ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49257

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.004, 0.017, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.013, 0.036, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.041 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.030 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.018, 0.047, 0.077, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.051 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.034, 0.098, 0.163, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.098 std_dev=0.065
N4 A 0, 0.062, 0.131, 0.200, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.131 std_dev=0.069
P B 0, 0.187, 0.463, 0.739, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.463 std_dev=0.276
OP1 B 0, 0.235, 0.630, 1.025, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.630 std_dev=0.395
OP2 B 0, 0.214, 0.686, 1.158, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.686 std_dev=0.472
O5' B 0, 0.215, 0.850, 1.485, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.850 std_dev=0.635
O4' A 0, -0.211, 0.627, 1.465, 2.573 max_d=2.573 avg_d=0.627 std_dev=0.838
C2' A 0, -0.341, 0.630, 1.601, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.630 std_dev=0.971
C5' B 0, 0.330, 1.319, 2.308, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.319 std_dev=0.989
O2' A 0, -0.328, 0.799, 1.926, 3.468 max_d=3.468 avg_d=0.799 std_dev=1.127
C4' A 0, -0.213, 1.043, 2.300, 3.869 max_d=3.869 avg_d=1.043 std_dev=1.257
C3' A 0, -0.311, 1.172, 2.655, 4.489 max_d=4.489 avg_d=1.172 std_dev=1.483
C4' B 0, 0.317, 1.837, 3.357, 4.731 max_d=4.731 avg_d=1.837 std_dev=1.520
C3' B 0, -0.158, 1.413, 2.983, 5.036 max_d=5.036 avg_d=1.413 std_dev=1.570
C2' B 0, -0.020, 1.702, 3.423, 5.628 max_d=5.628 avg_d=1.702 std_dev=1.721
O3' B 0, -0.480, 1.398, 3.275, 5.847 max_d=5.847 avg_d=1.398 std_dev=1.877
O4' B 0, 0.566, 2.450, 4.334, 5.820 max_d=5.820 avg_d=2.450 std_dev=1.884
C1' B 0, 0.539, 2.628, 4.718, 6.733 max_d=6.733 avg_d=2.628 std_dev=2.090
C8 B 0, 0.887, 3.003, 5.118, 6.501 max_d=6.501 avg_d=3.003 std_dev=2.115
O3' A 0, -0.404, 1.753, 3.910, 6.454 max_d=6.454 avg_d=1.753 std_dev=2.157
C5' A 0, -0.579, 1.587, 3.752, 6.752 max_d=6.752 avg_d=1.587 std_dev=2.166
N9 B 0, 0.990, 3.242, 5.495, 6.862 max_d=6.862 avg_d=3.242 std_dev=2.252
O2' B 0, -0.540, 1.772, 4.084, 7.322 max_d=7.322 avg_d=1.772 std_dev=2.312
O5' A 0, -0.808, 1.660, 4.127, 7.609 max_d=7.609 avg_d=1.660 std_dev=2.468
N7 B 0, 1.480, 4.263, 7.046, 7.766 max_d=7.766 avg_d=4.263 std_dev=2.783
C4 B 0, 1.655, 4.663, 7.671, 8.229 max_d=8.229 avg_d=4.663 std_dev=3.008
C5 B 0, 1.911, 5.257, 8.603, 8.659 max_d=8.659 avg_d=5.257 std_dev=3.346
P A 0, -1.323, 2.108, 5.539, 10.391 max_d=10.391 avg_d=2.108 std_dev=3.431
N3 B 0, 1.970, 5.483, 8.996, 9.433 max_d=9.433 avg_d=5.483 std_dev=3.513
OP2 A 0, -1.041, 2.473, 5.986, 10.719 max_d=10.719 avg_d=2.473 std_dev=3.513
OP1 A 0, -1.504, 2.567, 6.638, 12.395 max_d=12.395 avg_d=2.567 std_dev=4.071
C6 B 0, 2.529, 6.830, 11.131, 10.823 max_d=10.823 avg_d=6.830 std_dev=4.301
C2 B 0, 2.542, 6.860, 11.178, 10.736 max_d=10.736 avg_d=6.860 std_dev=4.318
N1 B 0, 2.818, 7.564, 12.310, 12.010 max_d=12.010 avg_d=7.564 std_dev=4.746
N6 B 0, 2.852, 7.715, 12.578, 12.294 max_d=12.294 avg_d=7.715 std_dev=4.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.07 0.04 0.12 0.02 0.11 0.01 0.20 0.28 0.43 0.26
C2 0.07 0.00 0.23 0.25 0.04 0.23 0.04 0.35 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.37 0.13 0.25 0.43 0.46 0.55 0.52
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.08 0.03 0.13 0.14 0.15 0.05 0.19 0.09 0.39 0.01 0.03 0.02 0.31 0.52 0.79 0.52
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.31 0.01 0.32 0.02 0.28 0.19 0.29 0.34 0.27 0.01 0.01 0.02 0.12 0.39 0.44 0.25
C4 0.04 0.04 0.08 0.31 0.00 0.14 0.00 0.23 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.19 0.25 0.05 0.30 0.34 0.41 0.34
C4' 0.01 0.23 0.03 0.01 0.14 0.00 0.32 0.01 0.36 0.07 0.16 0.15 0.48 0.21 0.03 0.01 0.03 0.18 0.22 0.07
C5 0.02 0.04 0.13 0.32 0.00 0.32 0.00 0.60 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.24 0.27 0.26 0.79 0.89 0.98 0.92
C5' 0.09 0.35 0.14 0.02 0.23 0.01 0.60 0.00 0.64 0.13 0.24 0.25 0.82 0.09 0.16 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02
C6 0.02 0.02 0.15 0.28 0.02 0.36 0.00 0.64 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.27 0.21 0.33 0.84 0.89 0.92 0.90
N1 0.02 0.02 0.05 0.19 0.03 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.11 0.09 0.03 0.19 0.24 0.28 0.20
N3 0.07 0.02 0.19 0.29 0.01 0.16 0.01 0.24 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.33 0.20 0.15 0.29 0.35 0.45 0.38
N4 0.04 0.04 0.09 0.34 0.00 0.15 0.01 0.25 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.20 0.30 0.05 0.33 0.40 0.52 0.40
O2 0.12 0.01 0.39 0.27 0.05 0.48 0.04 0.82 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.63 0.19 0.50 1.04 1.11 1.25 1.23
O2' 0.02 0.37 0.01 0.01 0.19 0.21 0.24 0.09 0.27 0.11 0.33 0.20 0.63 0.00 0.04 0.13 0.17 0.38 0.82 0.42
O3' 0.11 0.13 0.03 0.01 0.25 0.03 0.27 0.16 0.21 0.09 0.20 0.30 0.19 0.04 0.00 0.07 0.23 0.44 0.38 0.26
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.05 0.01 0.26 0.01 0.33 0.03 0.15 0.05 0.50 0.13 0.07 0.00 0.15 0.12 0.21 0.14
O5' 0.20 0.43 0.31 0.12 0.30 0.03 0.79 0.01 0.84 0.19 0.29 0.33 1.04 0.17 0.23 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.28 0.46 0.52 0.39 0.34 0.18 0.89 0.11 0.89 0.24 0.35 0.40 1.11 0.38 0.44 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.55 0.79 0.44 0.41 0.22 0.98 0.13 0.92 0.28 0.45 0.52 1.25 0.82 0.38 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.52 0.52 0.25 0.34 0.07 0.92 0.02 0.90 0.20 0.38 0.40 1.23 0.42 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 2.60 0.40 0.51 1.77 0.35 2.00 0.40 2.48 1.25 2.76 2.09 2.59 1.71 1.15 0.54 0.74 0.44 0.29 0.56 0.37 0.24
C2 0.71 2.65 0.50 0.29 1.90 0.33 2.22 0.44 2.82 1.18 2.99 2.10 3.00 1.75 1.22 0.82 0.30 0.51 0.34 0.55 0.32 0.20
C2' 0.58 2.46 0.37 0.64 1.70 0.47 2.06 0.52 2.54 1.42 2.71 1.91 2.80 1.94 1.14 0.42 1.00 0.47 0.40 0.51 0.53 0.34
C3' 0.50 2.02 0.64 1.16 1.35 0.86 1.62 0.71 2.05 0.99 2.19 1.61 2.30 1.51 0.81 0.56 1.63 0.46 0.43 0.98 0.36 0.33
C4 0.62 2.00 0.51 0.30 1.59 0.32 1.92 0.42 2.28 1.06 2.28 1.63 2.45 1.62 1.06 0.80 0.22 0.49 0.35 0.51 0.28 0.15
C4' 0.75 1.89 0.95 1.40 1.21 1.14 1.29 0.98 1.66 0.67 1.89 1.61 1.82 1.12 0.72 0.82 1.81 0.76 0.67 0.99 0.28 0.47
C5 0.56 1.73 0.43 0.39 1.41 0.35 1.61 0.41 1.86 0.91 1.89 1.46 1.90 1.32 0.96 0.64 0.44 0.45 0.32 0.52 0.33 0.20
C5' 1.41 1.63 1.62 2.11 1.20 1.89 0.95 1.68 1.15 0.57 1.41 1.61 1.18 0.68 1.02 1.51 2.59 1.49 1.26 1.41 0.57 0.97
C6 0.57 1.98 0.40 0.53 1.53 0.38 1.68 0.41 1.98 0.96 2.10 1.68 2.00 1.35 1.00 0.59 0.67 0.42 0.30 0.53 0.37 0.23
N1 0.65 2.47 0.42 0.43 1.78 0.35 2.00 0.43 2.47 1.12 2.68 2.01 2.54 1.60 1.14 0.65 0.56 0.46 0.31 0.56 0.35 0.22
N3 0.69 2.41 0.55 0.30 1.81 0.33 2.18 0.44 2.72 1.15 2.77 1.93 2.96 1.77 1.18 0.89 0.19 0.52 0.36 0.53 0.28 0.15
N4 0.58 1.75 0.56 0.35 1.42 0.33 1.77 0.39 2.10 1.05 2.05 1.42 2.33 1.59 0.97 0.84 0.26 0.49 0.36 0.43 0.28 0.14
O2 0.75 2.89 0.52 0.27 2.00 0.32 2.34 0.45 3.04 1.24 3.29 2.25 3.28 1.83 1.27 0.86 0.27 0.52 0.34 0.56 0.32 0.20
O2' 0.83 2.77 0.46 0.39 2.01 0.43 2.45 0.61 2.94 1.84 3.08 2.17 3.27 2.41 1.48 0.49 0.70 0.75 0.58 0.39 0.69 0.56
O3' 0.45 1.96 0.65 1.19 1.31 0.86 1.67 0.68 2.11 1.09 2.19 1.53 2.46 1.65 0.80 0.61 1.74 0.41 0.41 1.02 0.42 0.34
O4' 0.70 2.25 0.73 1.06 1.47 0.85 1.50 0.74 1.89 0.75 2.21 1.91 1.93 1.17 0.88 0.61 1.32 0.62 0.51 0.82 0.30 0.40
O5' 1.74 1.68 1.85 2.43 1.39 2.26 1.04 2.06 1.14 0.81 1.43 1.74 1.01 0.68 1.31 1.68 2.89 1.88 1.60 1.71 0.79 1.28
OP1 2.32 1.94 2.30 2.94 1.74 2.95 1.19 2.70 1.11 1.14 1.49 2.15 0.73 0.81 1.75 2.20 3.64 2.56 2.05 2.19 1.04 1.71
OP2 2.03 1.78 1.92 2.67 1.65 2.81 1.36 2.76 1.35 1.26 1.55 1.90 1.20 1.12 1.65 1.58 3.13 2.40 2.14 2.45 1.21 1.90
P 2.17 1.81 2.16 2.87 1.66 2.86 1.22 2.65 1.17 1.15 1.46 1.99 0.90 0.89 1.67 1.92 3.47 2.45 2.05 2.18 1.09 1.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.18 0.02 0.03 0.07 0.02 0.06 0.07 0.10 0.04 0.16 0.16 0.11 0.04 0.01 0.02 0.29 0.02 0.23 0.51 0.23 0.30
C2 0.18 0.00 0.41 0.42 0.07 0.16 0.02 0.21 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.10 0.22 0.30 0.30 0.48 0.89 0.86 0.60
C2' 0.02 0.41 0.00 0.01 0.22 0.03 0.14 0.18 0.22 0.23 0.34 0.40 0.20 0.15 0.07 0.01 0.05 0.04 0.39 0.51 0.36 0.44
C3' 0.03 0.42 0.01 0.00 0.32 0.01 0.36 0.02 0.43 0.20 0.45 0.35 0.45 0.29 0.20 0.02 0.02 0.01 0.07 0.31 0.11 0.15
C4 0.07 0.07 0.22 0.32 0.00 0.09 0.00 0.19 0.03 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.03 0.11 0.25 0.13 0.47 0.86 0.77 0.59
C4' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.16 0.20 0.16 0.15 0.20 0.22 0.10 0.22 0.02 0.01 0.02 0.18 0.08 0.06
C5 0.06 0.02 0.14 0.36 0.00 0.16 0.00 0.29 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.23 0.28 0.06 0.59 1.04 1.02 0.76
C5' 0.07 0.21 0.18 0.02 0.19 0.01 0.29 0.00 0.30 0.32 0.25 0.18 0.36 0.37 0.18 0.10 0.16 0.01 0.01 0.13 0.20 0.07
C6 0.10 0.03 0.22 0.43 0.03 0.16 0.03 0.30 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.20 0.33 0.13 0.63 1.12 1.14 0.81
C8 0.04 0.07 0.23 0.20 0.01 0.20 0.03 0.32 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.01 0.01 0.40 0.19 0.17 0.54 0.91 0.79 0.68
N1 0.16 0.01 0.34 0.45 0.08 0.16 0.05 0.25 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.06 0.11 0.17 0.33 0.24 0.57 1.04 1.05 0.73
N3 0.16 0.01 0.40 0.35 0.01 0.15 0.03 0.18 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.22 0.26 0.29 0.41 0.78 0.70 0.51
N6 0.11 0.03 0.20 0.45 0.05 0.20 0.05 0.36 0.01 0.09 0.03 0.03 0.00 0.10 0.09 0.27 0.35 0.11 0.68 1.23 1.28 0.90
N7 0.04 0.03 0.15 0.29 0.02 0.22 0.01 0.37 0.05 0.01 0.06 0.02 0.10 0.00 0.02 0.38 0.25 0.11 0.63 1.08 1.07 0.82
N9 0.01 0.10 0.07 0.20 0.03 0.10 0.03 0.18 0.07 0.01 0.11 0.07 0.09 0.02 0.00 0.18 0.20 0.03 0.41 0.76 0.59 0.52
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.11 0.22 0.23 0.10 0.20 0.40 0.17 0.22 0.27 0.38 0.18 0.00 0.08 0.16 0.32 0.48 0.46 0.41
O3' 0.29 0.30 0.05 0.02 0.25 0.02 0.28 0.16 0.33 0.19 0.33 0.26 0.35 0.25 0.20 0.08 0.00 0.20 0.10 0.30 0.12 0.14
O4' 0.02 0.30 0.04 0.01 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.17 0.24 0.29 0.11 0.11 0.03 0.16 0.20 0.00 0.16 0.43 0.31 0.22
O5' 0.23 0.48 0.39 0.07 0.47 0.02 0.59 0.01 0.63 0.54 0.57 0.41 0.68 0.63 0.41 0.32 0.10 0.16 0.00 0.02 0.07 0.01
OP1 0.51 0.89 0.51 0.31 0.86 0.18 1.04 0.13 1.12 0.91 1.04 0.78 1.23 1.08 0.76 0.48 0.30 0.43 0.02 0.00 0.07 0.02
OP2 0.23 0.86 0.36 0.11 0.77 0.08 1.02 0.20 1.14 0.79 1.05 0.70 1.28 1.07 0.59 0.46 0.12 0.31 0.07 0.07 0.00 0.02
P 0.30 0.60 0.44 0.15 0.59 0.06 0.76 0.07 0.81 0.68 0.73 0.51 0.90 0.82 0.52 0.41 0.14 0.22 0.01 0.02 0.02 0.00