ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49276

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 1, 2, 2, 3, 0, 1, 3, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.024 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.021, 0.053, 0.085, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.053 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.030, 0.068, 0.106, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.068 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.072, 0.225, 0.378, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.225 std_dev=0.153
O4' A 0, 0.068, 0.227, 0.385, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.227 std_dev=0.158
O2' A 0, 0.062, 0.264, 0.467, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.264 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.150, 0.377, 0.605, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.377 std_dev=0.227
C3' A 0, 0.166, 0.397, 0.627, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.397 std_dev=0.230
O3' A 0, 0.257, 0.597, 0.937, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.597 std_dev=0.340
OP1 B 0, 0.399, 0.778, 1.156, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.778 std_dev=0.378
P B 0, 0.352, 0.733, 1.115, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.733 std_dev=0.381
OP2 B 0, 0.381, 0.782, 1.184, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.782 std_dev=0.402
C5' A 0, 0.198, 0.602, 1.005, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.602 std_dev=0.404
O5' B 0, 0.303, 0.719, 1.136, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.719 std_dev=0.416
O5' A 0, 0.194, 0.614, 1.035, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.614 std_dev=0.420
C3' B 0, 0.178, 0.717, 1.257, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.717 std_dev=0.540
C5' B 0, 0.306, 0.852, 1.399, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.852 std_dev=0.547
P A 0, 0.264, 0.841, 1.419, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.841 std_dev=0.577
C2' B 0, 0.277, 0.872, 1.466, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.872 std_dev=0.594
C4' B 0, 0.275, 0.890, 1.505, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.890 std_dev=0.615
O3' B 0, 0.174, 0.809, 1.444, 2.655 max_d=2.655 avg_d=0.809 std_dev=0.635
C1' B 0, 0.382, 1.038, 1.695, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.038 std_dev=0.657
C6 B 0, 0.638, 1.323, 2.008, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.323 std_dev=0.685
OP2 A 0, 0.339, 1.038, 1.736, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.038 std_dev=0.699
O4' B 0, 0.353, 1.053, 1.753, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.053 std_dev=0.700
O2' B 0, 0.489, 1.213, 1.936, 2.886 max_d=2.886 avg_d=1.213 std_dev=0.724
N1 B 0, 0.521, 1.271, 2.020, 3.299 max_d=3.299 avg_d=1.271 std_dev=0.750
C5 B 0, 0.753, 1.540, 2.328, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.540 std_dev=0.788
OP1 A 0, 0.315, 1.237, 2.158, 3.431 max_d=3.431 avg_d=1.237 std_dev=0.922
C2 B 0, 0.533, 1.507, 2.481, 3.948 max_d=3.948 avg_d=1.507 std_dev=0.974
C4 B 0, 0.752, 1.750, 2.747, 3.962 max_d=3.962 avg_d=1.750 std_dev=0.998
N3 B 0, 0.651, 1.735, 2.818, 4.278 max_d=4.278 avg_d=1.735 std_dev=1.084
O2 B 0, 0.485, 1.582, 2.680, 4.287 max_d=4.287 avg_d=1.582 std_dev=1.098
O4 B 0, 0.855, 1.997, 3.139, 4.357 max_d=4.357 avg_d=1.997 std_dev=1.142

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.13 0.11 0.33 0.15
C2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.04 0.17 0.13 0.35 0.15
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.12 0.01 0.03 0.01 0.06 0.14 0.40 0.16
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.03 0.15 0.07 0.07 0.11 0.10 0.03 0.01 0.02 0.10 0.18 0.41 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.21 0.20 0.37 0.18
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.06 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.11 0.32 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.04 0.23 0.24 0.34 0.20
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.17 0.09 0.12 0.18 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.11 0.22 0.03
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.04 0.20 0.19 0.28 0.18
N1 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.16 0.13 0.31 0.15
N3 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.19 0.15 0.37 0.16
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03 0.23 0.22 0.42 0.20
O2 0.04 0.00 0.12 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.06 0.15 0.12 0.37 0.15
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.10 0.07 0.16 0.00 0.07 0.05 0.06 0.16 0.42 0.15
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.11 0.02 0.17 0.04 0.16 0.06 0.08 0.13 0.13 0.07 0.00 0.02 0.21 0.27 0.47 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.18 0.13 0.29 0.14
O5' 0.13 0.17 0.06 0.10 0.21 0.03 0.23 0.02 0.20 0.16 0.19 0.23 0.15 0.06 0.21 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.11 0.13 0.14 0.18 0.20 0.11 0.24 0.11 0.19 0.13 0.15 0.22 0.12 0.16 0.27 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.35 0.40 0.41 0.37 0.32 0.34 0.22 0.28 0.31 0.37 0.42 0.37 0.42 0.47 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.15 0.16 0.16 0.18 0.08 0.20 0.03 0.18 0.15 0.16 0.20 0.15 0.15 0.19 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.39 0.38 0.23 0.40 0.21 0.38 0.23 0.34 0.28 0.43 0.49 0.76 0.35 0.46 0.21 0.15 0.25 0.28 0.17
C2 0.35 0.44 0.50 0.25 0.46 0.20 0.42 0.23 0.36 0.33 0.49 0.53 0.86 0.39 0.52 0.23 0.15 0.28 0.26 0.16
C2' 0.25 0.34 0.30 0.19 0.37 0.19 0.35 0.24 0.30 0.24 0.38 0.45 0.59 0.34 0.42 0.18 0.15 0.22 0.25 0.14
C3' 0.22 0.32 0.24 0.18 0.34 0.19 0.32 0.25 0.27 0.23 0.36 0.41 0.42 0.31 0.38 0.18 0.17 0.21 0.23 0.13
C4 0.35 0.40 0.56 0.26 0.44 0.21 0.41 0.22 0.36 0.33 0.44 0.46 0.83 0.41 0.48 0.25 0.16 0.30 0.27 0.16
C4' 0.24 0.35 0.23 0.19 0.36 0.20 0.31 0.23 0.26 0.24 0.39 0.46 0.48 0.25 0.40 0.19 0.15 0.21 0.21 0.12
C5 0.33 0.33 0.53 0.27 0.36 0.22 0.37 0.22 0.34 0.29 0.35 0.39 0.79 0.41 0.40 0.24 0.15 0.28 0.28 0.18
C5' 0.23 0.36 0.22 0.20 0.35 0.22 0.29 0.25 0.24 0.25 0.39 0.44 0.34 0.24 0.39 0.21 0.18 0.24 0.19 0.16
C6 0.32 0.33 0.46 0.26 0.35 0.21 0.36 0.22 0.33 0.27 0.35 0.41 0.79 0.41 0.39 0.23 0.15 0.26 0.28 0.17
N1 0.32 0.38 0.45 0.24 0.40 0.20 0.38 0.23 0.34 0.29 0.42 0.48 0.82 0.39 0.45 0.22 0.15 0.26 0.27 0.17
N3 0.36 0.45 0.55 0.26 0.48 0.20 0.43 0.23 0.37 0.35 0.50 0.52 0.87 0.41 0.54 0.25 0.16 0.29 0.26 0.16
N4 0.36 0.42 0.58 0.26 0.48 0.21 0.45 0.21 0.38 0.36 0.47 0.46 0.80 0.40 0.53 0.27 0.18 0.33 0.25 0.16
O2 0.35 0.48 0.49 0.24 0.50 0.20 0.44 0.24 0.37 0.35 0.54 0.58 0.87 0.39 0.57 0.23 0.15 0.28 0.26 0.16
O2' 0.26 0.37 0.29 0.19 0.39 0.19 0.36 0.24 0.31 0.26 0.42 0.49 0.59 0.32 0.45 0.18 0.15 0.23 0.26 0.15
O3' 0.22 0.33 0.24 0.20 0.34 0.23 0.32 0.29 0.28 0.24 0.36 0.41 0.34 0.30 0.38 0.20 0.21 0.23 0.23 0.17
O4' 0.30 0.38 0.33 0.23 0.40 0.21 0.37 0.23 0.33 0.28 0.42 0.49 0.71 0.31 0.45 0.22 0.16 0.25 0.28 0.18
O5' 0.25 0.39 0.31 0.17 0.43 0.14 0.40 0.20 0.35 0.32 0.44 0.43 0.37 0.03 0.46 0.15 0.19 0.31 0.31 0.23
OP1 0.45 0.63 0.67 0.25 0.63 0.26 0.56 0.24 0.52 0.55 0.66 0.66 0.86 0.04 0.65 0.32 0.23 0.32 0.31 0.23
OP2 0.26 0.18 0.10 0.29 0.17 0.48 0.22 0.58 0.24 0.19 0.16 0.23 0.30 0.04 0.17 0.42 0.49 0.60 0.46 0.53
P 0.12 0.24 0.25 0.04 0.24 0.16 0.20 0.20 0.17 0.17 0.26 0.29 0.37 0.01 0.26 0.13 0.11 0.31 0.20 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.26 0.02 0.01 0.13 0.12 0.23 0.16
C2 0.02 0.00 0.15 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.25 0.01 0.12 0.19 0.20 0.38 0.27
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.03 0.15 0.14 0.18 0.04 0.11 0.27 0.01 0.06 0.09 0.04 0.29 0.30 0.39 0.32
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.03 0.16 0.10 0.14 0.13 0.03 0.02 0.17 0.02 0.07 0.21 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.13 0.01 0.04 0.28 0.38 0.56 0.42
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.06 0.12 0.18 0.07 0.08 0.01 0.03 0.11 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.15 0.18 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.11 0.01 0.11 0.32 0.43 0.57 0.45
C5' 0.06 0.12 0.14 0.03 0.17 0.01 0.21 0.00 0.20 0.11 0.13 0.15 0.08 0.19 0.18 0.02 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.16 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.11 0.02 0.14 0.29 0.34 0.46 0.38
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.02 0.02 0.20 0.21 0.35 0.27
N3 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.20 0.01 0.09 0.23 0.28 0.48 0.35
O2 0.04 0.01 0.27 0.13 0.02 0.12 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.41 0.35 0.02 0.21 0.17 0.16 0.33 0.23
O2' 0.05 0.25 0.01 0.03 0.28 0.18 0.34 0.08 0.32 0.16 0.26 0.41 0.00 0.08 0.30 0.13 0.24 0.29 0.46 0.30
O3' 0.26 0.25 0.06 0.02 0.13 0.07 0.11 0.19 0.11 0.17 0.20 0.35 0.08 0.00 0.13 0.17 0.20 0.43 0.30 0.28
O4 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.30 0.13 0.00 0.05 0.29 0.43 0.61 0.45
O4' 0.01 0.12 0.04 0.02 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.09 0.21 0.13 0.17 0.05 0.00 0.08 0.08 0.16 0.12
O5' 0.13 0.19 0.29 0.07 0.28 0.03 0.32 0.01 0.29 0.20 0.23 0.17 0.24 0.20 0.29 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.12 0.20 0.30 0.21 0.38 0.11 0.43 0.08 0.34 0.21 0.28 0.16 0.29 0.43 0.43 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.38 0.39 0.16 0.56 0.07 0.57 0.03 0.46 0.35 0.48 0.33 0.46 0.30 0.61 0.16 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.32 0.11 0.42 0.03 0.45 0.02 0.38 0.27 0.35 0.23 0.30 0.28 0.45 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00