ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49267

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 8, 5, 14, 13, 8, 5, 9, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.021, 0.043, 0.066, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.043 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.017, 0.045, 0.072, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.347, 0.495, 0.643, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.495 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.435, 0.625, 0.816, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.625 std_dev=0.190
O4' A 0, 0.326, 0.522, 0.718, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.522 std_dev=0.196
C3' A 0, 0.757, 0.978, 1.199, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.978 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.343, 0.589, 0.835, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.589 std_dev=0.246
OP2 B 0, 0.485, 0.737, 0.989, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.737 std_dev=0.252
P B 0, 0.372, 0.625, 0.879, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.625 std_dev=0.254
O2' A 0, 0.573, 0.848, 1.122, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.848 std_dev=0.274
C4' A 0, 0.588, 0.887, 1.185, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.887 std_dev=0.299
O3' A 0, 1.266, 1.642, 2.018, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.642 std_dev=0.376
O3' B 0, 0.719, 1.115, 1.511, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.115 std_dev=0.396
C3' B 0, 0.623, 1.044, 1.466, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.044 std_dev=0.422
P A 0, 0.775, 1.203, 1.632, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.203 std_dev=0.428
OP2 A 0, 0.698, 1.223, 1.749, 4.393 max_d=4.393 avg_d=1.223 std_dev=0.526
C5' A 0, 0.649, 1.179, 1.708, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.179 std_dev=0.530
C5' B 0, 0.143, 0.674, 1.205, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.674 std_dev=0.531
O2' B 0, 1.591, 2.124, 2.657, 3.718 max_d=3.718 avg_d=2.124 std_dev=0.533
OP1 A 0, 0.934, 1.471, 2.008, 3.570 max_d=3.570 avg_d=1.471 std_dev=0.537
C2' B 0, 0.721, 1.292, 1.863, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.292 std_dev=0.571
C4' B 0, 0.325, 0.924, 1.522, 3.235 max_d=3.235 avg_d=0.924 std_dev=0.598
O5' A 0, 0.707, 1.334, 1.961, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.334 std_dev=0.627
O4' B 0, 0.656, 1.386, 2.116, 4.274 max_d=4.274 avg_d=1.386 std_dev=0.730
C1' B 0, 0.570, 1.463, 2.357, 4.784 max_d=4.784 avg_d=1.463 std_dev=0.894
N1 B 0, 0.446, 1.624, 2.803, 6.018 max_d=6.018 avg_d=1.624 std_dev=1.179
C6 B 0, 0.536, 1.771, 3.005, 6.120 max_d=6.120 avg_d=1.771 std_dev=1.235
C2 B 0, 0.455, 1.898, 3.342, 7.482 max_d=7.482 avg_d=1.898 std_dev=1.443
O2 B 0, 0.562, 2.042, 3.521, 7.634 max_d=7.634 avg_d=2.042 std_dev=1.480
C5 B 0, 0.540, 2.080, 3.621, 7.744 max_d=7.744 avg_d=2.080 std_dev=1.541
N3 B 0, 0.480, 2.195, 3.910, 8.948 max_d=8.948 avg_d=2.195 std_dev=1.715
C4 B 0, 0.500, 2.279, 4.059, 9.289 max_d=9.289 avg_d=2.279 std_dev=1.780
O4 B 0, 0.506, 2.617, 4.728, 11.055 max_d=11.055 avg_d=2.617 std_dev=2.111

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.33 0.01 0.20 0.33 0.30 0.23
C2 0.02 0.00 0.17 0.23 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.09 0.10 0.24 0.19 0.09
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.21 0.16 0.02 0.13 0.05 0.30 0.00 0.04 0.02 0.41 0.49 0.60 0.48
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.34 0.01 0.34 0.02 0.28 0.21 0.30 0.37 0.18 0.02 0.01 0.02 0.14 0.13 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.34 0.00 0.13 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.10 0.02 0.12 0.19 0.29 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.16 0.08 0.08 0.14 0.06 0.29 0.02 0.00 0.01 0.18 0.14 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.17 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.16 0.08 0.13 0.17 0.30 0.12
C5' 0.08 0.05 0.21 0.02 0.10 0.00 0.13 0.00 0.10 0.04 0.06 0.12 0.08 0.08 0.24 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.28 0.01 0.16 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.11 0.11 0.11 0.21 0.28 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.12 0.01 0.12 0.25 0.23 0.14
N3 0.02 0.01 0.13 0.30 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.11 0.07 0.10 0.21 0.23 0.08
N4 0.02 0.01 0.05 0.37 0.00 0.14 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.38 0.13 0.03 0.15 0.19 0.35 0.15
O2 0.04 0.01 0.30 0.18 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.35 0.15 0.11 0.27 0.17 0.12
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.35 0.29 0.38 0.08 0.33 0.20 0.27 0.38 0.16 0.00 0.06 0.21 0.31 0.37 0.71 0.43
O3' 0.33 0.19 0.04 0.01 0.10 0.02 0.16 0.24 0.11 0.12 0.11 0.13 0.35 0.06 0.00 0.23 0.35 0.46 0.41 0.40
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.07 0.03 0.15 0.21 0.23 0.00 0.10 0.33 0.17 0.19
O5' 0.20 0.10 0.41 0.14 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.12 0.10 0.15 0.11 0.31 0.35 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.33 0.24 0.49 0.13 0.19 0.18 0.17 0.05 0.21 0.25 0.21 0.19 0.27 0.37 0.46 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.19 0.60 0.11 0.29 0.14 0.30 0.08 0.28 0.23 0.23 0.35 0.17 0.71 0.41 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.09 0.48 0.08 0.11 0.10 0.12 0.02 0.12 0.14 0.08 0.15 0.12 0.43 0.40 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.53 0.99 0.51 0.19 1.19 0.26 1.06 0.36 0.87 0.82 1.16 0.94 0.66 0.22 1.30 0.38 0.15 0.14 0.18 0.10
C2 0.61 1.12 0.48 0.22 1.43 0.26 1.29 0.32 1.04 0.94 1.34 1.05 0.57 0.22 1.56 0.50 0.20 0.16 0.18 0.13
C2' 0.38 0.80 0.36 0.31 1.02 0.48 0.88 0.58 0.68 0.62 0.98 0.77 0.49 0.36 1.16 0.40 0.32 0.36 0.31 0.26
C3' 0.44 0.71 0.50 0.25 0.91 0.12 0.84 0.14 0.70 0.62 0.85 0.66 0.63 0.15 1.01 0.26 0.26 0.30 0.29 0.26
C4 0.48 0.84 0.41 0.22 1.10 0.19 1.08 0.26 0.90 0.74 0.99 0.79 0.48 0.21 1.18 0.44 0.21 0.18 0.19 0.15
C4' 0.41 0.67 0.45 0.17 0.79 0.13 0.71 0.21 0.60 0.57 0.77 0.65 0.59 0.12 0.87 0.25 0.14 0.17 0.18 0.13
C5 0.37 0.63 0.41 0.21 0.80 0.16 0.80 0.30 0.70 0.57 0.73 0.60 0.51 0.20 0.85 0.31 0.18 0.18 0.20 0.13
C5' 0.34 0.44 0.37 0.19 0.48 0.12 0.44 0.16 0.39 0.38 0.48 0.45 0.51 0.11 0.52 0.19 0.13 0.18 0.18 0.12
C6 0.41 0.69 0.45 0.19 0.87 0.19 0.83 0.34 0.72 0.62 0.81 0.65 0.60 0.20 0.93 0.30 0.16 0.16 0.19 0.11
N1 0.53 0.95 0.48 0.20 1.17 0.24 1.07 0.34 0.89 0.81 1.11 0.89 0.61 0.21 1.27 0.41 0.18 0.15 0.18 0.11
N3 0.59 1.06 0.45 0.23 1.39 0.23 1.30 0.28 1.05 0.91 1.27 0.99 0.51 0.21 1.52 0.51 0.21 0.17 0.18 0.14
N4 0.45 0.77 0.38 0.23 1.03 0.17 1.04 0.20 0.86 0.69 0.92 0.75 0.42 0.21 1.12 0.43 0.21 0.19 0.18 0.18
O2 0.67 1.26 0.51 0.23 1.61 0.28 1.41 0.34 1.11 1.03 1.52 1.20 0.58 0.23 1.80 0.55 0.21 0.16 0.18 0.13
O2' 0.46 0.96 0.47 0.28 1.19 0.51 0.99 0.70 0.76 0.73 1.17 0.95 0.73 0.26 1.36 0.40 0.41 0.52 0.55 0.42
O3' 0.48 0.70 0.50 0.32 0.88 0.22 0.80 0.18 0.67 0.61 0.83 0.68 0.63 0.34 0.99 0.33 0.25 0.30 0.21 0.20
O4' 0.55 0.89 0.54 0.21 1.00 0.23 0.89 0.30 0.77 0.75 1.00 0.87 0.70 0.23 1.07 0.38 0.14 0.13 0.17 0.11
O5' 0.17 0.26 0.23 0.13 0.36 0.10 0.35 0.17 0.29 0.23 0.32 0.25 0.31 0.02 0.41 0.08 0.19 0.26 0.19 0.17
OP1 0.20 0.24 0.23 0.14 0.35 0.14 0.42 0.24 0.37 0.25 0.27 0.29 0.31 0.02 0.38 0.19 0.24 0.38 0.23 0.27
OP2 0.17 0.15 0.09 0.09 0.21 0.28 0.24 0.27 0.19 0.13 0.16 0.22 0.22 0.02 0.24 0.27 0.38 0.55 0.37 0.41
P 0.11 0.07 0.10 0.02 0.17 0.12 0.22 0.14 0.17 0.07 0.09 0.15 0.18 0.01 0.20 0.13 0.21 0.34 0.17 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.18 0.02 0.00 0.18 0.34 0.14 0.15
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.01 0.12 0.27 0.55 0.25 0.29
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.14 0.12 0.02 0.07 0.18 0.00 0.02 0.04 0.02 0.35 0.37 0.34 0.34
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.02 0.13 0.08 0.11 0.10 0.01 0.01 0.13 0.01 0.17 0.18 0.17 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.06 0.00 0.03 0.32 0.66 0.32 0.35
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.07 0.18 0.14 0.02 0.05 0.00 0.02 0.16 0.08 0.05
C5 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.08 0.01 0.09 0.41 0.71 0.46 0.47
C5' 0.06 0.19 0.14 0.02 0.14 0.01 0.19 0.00 0.19 0.10 0.18 0.32 0.05 0.12 0.15 0.01 0.01 0.15 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.08 0.01 0.12 0.41 0.63 0.43 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.01 0.01 0.25 0.48 0.21 0.24
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.01 0.09 0.28 0.62 0.27 0.31
O2 0.03 0.01 0.18 0.10 0.01 0.18 0.01 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.21 0.02 0.22 0.40 0.65 0.42 0.46
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.17 0.14 0.25 0.05 0.25 0.10 0.11 0.25 0.00 0.05 0.18 0.08 0.29 0.29 0.35 0.31
O3' 0.18 0.14 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.12 0.08 0.10 0.10 0.21 0.05 0.00 0.06 0.13 0.15 0.22 0.13 0.14
O4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.06 0.00 0.04 0.32 0.71 0.34 0.37
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.09 0.22 0.08 0.13 0.04 0.00 0.08 0.28 0.13 0.09
O5' 0.18 0.27 0.35 0.17 0.32 0.02 0.41 0.01 0.41 0.25 0.28 0.40 0.29 0.15 0.32 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.34 0.55 0.37 0.18 0.66 0.16 0.71 0.15 0.63 0.48 0.62 0.65 0.29 0.22 0.71 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.25 0.34 0.17 0.32 0.08 0.46 0.15 0.43 0.21 0.27 0.42 0.35 0.13 0.34 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.29 0.34 0.12 0.35 0.05 0.47 0.01 0.44 0.24 0.31 0.46 0.31 0.14 0.37 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00