ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49269

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 18, 15, 15, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.026, 0.051, 0.076, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.051 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.025, 0.060, 0.096, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.060 std_dev=0.035
P B 0, 0.248, 0.406, 0.563, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.406 std_dev=0.157
OP2 B 0, 0.457, 0.652, 0.848, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.652 std_dev=0.195
O5' B 0, 0.361, 0.568, 0.774, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.568 std_dev=0.207
OP1 B 0, 0.367, 0.603, 0.838, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.603 std_dev=0.236
O4' A 0, 0.339, 0.652, 0.965, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.652 std_dev=0.313
C2' A 0, 0.360, 0.675, 0.991, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.675 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.536, 0.871, 1.206, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.871 std_dev=0.335
C5' A 0, 0.735, 1.209, 1.684, 1.733 max_d=1.733 avg_d=1.209 std_dev=0.475
C4' A 0, 0.595, 1.095, 1.595, 1.610 max_d=1.610 avg_d=1.095 std_dev=0.500
P A 0, 0.257, 0.865, 1.473, 3.393 max_d=3.393 avg_d=0.865 std_dev=0.608
C3' A 0, 0.702, 1.317, 1.932, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.317 std_dev=0.615
C3' B 0, 0.503, 1.151, 1.798, 3.497 max_d=3.497 avg_d=1.151 std_dev=0.647
O2' A 0, 0.577, 1.224, 1.872, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.224 std_dev=0.648
O3' B 0, 0.368, 1.048, 1.729, 3.918 max_d=3.918 avg_d=1.048 std_dev=0.681
C5' B 0, 0.513, 1.221, 1.928, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.221 std_dev=0.707
OP2 A 0, 0.520, 1.257, 1.995, 3.926 max_d=3.926 avg_d=1.257 std_dev=0.737
O2' B 0, 1.282, 2.070, 2.858, 3.742 max_d=3.742 avg_d=2.070 std_dev=0.788
OP1 A 0, 0.330, 1.122, 1.914, 3.987 max_d=3.987 avg_d=1.122 std_dev=0.792
C2' B 0, 0.949, 1.968, 2.987, 3.801 max_d=3.801 avg_d=1.968 std_dev=1.019
C4' B 0, 0.575, 1.662, 2.749, 4.234 max_d=4.234 avg_d=1.662 std_dev=1.087
O3' A 0, 1.159, 2.256, 3.352, 3.163 max_d=3.163 avg_d=2.256 std_dev=1.097
O4' B 0, 0.819, 2.495, 4.171, 5.232 max_d=5.232 avg_d=2.495 std_dev=1.676
C1' B 0, 0.735, 2.626, 4.516, 5.482 max_d=5.482 avg_d=2.626 std_dev=1.891
C6 B 0, 0.752, 3.330, 5.908, 6.196 max_d=6.196 avg_d=3.330 std_dev=2.578
N1 B 0, 0.636, 3.349, 6.062, 6.434 max_d=6.434 avg_d=3.349 std_dev=2.713
C5 B 0, 0.786, 4.190, 7.594, 7.908 max_d=7.908 avg_d=4.190 std_dev=3.404
C2 B 0, 0.808, 4.362, 7.915, 8.483 max_d=8.483 avg_d=4.362 std_dev=3.554
O2 B 0, 1.031, 4.658, 8.285, 9.370 max_d=9.370 avg_d=4.658 std_dev=3.627
N3 B 0, 1.009, 5.233, 9.457, 9.988 max_d=9.988 avg_d=5.233 std_dev=4.224
C4 B 0, 0.910, 5.198, 9.485, 9.790 max_d=9.790 avg_d=5.198 std_dev=4.287
O4 B 0, 1.105, 6.137, 11.169, 11.520 max_d=11.520 avg_d=6.137 std_dev=5.032

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.33 0.00 0.19 0.17 0.28 0.19
C2 0.02 0.00 0.17 0.23 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.23 0.09 0.15 0.16 0.32 0.21
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.22 0.15 0.03 0.14 0.07 0.29 0.00 0.03 0.02 0.45 0.51 0.60 0.49
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.34 0.00 0.34 0.01 0.29 0.21 0.30 0.37 0.18 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.14 0.08
C4 0.02 0.01 0.06 0.34 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.15 0.03 0.21 0.32 0.49 0.34
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.13 0.06 0.29 0.03 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.34 0.00 0.16 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.19 0.06 0.23 0.35 0.52 0.36
C5' 0.08 0.09 0.22 0.01 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.12 0.17 0.10 0.08 0.22 0.02 0.01 0.10 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.29 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.13 0.09 0.20 0.26 0.41 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.14 0.02 0.15 0.17 0.31 0.21
N3 0.02 0.00 0.14 0.30 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.17 0.08 0.17 0.24 0.41 0.28
N4 0.02 0.01 0.07 0.37 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.19 0.04 0.24 0.39 0.56 0.39
O2 0.03 0.01 0.29 0.18 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.39 0.14 0.14 0.13 0.27 0.17
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.32 0.29 0.37 0.08 0.32 0.19 0.23 0.34 0.13 0.00 0.05 0.21 0.33 0.40 0.70 0.43
O3' 0.33 0.23 0.03 0.01 0.15 0.03 0.19 0.22 0.13 0.14 0.17 0.19 0.39 0.05 0.00 0.24 0.26 0.39 0.39 0.33
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02 0.08 0.04 0.14 0.21 0.24 0.00 0.09 0.11 0.15 0.13
O5' 0.19 0.15 0.45 0.07 0.21 0.01 0.23 0.01 0.20 0.15 0.17 0.24 0.14 0.33 0.26 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.16 0.51 0.16 0.32 0.10 0.35 0.10 0.26 0.17 0.24 0.39 0.13 0.40 0.39 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.32 0.60 0.14 0.49 0.04 0.52 0.04 0.41 0.31 0.41 0.56 0.27 0.70 0.39 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.21 0.49 0.08 0.34 0.03 0.36 0.02 0.28 0.21 0.28 0.39 0.17 0.43 0.33 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.02 2.26 0.80 0.28 2.71 0.21 2.22 0.36 1.75 1.74 2.71 2.20 0.58 0.21 2.98 0.64 0.13 0.31 0.17 0.10
C2 1.19 2.58 0.72 0.34 3.34 0.24 2.80 0.33 2.14 2.03 3.18 2.43 0.47 0.26 3.72 0.84 0.16 0.29 0.15 0.11
C2' 0.62 1.81 0.55 0.23 2.35 0.40 1.92 0.61 1.43 1.34 2.27 1.71 0.38 0.34 2.66 0.30 0.26 0.46 0.26 0.24
C3' 0.68 1.66 0.71 0.23 2.10 0.17 1.76 0.29 1.36 1.28 2.05 1.59 0.51 0.12 2.36 0.37 0.28 0.55 0.32 0.31
C4 0.92 1.99 0.43 0.29 2.74 0.20 2.47 0.34 1.88 1.64 2.49 1.80 0.33 0.30 3.02 0.72 0.18 0.28 0.16 0.13
C4' 0.75 1.64 0.77 0.26 1.88 0.17 1.54 0.20 1.24 1.26 1.91 1.64 0.53 0.17 2.05 0.47 0.17 0.43 0.16 0.16
C5 0.67 1.55 0.35 0.23 2.10 0.17 1.93 0.42 1.51 1.30 1.92 1.37 0.34 0.27 2.28 0.49 0.15 0.30 0.18 0.11
C5' 0.44 1.01 0.59 0.19 1.22 0.15 1.04 0.17 0.83 0.80 1.20 0.97 0.42 0.15 1.33 0.26 0.18 0.48 0.17 0.20
C6 0.74 1.70 0.50 0.23 2.18 0.18 1.93 0.42 1.53 1.39 2.06 1.54 0.42 0.23 2.36 0.48 0.13 0.31 0.18 0.10
N1 1.01 2.23 0.69 0.29 2.79 0.20 2.36 0.37 1.85 1.77 2.70 2.09 0.48 0.23 3.05 0.67 0.14 0.30 0.17 0.10
N3 1.15 2.46 0.60 0.34 3.32 0.25 2.86 0.32 2.16 1.97 3.07 2.28 0.39 0.29 3.71 0.86 0.19 0.28 0.16 0.13
N4 0.85 1.82 0.33 0.29 2.58 0.21 2.36 0.30 1.76 1.50 2.30 1.64 0.29 0.32 2.88 0.71 0.20 0.26 0.18 0.17
O2 1.31 2.86 0.82 0.36 3.66 0.28 2.97 0.32 2.26 2.19 3.54 2.74 0.53 0.25 4.14 0.93 0.17 0.28 0.15 0.11
O2' 0.76 2.06 0.68 0.18 2.61 0.41 2.09 0.71 1.54 1.49 2.57 2.01 0.64 0.23 2.98 0.33 0.35 0.59 0.52 0.42
O3' 0.77 1.81 0.76 0.29 2.21 0.19 1.79 0.30 1.38 1.36 2.21 1.80 0.56 0.27 2.49 0.43 0.25 0.55 0.26 0.26
O4' 1.04 2.09 0.88 0.37 2.30 0.30 1.88 0.25 1.54 1.62 2.38 2.09 0.62 0.28 2.47 0.71 0.17 0.32 0.15 0.13
O5' 0.26 0.80 0.40 0.09 1.11 0.19 1.00 0.18 0.78 0.65 1.02 0.69 0.31 0.02 1.23 0.12 0.19 0.57 0.22 0.27
OP1 0.35 0.31 0.17 0.03 0.31 0.15 0.37 0.27 0.26 0.19 0.26 0.52 0.22 0.03 0.37 0.33 0.40 0.91 0.41 0.56
OP2 0.28 0.22 0.04 0.08 0.64 0.46 0.73 0.29 0.53 0.22 0.41 0.27 0.09 0.02 0.74 0.43 0.54 1.06 0.55 0.73
P 0.21 0.22 0.15 0.01 0.53 0.22 0.57 0.17 0.42 0.19 0.37 0.25 0.17 0.01 0.61 0.26 0.36 0.80 0.37 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.31 0.02 0.00 0.15 0.63 0.18 0.22
C2 0.02 0.00 0.17 0.22 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.02 0.12 0.17 0.86 0.58 0.23
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.05 0.01 0.14 0.20 0.18 0.02 0.12 0.31 0.00 0.02 0.06 0.02 0.45 0.58 0.31 0.50
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.35 0.00 0.35 0.02 0.29 0.21 0.29 0.17 0.02 0.01 0.37 0.02 0.12 0.14 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.35 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.16 0.00 0.03 0.30 0.94 0.96 0.28
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.19 0.09 0.08 0.08 0.31 0.02 0.14 0.00 0.01 0.21 0.10 0.05
C5 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.19 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.21 0.01 0.09 0.33 0.85 0.96 0.27
C5' 0.07 0.13 0.20 0.02 0.21 0.01 0.25 0.00 0.22 0.12 0.16 0.14 0.11 0.22 0.22 0.01 0.01 0.11 0.27 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.29 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.15 0.01 0.13 0.27 0.77 0.70 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.13 0.02 0.02 0.17 0.77 0.49 0.21
N3 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.01 0.09 0.23 0.94 0.79 0.25
O2 0.04 0.01 0.31 0.17 0.02 0.08 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.35 0.02 0.18 0.15 0.84 0.47 0.23
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.36 0.31 0.44 0.11 0.40 0.22 0.25 0.19 0.00 0.05 0.38 0.21 0.35 0.40 0.34 0.41
O3' 0.31 0.21 0.02 0.01 0.16 0.02 0.21 0.22 0.15 0.13 0.14 0.35 0.05 0.00 0.18 0.21 0.25 0.48 0.25 0.31
O4 0.02 0.02 0.06 0.37 0.00 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.18 0.00 0.05 0.33 0.99 1.07 0.31
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.09 0.18 0.21 0.21 0.05 0.00 0.06 0.57 0.21 0.14
O5' 0.15 0.17 0.45 0.12 0.30 0.01 0.33 0.01 0.27 0.17 0.23 0.15 0.35 0.25 0.33 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.63 0.86 0.58 0.14 0.94 0.21 0.85 0.11 0.77 0.77 0.94 0.84 0.40 0.48 0.99 0.57 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.58 0.31 0.14 0.96 0.10 0.96 0.27 0.70 0.49 0.79 0.47 0.34 0.25 1.07 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.23 0.50 0.09 0.28 0.05 0.27 0.02 0.22 0.21 0.25 0.23 0.41 0.31 0.31 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00