ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49268

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 7, 9, 11, 8, 11, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.027, 0.032, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.032 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.021, 0.027, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.028, 0.036, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.035, 0.043, 0.051, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.043 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.038, 0.046, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.046 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.045, 0.055, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.055 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.036, 0.047, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.047 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.079, 0.102, 0.124, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.102 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.117, 0.143, 0.169, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.143 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.083, 0.164, 0.246, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.164 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.037, 0.131, 0.225, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.131 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.069, 0.194, 0.319, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.194 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.086, 0.227, 0.367, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.227 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.140, 0.292, 0.444, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.292 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.080, 0.281, 0.482, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.281 std_dev=0.201
P B 0, 0.373, 0.579, 0.785, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.579 std_dev=0.206
OP2 B 0, 0.460, 0.681, 0.902, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.681 std_dev=0.221
O5' B 0, 0.439, 0.691, 0.944, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.691 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.219, 0.531, 0.843, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.531 std_dev=0.312
P A 0, 0.402, 0.745, 1.089, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.745 std_dev=0.344
O5' A 0, 0.602, 0.971, 1.341, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.971 std_dev=0.370
C3' B 0, 0.496, 0.868, 1.241, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.868 std_dev=0.372
OP1 B 0, 0.319, 0.745, 1.172, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.745 std_dev=0.427
OP2 A 0, 0.590, 1.064, 1.539, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.064 std_dev=0.475
C5' B 0, 1.259, 1.786, 2.314, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.786 std_dev=0.528
O3' B 0, 0.370, 0.915, 1.460, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.915 std_dev=0.545
C4' B 0, 0.675, 1.221, 1.766, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.221 std_dev=0.546
C2' B 0, 0.640, 1.214, 1.789, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.214 std_dev=0.574
OP1 A 0, 0.236, 0.884, 1.531, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.884 std_dev=0.647
C1' B 0, 0.821, 1.523, 2.225, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.523 std_dev=0.702
O4' B 0, 0.817, 1.530, 2.244, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.530 std_dev=0.714
C6 B 0, 1.292, 2.010, 2.727, 4.120 max_d=4.120 avg_d=2.010 std_dev=0.717
N1 B 0, 1.097, 1.885, 2.673, 4.173 max_d=4.173 avg_d=1.885 std_dev=0.788
C5 B 0, 1.512, 2.334, 3.156, 4.786 max_d=4.786 avg_d=2.334 std_dev=0.822
C2 B 0, 1.283, 2.214, 3.145, 5.013 max_d=5.013 avg_d=2.214 std_dev=0.931
O2' B 0, 0.664, 1.612, 2.560, 4.860 max_d=4.860 avg_d=1.612 std_dev=0.948
C4 B 0, 1.565, 2.569, 3.574, 5.625 max_d=5.625 avg_d=2.569 std_dev=1.005
N3 B 0, 1.522, 2.538, 3.554, 5.706 max_d=5.706 avg_d=2.538 std_dev=1.016
O2 B 0, 1.261, 2.319, 3.378, 5.194 max_d=5.194 avg_d=2.319 std_dev=1.058
O4 B 0, 1.782, 2.903, 4.025, 6.333 max_d=6.333 avg_d=2.903 std_dev=1.121

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.16 0.25 0.25 0.17
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.03 0.28 0.28 0.40 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.11 0.01 0.02 0.01 0.19 0.24 0.28 0.13
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.08 0.08 0.13 0.02 0.01 0.01 0.25 0.34 0.28 0.19
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.35 0.33 0.49 0.27
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.06 0.09 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.19 0.19 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.04 0.35 0.35 0.44 0.26
C5' 0.04 0.13 0.02 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.16 0.20 0.11 0.04 0.07 0.02 0.01 0.25 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.32 0.32 0.36 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.26 0.28 0.34 0.20
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.32 0.30 0.47 0.25
N4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.37 0.35 0.54 0.29
O2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.04 0.24 0.27 0.38 0.21
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.06 0.11 0.00 0.05 0.04 0.09 0.25 0.21 0.09
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.08 0.03 0.10 0.07 0.09 0.04 0.08 0.09 0.14 0.05 0.00 0.02 0.24 0.48 0.30 0.24
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.16 0.29 0.25 0.23
O5' 0.16 0.28 0.19 0.25 0.35 0.02 0.35 0.01 0.32 0.26 0.32 0.37 0.24 0.09 0.24 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.28 0.24 0.34 0.33 0.19 0.35 0.25 0.32 0.28 0.30 0.35 0.27 0.25 0.48 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.40 0.28 0.28 0.49 0.19 0.44 0.26 0.36 0.34 0.47 0.54 0.38 0.21 0.30 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.22 0.13 0.19 0.27 0.08 0.26 0.02 0.23 0.20 0.25 0.29 0.21 0.09 0.24 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.48 0.47 0.22 0.50 0.23 0.45 0.42 0.39 0.38 0.52 0.56 0.91 0.52 0.55 0.22 0.23 0.21 0.25 0.12
C2 0.39 0.52 0.58 0.25 0.61 0.23 0.57 0.43 0.48 0.44 0.59 0.57 1.01 0.60 0.67 0.26 0.21 0.25 0.28 0.12
C2' 0.32 0.40 0.42 0.20 0.45 0.21 0.42 0.43 0.36 0.33 0.45 0.47 0.79 0.42 0.50 0.19 0.19 0.18 0.27 0.12
C3' 0.31 0.35 0.37 0.22 0.38 0.21 0.38 0.42 0.33 0.29 0.38 0.41 0.64 0.32 0.43 0.19 0.19 0.20 0.28 0.12
C4 0.39 0.49 0.62 0.26 0.60 0.23 0.61 0.40 0.53 0.44 0.55 0.51 0.95 0.60 0.66 0.31 0.20 0.30 0.30 0.13
C4' 0.27 0.36 0.28 0.14 0.37 0.18 0.35 0.38 0.30 0.27 0.39 0.46 0.61 0.31 0.41 0.13 0.23 0.25 0.28 0.15
C5 0.38 0.44 0.61 0.26 0.52 0.23 0.53 0.41 0.48 0.40 0.48 0.47 0.91 0.60 0.55 0.29 0.22 0.24 0.26 0.12
C5' 0.26 0.36 0.24 0.19 0.38 0.18 0.36 0.38 0.31 0.28 0.39 0.45 0.46 0.18 0.41 0.14 0.29 0.35 0.36 0.25
C6 0.38 0.43 0.56 0.25 0.48 0.23 0.47 0.42 0.42 0.38 0.47 0.48 0.94 0.61 0.52 0.25 0.24 0.22 0.26 0.13
N1 0.38 0.48 0.55 0.24 0.53 0.23 0.50 0.43 0.44 0.40 0.53 0.54 0.97 0.58 0.58 0.24 0.23 0.22 0.26 0.12
N3 0.40 0.52 0.62 0.26 0.64 0.23 0.62 0.42 0.52 0.45 0.60 0.56 1.00 0.61 0.71 0.29 0.20 0.30 0.30 0.13
N4 0.38 0.48 0.62 0.27 0.63 0.24 0.65 0.36 0.56 0.44 0.56 0.51 0.90 0.57 0.69 0.34 0.19 0.39 0.36 0.15
O2 0.40 0.55 0.57 0.24 0.64 0.23 0.58 0.44 0.49 0.45 0.62 0.60 1.01 0.59 0.71 0.25 0.21 0.25 0.28 0.12
O2' 0.31 0.43 0.38 0.17 0.47 0.20 0.42 0.42 0.36 0.33 0.48 0.52 0.76 0.40 0.53 0.16 0.20 0.18 0.25 0.11
O3' 0.29 0.33 0.32 0.24 0.37 0.23 0.37 0.42 0.32 0.28 0.36 0.40 0.53 0.28 0.41 0.21 0.20 0.22 0.29 0.14
O4' 0.36 0.45 0.41 0.23 0.43 0.25 0.39 0.40 0.35 0.35 0.47 0.55 0.84 0.48 0.48 0.22 0.26 0.24 0.27 0.15
O5' 0.26 0.30 0.23 0.29 0.27 0.21 0.24 0.38 0.23 0.24 0.30 0.38 0.38 0.02 0.28 0.20 0.30 0.28 0.46 0.29
OP1 0.59 0.68 0.74 0.32 0.73 0.45 0.72 0.42 0.68 0.66 0.72 0.66 0.94 0.05 0.75 0.53 0.40 0.42 0.48 0.38
OP2 0.17 0.26 0.21 0.21 0.21 0.30 0.20 0.47 0.19 0.18 0.25 0.35 0.49 0.04 0.22 0.25 0.41 0.54 0.53 0.45
P 0.16 0.24 0.25 0.03 0.26 0.19 0.27 0.29 0.24 0.20 0.26 0.28 0.41 0.01 0.28 0.16 0.18 0.33 0.36 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.29 0.02 0.01 0.22 0.18 0.49 0.21
C2 0.02 0.00 0.16 0.15 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.25 0.02 0.14 0.25 0.22 0.57 0.27
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.06 0.03 0.15 0.20 0.18 0.03 0.11 0.30 0.01 0.05 0.07 0.03 0.49 0.41 0.47 0.38
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.23 0.01 0.27 0.04 0.25 0.14 0.19 0.17 0.03 0.01 0.24 0.02 0.28 0.29 0.29 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.13 0.01 0.04 0.42 0.46 0.66 0.46
C4' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.19 0.06 0.09 0.22 0.20 0.03 0.11 0.01 0.02 0.14 0.40 0.09
C5 0.02 0.01 0.15 0.27 0.01 0.18 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.18 0.01 0.13 0.54 0.59 0.74 0.59
C5' 0.08 0.25 0.20 0.04 0.23 0.01 0.30 0.00 0.29 0.15 0.23 0.39 0.09 0.20 0.24 0.02 0.01 0.19 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.25 0.01 0.19 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.17 0.01 0.16 0.52 0.51 0.68 0.52
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.17 0.02 0.02 0.30 0.26 0.55 0.29
N3 0.02 0.00 0.11 0.19 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.18 0.01 0.09 0.31 0.30 0.60 0.33
O2 0.05 0.01 0.30 0.17 0.01 0.22 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.00 0.38 0.39 0.02 0.25 0.30 0.30 0.62 0.37
O2' 0.03 0.22 0.01 0.03 0.31 0.20 0.37 0.09 0.35 0.17 0.25 0.38 0.00 0.11 0.33 0.13 0.44 0.41 0.53 0.38
O3' 0.29 0.25 0.05 0.01 0.13 0.03 0.18 0.20 0.17 0.17 0.18 0.39 0.11 0.00 0.14 0.21 0.29 0.52 0.43 0.35
O4 0.02 0.02 0.07 0.24 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.14 0.00 0.04 0.44 0.51 0.69 0.50
O4' 0.01 0.14 0.03 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.09 0.25 0.13 0.21 0.04 0.00 0.19 0.24 0.59 0.32
O5' 0.22 0.25 0.49 0.28 0.42 0.02 0.54 0.01 0.52 0.30 0.31 0.30 0.44 0.29 0.44 0.19 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.18 0.22 0.41 0.29 0.46 0.14 0.59 0.19 0.51 0.26 0.30 0.30 0.41 0.52 0.51 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.57 0.47 0.29 0.66 0.40 0.74 0.33 0.68 0.55 0.60 0.62 0.53 0.43 0.69 0.59 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.27 0.38 0.16 0.46 0.09 0.59 0.02 0.52 0.29 0.33 0.37 0.38 0.35 0.50 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00