ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49275

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 4, 3, 0, 0, 1, 3, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.020, 0.049, 0.078, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.049 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.021, 0.061, 0.101, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.061 std_dev=0.040
P B 0, 0.197, 0.346, 0.495, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.346 std_dev=0.149
OP2 B 0, 0.100, 0.401, 0.702, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.401 std_dev=0.301
C2' A 0, -0.030, 0.418, 0.866, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.418 std_dev=0.448
O4' A 0, -0.055, 0.420, 0.894, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.420 std_dev=0.475
O5' B 0, 0.192, 0.699, 1.205, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.699 std_dev=0.507
OP1 B 0, 0.133, 0.707, 1.282, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.707 std_dev=0.574
O2' A 0, -0.056, 0.648, 1.353, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.648 std_dev=0.704
C4' A 0, -0.052, 0.673, 1.398, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.673 std_dev=0.725
C3' A 0, 0.046, 0.792, 1.537, 2.229 max_d=2.229 avg_d=0.792 std_dev=0.746
O5' A 0, -0.020, 0.827, 1.674, 2.870 max_d=2.870 avg_d=0.827 std_dev=0.847
C5' A 0, -0.074, 0.890, 1.855, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.890 std_dev=0.964
O3' A 0, 0.087, 1.227, 2.366, 3.103 max_d=3.103 avg_d=1.227 std_dev=1.140
P A 0, 0.067, 1.302, 2.538, 4.064 max_d=4.064 avg_d=1.302 std_dev=1.235
C5' B 0, 0.016, 1.322, 2.629, 3.835 max_d=3.835 avg_d=1.322 std_dev=1.306
C3' B 0, 0.043, 1.416, 2.789, 4.367 max_d=4.367 avg_d=1.416 std_dev=1.373
O3' B 0, 0.094, 1.500, 2.906, 4.690 max_d=4.690 avg_d=1.500 std_dev=1.406
OP1 A 0, 0.052, 1.609, 3.166, 5.056 max_d=5.056 avg_d=1.609 std_dev=1.557
C2' B 0, 0.002, 1.807, 3.613, 5.449 max_d=5.449 avg_d=1.807 std_dev=1.806
C4' B 0, -0.088, 1.756, 3.600, 5.333 max_d=5.333 avg_d=1.756 std_dev=1.844
O2' B 0, 0.007, 1.905, 3.804, 6.174 max_d=6.174 avg_d=1.905 std_dev=1.899
OP2 A 0, -0.229, 1.843, 3.916, 6.486 max_d=6.486 avg_d=1.843 std_dev=2.072
O4' B 0, -0.187, 2.200, 4.587, 6.447 max_d=6.447 avg_d=2.200 std_dev=2.387
C1' B 0, -0.166, 2.394, 4.955, 6.993 max_d=6.993 avg_d=2.394 std_dev=2.561
C6 B 0, -0.116, 2.709, 5.535, 8.229 max_d=8.229 avg_d=2.709 std_dev=2.825
N1 B 0, -0.191, 2.790, 5.772, 7.744 max_d=7.744 avg_d=2.790 std_dev=2.982
C5 B 0, -0.256, 3.354, 6.963, 10.093 max_d=10.093 avg_d=3.354 std_dev=3.610
C2 B 0, -0.382, 3.497, 7.376, 10.124 max_d=10.124 avg_d=3.497 std_dev=3.879
O2 B 0, -0.484, 3.749, 7.981, 11.287 max_d=11.287 avg_d=3.749 std_dev=4.232
C4 B 0, -0.401, 4.084, 8.569, 10.954 max_d=10.954 avg_d=4.084 std_dev=4.485
N3 B 0, -0.451, 4.068, 8.588, 11.372 max_d=11.372 avg_d=4.068 std_dev=4.519
O4 B 0, -0.513, 4.793, 10.099, 12.879 max_d=12.879 avg_d=4.793 std_dev=5.306

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.28 0.01 0.22 0.51 0.34 0.29
C2 0.02 0.00 0.18 0.27 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.15 0.12 0.21 0.70 0.49 0.28
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.05 0.02 0.11 0.22 0.14 0.03 0.14 0.06 0.31 0.00 0.06 0.01 0.44 0.64 0.62 0.55
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.39 0.01 0.38 0.02 0.32 0.24 0.34 0.42 0.19 0.03 0.01 0.02 0.10 0.32 0.17 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.39 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.24 0.03 0.23 0.87 0.57 0.17
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.08 0.15 0.08 0.31 0.03 0.00 0.02 0.22 0.24 0.05
C5 0.02 0.01 0.11 0.38 0.00 0.18 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.34 0.25 0.11 0.22 0.93 0.49 0.14
C5' 0.10 0.10 0.22 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.12 0.07 0.11 0.16 0.13 0.08 0.24 0.02 0.01 0.32 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.32 0.01 0.17 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.29 0.18 0.15 0.15 0.83 0.28 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.12 0.01 0.16 0.67 0.32 0.22
N3 0.02 0.01 0.14 0.34 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.17 0.08 0.23 0.78 0.57 0.25
N4 0.03 0.01 0.06 0.42 0.01 0.15 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.28 0.04 0.27 0.90 0.68 0.19
O2 0.03 0.00 0.31 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.32 0.24 0.21 0.24 0.66 0.56 0.36
O2' 0.02 0.25 0.00 0.03 0.33 0.31 0.34 0.08 0.29 0.19 0.30 0.36 0.32 0.00 0.11 0.21 0.32 0.54 0.75 0.50
O3' 0.28 0.15 0.06 0.01 0.24 0.03 0.25 0.24 0.18 0.12 0.17 0.28 0.24 0.11 0.00 0.21 0.31 0.65 0.36 0.38
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.11 0.02 0.15 0.01 0.08 0.04 0.21 0.21 0.21 0.00 0.08 0.22 0.24 0.13
O5' 0.22 0.21 0.44 0.10 0.23 0.02 0.22 0.01 0.15 0.16 0.23 0.27 0.24 0.32 0.31 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.51 0.70 0.64 0.32 0.87 0.22 0.93 0.32 0.83 0.67 0.78 0.90 0.66 0.54 0.65 0.22 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.49 0.62 0.17 0.57 0.24 0.49 0.39 0.28 0.32 0.57 0.68 0.56 0.75 0.36 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.28 0.55 0.13 0.17 0.05 0.14 0.02 0.15 0.22 0.25 0.19 0.36 0.50 0.38 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.68 1.71 0.52 0.22 2.46 0.21 2.19 0.41 1.67 1.40 2.22 1.48 0.43 0.29 2.76 0.36 0.21 0.35 0.18 0.10
C2 0.54 1.65 0.28 0.18 2.75 0.45 2.54 0.71 1.85 1.38 2.30 1.34 0.28 0.31 3.17 0.25 0.22 0.30 0.17 0.13
C2' 0.32 1.07 0.32 0.46 1.88 0.64 1.67 0.71 1.17 0.84 1.58 0.82 0.54 0.54 2.20 0.37 0.39 0.38 0.25 0.22
C3' 0.53 1.22 0.47 0.33 1.85 0.24 1.72 0.19 1.34 1.06 1.61 0.99 0.39 0.37 2.07 0.39 0.46 0.99 0.40 0.49
C4 0.45 1.33 0.15 0.19 2.41 0.44 2.42 0.74 1.80 1.19 1.89 1.06 0.24 0.27 2.74 0.27 0.20 0.25 0.16 0.14
C4' 1.02 1.63 0.98 0.81 1.96 0.65 1.76 0.35 1.48 1.40 1.89 1.55 0.95 0.96 2.10 0.84 0.44 0.73 0.17 0.31
C5 0.53 1.29 0.23 0.20 2.12 0.20 2.19 0.48 1.74 1.20 1.73 1.06 0.27 0.26 2.31 0.35 0.20 0.28 0.18 0.11
C5' 1.16 1.44 1.13 1.11 1.52 1.00 1.40 0.64 1.28 1.31 1.53 1.45 1.16 1.40 1.56 1.07 0.55 0.80 0.15 0.36
C6 0.65 1.47 0.40 0.27 2.20 0.17 2.14 0.37 1.71 1.32 1.89 1.22 0.35 0.34 2.39 0.42 0.22 0.33 0.19 0.11
N1 0.62 1.64 0.40 0.18 2.52 0.26 2.33 0.51 1.77 1.38 2.18 1.36 0.34 0.27 2.82 0.32 0.21 0.33 0.18 0.11
N3 0.47 1.51 0.18 0.22 2.69 0.54 2.57 0.81 1.86 1.29 2.17 1.19 0.25 0.34 3.13 0.27 0.22 0.27 0.17 0.14
N4 0.38 1.13 0.17 0.25 2.24 0.53 2.33 0.81 1.71 1.04 1.68 0.93 0.26 0.29 2.59 0.31 0.21 0.27 0.16 0.16
O2 0.54 1.75 0.31 0.20 2.89 0.51 2.59 0.75 1.87 1.41 2.45 1.43 0.29 0.36 3.39 0.24 0.22 0.30 0.18 0.14
O2' 0.54 1.17 0.51 0.74 1.98 0.98 1.70 1.07 1.18 0.90 1.70 0.93 0.63 0.87 2.35 0.69 0.66 0.42 0.51 0.51
O3' 0.53 1.16 0.52 0.37 1.77 0.28 1.65 0.29 1.29 1.02 1.53 0.94 0.39 0.43 1.98 0.40 0.50 1.10 0.38 0.53
O4' 1.21 2.04 1.11 0.83 2.45 0.60 2.17 0.26 1.81 1.73 2.37 1.93 1.03 0.90 2.63 0.90 0.39 0.51 0.14 0.23
O5' 0.84 1.05 0.76 0.94 1.26 0.88 1.23 0.62 1.10 1.00 1.17 1.00 0.70 1.23 1.31 0.88 0.55 0.90 0.22 0.43
OP1 0.37 0.23 0.17 0.37 0.50 0.45 0.60 0.34 0.45 0.23 0.29 0.41 0.42 1.16 0.62 0.38 0.64 0.80 1.14 0.88
OP2 1.18 0.94 0.94 1.50 0.92 1.76 1.06 1.67 1.10 1.04 0.86 1.01 0.83 1.91 0.87 1.55 1.29 1.84 0.69 1.16
P 0.82 0.64 0.67 1.10 0.60 1.19 0.65 0.93 0.65 0.66 0.57 0.74 0.68 1.69 0.59 1.03 0.58 1.01 0.23 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.25 0.03 0.01 0.28 0.60 0.31 0.31
C2 0.02 0.00 0.10 0.18 0.02 0.24 0.02 0.45 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.17 0.02 0.24 0.31 1.01 0.53 0.46
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.21 0.09 0.02 0.08 0.17 0.00 0.04 0.06 0.02 0.44 0.56 0.34 0.48
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.36 0.01 0.44 0.03 0.41 0.22 0.25 0.23 0.02 0.01 0.37 0.02 0.09 0.14 0.17 0.09
C4 0.02 0.02 0.04 0.36 0.00 0.14 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.20 0.01 0.04 0.47 0.86 1.19 0.55
C4' 0.01 0.24 0.03 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.34 0.08 0.17 0.49 0.29 0.02 0.15 0.01 0.01 0.22 0.15 0.05
C5 0.01 0.02 0.07 0.44 0.01 0.31 0.00 0.40 0.00 0.01 0.02 0.03 0.38 0.28 0.02 0.18 0.84 0.99 1.56 0.97
C5' 0.10 0.45 0.21 0.03 0.15 0.01 0.40 0.00 0.45 0.09 0.35 0.86 0.11 0.19 0.17 0.02 0.01 0.14 0.31 0.02
C6 0.01 0.02 0.09 0.41 0.02 0.34 0.00 0.45 0.00 0.01 0.02 0.03 0.34 0.23 0.02 0.24 0.85 0.96 1.32 0.94
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.10 0.02 0.01 0.35 0.74 0.65 0.40
N3 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.17 0.02 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.13 0.02 0.17 0.26 0.99 0.77 0.41
O2 0.05 0.01 0.17 0.23 0.02 0.49 0.03 0.86 0.03 0.03 0.01 0.00 0.36 0.34 0.03 0.44 0.75 1.42 0.74 0.94
O2' 0.03 0.28 0.00 0.02 0.35 0.29 0.38 0.11 0.34 0.20 0.32 0.36 0.00 0.08 0.40 0.19 0.33 0.41 0.32 0.39
O3' 0.25 0.17 0.04 0.01 0.20 0.02 0.28 0.19 0.23 0.10 0.13 0.34 0.08 0.00 0.23 0.18 0.19 0.38 0.16 0.20
O4 0.03 0.02 0.06 0.37 0.01 0.15 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.03 0.40 0.23 0.00 0.05 0.48 0.87 1.31 0.57
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.04 0.01 0.18 0.02 0.24 0.01 0.17 0.44 0.19 0.18 0.05 0.00 0.18 0.48 0.28 0.19
O5' 0.28 0.31 0.44 0.09 0.47 0.01 0.84 0.01 0.85 0.35 0.26 0.75 0.33 0.19 0.48 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.60 1.01 0.56 0.14 0.86 0.22 0.99 0.14 0.96 0.74 0.99 1.42 0.41 0.38 0.87 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.53 0.34 0.17 1.19 0.15 1.56 0.31 1.32 0.65 0.77 0.74 0.32 0.16 1.31 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.46 0.48 0.09 0.55 0.05 0.97 0.02 0.94 0.40 0.41 0.94 0.39 0.20 0.57 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00