ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49273

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 9, 9, 2, 3, 3, 2, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.022
OP2 B 0, 0.111, 0.336, 0.561, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.336 std_dev=0.225
P B 0, 0.068, 0.323, 0.578, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.323 std_dev=0.255
C2' A 0, -0.069, 0.220, 0.509, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.220 std_dev=0.289
O4' A 0, -0.063, 0.236, 0.536, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.236 std_dev=0.299
OP1 B 0, 0.130, 0.434, 0.739, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.434 std_dev=0.304
O5' B 0, 0.058, 0.457, 0.856, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.457 std_dev=0.399
C3' B 0, -0.042, 0.475, 0.992, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.475 std_dev=0.517
O3' B 0, -0.088, 0.528, 1.144, 2.956 max_d=2.956 avg_d=0.528 std_dev=0.616
O2' A 0, -0.166, 0.473, 1.113, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.473 std_dev=0.639
C4' A 0, -0.148, 0.527, 1.202, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.527 std_dev=0.675
C2' B 0, -0.126, 0.565, 1.257, 3.498 max_d=3.498 avg_d=0.565 std_dev=0.691
C4' B 0, -0.078, 0.635, 1.347, 3.466 max_d=3.466 avg_d=0.635 std_dev=0.712
O5' A 0, -0.113, 0.642, 1.397, 3.282 max_d=3.282 avg_d=0.642 std_dev=0.755
C5' A 0, -0.124, 0.650, 1.424, 2.745 max_d=2.745 avg_d=0.650 std_dev=0.774
C3' A 0, -0.184, 0.592, 1.368, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.592 std_dev=0.776
O2' B 0, -0.120, 0.667, 1.453, 3.353 max_d=3.353 avg_d=0.667 std_dev=0.786
P A 0, -0.110, 0.743, 1.596, 3.065 max_d=3.065 avg_d=0.743 std_dev=0.853
C5' B 0, -0.107, 0.843, 1.793, 2.509 max_d=2.509 avg_d=0.843 std_dev=0.950
O4' B 0, -0.218, 0.753, 1.724, 5.346 max_d=5.346 avg_d=0.753 std_dev=0.971
OP2 A 0, -0.105, 0.917, 1.939, 2.851 max_d=2.851 avg_d=0.917 std_dev=1.022
C1' B 0, -0.269, 0.756, 1.782, 5.676 max_d=5.676 avg_d=0.756 std_dev=1.026
O3' A 0, -0.348, 0.955, 2.258, 3.306 max_d=3.306 avg_d=0.955 std_dev=1.303
N1 B 0, -0.361, 1.024, 2.408, 7.208 max_d=7.208 avg_d=1.024 std_dev=1.385
OP1 A 0, -0.248, 1.193, 2.635, 4.476 max_d=4.476 avg_d=1.193 std_dev=1.442
C6 B 0, -0.412, 1.085, 2.582, 7.458 max_d=7.458 avg_d=1.085 std_dev=1.497
C2 B 0, -0.493, 1.288, 3.069, 8.865 max_d=8.865 avg_d=1.288 std_dev=1.781
O2 B 0, -0.563, 1.337, 3.236, 8.988 max_d=8.988 avg_d=1.337 std_dev=1.900
C5 B 0, -0.560, 1.349, 3.257, 9.454 max_d=9.454 avg_d=1.349 std_dev=1.909
N3 B 0, -0.595, 1.553, 3.700, 10.625 max_d=10.625 avg_d=1.553 std_dev=2.148
C4 B 0, -0.626, 1.592, 3.811, 11.130 max_d=11.130 avg_d=1.592 std_dev=2.219
O4 B 0, -0.759, 1.853, 4.465, 13.055 max_d=13.055 avg_d=1.853 std_dev=2.612

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.26 0.00 0.46 0.47 0.27 0.34
C2 0.01 0.00 0.12 0.32 0.01 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.08 0.05 0.32 0.12 0.37 0.11
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.17 0.11 0.03 0.10 0.04 0.22 0.00 0.02 0.02 0.54 0.65 0.58 0.59
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.46 0.00 0.45 0.02 0.37 0.29 0.40 0.49 0.23 0.01 0.01 0.01 0.08 0.28 0.22 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.46 0.00 0.27 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.25 0.02 0.23 0.22 0.67 0.21
C4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.27 0.00 0.31 0.01 0.28 0.17 0.20 0.29 0.07 0.28 0.02 0.00 0.02 0.31 0.24 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.45 0.01 0.31 0.00 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.31 0.05 0.25 0.18 0.65 0.21
C5' 0.05 0.28 0.17 0.02 0.48 0.01 0.52 0.00 0.44 0.27 0.39 0.52 0.19 0.08 0.12 0.03 0.01 0.43 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.28 0.00 0.44 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.06 0.34 0.14 0.43 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.29 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.07 0.01 0.38 0.21 0.30 0.17
N3 0.01 0.00 0.10 0.40 0.00 0.20 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.14 0.04 0.26 0.14 0.53 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.49 0.00 0.29 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.31 0.02 0.18 0.35 0.79 0.30
O2 0.02 0.01 0.22 0.23 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.27 0.21 0.08 0.33 0.18 0.31 0.15
O2' 0.03 0.28 0.00 0.01 0.33 0.28 0.28 0.08 0.22 0.19 0.33 0.35 0.27 0.00 0.05 0.29 0.31 0.52 0.69 0.49
O3' 0.26 0.08 0.02 0.01 0.25 0.02 0.31 0.12 0.23 0.07 0.14 0.31 0.21 0.05 0.00 0.18 0.46 0.29 0.43 0.38
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.08 0.29 0.18 0.00 0.35 0.43 0.18 0.22
O5' 0.46 0.32 0.54 0.08 0.23 0.02 0.25 0.01 0.34 0.38 0.26 0.18 0.33 0.31 0.46 0.35 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.47 0.12 0.65 0.28 0.22 0.31 0.18 0.43 0.14 0.21 0.14 0.35 0.18 0.52 0.29 0.43 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.37 0.58 0.22 0.67 0.24 0.65 0.32 0.43 0.30 0.53 0.79 0.31 0.69 0.43 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.11 0.59 0.11 0.21 0.04 0.21 0.02 0.14 0.17 0.14 0.30 0.15 0.49 0.38 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.74 0.32 0.32 0.93 0.45 0.83 0.63 0.69 0.63 0.88 0.68 0.28 0.27 1.01 0.48 0.28 0.20 0.19 0.16
C2 0.58 0.95 0.39 0.30 1.26 0.47 1.20 0.68 0.99 0.86 1.14 0.86 0.32 0.18 1.37 0.63 0.31 0.18 0.18 0.17
C2' 0.46 0.64 0.40 0.53 0.86 0.67 0.81 0.87 0.69 0.59 0.78 0.55 0.26 0.49 0.96 0.60 0.43 0.36 0.22 0.29
C3' 0.25 0.49 0.23 0.12 0.65 0.10 0.58 0.25 0.46 0.41 0.61 0.48 0.34 0.10 0.72 0.19 0.35 0.39 0.49 0.36
C4 0.61 0.94 0.41 0.25 1.20 0.42 1.20 0.64 1.04 0.88 1.09 0.89 0.36 0.13 1.27 0.67 0.31 0.17 0.18 0.18
C4' 0.30 0.51 0.27 0.16 0.58 0.13 0.51 0.19 0.42 0.41 0.58 0.54 0.41 0.16 0.63 0.22 0.33 0.29 0.41 0.29
C5 0.54 0.78 0.38 0.24 0.95 0.41 0.96 0.64 0.87 0.74 0.87 0.74 0.35 0.14 0.99 0.61 0.31 0.18 0.19 0.17
C5' 0.34 0.37 0.33 0.29 0.41 0.27 0.41 0.23 0.39 0.36 0.40 0.39 0.40 0.23 0.43 0.31 0.55 0.51 0.66 0.54
C6 0.46 0.67 0.34 0.28 0.83 0.44 0.82 0.64 0.73 0.64 0.77 0.62 0.31 0.18 0.87 0.54 0.29 0.19 0.19 0.16
N1 0.49 0.79 0.35 0.31 1.01 0.46 0.96 0.66 0.82 0.72 0.93 0.72 0.30 0.21 1.08 0.56 0.30 0.19 0.19 0.17
N3 0.63 1.00 0.42 0.28 1.33 0.45 1.30 0.67 1.09 0.92 1.19 0.92 0.35 0.15 1.43 0.68 0.31 0.17 0.18 0.18
N4 0.64 1.01 0.43 0.21 1.28 0.37 1.29 0.57 1.11 0.93 1.17 0.98 0.39 0.13 1.37 0.69 0.29 0.17 0.16 0.18
O2 0.59 1.01 0.40 0.31 1.36 0.47 1.25 0.69 1.01 0.88 1.23 0.92 0.32 0.20 1.51 0.63 0.31 0.18 0.18 0.17
O2' 0.31 0.65 0.25 0.41 0.87 0.64 0.75 0.93 0.59 0.50 0.82 0.63 0.36 0.35 1.00 0.50 0.54 0.52 0.46 0.46
O3' 0.43 0.61 0.35 0.29 0.64 0.25 0.55 0.18 0.45 0.48 0.66 0.70 0.51 0.42 0.71 0.36 0.44 0.46 0.45 0.38
O4' 0.35 0.65 0.29 0.21 0.74 0.28 0.65 0.41 0.55 0.53 0.74 0.64 0.35 0.16 0.79 0.34 0.23 0.16 0.20 0.13
O5' 0.09 0.19 0.20 0.22 0.30 0.22 0.33 0.44 0.28 0.18 0.25 0.24 0.19 0.02 0.33 0.12 0.22 0.27 0.17 0.17
OP1 0.17 0.18 0.18 0.05 0.14 0.17 0.17 0.15 0.16 0.13 0.16 0.28 0.36 0.02 0.17 0.23 0.45 0.56 0.54 0.44
OP2 0.16 0.14 0.17 0.18 0.22 0.18 0.26 0.26 0.24 0.17 0.17 0.13 0.16 0.02 0.24 0.17 0.75 0.84 0.90 0.81
P 0.11 0.10 0.06 0.01 0.11 0.07 0.12 0.16 0.09 0.07 0.10 0.15 0.12 0.01 0.13 0.11 0.39 0.46 0.45 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.01 0.00 0.41 0.60 0.44 0.50
C2 0.02 0.00 0.13 0.09 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.14 0.01 0.14 0.65 1.06 0.80 0.88
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.10 0.13 0.03 0.10 0.22 0.00 0.03 0.06 0.02 0.38 0.45 0.29 0.37
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.03 0.08 0.05 0.09 0.13 0.02 0.01 0.09 0.01 0.22 0.25 0.12 0.15
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.04 0.66 1.14 0.93 0.95
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.18 0.04 0.08 0.25 0.09 0.02 0.08 0.01 0.02 0.20 0.13 0.05
C5 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.17 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.01 0.12 0.66 1.09 0.94 0.94
C5' 0.07 0.21 0.10 0.03 0.23 0.01 0.37 0.00 0.36 0.14 0.19 0.41 0.04 0.10 0.25 0.02 0.01 0.23 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.08 0.01 0.18 0.00 0.36 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.11 0.01 0.15 0.63 0.95 0.82 0.84
N1 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.01 0.56 0.86 0.67 0.73
N3 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.01 0.10 0.68 1.15 0.89 0.95
O2 0.03 0.00 0.22 0.13 0.01 0.25 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.37 0.17 0.02 0.26 0.75 1.20 0.88 0.99
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.11 0.09 0.23 0.04 0.24 0.07 0.13 0.37 0.00 0.04 0.12 0.05 0.35 0.43 0.29 0.36
O3' 0.16 0.14 0.03 0.01 0.11 0.02 0.11 0.10 0.11 0.13 0.12 0.17 0.04 0.00 0.11 0.12 0.19 0.27 0.18 0.14
O4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.08 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.11 0.00 0.05 0.67 1.19 0.99 0.99
O4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.15 0.01 0.10 0.26 0.05 0.12 0.05 0.00 0.40 0.54 0.47 0.47
O5' 0.41 0.65 0.38 0.22 0.66 0.02 0.66 0.01 0.63 0.56 0.68 0.75 0.35 0.19 0.67 0.40 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.60 1.06 0.45 0.25 1.14 0.20 1.09 0.23 0.95 0.86 1.15 1.20 0.43 0.27 1.19 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.80 0.29 0.12 0.93 0.13 0.94 0.26 0.82 0.67 0.89 0.88 0.29 0.18 0.99 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.50 0.88 0.37 0.15 0.95 0.05 0.94 0.01 0.84 0.73 0.95 0.99 0.36 0.14 0.99 0.47 0.00 0.01 0.01 0.00