ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49271

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 3, 7, 7, 14, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.043, 0.075, 0.107, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.075 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.037, 0.080, 0.123, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.080 std_dev=0.043
P B 0, 0.541, 0.760, 0.979, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.760 std_dev=0.219
O4' A 0, 0.201, 0.428, 0.656, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.428 std_dev=0.228
C2' A 0, 0.229, 0.501, 0.773, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.501 std_dev=0.272
OP1 B 0, 0.365, 0.661, 0.956, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.661 std_dev=0.295
OP2 B 0, 0.667, 1.050, 1.432, 1.555 max_d=1.555 avg_d=1.050 std_dev=0.382
OP2 A 0, 1.030, 1.434, 1.838, 2.072 max_d=2.072 avg_d=1.434 std_dev=0.404
O5' B 0, 0.717, 1.131, 1.545, 1.954 max_d=1.954 avg_d=1.131 std_dev=0.414
P A 0, 0.919, 1.379, 1.840, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.379 std_dev=0.461
O5' A 0, 0.394, 0.926, 1.457, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.926 std_dev=0.532
C4' A 0, 0.291, 0.823, 1.355, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.823 std_dev=0.532
C5' A 0, 0.406, 0.971, 1.536, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.971 std_dev=0.565
C3' A 0, 0.332, 0.952, 1.572, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.952 std_dev=0.620
O3' B 0, 0.976, 1.631, 2.287, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.631 std_dev=0.656
OP1 A 0, 1.423, 2.100, 2.776, 2.808 max_d=2.808 avg_d=2.100 std_dev=0.677
O2' A 0, 0.366, 1.083, 1.799, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.083 std_dev=0.717
C3' B 0, 0.897, 1.684, 2.472, 2.904 max_d=2.904 avg_d=1.684 std_dev=0.788
C5' B 0, 1.326, 2.210, 3.094, 3.454 max_d=3.454 avg_d=2.210 std_dev=0.884
O3' A 0, 0.402, 1.600, 2.798, 2.963 max_d=2.963 avg_d=1.600 std_dev=1.198
C4' B 0, 0.843, 2.178, 3.514, 4.000 max_d=4.000 avg_d=2.178 std_dev=1.336
C2' B 0, 1.068, 2.533, 3.999, 4.441 max_d=4.441 avg_d=2.533 std_dev=1.465
O2' B 0, 1.876, 3.400, 4.924, 5.477 max_d=5.477 avg_d=3.400 std_dev=1.524
C6 B 0, 2.002, 3.540, 5.078, 5.838 max_d=5.838 avg_d=3.540 std_dev=1.538
C5 B 0, 2.799, 4.423, 6.046, 6.860 max_d=6.860 avg_d=4.423 std_dev=1.623
O4' B 0, 1.056, 2.797, 4.539, 5.094 max_d=5.094 avg_d=2.797 std_dev=1.741
N1 B 0, 1.821, 3.645, 5.468, 6.115 max_d=6.115 avg_d=3.645 std_dev=1.824
C4 B 0, 3.615, 5.448, 7.282, 7.976 max_d=7.976 avg_d=5.448 std_dev=1.834
C1' B 0, 1.261, 3.154, 5.047, 5.512 max_d=5.512 avg_d=3.154 std_dev=1.893
O4 B 0, 4.479, 6.441, 8.403, 9.016 max_d=9.016 avg_d=6.441 std_dev=1.962
C2 B 0, 3.353, 5.395, 7.438, 7.811 max_d=7.811 avg_d=5.395 std_dev=2.043
N3 B 0, 3.986, 6.031, 8.076, 8.481 max_d=8.481 avg_d=6.031 std_dev=2.045
O2 B 0, 4.417, 6.727, 9.037, 9.066 max_d=9.066 avg_d=6.727 std_dev=2.310

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.34 0.00 0.44 0.44 0.32 0.35
C2 0.03 0.00 0.14 0.30 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.18 0.10 0.34 0.24 0.35 0.22
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.02 0.14 0.21 0.17 0.03 0.10 0.05 0.27 0.00 0.04 0.02 0.56 0.66 0.61 0.58
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.44 0.00 0.43 0.02 0.36 0.27 0.39 0.47 0.22 0.02 0.01 0.02 0.06 0.28 0.39 0.16
C4 0.03 0.01 0.05 0.44 0.00 0.23 0.00 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.21 0.05 0.33 0.25 0.47 0.25
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.23 0.00 0.28 0.01 0.26 0.15 0.17 0.25 0.07 0.31 0.03 0.00 0.02 0.25 0.29 0.06
C5 0.02 0.01 0.14 0.43 0.00 0.28 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.27 0.05 0.36 0.27 0.48 0.29
C5' 0.10 0.28 0.21 0.02 0.44 0.01 0.48 0.00 0.42 0.27 0.36 0.48 0.21 0.09 0.19 0.04 0.01 0.35 0.34 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.36 0.01 0.26 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.19 0.08 0.40 0.30 0.39 0.30
N1 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.11 0.03 0.39 0.30 0.33 0.27
N3 0.03 0.00 0.10 0.39 0.00 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.14 0.09 0.32 0.22 0.41 0.22
N4 0.03 0.01 0.05 0.47 0.00 0.25 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.26 0.06 0.32 0.29 0.53 0.29
O2 0.04 0.01 0.27 0.22 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.34 0.15 0.32 0.26 0.35 0.22
O2' 0.03 0.28 0.00 0.02 0.41 0.31 0.39 0.09 0.32 0.24 0.36 0.44 0.22 0.00 0.06 0.29 0.35 0.55 0.70 0.49
O3' 0.34 0.18 0.04 0.01 0.21 0.03 0.27 0.19 0.19 0.11 0.14 0.26 0.34 0.06 0.00 0.25 0.45 0.55 0.66 0.51
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.04 0.08 0.03 0.09 0.06 0.15 0.29 0.25 0.00 0.34 0.40 0.20 0.27
O5' 0.44 0.34 0.56 0.06 0.33 0.02 0.36 0.01 0.40 0.39 0.32 0.32 0.32 0.35 0.45 0.34 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.44 0.24 0.66 0.28 0.25 0.25 0.27 0.35 0.30 0.30 0.22 0.29 0.26 0.55 0.55 0.40 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.35 0.61 0.39 0.47 0.29 0.48 0.34 0.39 0.33 0.41 0.53 0.35 0.70 0.66 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.22 0.58 0.16 0.25 0.06 0.29 0.02 0.30 0.27 0.22 0.29 0.22 0.49 0.51 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.03 2.15 0.78 0.45 2.60 0.44 2.16 0.43 1.71 1.68 2.58 2.07 0.56 0.37 2.86 0.82 0.27 0.44 0.21 0.18
C2 1.28 2.59 0.84 0.48 3.43 0.46 2.96 0.43 2.30 2.10 3.21 2.38 0.58 0.32 3.83 1.04 0.28 0.34 0.20 0.18
C2' 0.79 1.80 0.68 0.50 2.36 0.52 1.98 0.63 1.54 1.41 2.26 1.68 0.49 0.50 2.65 0.66 0.41 0.67 0.27 0.33
C3' 0.50 1.40 0.48 0.16 1.82 0.10 1.51 0.21 1.13 1.03 1.76 1.34 0.49 0.08 2.06 0.31 0.28 0.56 0.52 0.37
C4 1.11 2.19 0.63 0.39 3.08 0.36 2.86 0.38 2.23 1.89 2.74 1.93 0.47 0.27 3.39 0.96 0.26 0.28 0.19 0.18
C4' 0.55 1.33 0.55 0.21 1.52 0.16 1.22 0.16 0.94 0.96 1.57 1.36 0.56 0.17 1.68 0.37 0.19 0.40 0.35 0.24
C5 0.86 1.73 0.49 0.32 2.39 0.30 2.25 0.39 1.82 1.52 2.14 1.50 0.42 0.26 2.58 0.77 0.24 0.36 0.21 0.18
C5' 0.31 0.76 0.35 0.22 0.87 0.20 0.69 0.22 0.50 0.51 0.91 0.81 0.51 0.17 0.98 0.22 0.41 0.42 0.56 0.44
C6 0.86 1.76 0.56 0.36 2.30 0.35 2.07 0.41 1.68 1.49 2.15 1.56 0.46 0.29 2.47 0.74 0.25 0.42 0.21 0.18
N1 1.08 2.21 0.75 0.44 2.84 0.42 2.45 0.43 1.94 1.81 2.70 2.04 0.53 0.33 3.10 0.88 0.27 0.40 0.21 0.18
N3 1.29 2.57 0.78 0.46 3.55 0.44 3.15 0.41 2.43 2.14 3.22 2.31 0.55 0.30 3.97 1.07 0.28 0.29 0.19 0.18
N4 1.09 2.13 0.58 0.36 3.08 0.33 2.91 0.34 2.24 1.85 2.69 1.86 0.44 0.26 3.43 0.96 0.24 0.21 0.17 0.17
O2 1.37 2.80 0.92 0.50 3.68 0.49 3.07 0.44 2.37 2.22 3.48 2.63 0.64 0.33 4.16 1.09 0.29 0.34 0.19 0.18
O2' 0.72 1.83 0.58 0.37 2.40 0.45 1.96 0.65 1.48 1.37 2.32 1.76 0.54 0.32 2.74 0.56 0.49 0.81 0.51 0.50
O3' 0.52 1.37 0.50 0.26 1.76 0.23 1.42 0.25 1.03 0.97 1.72 1.37 0.58 0.36 2.02 0.32 0.33 0.62 0.49 0.40
O4' 0.97 1.90 0.80 0.46 2.08 0.46 1.69 0.35 1.39 1.47 2.17 1.91 0.60 0.39 2.22 0.77 0.22 0.40 0.19 0.15
O5' 0.22 0.67 0.32 0.20 1.03 0.15 0.97 0.36 0.76 0.56 0.90 0.57 0.39 0.02 1.15 0.15 0.27 0.74 0.27 0.34
OP1 0.43 0.39 0.17 0.05 0.33 0.21 0.33 0.35 0.22 0.24 0.35 0.62 0.33 0.02 0.41 0.42 0.30 0.81 0.36 0.41
OP2 0.15 0.32 0.09 0.11 0.78 0.27 0.84 0.47 0.64 0.32 0.55 0.20 0.20 0.03 0.90 0.23 0.54 1.08 0.60 0.68
P 0.22 0.24 0.09 0.02 0.53 0.14 0.56 0.34 0.40 0.17 0.39 0.31 0.20 0.01 0.62 0.20 0.29 0.79 0.32 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.34 0.02 0.01 0.31 0.39 0.51 0.31
C2 0.03 0.00 0.18 0.23 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.26 0.01 0.17 0.59 0.70 1.07 0.65
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.05 0.02 0.15 0.27 0.19 0.03 0.13 0.32 0.00 0.03 0.06 0.02 0.33 0.37 0.29 0.37
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.34 0.00 0.32 0.02 0.27 0.20 0.30 0.18 0.02 0.01 0.36 0.02 0.15 0.22 0.14 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.34 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.16 0.00 0.04 0.79 0.69 1.64 0.85
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.05 0.09 0.17 0.29 0.03 0.11 0.01 0.02 0.16 0.08 0.03
C5 0.02 0.01 0.15 0.32 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.42 0.17 0.01 0.12 0.83 0.65 1.67 0.88
C5' 0.13 0.20 0.27 0.02 0.18 0.01 0.24 0.00 0.25 0.15 0.19 0.29 0.08 0.25 0.18 0.02 0.01 0.15 0.19 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.27 0.01 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.11 0.01 0.16 0.75 0.57 1.34 0.74
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.16 0.01 0.02 0.55 0.52 0.98 0.55
N3 0.02 0.00 0.13 0.30 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.20 0.01 0.12 0.71 0.75 1.38 0.78
O2 0.05 0.00 0.32 0.18 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.41 0.01 0.28 0.54 0.83 0.90 0.66
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.37 0.29 0.42 0.08 0.37 0.22 0.29 0.25 0.00 0.07 0.41 0.19 0.24 0.26 0.29 0.29
O3' 0.34 0.26 0.03 0.01 0.16 0.03 0.17 0.25 0.11 0.16 0.20 0.41 0.07 0.00 0.20 0.26 0.19 0.51 0.16 0.24
O4 0.02 0.01 0.06 0.36 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.20 0.00 0.04 0.84 0.74 1.80 0.93
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.12 0.28 0.19 0.26 0.04 0.00 0.36 0.36 0.54 0.36
O5' 0.31 0.59 0.33 0.15 0.79 0.02 0.83 0.01 0.75 0.55 0.71 0.54 0.24 0.19 0.84 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.39 0.70 0.37 0.22 0.69 0.16 0.65 0.15 0.57 0.52 0.75 0.83 0.26 0.51 0.74 0.36 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 1.07 0.29 0.14 1.64 0.08 1.67 0.19 1.34 0.98 1.38 0.90 0.29 0.16 1.80 0.54 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.65 0.37 0.13 0.85 0.03 0.88 0.02 0.74 0.55 0.78 0.66 0.29 0.24 0.93 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00