ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49259

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.024, 0.066, 0.109, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.066 std_dev=0.043
O2 A 0, 0.031, 0.077, 0.124, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.077 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.034, 0.124, 0.213, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.124 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.049, 0.168, 0.287, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.098, 0.257, 0.417, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.257 std_dev=0.159
O5' A 0, 0.102, 0.262, 0.422, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.262 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.116, 0.282, 0.449, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.282 std_dev=0.167
P A 0, 0.103, 0.271, 0.440, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.271 std_dev=0.169
C5' A 0, 0.104, 0.299, 0.494, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.299 std_dev=0.195
O3' A 0, 0.188, 0.468, 0.748, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.468 std_dev=0.280
P B 0, 0.195, 0.497, 0.799, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.497 std_dev=0.302
OP1 B 0, 0.187, 0.521, 0.855, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.521 std_dev=0.334
O5' B 0, -0.065, 0.412, 0.888, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.412 std_dev=0.476
OP2 A 0, 0.047, 0.783, 1.518, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.783 std_dev=0.735
OP1 A 0, 0.009, 0.791, 1.573, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.791 std_dev=0.782
OP2 B 0, 0.601, 1.445, 2.289, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.445 std_dev=0.844
O3' B 0, -0.169, 0.843, 1.855, 2.569 max_d=2.569 avg_d=0.843 std_dev=1.012
C3' B 0, -0.173, 0.992, 2.158, 2.976 max_d=2.976 avg_d=0.992 std_dev=1.165
C5' B 0, -0.210, 1.071, 2.352, 3.259 max_d=3.259 avg_d=1.071 std_dev=1.281
C4' B 0, -0.192, 1.400, 2.992, 4.103 max_d=4.103 avg_d=1.400 std_dev=1.592
C8 B 0, 0.129, 1.917, 3.704, 4.840 max_d=4.840 avg_d=1.917 std_dev=1.787
O4' B 0, -0.190, 1.847, 3.883, 5.291 max_d=5.291 avg_d=1.847 std_dev=2.037
C2' B 0, -0.444, 1.615, 3.673, 5.144 max_d=5.144 avg_d=1.615 std_dev=2.058
N7 B 0, 0.001, 2.396, 4.792, 6.383 max_d=6.383 avg_d=2.396 std_dev=2.395
N9 B 0, -0.367, 2.079, 4.525, 6.249 max_d=6.249 avg_d=2.079 std_dev=2.446
C1' B 0, -0.463, 1.985, 4.432, 6.174 max_d=6.174 avg_d=1.985 std_dev=2.447
O2' B 0, -0.593, 1.991, 4.575, 6.426 max_d=6.426 avg_d=1.991 std_dev=2.584
C5 B 0, -0.514, 2.836, 6.185, 8.551 max_d=8.551 avg_d=2.836 std_dev=3.350
C4 B 0, -0.776, 2.613, 6.002, 8.439 max_d=8.439 avg_d=2.613 std_dev=3.389
N3 B 0, -1.293, 2.996, 7.285, 10.403 max_d=10.403 avg_d=2.996 std_dev=4.289
C6 B 0, -0.809, 3.541, 7.890, 10.988 max_d=10.988 avg_d=3.541 std_dev=4.350
N6 B 0, -0.658, 3.960, 8.577, 11.826 max_d=11.826 avg_d=3.960 std_dev=4.618
C2 B 0, -1.424, 3.631, 8.687, 12.353 max_d=12.353 avg_d=3.631 std_dev=5.055
N1 B 0, -1.237, 3.923, 9.082, 12.799 max_d=12.799 avg_d=3.923 std_dev=5.159

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.02 0.17 0.36 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.17 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.31 0.11
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.04 0.27 0.65 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.28 0.03
C5 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.05 0.29 0.66 0.10
C5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.33 0.02
C6 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04 0.23 0.46 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.16 0.30 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.03 0.22 0.52 0.06
N4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.08 0.02 0.05 0.29 0.77 0.11
O2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.09 0.06 0.04 0.04 0.12 0.27 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.09 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.29 0.07
O3' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.06 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.24 0.59 0.17
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.05 0.08
O5' 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.17 0.08 0.14 0.27 0.07 0.29 0.08 0.23 0.16 0.22 0.29 0.12 0.08 0.24 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.36 0.17 0.31 0.65 0.28 0.66 0.33 0.46 0.30 0.52 0.77 0.27 0.29 0.59 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.07 0.11 0.09 0.03 0.10 0.02 0.08 0.06 0.06 0.11 0.06 0.07 0.17 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.63 3.59 1.47 0.76 2.78 0.53 2.81 0.05 3.30 1.68 3.67 3.16 3.21 2.12 2.05 1.29 0.18 1.10 0.08 0.18 0.27 0.11
C2 1.44 3.39 1.20 0.54 2.74 0.27 3.07 0.32 3.59 1.94 3.70 2.90 3.77 2.57 2.04 0.94 0.12 0.90 0.07 0.08 0.30 0.05
C2' 1.27 3.33 1.14 0.53 2.45 0.25 2.57 0.22 3.12 1.45 3.48 2.83 3.16 1.94 1.73 0.91 0.09 0.77 0.02 0.20 0.24 0.10
C3' 0.88 2.59 0.82 0.36 1.85 0.10 1.90 0.25 2.33 0.99 2.65 2.20 2.33 1.37 1.25 0.60 0.16 0.49 0.05 0.22 0.23 0.10
C4 0.93 2.29 0.73 0.26 1.94 0.12 2.28 0.54 2.58 1.58 2.56 1.96 2.77 2.10 1.49 0.46 0.28 0.53 0.17 0.05 0.28 0.06
C4' 1.20 2.67 1.18 0.65 1.94 0.47 1.81 0.08 2.16 0.97 2.57 2.40 2.01 1.22 1.39 1.10 0.23 0.83 0.11 0.24 0.21 0.13
C5 0.87 1.96 0.70 0.29 1.69 0.11 1.87 0.41 2.08 1.31 2.11 1.73 2.13 1.66 1.32 0.45 0.24 0.54 0.10 0.16 0.24 0.07
C5' 0.83 1.78 0.87 0.54 1.25 0.43 1.04 0.17 1.27 0.45 1.61 1.65 1.10 0.58 0.86 0.87 0.30 0.62 0.13 0.27 0.19 0.13
C6 1.18 2.42 1.03 0.53 2.05 0.30 2.14 0.19 2.37 1.41 2.51 2.19 2.33 1.75 1.59 0.78 0.11 0.79 0.02 0.19 0.24 0.09
N1 1.45 3.18 1.26 0.62 2.59 0.37 2.76 0.18 3.16 1.74 3.34 2.80 3.15 2.22 1.95 1.02 0.09 0.95 0.02 0.15 0.27 0.09
N3 1.20 2.94 0.96 0.38 2.42 0.13 2.83 0.48 3.28 1.86 3.28 2.50 3.54 2.51 1.83 0.69 0.22 0.71 0.14 0.04 0.30 0.06
N4 0.66 1.87 0.49 0.12 1.58 0.26 1.95 0.68 2.24 1.38 2.16 1.56 2.49 1.88 1.20 0.24 0.36 0.32 0.24 0.05 0.27 0.10
O2 1.59 3.87 1.33 0.61 3.01 0.33 3.37 0.29 4.06 2.06 4.25 3.26 4.32 2.75 2.21 1.10 0.09 1.00 0.06 0.07 0.31 0.05
O2' 1.47 3.77 1.31 0.63 2.70 0.39 2.78 0.13 3.43 1.57 3.91 3.18 3.45 2.06 1.90 1.15 0.10 0.94 0.05 0.20 0.25 0.11
O3' 0.65 2.40 0.60 0.21 1.62 0.09 1.70 0.34 2.16 0.81 2.49 1.98 2.21 1.20 1.02 0.35 0.26 0.30 0.09 0.23 0.23 0.11
O4' 1.65 3.22 1.58 0.89 2.50 0.72 2.32 0.21 2.66 1.39 3.09 2.96 2.45 1.64 1.88 1.49 0.38 1.18 0.16 0.23 0.24 0.15
O5' 0.44 1.23 0.45 0.28 0.84 0.16 0.74 0.02 0.92 0.25 1.15 1.12 0.83 0.39 0.53 0.34 0.02 0.31 0.09 0.29 0.17 0.12
OP1 0.68 0.51 0.66 0.41 0.79 0.22 0.99 0.11 0.91 1.17 0.69 0.50 1.02 1.20 0.91 0.40 0.02 0.46 0.32 0.22 0.68 0.36
OP2 0.06 0.23 0.25 0.22 0.19 0.38 0.25 0.81 0.29 0.19 0.28 0.19 0.33 0.25 0.13 0.63 0.02 0.29 1.06 1.34 0.88 1.15
P 0.11 0.29 0.18 0.01 0.09 0.08 0.10 0.22 0.12 0.28 0.22 0.24 0.13 0.23 0.13 0.24 0.01 0.02 0.26 0.43 0.12 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.34 0.09
C2 0.07 0.00 0.32 0.30 0.01 0.13 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.34 0.40 0.06 0.23 0.44 0.14 0.22
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.16 0.00 0.08 0.01 0.15 0.13 0.25 0.32 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.21 0.08
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.14 0.00 0.08 0.01 0.14 0.19 0.23 0.29 0.11 0.13 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.14 0.07
C4 0.04 0.01 0.16 0.14 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.17 0.03 0.22 0.38 0.15 0.19
C4' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.35 0.04
C5 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.09 0.03 0.30 0.53 0.19 0.26
C5' 0.03 0.13 0.01 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.19 0.19 0.16 0.11 0.24 0.22 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.31 0.33 0.01
C6 0.04 0.01 0.15 0.14 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.17 0.03 0.32 0.61 0.24 0.30
C8 0.02 0.02 0.13 0.19 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.21 0.06 0.30 0.39 0.14 0.18
N1 0.06 0.01 0.25 0.23 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.31 0.04 0.28 0.55 0.19 0.27
N3 0.08 0.00 0.32 0.29 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.33 0.37 0.06 0.18 0.35 0.17 0.17
N6 0.04 0.02 0.10 0.11 0.02 0.11 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.14 0.12 0.05 0.37 0.71 0.34 0.36
N7 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.15 0.04 0.35 0.57 0.23 0.27
N9 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.20 0.28 0.21 0.14
O2' 0.01 0.34 0.00 0.02 0.16 0.02 0.10 0.02 0.17 0.09 0.28 0.33 0.14 0.06 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.07 0.28 0.06
O3' 0.01 0.40 0.01 0.01 0.17 0.01 0.09 0.02 0.17 0.21 0.31 0.37 0.12 0.15 0.04 0.04 0.00 0.01 0.07 0.10 0.08 0.06
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.10 0.49 0.11
O5' 0.09 0.23 0.05 0.04 0.22 0.02 0.30 0.01 0.32 0.30 0.28 0.18 0.37 0.35 0.20 0.04 0.07 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.09 0.44 0.11 0.07 0.38 0.16 0.53 0.31 0.61 0.39 0.55 0.35 0.71 0.57 0.28 0.07 0.10 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.14 0.21 0.14 0.15 0.35 0.19 0.33 0.24 0.14 0.19 0.17 0.34 0.23 0.21 0.28 0.08 0.49 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.22 0.08 0.07 0.19 0.04 0.26 0.01 0.30 0.18 0.27 0.17 0.36 0.27 0.14 0.06 0.06 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00