ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49277

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 3, 3, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.028, 0.050, 0.072, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.018, 0.050, 0.083, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.050 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.050, 0.120, 0.191, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.120 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.064, 0.136, 0.209, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.136 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.083, 0.223, 0.364, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.223 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.109, 0.281, 0.454, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.281 std_dev=0.173
C4' A 0, 0.009, 0.233, 0.457, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.233 std_dev=0.224
O3' A 0, 0.100, 0.326, 0.552, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.326 std_dev=0.226
P B 0, 0.030, 0.349, 0.668, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.349 std_dev=0.319
OP1 B 0, 0.036, 0.408, 0.779, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.408 std_dev=0.372
O5' A 0, 0.095, 0.543, 0.991, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.543 std_dev=0.448
C5' A 0, 0.102, 0.562, 1.023, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.562 std_dev=0.461
OP2 B 0, -0.011, 0.460, 0.931, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.460 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.078, 0.577, 1.075, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.577 std_dev=0.498
P A 0, -0.020, 0.613, 1.247, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.613 std_dev=0.633
OP2 A 0, -0.068, 0.738, 1.543, 3.749 max_d=3.749 avg_d=0.738 std_dev=0.806
C5' B 0, -0.164, 0.727, 1.617, 3.900 max_d=3.900 avg_d=0.727 std_dev=0.890
OP1 A 0, -0.214, 0.896, 2.006, 3.921 max_d=3.921 avg_d=0.896 std_dev=1.110
C3' B 0, -0.195, 0.918, 2.031, 5.107 max_d=5.107 avg_d=0.918 std_dev=1.113
C4' B 0, -0.410, 0.840, 2.089, 5.525 max_d=5.525 avg_d=0.840 std_dev=1.249
C2' B 0, -0.394, 1.007, 2.407, 6.307 max_d=6.307 avg_d=1.007 std_dev=1.400
O3' B 0, -0.335, 1.202, 2.739, 7.134 max_d=7.134 avg_d=1.202 std_dev=1.537
O4' B 0, -0.758, 0.871, 2.500, 6.975 max_d=6.975 avg_d=0.871 std_dev=1.629
C1' B 0, -0.745, 1.010, 2.766, 7.649 max_d=7.649 avg_d=1.010 std_dev=1.755
C6 B 0, -0.841, 0.978, 2.798, 7.817 max_d=7.817 avg_d=0.978 std_dev=1.820
O2' B 0, -0.730, 1.133, 2.996, 8.304 max_d=8.304 avg_d=1.133 std_dev=1.863
N1 B 0, -0.803, 1.068, 2.939, 8.104 max_d=8.104 avg_d=1.068 std_dev=1.871
C5 B 0, -1.003, 1.119, 3.241, 9.096 max_d=9.096 avg_d=1.119 std_dev=2.122
C2 B 0, -0.917, 1.285, 3.488, 9.563 max_d=9.563 avg_d=1.285 std_dev=2.203
O2 B 0, -0.985, 1.414, 3.813, 10.503 max_d=10.503 avg_d=1.414 std_dev=2.399
N3 B 0, -1.025, 1.390, 3.804, 10.376 max_d=10.376 avg_d=1.390 std_dev=2.414
C4 B 0, -1.085, 1.334, 3.753, 10.336 max_d=10.336 avg_d=1.334 std_dev=2.419
O4 B 0, -1.266, 1.492, 4.251, 11.687 max_d=11.687 avg_d=1.492 std_dev=2.759

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.21 0.36 0.22 0.19
C2 0.03 0.00 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.31 0.35 0.50 0.31
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.15 0.25 0.18 0.12
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09 0.06 0.10 0.11 0.09 0.02 0.01 0.03 0.16 0.25 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.15 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.05 0.41 0.45 0.72 0.46
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.15 0.00 0.17 0.01 0.15 0.08 0.11 0.17 0.06 0.09 0.03 0.01 0.03 0.26 0.14 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.17 0.00 0.46 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.06 0.43 0.47 0.71 0.48
C5' 0.07 0.26 0.04 0.08 0.43 0.01 0.46 0.00 0.39 0.25 0.35 0.48 0.16 0.11 0.09 0.03 0.02 0.31 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.15 0.00 0.39 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.06 0.38 0.39 0.53 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.31 0.35 0.42 0.29
N3 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.08 0.03 0.37 0.39 0.63 0.39
N4 0.03 0.01 0.04 0.11 0.01 0.17 0.02 0.48 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.11 0.06 0.44 0.51 0.80 0.51
O2 0.05 0.01 0.08 0.09 0.02 0.06 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.10 0.05 0.27 0.35 0.43 0.26
O2' 0.04 0.09 0.01 0.02 0.07 0.09 0.05 0.11 0.04 0.05 0.10 0.08 0.14 0.00 0.08 0.08 0.08 0.25 0.15 0.11
O3' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.10 0.03 0.12 0.09 0.10 0.06 0.08 0.11 0.10 0.08 0.00 0.03 0.17 0.32 0.14 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05 0.08 0.03 0.00 0.21 0.43 0.09 0.20
O5' 0.21 0.31 0.15 0.16 0.41 0.03 0.43 0.02 0.38 0.31 0.37 0.44 0.27 0.08 0.17 0.21 0.00 0.06 0.05 0.01
OP1 0.36 0.35 0.25 0.25 0.45 0.26 0.47 0.31 0.39 0.35 0.39 0.51 0.35 0.25 0.32 0.43 0.06 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.50 0.18 0.13 0.72 0.14 0.71 0.21 0.53 0.42 0.63 0.80 0.43 0.15 0.14 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.31 0.12 0.12 0.46 0.07 0.48 0.02 0.38 0.29 0.39 0.51 0.26 0.11 0.20 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.58 0.42 0.50 0.45 0.42 0.63 0.63 0.29 0.36 0.28 0.15 0.80 0.57 0.73 0.63 0.64 0.28 0.17 0.30 0.18
C2 0.33 0.24 0.27 0.22 0.43 0.38 0.63 0.13 0.40 0.12 0.11 0.54 0.26 0.42 0.58 0.39 0.19 0.12 0.24 0.12
C2' 0.74 0.68 0.61 0.51 0.18 0.70 0.38 0.33 0.21 0.47 0.41 1.06 0.69 0.76 0.33 0.78 0.31 0.14 0.26 0.15
C3' 1.00 0.94 0.82 0.68 0.27 0.90 0.28 0.52 0.33 0.73 0.67 1.33 0.92 0.92 0.24 1.04 0.45 0.18 0.31 0.21
C4 0.23 0.15 0.18 0.12 0.39 0.28 0.57 0.13 0.40 0.11 0.11 0.38 0.14 0.23 0.50 0.30 0.17 0.12 0.21 0.12
C4' 1.04 0.88 0.89 0.80 0.33 1.01 0.46 0.63 0.40 0.72 0.56 1.29 1.03 1.10 0.44 1.09 0.54 0.31 0.46 0.36
C5 0.40 0.25 0.32 0.25 0.39 0.47 0.57 0.22 0.36 0.17 0.11 0.52 0.31 0.40 0.53 0.50 0.24 0.15 0.24 0.14
C5' 1.37 1.15 1.20 1.11 0.49 1.34 0.56 0.99 0.67 1.02 0.80 1.56 1.36 1.39 0.47 1.43 0.85 0.59 0.74 0.66
C6 0.52 0.35 0.43 0.38 0.41 0.59 0.61 0.29 0.36 0.25 0.13 0.67 0.47 0.59 0.59 0.62 0.28 0.18 0.28 0.18
N1 0.47 0.33 0.39 0.35 0.43 0.53 0.63 0.23 0.37 0.20 0.11 0.66 0.43 0.58 0.61 0.54 0.24 0.15 0.27 0.15
N3 0.21 0.15 0.17 0.13 0.42 0.26 0.60 0.12 0.42 0.10 0.12 0.41 0.13 0.26 0.53 0.27 0.15 0.12 0.22 0.12
N4 0.13 0.11 0.12 0.14 0.37 0.15 0.53 0.18 0.42 0.16 0.16 0.24 0.14 0.16 0.44 0.17 0.13 0.17 0.21 0.17
O2 0.31 0.24 0.26 0.22 0.45 0.36 0.64 0.12 0.42 0.12 0.13 0.55 0.25 0.43 0.60 0.36 0.17 0.12 0.24 0.12
O2' 0.76 0.69 0.63 0.54 0.23 0.71 0.43 0.33 0.25 0.48 0.41 1.09 0.73 0.83 0.38 0.78 0.31 0.15 0.28 0.16
O3' 1.18 1.21 0.97 0.79 0.52 1.01 0.36 0.60 0.52 0.96 0.96 1.60 1.09 1.01 0.39 1.20 0.52 0.19 0.31 0.22
O4' 0.71 0.48 0.62 0.58 0.48 0.77 0.67 0.41 0.38 0.37 0.19 0.88 0.73 0.91 0.72 0.77 0.35 0.24 0.36 0.25
O5' 1.26 1.02 1.09 1.01 0.24 1.27 0.24 0.89 0.42 0.89 0.64 1.41 1.22 1.28 0.30 1.35 0.72 0.48 0.47 0.45
OP1 1.74 1.43 1.58 1.49 0.41 1.69 0.34 1.27 0.78 1.32 0.95 1.85 1.77 1.81 0.18 1.78 0.96 0.64 0.59 0.63
OP2 1.44 0.99 1.27 1.25 0.43 1.62 0.45 1.33 0.65 1.02 0.62 1.27 1.35 1.42 0.56 1.67 1.13 0.92 0.78 0.88
P 1.39 1.02 1.25 1.22 0.15 1.48 0.17 1.09 0.45 0.95 0.56 1.40 1.39 1.51 0.37 1.52 0.85 0.60 0.57 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.16 0.03 0.01 0.16 0.28 0.11 0.17
C2 0.03 0.00 0.16 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.02 0.07 0.29 0.33 0.25 0.35
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.10 0.11 0.04 0.13 0.26 0.01 0.03 0.08 0.01 0.13 0.19 0.14 0.06
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.23 0.01 0.20 0.03 0.16 0.13 0.23 0.21 0.02 0.01 0.26 0.02 0.22 0.19 0.21 0.07
C4 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.12 0.01 0.04 0.46 0.55 0.76 0.68
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.09 0.11 0.18 0.03 0.12 0.01 0.02 0.18 0.33 0.13
C5 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.12 0.01 0.07 0.51 0.64 0.87 0.78
C5' 0.04 0.11 0.10 0.03 0.14 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.13 0.14 0.08 0.12 0.17 0.02 0.01 0.21 0.10 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.16 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.09 0.01 0.08 0.46 0.56 0.64 0.64
N1 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.06 0.02 0.02 0.31 0.38 0.29 0.39
N3 0.03 0.01 0.13 0.23 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.01 0.05 0.37 0.42 0.48 0.50
O2 0.05 0.01 0.26 0.21 0.02 0.11 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.24 0.02 0.11 0.22 0.26 0.11 0.21
O2' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.20 0.18 0.24 0.08 0.22 0.12 0.15 0.17 0.00 0.06 0.22 0.14 0.21 0.28 0.14 0.10
O3' 0.16 0.14 0.03 0.01 0.12 0.03 0.12 0.12 0.09 0.06 0.14 0.24 0.06 0.00 0.17 0.11 0.25 0.22 0.35 0.13
O4 0.03 0.02 0.08 0.26 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.17 0.00 0.04 0.49 0.60 0.88 0.75
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.11 0.14 0.11 0.04 0.00 0.12 0.30 0.22 0.18
O5' 0.16 0.29 0.13 0.22 0.46 0.02 0.51 0.01 0.46 0.31 0.37 0.22 0.21 0.25 0.49 0.12 0.00 0.04 0.05 0.00
OP1 0.28 0.33 0.19 0.19 0.55 0.18 0.64 0.21 0.56 0.38 0.42 0.26 0.28 0.22 0.60 0.30 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.25 0.14 0.21 0.76 0.33 0.87 0.10 0.64 0.29 0.48 0.11 0.14 0.35 0.88 0.22 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.35 0.06 0.07 0.68 0.13 0.78 0.02 0.64 0.39 0.50 0.21 0.10 0.13 0.75 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00