ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49258

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O3' A 0, 0.014, 0.038, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C3' A 0, -0.018, 0.055, 0.129, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.055 std_dev=0.073
C2' A 0, -0.015, 0.070, 0.156, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.070 std_dev=0.085
O4' A 0, -0.010, 0.081, 0.171, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.081 std_dev=0.090
C4' A 0, -0.014, 0.106, 0.227, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.106 std_dev=0.120
O2' A 0, -0.032, 0.139, 0.309, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.139 std_dev=0.170
C5' A 0, 0.004, 0.179, 0.353, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.179 std_dev=0.174
O3' B 0, 0.032, 0.261, 0.490, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.261 std_dev=0.229
C5' B 0, 0.034, 0.268, 0.502, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.268 std_dev=0.234
O5' A 0, -0.021, 0.214, 0.450, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.214 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.043, 0.285, 0.527, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.285 std_dev=0.242
C3' B 0, 0.032, 0.278, 0.524, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.278 std_dev=0.246
O5' B 0, 0.050, 0.301, 0.551, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.301 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.042, 0.318, 0.594, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.318 std_dev=0.276
P B 0, 0.034, 0.311, 0.589, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.311 std_dev=0.277
OP1 B 0, 0.069, 0.359, 0.649, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.359 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.021, 0.314, 0.606, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.314 std_dev=0.293
N7 B 0, 0.078, 0.371, 0.664, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.371 std_dev=0.293
C8 B 0, 0.057, 0.351, 0.646, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.351 std_dev=0.295
N9 B 0, 0.054, 0.352, 0.649, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.352 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.039, 0.338, 0.638, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.338 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.087, 0.390, 0.692, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.390 std_dev=0.303
N6 B 0, 0.121, 0.425, 0.730, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.425 std_dev=0.305
O2' B 0, 0.024, 0.336, 0.647, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.336 std_dev=0.311
OP2 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.066, 0.384, 0.703, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.384 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.101, 0.420, 0.738, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.420 std_dev=0.318
P A 0, 0.007, 0.337, 0.667, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.337 std_dev=0.330
N1 B 0, 0.080, 0.449, 0.817, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.449 std_dev=0.368
N3 B 0, 0.045, 0.413, 0.782, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.413 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.050, 0.445, 0.841, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.445 std_dev=0.396
OP2 A 0, 0.067, 0.468, 0.869, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.468 std_dev=0.401
OP1 A 0, -0.102, 0.426, 0.954, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.426 std_dev=0.528

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.11 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.13 0.18 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.13 0.26 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.14 0.25 0.12
C5' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.14 0.20 0.12
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.13 0.16 0.10
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.13 0.23 0.10
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.28 0.11
O2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.04 0.07 0.13 0.16 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05
O3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.12 0.08 0.07
O5' 0.07 0.08 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.13 0.07 0.03 0.13 0.06 0.14 0.05 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.06 0.03 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.18 0.03 0.06 0.26 0.02 0.25 0.05 0.20 0.16 0.23 0.28 0.16 0.01 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.04 0.02 0.11 0.02 0.12 0.01 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09 0.05 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.11 0.09 0.13 0.10 0.13 0.07 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.09 0.12 0.08 0.18 0.12 0.12
C2 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.06 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.06 0.18 0.09 0.10
C2' 0.13 0.15 0.10 0.08 0.13 0.10 0.13 0.08 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12 0.11 0.13 0.11 0.08 0.13 0.10 0.21 0.15 0.14
C3' 0.14 0.15 0.12 0.10 0.15 0.12 0.15 0.10 0.15 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14 0.12 0.10 0.14 0.12 0.21 0.17 0.16
C4 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.08 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.13 0.11 0.05 0.18 0.08 0.10
C4' 0.15 0.16 0.13 0.12 0.16 0.13 0.17 0.11 0.17 0.17 0.16 0.16 0.17 0.17 0.16 0.14 0.11 0.16 0.12 0.19 0.16 0.15
C5 0.13 0.14 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.09 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.07 0.19 0.10 0.11
C5' 0.16 0.17 0.14 0.13 0.17 0.14 0.17 0.12 0.17 0.18 0.17 0.17 0.18 0.18 0.17 0.15 0.12 0.16 0.13 0.17 0.17 0.15
C6 0.13 0.14 0.12 0.10 0.14 0.11 0.13 0.08 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.10 0.13 0.08 0.18 0.11 0.12
N1 0.12 0.13 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.07 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.07 0.18 0.11 0.11
N3 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.12 0.12 0.09 0.05 0.18 0.08 0.10
N4 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.13 0.16 0.10 0.06 0.17 0.08 0.10
O2 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.06 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.06 0.18 0.09 0.10
O2' 0.09 0.12 0.06 0.04 0.10 0.06 0.09 0.04 0.09 0.07 0.11 0.12 0.08 0.07 0.09 0.08 0.04 0.10 0.07 0.20 0.13 0.13
O3' 0.11 0.12 0.09 0.07 0.12 0.09 0.12 0.07 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.07 0.11 0.08 0.18 0.14 0.12
O4' 0.15 0.14 0.13 0.11 0.15 0.12 0.16 0.10 0.15 0.16 0.15 0.14 0.16 0.16 0.15 0.14 0.11 0.15 0.10 0.17 0.13 0.12
O5' 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09
OP1 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.03 0.09 0.04
OP2 0.35 0.38 0.36 0.36 0.36 0.36 0.35 0.36 0.35 0.33 0.36 0.38 0.33 0.33 0.36 0.35 0.37 0.35 0.36 0.41 0.45 0.40
P 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.16 0.19 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.02 0.04 0.07 0.11 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.10 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.08 0.11 0.07
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.10 0.13 0.09
C5' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.10 0.14 0.09
C8 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.10 0.14 0.09
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.09 0.12 0.08
N3 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.04 0.06 0.10 0.06
N6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.12 0.14 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.12 0.15 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.11 0.07
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.08 0.11 0.03 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.05
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.03 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.10 0.10 0.09 0.06 0.12 0.12 0.07 0.03 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.11 0.07 0.04 0.11 0.05 0.13 0.02 0.14 0.14 0.12 0.10 0.14 0.15 0.11 0.07 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.06 0.10 0.10 0.07 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00