ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49270

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 10, 15, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.005 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.013, 0.042, 0.071, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.042 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.014, 0.088, 0.163, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.088 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.015, 0.101, 0.187, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.101 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.031, 0.140, 0.248, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.140 std_dev=0.108
P B 0, 0.227, 0.337, 0.446, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.337 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.029, 0.154, 0.279, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.154 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.019, 0.150, 0.281, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.150 std_dev=0.131
O5' B 0, 0.176, 0.346, 0.517, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.346 std_dev=0.170
OP2 B 0, 0.185, 0.361, 0.536, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.361 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.203, 0.383, 0.563, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.383 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.057, 0.250, 0.443, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.250 std_dev=0.193
OP1 B 0, 0.227, 0.423, 0.619, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.423 std_dev=0.196
O3' A 0, 0.042, 0.239, 0.436, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.239 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.200, 0.410, 0.619, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.410 std_dev=0.209
C3' B 0, 0.162, 0.371, 0.581, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.371 std_dev=0.209
O5' A 0, 0.075, 0.290, 0.506, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.290 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.177, 0.396, 0.614, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.396 std_dev=0.219
P A 0, 0.112, 0.389, 0.667, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.389 std_dev=0.278
C5' B 0, 0.178, 0.462, 0.746, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.462 std_dev=0.284
C2' B 0, 0.077, 0.408, 0.738, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.408 std_dev=0.331
N1 B 0, 0.201, 0.569, 0.937, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.569 std_dev=0.368
O3' B 0, 0.113, 0.529, 0.945, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.529 std_dev=0.416
C6 B 0, 0.182, 0.622, 1.061, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.622 std_dev=0.439
OP2 A 0, 0.103, 0.576, 1.048, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.576 std_dev=0.472
OP1 A 0, 0.044, 0.657, 1.269, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.657 std_dev=0.613
C2 B 0, 0.177, 0.804, 1.430, 3.100 max_d=3.100 avg_d=0.804 std_dev=0.627
O2' B 0, -0.054, 0.583, 1.219, 2.995 max_d=2.995 avg_d=0.583 std_dev=0.636
C5 B 0, 0.093, 0.784, 1.476, 3.701 max_d=3.701 avg_d=0.784 std_dev=0.691
O2 B 0, 0.139, 0.898, 1.657, 3.103 max_d=3.103 avg_d=0.898 std_dev=0.759
N3 B 0, 0.131, 0.980, 1.829, 4.352 max_d=4.352 avg_d=0.980 std_dev=0.849
C4 B 0, 0.074, 0.956, 1.839, 4.719 max_d=4.719 avg_d=0.956 std_dev=0.883
O4 B 0, 0.027, 1.150, 2.273, 5.906 max_d=5.906 avg_d=1.150 std_dev=1.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.11 0.20 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.12 0.19 0.36 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.13 0.23 0.10
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.05 0.10 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.22 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.12 0.26 0.45 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.12 0.27 0.41 0.12
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.11 0.22 0.32 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.10 0.17 0.30 0.10
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.13 0.23 0.43 0.15
N4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.12 0.29 0.49 0.15
O2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.12 0.18 0.34 0.14
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.06 0.10 0.00 0.04 0.04 0.03 0.13 0.21 0.09
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.06 0.12 0.04 0.00 0.02 0.11 0.32 0.29 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.09 0.12 0.12 0.07
O5' 0.07 0.12 0.04 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.11 0.10 0.13 0.12 0.12 0.03 0.11 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.19 0.13 0.20 0.26 0.07 0.27 0.09 0.22 0.17 0.23 0.29 0.18 0.13 0.32 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.36 0.23 0.22 0.45 0.14 0.41 0.17 0.32 0.30 0.43 0.49 0.34 0.21 0.29 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.10 0.12 0.14 0.04 0.12 0.01 0.10 0.10 0.15 0.15 0.14 0.09 0.17 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.62 0.16 0.11 0.83 0.12 0.70 0.19 0.50 0.43 0.78 0.63 0.53 0.11 0.94 0.16 0.14 0.21 0.18 0.11
C2 0.14 0.57 0.24 0.10 0.86 0.11 0.73 0.17 0.49 0.39 0.77 0.56 0.60 0.12 1.01 0.15 0.12 0.24 0.17 0.10
C2' 0.18 0.57 0.18 0.09 0.79 0.12 0.67 0.24 0.47 0.40 0.73 0.57 0.50 0.08 0.91 0.12 0.13 0.21 0.18 0.10
C3' 0.18 0.48 0.20 0.12 0.67 0.15 0.59 0.29 0.43 0.35 0.61 0.48 0.46 0.10 0.77 0.12 0.17 0.18 0.18 0.10
C4 0.09 0.46 0.32 0.14 0.76 0.10 0.68 0.14 0.44 0.31 0.64 0.43 0.59 0.15 0.88 0.16 0.11 0.25 0.16 0.11
C4' 0.20 0.51 0.18 0.12 0.65 0.13 0.57 0.24 0.42 0.38 0.62 0.53 0.42 0.11 0.73 0.13 0.17 0.17 0.18 0.12
C5 0.11 0.45 0.31 0.14 0.71 0.10 0.66 0.14 0.46 0.33 0.61 0.41 0.58 0.14 0.79 0.15 0.11 0.21 0.16 0.10
C5' 0.20 0.41 0.22 0.16 0.52 0.15 0.48 0.26 0.38 0.33 0.49 0.42 0.38 0.16 0.57 0.13 0.20 0.18 0.21 0.16
C6 0.15 0.52 0.24 0.11 0.75 0.11 0.68 0.16 0.49 0.38 0.67 0.49 0.58 0.12 0.83 0.15 0.13 0.20 0.17 0.11
N1 0.16 0.57 0.21 0.10 0.82 0.11 0.71 0.17 0.50 0.40 0.75 0.56 0.58 0.11 0.94 0.15 0.13 0.21 0.17 0.11
N3 0.11 0.52 0.29 0.12 0.83 0.10 0.72 0.15 0.46 0.34 0.72 0.50 0.61 0.14 0.98 0.16 0.11 0.26 0.16 0.11
N4 0.09 0.40 0.36 0.18 0.70 0.11 0.63 0.14 0.39 0.26 0.58 0.37 0.58 0.18 0.83 0.17 0.12 0.29 0.16 0.14
O2 0.15 0.60 0.22 0.10 0.89 0.11 0.74 0.18 0.49 0.40 0.81 0.61 0.59 0.12 1.06 0.15 0.12 0.25 0.17 0.10
O2' 0.21 0.63 0.17 0.09 0.85 0.12 0.70 0.23 0.50 0.44 0.81 0.66 0.46 0.09 0.99 0.14 0.14 0.22 0.18 0.10
O3' 0.21 0.46 0.22 0.16 0.65 0.19 0.58 0.34 0.42 0.35 0.59 0.46 0.43 0.16 0.75 0.16 0.20 0.20 0.19 0.13
O4' 0.22 0.59 0.16 0.14 0.73 0.15 0.62 0.19 0.47 0.42 0.71 0.61 0.48 0.17 0.81 0.17 0.16 0.20 0.18 0.14
O5' 0.20 0.35 0.23 0.08 0.47 0.10 0.45 0.25 0.35 0.29 0.42 0.35 0.46 0.02 0.51 0.09 0.21 0.20 0.24 0.18
OP1 0.69 0.73 0.57 0.21 0.68 0.23 0.66 0.24 0.64 0.69 0.71 0.77 0.69 0.02 0.69 0.55 0.34 0.39 0.39 0.37
OP2 0.11 0.14 0.05 0.28 0.33 0.42 0.41 0.70 0.34 0.16 0.21 0.20 0.23 0.01 0.37 0.21 0.62 0.52 0.60 0.58
P 0.25 0.25 0.20 0.04 0.29 0.11 0.31 0.28 0.26 0.22 0.25 0.29 0.37 0.01 0.31 0.15 0.25 0.25 0.27 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.20 0.02 0.00 0.12 0.13 0.15 0.09
C2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.23 0.01 0.10 0.16 0.14 0.24 0.15
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.12 0.12 0.02 0.08 0.18 0.00 0.06 0.05 0.02 0.25 0.32 0.32 0.25
C3' 0.03 0.11 0.01 0.00 0.17 0.01 0.18 0.02 0.16 0.10 0.14 0.12 0.03 0.02 0.18 0.01 0.10 0.32 0.16 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.11 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.16 0.00 0.03 0.27 0.28 0.41 0.29
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.19 0.06 0.05 0.15 0.15 0.02 0.11 0.01 0.01 0.16 0.08 0.07
C5 0.01 0.02 0.10 0.18 0.00 0.19 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.13 0.01 0.09 0.30 0.31 0.42 0.32
C5' 0.07 0.14 0.12 0.02 0.30 0.01 0.37 0.00 0.34 0.18 0.20 0.11 0.06 0.12 0.31 0.02 0.01 0.13 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.16 0.01 0.19 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.10 0.01 0.12 0.25 0.23 0.33 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.01 0.02 0.16 0.14 0.22 0.15
N3 0.03 0.00 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.21 0.01 0.07 0.21 0.20 0.33 0.22
O2 0.06 0.01 0.18 0.12 0.02 0.15 0.02 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.34 0.03 0.18 0.13 0.12 0.20 0.11
O2' 0.02 0.10 0.00 0.03 0.22 0.15 0.28 0.06 0.26 0.12 0.14 0.20 0.00 0.08 0.23 0.10 0.20 0.31 0.37 0.23
O3' 0.20 0.23 0.06 0.02 0.16 0.02 0.13 0.12 0.10 0.15 0.21 0.34 0.08 0.00 0.16 0.12 0.14 0.44 0.20 0.26
O4 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.11 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.03 0.23 0.16 0.00 0.03 0.29 0.32 0.46 0.33
O4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.07 0.18 0.10 0.12 0.03 0.00 0.16 0.16 0.22 0.19
O5' 0.12 0.16 0.25 0.10 0.27 0.01 0.30 0.01 0.25 0.16 0.21 0.13 0.20 0.14 0.29 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.14 0.32 0.32 0.28 0.16 0.31 0.13 0.23 0.14 0.20 0.12 0.31 0.44 0.32 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.24 0.32 0.16 0.41 0.08 0.42 0.10 0.33 0.22 0.33 0.20 0.37 0.20 0.46 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.15 0.25 0.19 0.29 0.07 0.32 0.02 0.24 0.15 0.22 0.11 0.23 0.26 0.33 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00