ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49262

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O2 A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C4' B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O4' A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C5' B 0, 0.000, 0.172, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.172 std_dev=0.172
O4' B 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O3' B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C4' A 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C3' B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O5' B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
OP2 B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
P B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C2' B 0, 0.000, 0.385, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.385 std_dev=0.385
OP1 B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
N9 B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C8 B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
O2' B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
C5' A 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
C4 B 0, 0.000, 0.437, 0.875, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.437 std_dev=0.437
N3 B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C5 B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
N7 B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C6 B 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
OP1 A 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
O5' A 0, 0.000, 0.553, 1.106, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C2 B 0, 0.000, 0.557, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.557 std_dev=0.557
N1 B 0, 0.000, 0.563, 1.126, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.563 std_dev=0.563
P A 0, 0.000, 0.605, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.605 std_dev=0.605
N6 B 0, 0.000, 0.643, 1.287, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.643 std_dev=0.643
OP2 A 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.11 0.06
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.13 0.03 0.02 0.07
C5' 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.14 0.05 0.03 0.10 0.13 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.13 0.01 0.00 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.07 0.02
N3 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.05 0.08 0.03
N4 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02
O2 0.05 0.01 0.03 0.06 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.15 0.18 0.15
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.14 0.04 0.06 0.09
O3' 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.09 0.05
O5' 0.03 0.04 0.11 0.08 0.06 0.01 0.13 0.00 0.13 0.03 0.00 0.06 0.14 0.14 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.15 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.11 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.18 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.15 0.09 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.06 0.07 0.04 0.10 0.03 0.01 0.11 0.11 0.06 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.09 0.06 0.09 0.08 0.11 0.07 0.16 0.06 0.16 0.16 0.11 0.07 0.21 0.18 0.12 0.07 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.10 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04 0.09 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.13 0.00 0.02 0.07 0.13 0.10 0.07 0.08 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02
C4' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.02 0.14 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.08 0.06 0.13 0.08 0.06 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03
C5' 0.09 0.15 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.03 0.10 0.05 0.15 0.12 0.04 0.04 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.10 0.09
C6 0.01 0.15 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.09 0.07 0.07 0.15 0.08 0.04 0.06 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05
N1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.05 0.11 0.03 0.02 0.12 0.13 0.06 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02
N3 0.12 0.09 0.11 0.09 0.14 0.08 0.16 0.06 0.16 0.17 0.12 0.10 0.18 0.18 0.14 0.10 0.09 0.08 0.03 0.04 0.04 0.03
N4 0.10 0.01 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.04 0.14 0.01 0.03 0.05 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.04 0.05 0.06 0.04
O2 0.11 0.16 0.11 0.09 0.17 0.05 0.21 0.03 0.25 0.19 0.22 0.13 0.31 0.23 0.15 0.09 0.08 0.06 0.04 0.03 0.02 0.03
O2' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
O3' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.07 0.06 0.09 0.03 0.02 0.15 0.11 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02
O5' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.06
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.06 0.07 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05
OP2 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.10 0.02 0.07 0.05 0.00 0.03 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05 0.03 0.05
P 0.00 0.09 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.09 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.15 0.16 0.12
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.08 0.05
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.06 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.13 0.08
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.03
C5 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.07
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.08
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.09 0.07 0.02
N1 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.12 0.14 0.09
N3 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.14 0.10
N6 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.08
N7 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.08 0.08 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.10 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.04
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.08 0.07
O5' 0.01 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.03 0.06 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.13 0.15 0.12 0.11 0.13 0.10 0.11 0.07 0.11 0.09 0.12 0.14 0.11 0.08 0.12 0.11 0.09 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.16 0.08 0.06 0.13 0.04 0.12 0.00 0.13 0.07 0.14 0.14 0.13 0.08 0.10 0.08 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.05 0.03 0.08 0.03 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.10 0.08 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00