ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49260

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.002, 0.015, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C1' A 0, -0.005, 0.019, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.024
N1 A 0, -0.006, 0.021, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.028
C6 A 0, -0.007, 0.024, 0.055, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.031
O2 A 0, -0.004, 0.028, 0.059, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.032
N4 A 0, -0.012, 0.040, 0.091, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.040 std_dev=0.052
OP2 B 0, -0.080, 0.230, 0.540, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.230 std_dev=0.310
O5' B 0, -0.083, 0.229, 0.542, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.229 std_dev=0.312
P B 0, -0.101, 0.277, 0.654, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.277 std_dev=0.378
OP1 B 0, -0.146, 0.382, 0.909, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.382 std_dev=0.527
C2' A 0, -0.216, 0.534, 1.284, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.534 std_dev=0.750
O4' A 0, -0.219, 0.541, 1.301, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.541 std_dev=0.760
C3' A 0, -0.284, 0.697, 1.677, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.697 std_dev=0.980
C4' A 0, -0.306, 0.751, 1.807, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.751 std_dev=1.057
C5' B 0, -0.319, 0.810, 1.939, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.810 std_dev=1.129
O3' A 0, -0.329, 0.821, 1.971, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.821 std_dev=1.150
O2' A 0, -0.341, 0.846, 2.033, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.846 std_dev=1.187
C3' B 0, -0.395, 0.979, 2.353, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.979 std_dev=1.374
OP2 A 0, -0.430, 1.069, 2.568, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.069 std_dev=1.499
C5' A 0, -0.456, 1.108, 2.671, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.108 std_dev=1.563
O3' B 0, -0.461, 1.136, 2.734, 3.396 max_d=3.396 avg_d=1.136 std_dev=1.598
O5' A 0, -0.470, 1.151, 2.771, 3.442 max_d=3.442 avg_d=1.151 std_dev=1.620
C4' B 0, -0.469, 1.176, 2.820, 3.502 max_d=3.502 avg_d=1.176 std_dev=1.645
P A 0, -0.500, 1.235, 2.970, 3.688 max_d=3.688 avg_d=1.235 std_dev=1.735
O4' B 0, -0.560, 1.411, 3.381, 4.197 max_d=4.197 avg_d=1.411 std_dev=1.970
C2' B 0, -0.603, 1.501, 3.606, 4.478 max_d=4.478 avg_d=1.501 std_dev=2.105
C8 B 0, -0.630, 1.575, 3.780, 4.693 max_d=4.693 avg_d=1.575 std_dev=2.205
OP1 A 0, -0.667, 1.650, 3.967, 4.927 max_d=4.927 avg_d=1.650 std_dev=2.317
C1' B 0, -0.694, 1.725, 4.143, 5.145 max_d=5.145 avg_d=1.725 std_dev=2.418
N9 B 0, -0.727, 1.806, 4.339, 5.388 max_d=5.388 avg_d=1.806 std_dev=2.533
O2' B 0, -0.795, 1.981, 4.757, 5.906 max_d=5.906 avg_d=1.981 std_dev=2.776
N7 B 0, -0.830, 2.056, 4.941, 6.137 max_d=6.137 avg_d=2.056 std_dev=2.885
C4 B 0, -0.994, 2.441, 5.875, 7.298 max_d=7.298 avg_d=2.441 std_dev=3.434
C5 B 0, -1.059, 2.604, 6.266, 7.783 max_d=7.783 avg_d=2.604 std_dev=3.662
N3 B 0, -1.203, 2.932, 7.068, 8.780 max_d=8.780 avg_d=2.932 std_dev=4.135
C6 B 0, -1.372, 3.369, 8.109, 10.073 max_d=10.073 avg_d=3.369 std_dev=4.741
C2 B 0, -1.470, 3.578, 8.626, 10.717 max_d=10.717 avg_d=3.578 std_dev=5.048
N6 B 0, -1.505, 3.713, 8.931, 11.093 max_d=11.093 avg_d=3.713 std_dev=5.218
N1 B 0, -1.570, 3.835, 9.241, 11.479 max_d=11.479 avg_d=3.835 std_dev=5.405

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.28 0.00 0.23 0.25 0.10 0.11
C2 0.02 0.00 0.22 0.32 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.09 0.07 0.01 0.21 0.07
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.20 0.23 0.00 0.14 0.03 0.42 0.00 0.01 0.01 0.42 0.57 0.56 0.47
C3' 0.00 0.32 0.01 0.00 0.28 0.01 0.16 0.01 0.09 0.18 0.35 0.30 0.36 0.03 0.01 0.03 0.06 0.24 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.28 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.07 0.02 0.12 0.05 0.29 0.08
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.05 0.05 0.08 0.10 0.05 0.30 0.00 0.01 0.00 0.17 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.20 0.16 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.41 0.01 0.12 0.26 0.09 0.10 0.06
C5' 0.08 0.02 0.20 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.10 0.23 0.00 0.00 0.15 0.03 0.02
C6 0.03 0.02 0.23 0.09 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.35 0.07 0.15 0.35 0.21 0.06 0.16
N1 0.00 0.01 0.00 0.18 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.08 0.00 0.21 0.15 0.03 0.06
N3 0.02 0.00 0.14 0.35 0.00 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.07 0.05 0.04 0.08 0.32 0.12
N4 0.00 0.01 0.03 0.30 0.00 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.11 0.03 0.07 0.14 0.39 0.14
O2 0.04 0.01 0.42 0.36 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.24 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.35 0.30 0.41 0.10 0.35 0.18 0.23 0.39 0.09 0.00 0.02 0.20 0.28 0.46 0.68 0.40
O3' 0.28 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.23 0.07 0.08 0.07 0.11 0.01 0.02 0.00 0.20 0.34 0.14 0.19 0.26
O4' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.05 0.03 0.17 0.20 0.20 0.00 0.06 0.06 0.19 0.12
O5' 0.23 0.07 0.42 0.06 0.12 0.00 0.26 0.00 0.35 0.21 0.04 0.07 0.01 0.28 0.34 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.25 0.01 0.57 0.24 0.05 0.17 0.09 0.15 0.21 0.15 0.08 0.14 0.01 0.46 0.14 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.21 0.56 0.05 0.29 0.05 0.10 0.03 0.06 0.03 0.32 0.39 0.24 0.68 0.19 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.07 0.47 0.03 0.08 0.03 0.06 0.02 0.16 0.06 0.12 0.14 0.10 0.40 0.26 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 2.68 0.46 0.12 1.53 0.01 1.38 0.20 1.95 0.21 2.57 2.19 1.81 0.59 0.78 0.32 0.20 0.33 0.07 0.09 0.02 0.04
C2 0.94 3.40 0.78 0.27 2.21 0.10 2.23 0.29 2.95 0.83 3.51 2.76 2.90 1.37 1.33 0.64 0.12 0.60 0.03 0.07 0.07 0.07
C2' 0.74 2.63 0.67 0.46 1.63 0.33 1.49 0.23 2.00 0.44 2.53 2.20 1.88 0.79 0.96 0.48 0.15 0.60 0.59 0.49 0.34 0.48
C3' 0.27 2.18 0.28 0.03 1.16 0.17 1.02 0.28 1.53 0.01 2.07 1.75 1.43 0.34 0.49 0.12 0.24 0.06 0.10 0.10 0.05 0.02
C4 1.06 2.97 0.84 0.33 2.22 0.19 2.34 0.28 2.86 1.07 3.14 2.53 2.81 1.61 1.46 0.72 0.02 0.74 0.13 0.21 0.11 0.16
C4' 0.24 2.10 0.24 0.05 1.07 0.20 0.89 0.32 1.35 0.10 1.91 1.71 1.22 0.21 0.42 0.11 0.33 0.04 0.03 0.15 0.02 0.07
C5 0.91 2.44 0.73 0.33 1.83 0.23 1.75 0.17 2.11 0.69 2.42 2.16 1.96 1.06 1.18 0.62 0.02 0.67 0.05 0.05 0.03 0.05
C5' 0.19 1.65 0.24 0.02 0.87 0.15 0.68 0.21 1.04 0.12 1.47 1.39 0.91 0.14 0.34 0.10 0.25 0.02 0.08 0.12 0.17 0.04
C6 0.75 2.45 0.64 0.29 1.64 0.17 1.48 0.13 1.90 0.39 2.35 2.14 1.72 0.74 0.96 0.51 0.02 0.53 0.06 0.07 0.01 0.04
N1 0.78 2.94 0.66 0.25 1.86 0.11 1.76 0.20 2.33 0.51 2.89 2.45 2.20 0.94 1.07 0.52 0.11 0.51 0.05 0.04 0.01 0.02
N3 1.06 3.40 0.85 0.30 2.36 0.14 2.50 0.32 3.21 1.08 3.63 2.79 3.23 1.67 1.50 0.73 0.09 0.70 0.11 0.19 0.11 0.14
N4 1.12 2.80 0.84 0.32 2.22 0.21 2.47 0.31 2.94 1.31 3.05 2.39 3.01 1.90 1.54 0.76 0.01 0.79 0.23 0.37 0.18 0.29
O2 0.94 3.60 0.77 0.24 2.26 0.07 2.31 0.31 3.11 0.85 3.75 2.87 3.12 1.41 1.34 0.63 0.16 0.58 0.03 0.08 0.08 0.07
O2' 0.64 2.51 0.48 0.36 1.53 0.34 1.46 0.37 1.98 0.43 2.48 2.05 1.92 0.79 0.89 0.21 0.01 0.59 0.78 0.94 0.56 0.78
O3' 0.18 2.32 0.17 0.11 1.20 0.34 1.14 0.41 1.72 0.04 2.28 1.79 1.67 0.45 0.48 0.06 0.45 0.06 0.05 0.09 0.01 0.02
O4' 0.30 2.40 0.26 0.12 1.25 0.24 1.05 0.44 1.57 0.07 2.20 1.96 1.41 0.28 0.51 0.17 0.43 0.06 0.22 0.21 0.15 0.20
O5' 0.37 1.68 0.44 0.27 1.04 0.02 0.90 0.07 1.21 0.14 1.56 1.45 1.12 0.41 0.54 0.23 0.02 0.18 0.34 0.01 0.40 0.24
OP1 0.35 0.44 0.16 0.10 0.07 0.41 0.01 0.22 0.20 0.43 0.38 0.29 0.16 0.27 0.22 0.34 0.00 0.45 0.14 0.25 0.22 0.03
OP2 0.23 0.58 0.09 0.07 0.21 0.42 0.15 0.31 0.36 0.37 0.54 0.42 0.33 0.16 0.12 0.20 0.00 0.36 0.21 0.27 0.11 0.01
P 0.09 0.77 0.03 0.02 0.35 0.26 0.26 0.16 0.47 0.27 0.69 0.63 0.41 0.08 0.01 0.11 0.00 0.21 0.21 0.17 0.26 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.24 0.02 0.01 0.11 0.00 0.07 0.04 0.12 0.03 0.20 0.23 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.17 0.92 0.30
C2 0.24 0.00 0.20 0.37 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.06 0.45 0.24 0.18 0.93 1.16 0.63
C2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.01 0.27 0.10 0.25 0.05 0.21 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.67 0.23
C3' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.17 0.01 0.03 0.00 0.13 0.34 0.27 0.36 0.06 0.22 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.48 0.18
C4 0.11 0.06 0.09 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.17 0.09 0.02 0.66 1.07 0.48
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.08 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.17 0.59 0.17
C5 0.07 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.02 0.12 0.74 0.98 0.45
C5' 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.26 0.05 0.03 0.01 0.17 0.12 0.03 0.07 0.02 0.00 0.37 0.25 0.00
C6 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.05 0.13 0.14 0.06 0.00 0.96 1.03 0.55
C8 0.03 0.06 0.27 0.34 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.00 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.16 0.36 0.11 0.53 0.21 0.68 0.09
N1 0.20 0.00 0.10 0.27 0.07 0.02 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.04 0.09 0.12 0.32 0.17 0.13 1.02 1.12 0.63
N3 0.23 0.01 0.25 0.36 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.41 0.24 0.13 0.74 1.13 0.56
N6 0.09 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.16 0.06 0.02 0.05 1.01 0.91 0.52
N7 0.01 0.03 0.21 0.22 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.17 0.26 0.08 0.38 0.50 0.73 0.23
N9 0.01 0.10 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.12 0.05 0.00 0.09 0.07 0.04 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.24 0.33 0.92 0.29
O2' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.04 0.13 0.03 0.13 0.16 0.12 0.02 0.16 0.17 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.70 0.23
O3' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.17 0.03 0.02 0.07 0.14 0.36 0.32 0.41 0.06 0.26 0.06 0.02 0.00 0.00 0.14 0.11 0.34 0.14
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.09 0.00 0.02 0.02 0.06 0.11 0.17 0.24 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.95 0.33
O5' 0.13 0.18 0.07 0.03 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.53 0.13 0.13 0.05 0.38 0.24 0.02 0.14 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.93 0.11 0.00 0.66 0.17 0.74 0.37 0.96 0.21 1.02 0.74 1.01 0.50 0.33 0.03 0.11 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.92 1.16 0.67 0.48 1.07 0.59 0.98 0.25 1.03 0.68 1.12 1.13 0.91 0.73 0.92 0.70 0.34 0.95 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.30 0.63 0.23 0.18 0.48 0.17 0.45 0.00 0.55 0.09 0.63 0.56 0.52 0.23 0.29 0.23 0.14 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00