21 0.56 0.79 0.43 0.27 0.66 0.78 0.56 0.79 0.04 0.28 0.17 0.54 0.17 0.19
OP2 0.18 0.96 0.06 0.22 0.60 0.45 0.74 0.74 0.81 0.79 0.87 0.86 0.91 0.90 0.45 0.28 0.03 0.39 0.60 1.22 0.65 0.81
P 0.14 0.59 0.25 0.02 0.34 0.15 0.50 0.35 0.54 0.65 0.56 0.50 0.62 0.68 0.33 0.40 0.01 0.06 0.20 0.62 0.22 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.23 0.33 0.14
C2 0.03 0.00 0.36 0.53 0.01 0.58 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.53 0.60 1.12 0.98 1.49 1.15
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.19 0.01 0.09 0.02 0.15 0.17 0.27 0.36 0.10 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.13 0.11 0.19 0.15
C3' 0.03 0.53 0.00 0.00 0.26 0.00 0.26 0.03 0.28 0.46 0.40 0.51 0.28 0.41 0.20 0.02 0.01 0.01 0.22 0.06 0.12 0.17
C4 0.02 0.01 0.19 0.26 0.00 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.28 0.30 0.37 0.18 0.63 0.20
C4' 0.02 0.58 0.01 0.00 0.20 0.00 0.10 0.01 0.15 0.47 0.39 0.58 0.11 0.38 0.11 0.11 0.02 0.01 0.03 0.22 0.07 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.30 0.11 0.40 0.50 0.96 0.48
C5' 0.02 0.99 0.02 0.03 0.31 0.01 0.22 0.00 0.27 0.80 0.67 0.94 0.25 0.69 0.22 0.08 0.05 0.02 0.02 0.17 0.18 0.04
C6 0.03 0.01 0.15 0.28 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.36 0.24 0.38 0.27 0.87 0.28
C8 0.01 0.01 0.17 0.46 0.01 0.47 0.01 0.80 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.30 0.37 0.35 1.06 1.19 1.64 1.31
N1 0.03 0.01 0.27 0.40 0.01 0.39 0.01 0.67 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.46 0.45 0.76 0.51 1.11 0.70
N3 0.03 0.01 0.36 0.51 0.00 0.58 0.01 0.94 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.38 0.48 0.61 1.04 0.90 1.24 1.01
N6 0.03 0.01 0.10 0.28 0.02 0.11 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.37 0.14 0.43 0.60 1.09 0.52
N7 0.02 0.00 0.10 0.41 0.00 0.38 0.00 0.69 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.24 0.37 0.21 0.96 1.22 1.72 1.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.17 0.02 0.35 0.40 0.72 0.44
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.13 0.11 0.05 0.08 0.08 0.30 0.24 0.38 0.06 0.24 0.07 0.00 0.07 0.15 0.15 0.14 0.18 0.15
O3' 0.01 0.53 0.03 0.01 0.28 0.02 0.30 0.05 0.36 0.37 0.46 0.48 0.37 0.37 0.17 0.07 0.00 0.01 0.24 0.13 0.18 0.14
O4' 0.01 0.60 0.01 0.01 0.30 0.01 0.11 0.02 0.24 0.35 0.45 0.61 0.14 0.21 0.02 0.15 0.01 0.00 0.16 0.35 0.16 0.10
O5' 0.08 1.12 0.13 0.22 0.37 0.03 0.40 0.02 0.38 1.06 0.76 1.04 0.43 0.96 0.35 0.15 0.24 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.98 0.11 0.06 0.18 0.22 0.50 0.17 0.27 1.19 0.51 0.90 0.60 1.22 0.40 0.14 0.13 0.35 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 1.49 0.19 0.12 0.63 0.07 0.96 0.18 0.87 1.64 1.11 1.24 1.09 1.72 0.72 0.18 0.18 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 1.15 0.15 0.17 0.20 0.06 0.48 0.04 0.28 1.31 0.70 1.01 0.52 1.27 0.44 0.15 0.14 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00